2000年8月10日，深特發終於簽署股權轉讓協議，將其持有的深萬科國有法人股51155599股全部轉讓給中國華潤總公司。股權轉讓後，華潤集團及其關聯企業以15.08%的股權份額成為萬科第一大股東，Charm Yield Iment Ltd.、同盛證券投資基金、君安代理有限公司、陝西證券有限公司等機構投資者的股權比例約佔10%。在公司的股本結構中，流通股（包括A股和B股）佔82.49%。
華潤是萬科最理想的財務投資人，既能夠維護萬科經營團隊運作的獨立性，同時又盡到股東能夠做到的對萬科最大的支持。
——2008年8月7日，王石在「2008中期業績網上交流會」上如是說
2000年8月，中國華潤總公司受讓深圳經濟特區發展（集團）公司所持有的8.11％的萬科國有法人股，成為萬科第一大股東。當時萬科的總市值只有16億元。
脫離一直不支持萬科計畫的深圳經濟特區發展（集團）公司，王石的輕鬆是可想而知的。
2006年7月，萬科7月18日公告稱，萬科董事會以全票通過了向特定對象非公開發行A股股票的議案，定向增發股份定價以公告日前20個交易日萬科A股收盤價的算術平均值為基礎，即不低於每股5.67元，且第一大股東華潤將認購不少於1.1億股。
華潤在增持萬科的同時，還將與萬科在全國共同投資開發住宅房地產項目。
按照雙方協議，如果只有雙方合作，萬科持有項目的權益將等於或大於50%；在多方參與合作的前提下，萬科將成為住宅項目權益的第一大權益持有人。
顯然，萬科與華潤的合作模式主要是華潤集團出地，萬科出人、出錢。
萬科和華潤的合作是一種雙贏，可以改變萬科拿不到好地的局面。不過，華潤自身也在發展房地產業，而且還有幾次與萬科看中同一塊土地。華潤與萬科的故事到底會演化成什麼樣的結果，將是房地產行業一個頗為有趣的MBA案例。
商場上沒有永遠的「敵人」，只有永遠的利益。企業與大股東之間的合作，永遠需要技巧和智慧，繼續尋找最大的雙贏可能。