倔犟的陳獨秀沒有屈服，沒有驚慌，更沒有像日後瞿秋白、李立三等人那樣違心地反覆認罪。他堅信自己沒有背離馬克思主義。
然而，彼時的中國共產黨人，有幾個能知道陳獨秀的悲劇正是蘇共黨內鬥爭在中國的延續呢？
旁觀者清啊！名記者斯諾的頂頭上司鮑威爾先生就曾直截了當地說過：
外國人知道中共的背後，存在著俄國人的影響，但很少有人知道發生在中國的鬥爭，不過是列寧逝世以後，斯大林和托洛茨基在俄國國內所作的生死鬥爭的一部分。
在被自己手創的黨開除後的第二十五天，無所顧忌的陳獨秀髮表了披肝瀝膽的《告全黨同志書》，痛陳斯大林主義對中國革命的危害和黨內的宗派主義等種種錯誤。五天之後，陳獨秀又領銜八十一人發表了《我們的政治意見書》，公開打出「中國共產黨左派反對派」的旗幟。民國二十四年（1935年）1月，陳獨秀和他的同志們聚會，將黨名改為「中國共產主義同盟」，繼續向國民黨政權和斯大林主義同時進行戰鬥。
陳獨秀接受託洛茨基思想，是必然的。陳獨秀與托洛茨基應該沒見過面。1921年秋，陳獨秀曾奉召去莫斯科，沒有得到任何一位蘇俄黨要人的接見。那會兒，蘇俄人沒看得上中國共產黨。陳獨秀執政晚期，莫斯科派回來的中共黨人，不光有博古、張聞天和王明那樣的斯大林的盲目崇拜者，也有「反黨集團頭子」托洛茨基的同情者。這些年輕幹部把托氏關於中國革命的理論帶回來，讓陳獨秀從切身經歷和本黨同志被屠戮的殘酷現實中，驀然認清了打著馬克思主義旗號的斯大林主義的本質，於是便非常自然地成了托洛茨基在中國的同志。
辭職前的陳獨秀已經悟出，托氏關於中國革命的論斷，與他自己痛苦思索的結果極為相似，即大革命的失敗，標誌著中國資產階級對於帝國主義和封建勢力已經取得了勝利，它對人民的統治已趨穩定，中國社會已是資本主義佔優勢並將成為和平發展的社會。因此，中國資產階級民主革命已經完結，中國無產階級只有待到將來再去舉行社會主義革命。
資本主義是不可逾越的——這個半個世紀後方被證實為正確的陳獨秀思想，在當時卻被冠以「取消革命」的惡名大受批判，陳獨秀由此成為與托洛茨基齊名的「托陳取消派」首領。因「世界無產階級的偉大領袖」斯大林的態度，中共理應比國民黨更為痛恨托派的中國領導人，所以創立了中共的陳獨秀就成了中共黨史上最長久的蒙難者。
民國二十一年（1932年）10月15日，正在卧床療養胃潰瘍的陳獨秀突遭逮捕。同日，多名中國「托派」重要幹部入獄。
國民黨人興高采烈，滿以為這一下便將「共匪」頭子這一心腹之患徹底解決了。蔣介石無疑是最開心的一個，對各地「蘇區」的一次次用兵已令他疲憊不堪。倭寇已佔據東三省，華北也日益告危，大敵當前，他太想先「安內」再「攘外」了！正在漢口督戰「剿共」的他，顧不上回南京，電令將本案起獲的重要文件迅速送到漢口，他要親自審閱。緊接著，他又電令將已經開口與政府合作的「中共秘書長」謝德盤押至漢口審訊。看完，問完，他才弄明白，陳獨秀已經不是中共的當家人，而是中共「左派反對派」的首領，謝某人只是陳獨秀那個小組織的秘書長。但他仍不明白陳獨秀與正在對壘的中共的紅軍到底是什麼關係，遂令國府軍政部長何應欽當面詢問之。
於是，民國二十一年（1932年）10月27日的《大公報》，刊出了兩天前何應欽與軍法司長王振南對陳獨秀的「傳訊」：
（何氏）詢以贛、鄂等省共黨暴動行為，或知其詳否？陳答：各處共匪行為，均由幹部派指揮，與余毫無關係。又詢以抗日問題。陳侃侃申述，謂依國際形勢觀察，仍須聯俄方為有利，英美及國聯均不能有助於我國。
陳獨秀自不會稱中共為「共匪」，儘管他已經被從蘇聯回來的那幫人（他稱為「幹部派」）開除出黨。從被捕到上法庭，他一直宣稱自己信仰共產主義，依然要推翻國民黨政府，顯然，「共匪」這一說法是當時的報紙屈從政府的規定強加在他頭上的。陳獨秀襟懷坦蕩，實話實說。而且，儘管他憎惡蘇俄，但為國家命運計，他還是希望國民黨政府「聯俄」。
