無論張作霖讀沒讀過李氏的《獄中自述》，他不可能不知道李大釗的這番自白。殺與不殺，曾讓張作霖極為躊躇。
據當時《世界日報》載，4月6日當晚，張作霖便在其家中（即原順承王府）召集會議。那一天，「張氏主張從寬處理，不究隨從」，「趙欣伯、楊宇霆、陳興亞、張學良、於國翰各要人，亦均主張寬大主義」——須記，陳興亞正是白天帶隊前往東交民巷執行抓捕任務的警察總監，其他幾位，也都是奉系的主要人物。
看來，事情似乎朝著有利於李大釗等人的方向發展。
北京九所大學的校長們當晚也聚在一起。李大釗雖為北大教授，卻在京城的多所國立大學兼課，是北京教育界的領袖級人物。校長們知道，這次政府以軍方出面辦理此案，若按軍法從事，李守常先生恐凶多吉少，故決議：李大釗系文人，請政府將此案「交法庭依法審訊」。4月9日，九校校長代表特意拜訪了張學良，請他向其父為李大釗緩頰。
三天後的4月12日，也就是南方發生血腥的「四一二」反革命政變的同一天，北京二十五所學校的校長們發表書面聲明，呼籲政府「取寬大主義」，將此案交法庭審理。面對一個殺氣騰騰的軍政府，首都高校的校長們也算有風骨。
北大的同事們更是奔走相商。且讀當事者的幾則回憶文字：
我聞訊從西郊趕入城內訪章行嚴先生，願與章老一同出面將守常家眷保釋出來，俾守常少牽掛之念，至於守常本人在勢不能免於一死了。惜章老不同意，自稱與楊宇霆交好，他可保守常亦不死。
這是梁漱溟先生告訴世人的當時經過。與李大釗「至熟至熟」之小梁老師，其擔憂是很有道理的。落入發誓「討赤」的奉張之手，反奉的頭號「赤黨」首領必遭死劫，所以他們能做到的，就是把守常兄的家屬保釋出來。
但章士釗的自信也是有根據的。楊宇霆乃張作霖的頭號心腹，說一不二的安國軍總參議，他若肯出面向張求情，老張是不會不給面子的。於是，章士釗找到楊將軍，兩人反覆討論了營救李大釗的辦法。他請楊將軍轉告張大帥：
切不可為一時意氣，殺戮國士，而遺千載惡名。
據後來和章士釗離異並帶孩子們去歐洲定居的吳弱男女士說，當年，章士釗不光找過楊宇霆，還找了張作霖的長子、安國軍第三軍軍團長張學良：
行嚴聞訊返北京，企圖設法轉機。先見張學良、楊宇霆陳說，謂共產主義在國內猶在空洞談論經濟理論階段，不宜窮治，可判彼等有期徒刑，准彼等帶《資本論》等書籍，移押瀋陽監獄；情節較輕者，可徑行開釋。如此既可遏止黨人活動，亦可免生枝節。
學良首肯，楊亦同意，於是，入見張作霖。……
雖說張作霖的總參謀長和大兒子都答應幫忙了，不過，當過上一屆政府總長和秘書長的章士釗仍放心不下，因為——
以鄰葛（楊宇霆字）之悍，亦為之浩嘆不置！
可見，老友李守常實在凶多吉少！
軍政府體制內的重量級人物也在為李氏求情了。安國軍最高政治幕僚機構「政治討論會」的諸位政壇大佬開會決議，建議張總司令將此案交法庭審理，「依法處理，以彰公允」，即表明吾國乃司法獨立之國家。彼時，英美等國組成的法權委員會正在考察領事裁判權是否交還中國政府。在這個節骨眼上，若以軍法審判一位著名的思想界領袖，難免會給國家聲譽造成不必要的影響。已是國民黨地下同盟者的楊度正是政治討論會的會員，此冠冕堂皇的理由的提出，顯然與他有關。
4月11日的《晨報》上，披露了最近一次政治討論會的決議：
（此案）較為重大，各國觀瞻所系，若非正式交付法庭，而僅由軍法審判，其結果將貽法權委員會以「領事裁判權不宜交還」之重大口實，實於國家前途貽害甚大。
會長梁士詒、委員楊度二人受委派到前順承王府去面陳理由。梁是當過袁世凱秘書長的多屆政府的「財神爺」，楊度則是從慈禧太后時代起即主倡「以法治國」的國內數一數二的大才子。二位素有嫌隙的政壇巨子，為了李大釗，聯袂而動。因涉及司法，他倆還拉上了司法總長羅文干同行。
張作霖被一波又一波的訪客弄得心煩意亂，舉棋不定。北洋時代，沒有一個政治人士的被捕會攪起如此軒然大波。蘇俄在國內組織大規模抗議他倒蠻不在乎，有兩個國民為李氏上書求赦的事他也不看在眼裡，他在乎的是首都「智識界」的人心所向。
