萬科採取的是一種矩陣式的組織結構，各分公司職能部門受分公司總經理管轄，但同時也受總部職能部門直線管理，統一調配資金、項目定位、規劃設計、集中採購和人事、考核、薪酬制度，總部由此對各分公司實現強有力的控制。
——2004年，王石在萬科20周年企業活動期間如是說
房地產業最大的特點就是區域化屬性，這使房地產企業很難做大做強。在世界500強企業名單中，一直鮮有房地產商的影子。萬科可以說是中國也是世界上跨區域開發最出色的房地產企業了，但也面臨著跨區域開發戰略在執行上的難度：如果管得太死，難以適應當地市場；如果放權過多，不但資源分散，成本難以控制，也有各自為政、諸侯割據乃至公司分裂的危險。
為此，萬科創造了總部集權的管理模式。這是一種矩陣式的組織結構，各分公司職能部門受分公司總經理管轄，但同時也受總部職能部門直線管理，統一調配資金、項目定位、規劃設計、集中採購和人事、考核、薪酬制度，總部由此對各分公司實現強有力的控制。
萬科的總部集權管理模式是不是中國房地產企業跨區域經營的最佳管理模式？這個要看不同開發商自身的情況而定。畢竟，這種模式的負作用也是比較明顯的。最突出的問題是效率問題。按照這一模式，凡是稍微重要的事情，都需要向總部彙報，容易養成官僚作風，加大運營成本。房地產經營畢竟還稱不上是一門嚴謹的科學，也有藝術的成分，例如對項目定位來說，光有市場調查數據是不夠的，在某種程度上還要依賴個人的經驗和判斷能力。
甲之蜜糖、乙之砒霜。房地產行業的管理雖然沒有一定之法，但是對於百億元規模的企業來說，如果沒有總部集權的管理模式，那麼各地的發展，很容易失控。