臨別時，何應欽客氣地向陳獨秀求字存念——陳的書法是很有功底也很有名氣的。
何上將客氣，但陳獨秀不客氣，他飽蘸濃墨，不假思索地疾書一紙條幅：
三軍可奪帥，匹夫不可奪志也。
天日昭昭，此心可鑒。即令政治死敵，也不可能不對陳獨秀的節操表示欽敬。
蔣介石遂採納了胡適、翁文灝等國民黨內文職高官的建議，下令將陳案轉到了地方法院公開審判。如依軍界多數高官和地方黨部的多數意見，將陳案移送軍法審判，則陳獨秀被「明正典刑」的結果自不可免。
民國二十二年（1933年）4月14日上午9點30分，陳獨秀和彭述之、濮清泉等十名同案被告被押至江蘇省江寧地方法院審判廳，那位誰都得讓其三分的老友章士釗大律師自告奮勇自北方趕來為被告辯護。
自從陳離開北大後，兩人即沒了交往，相反的，性情無羈的他還曾十分無禮地公開著文罵附從軍閥政府的章先生是「放屁狗」、「狗放屁」、「放狗屁」。章先生不計前嫌，毅然接受委託，一時頗受稱頌。
檢察官朱雋依《危害民國緊急治罪法》提起公訴。之後，彭述之等九被告暫退審室，首審陳獨秀。
審判長鬍善偁例行公事地問完姓名、年歲、籍貫後，開始從頭問起：
問：以前做何事？
答：在教育界做事。
問：在何處？
答：在北京。
問：在北京何校？
答：在北京大學當教授。
……
問也簡明，答也簡明。
問：退職後往何處？
答：到上海。
問：做何事？
答：未做事。
……
問：共黨活動，是否受莫斯科指揮？
答：是。
……
問：當時共黨之活動，第三國際態度如何？是否滿意？
答：無所謂滿意不滿意。
問：共黨書記是否總秘書長？
答：是。
問：何時被開除？
答：記不清，大約在民國十七年、十八年。
問：為何被開除？
答：因意見不同。
問：被開除後做何事？
答：未做事。
問：共產黨分幾派？
答：分托洛茨基派與史他林（即斯大林）兩派。
……
這邊「胡問」，步步緊逼；那邊「陳述」，直言不諱。一問一答，如同一部傳奇，章節越來越引人入勝。
問：中國共產黨反對派即「托派」最終目的如何？
答：世界革命。在中國需要解放民眾，提高勞動者生活，關於奪取政權，乃當然的目的。
……
問：與皖湘閩贛等省共黨不能合作，是否因政策不同？
答：是。
……
問：被捕十人中，有幾人認得？
答：以政治犯資格，不能詳細報告，作政府偵探，只能將個人情形報告。
陳獨秀真乃幽默大師，估計說完這句話，胡問的法官怕也忍俊不禁了。但人家正在扮演正義的化身，遂壓抑住笑意，貌似生氣地發問：「何以要打倒國民政府？」
這下可正中下懷！陳獨秀遂慷慨陳詞：
這是事實，不否認。至於理由，可分三點，簡單說明之：
一、現在國民黨政治是刺刀政治，人民既無發言權，即黨員恐亦無發言權，不合民主政治原則。
二、中國人已窮至極點，軍閥官僚只知集中金錢，存放於帝國主義銀行，人民則困苦到無飯吃，此為高麗亡國時的現象。
三、全國人民主張抗日，政府則步步退讓。十九路軍在上海抵抗，政府不接濟。至所謂「長期抵抗」，只是「長期抵抗」四個字，始終還是不抵抗。
根據以上三點，人民即有反抗此違背民主主義與無民權實質政府之義務。
4月20日上午第三次開庭時，前來觀賞陳獨秀精彩表演的觀眾爆滿——「旁聽席上，已無地可容」。看客盈門，陳獨秀格外來勁，這一次，他對強加在頭上的「危害民國」罪名，抗辯得最有道理：
謂我「危害民國」，因為我要推翻國民黨和國民政府。但是我只承認反對國民黨和國民政府，卻不承認「危害民國」。因為政府並非國家，反對政府並非危害國家。例如滿清政府，曾自認朝廷即國家，北洋政府亦自認代表國家，但是孫中山、黃興等，曾推翻滿清，推倒北洋政府。如謂推倒政府就是危害民國，那末國民黨豈非