頗得言論自由的各大報紙，一時間說三道四：有的對李大釗的人格和學問表示欽佩，勸當局不要輕易處置這樣一個人；還有的主張終生監禁李大釗，讓其在獄中寫作；當然，也有主張殺一儆百的。
處事一向果敢的張雨亭（張作霖），竟一時不能拍板明斷！思量了十幾天後，終於發話了：
此事不可獨斷，須與京外十一將領商量。
於是，他按章士釗的建議，為了讓各將領單獨表達意願，「不以聯銜通電方式」，而是分別發函給正在前線與北伐軍作戰的安國軍副總司令兼第一方面軍軍團長孫傳芳、副總司令兼第二方面軍軍團長張宗昌、第四方面軍軍團長韓麟春、第五方面軍軍團長張作相、第六方面軍軍團長吳俊升和唯一不是奉系的第七方面軍軍團長褚玉璞等部將（第三方面軍軍團長是張學良，時在北京），以及「十四省討賊聯軍」總司令吳佩孚、晉軍總司令閻錫山等人，徵求他們對「黨人案」的處置意見。
很快，前方即紛紛回電了。被李大釗稱為「弱男吾友」的章夫人哀傷地寫道：
不久，十一將領聯名電至，堅稱李等並非空談理論，應對罷工罷學負責。於是守常等終於犧牲。
還有報道稱，七位主要的被徵詢人中，只有晉軍的閻錫山沒有複電。過後人們才知，「閻老西兒」當時正在與蔣介石暗通款曲，準備「赤化」了，哪還會同意殺一個「赤黨」的「巨魁」？還有一位主張「法辦」，即交法庭審判。其餘五位，全回覆「嚴辦」！尤其那位正在魯南戰場節節敗退的張宗昌，甚至怒氣沖沖地反問老上司：
前敵將士因討赤而死者不知若干，今既獲赤黨首要人物而不置諸法，何以激勵士心？
於是，張作霖不再猶豫，頒發了「殺無赦」的命令。
李大釗是直言不諱並組織民眾欲推翻現政府的政治領袖，還是深度介入國內戰爭的蘇俄的忠實代理人。這樣一個人落入統治者之手，其生死完全取決於最高當局對國際和國內、歷史和現實的考量，這與他在獄中表現如何是沒有直接關係的。
還有一種說法，一直被當真事兒引用，即蔣介石與張作霖合謀殺害了李大釗。其源頭為尚是左翼的國民黨機關報《民國日報》上的一則假消息：
蔣介石又密電張作霖，主張將所捕黨人即行處決，以免後患。
北京的《晨報》轉載此文時，為慎重起見，將蔣氏之名改為「南方某要人」。不過，由此，已經在上海發動過「四一二」政變的蔣氏成了千夫所指的對象，眾口鑠金，自此被共產黨人認定是李大釗烈士遇害的幫凶。
「寧漢分流」後的國民黨中央機關報，顯然是在栽贓蔣氏，為達到左派們的政治目的，不惜公然捏造出如此不合情理之「新聞」來。
事實是，北京政府搜查蘇聯使館後的第二天，正率大軍「北伐」的蔣總司令即致電齊爾內赫代辦表示慰問，這自然很讓張作霖惱怒不已。北洋軍閥分不清國共兩黨有何區別，尤其張作霖，深知若無蘇聯人的全力支持，廣州的割據政權哪會一下子有了這麼強大的力量來攻打中央政府？擁有強大軍事力量的蔣介石是比大學教授李大釗更為可怕的「赤化」代表，他老張哪會為殺一個自己管制下的教書匠而專門去試探一下敵軍總司令的意思？
矢志反對外來勢力的「赤化」，是被傳統文化養大的中國統治者的天性，尤其當自己的政權受到嚴重威脅時。相信並認定「蔣、張合謀殺害李大釗」說，只不過是當時國民黨左派和共產黨人的一種心理需求而已，即以張作霖為代表的老軍閥與以蔣介石為代表的新軍閥都是反「赤」的一丘之貉。
4月28日上午10時，安國軍總司令部、京畿衛戍總司令部、京師高等審判廳、京師警察廳諸方面組成軍法會審，在警察總監的會客室里開庭。由安國軍政府位列總司令和總參議之後的第三號人物、軍事部長何豐林將軍親任審判長。經七十分鐘的審理，法官當場依法向李大釗等案犯宣讀了判決書。軍法會審所依的法是《陸軍刑事條例》第二條第七項，即戰爭期間，平民「勾結外國人或附從陰謀意圖紊亂國憲及煽惑內亂者」，雖非現役軍人，亦可按此法審判。
當天過晌，五輛刑車將「黨人案」的二十位被判處絞刑的人犯押往西交民巷的京師看守所。大型絞刑機上的兩個索扣與二十口事先預訂的棺材都在那裡飢腸轆轆地等待著吞噬鮮活的生命……
慘淡黃昏降臨的