因李大釗及中共組織的存在，北方的罷工事件空前多了起來，其中最著名的即民國十二年（1923年）京漢鐵路全線的「二七大罷工」。李大釗為首的共產黨北方區委領導的這次罷工，以共產黨員林祥謙和施洋二人被吳佩孚下令處決而終止，為此，李大釗與當年最要好的同學白堅武不復往來。當年「北洋三傑」之一的白堅武棄筆從戎後，一直在直軍將領幕府，時任吳佩孚的直魯豫巡閱使署政務處長。李大釗和蘇聯人與吳佩孚建立聯繫，靠的正是白氏的引薦。蘇聯人在外蒙和中東鐵路的禍心終被白同學和吳大帥看清，喋血的「二七」大罷工更加深了吳氏對蘇聯人及其代理人的憎恨。蘇聯人通過李大釗開展的「聯吳」工作，至此徹底失敗。
蘇聯人自此專心「聯孫」，為此，派來了前駐柏林的共產國際特使米哈伊爾·馬爾科維奇·鮑羅廷（Mikhail Markovich Borodin）。
鮑羅廷抵華後，先在北京與李大釗接頭，由李介紹南下廣州見到孫中山，被孫聘為國民黨首席政治顧問。是年，李大釗一年之內，四赴上海，兩下廣州，風塵僕僕，著實奔忙！在廣州，他第一次參加了本黨的代表大會，即中共「三大」，這也是首次由「地下」轉入陽光下召開的中共黨代會；還是在廣州，他被孫中山指定以主席團五位成員之一的身份參加了國民黨第一次全國代表大會。在廣州待了整整兩個月後，他才於民國十三年（1924年）早春回到北京。不知離開京城這麼長時間，他的本職工作是如何安頓好的，因為他不僅在北大教學，還在北京若干所高校兼課。
成為國民黨中央執行委員的李大釗，似乎專心於黨務工作了。很快，國民黨北京特別市黨部、天津市黨部和直隸省黨部都成立起來。
然而，因張國燾的被捕，一紙通緝令終使李大釗不得不放下所有的工作，迅速逃離北京，隱匿於家鄉附近的昌黎五峰山。
6月9日，直系政府內務部向全國各省長、都統、鎮守使、護軍使發出通緝令，即所謂「海捕」：
查李大釗充膺北京大學教員，風範所關，宜如何束身自愛，乃竟提倡共產主義，意圖紊亂國憲，殊屬膽玩不法。除張國燾等先行呈明大總統分別依法判決外，其逸犯李大釗等相應咨行貴部查照，轉令嚴速查拿，務獲歸案訊辦，以維治安，而遏亂萌。
原來，是張國燾供出了「國民黨內共產派」的「北方首領李大釗」。李大釗不知得何人報警，竟於被抓捕的當日，即帶上兒子李葆華化裝出逃。
避難的日子裡，妻子曾捎信讓他托白堅武通融政府解除通緝令，被他拒絕了。未過幾天，他接到中共中央通知，以中共首席代表的身份去蘇聯參加共產國際第五次代表大會。於是，他化裝成生意人的模樣冒險返回北京，與其他幾位代表見面後，分頭乘火車前往哈爾濱，復經滿洲里，在族兄家小住數日，便乘三駕馬車於深夜偷越國境。這一去，就在「全世界無產階級的共同祖國」待了五個月，直到受蘇聯人暗中支持的馮玉祥成功倒戈，直系政府被馮氏、奉張和段祺瑞三方合作的新政府取代之後，有關他的「海捕令」自然失效，他才敢返回國內，成為蘇聯人與馮玉祥之間最重要的使者。
但沒過幾年，馮、奉反目成仇，國民軍與奉軍在直隸爆發戰爭。為力挺「赤化」了的國民軍，「反奉」就成了李大釗的主要工作。
民國十四年（1925年）10月底，李大釗任書記的中共北方區執行委員會和共青團北方區委聯合發表《致中國國民黨黨員書》，呼籲友黨同志們「幫助國民軍促成反奉各派武力的大聯合」：
現在的策略，必須促成打倒奉系軍閥的勝利，以至最後完全消滅奉系軍閥。
他越來越深地介入了軍閥的內戰之中。
是年11月下旬，奉軍前線將領郭松齡與馮玉祥密謀於天津後，突然回師討奉，自命為「東北國民軍」。其誓師的地點，竟又是當年李大釗恩師發動反清起義的灤州火車站！郭氏叛亂的背後，就有模糊不清的李大釗和蘇聯武官的身影。
正在郭氏的倒戈戰爭進展順利之際，李大釗等人在北京發動大學生們掀起一場以推翻段祺瑞政府為目的的「首都革命」。學生與部分工人編排成隊，包圍了執政府與段祺瑞住宅，準備將段執政抓出來公審。政府的一再忍讓更激發了民眾領袖和學生們反政府的鬥志，也為日後以更加激烈的手段衝擊政府埋下了可怕的伏筆。李大釗領導的這場未遂的平民政變，以國民軍拒絕響應而失敗。憤怒無處發泄的大學生們一氣兒搗毀了三位政府高官的私宅——李大釗的恩人與好友、時任教育部總長的章士釗的家，京師警察總監朱深和財政部總長李思浩的家，也都成了學生們發泄愛國義憤的地方。
「首都革命」流產之後不久，郭松齡的倒奉戰爭也以他與妻子雙雙被俘並遭處決而告終結。時已1926年1月。民眾領袖們在京發起了「反日討張聯盟」，在中央公園社稷壇為郭氏舉行了追悼大會，李教授親自登台演講，痛斥奉張，痛悼郭氏。
李大釗的越來越激烈的親蘇反奉言行，傳到張作霖那兒，無疑都被捻成了一根越來越粗的繩子，兩年後，正是這根繩索勒死了他。
緊接著，「大沽口事件」傳回京城。李大釗等人發起了聲勢浩大的「國民運動」。在家中，在北大，在蘇聯大使館的某個房間里，在國民軍的某位將領的辦公室中，他密集約談，頻繁奔波，真正成了章士釗所說的「發蹤指示」的幕後指揮者。對了，那時，他已經和在段祺瑞執政府任秘書長的章士釗斷了往來，但與其夫人吳弱男女士繼續保持著良好的友誼。
載入史冊的1926年3月18日那天，李大釗公開露面了。不過，形象頗為不佳。
當天上午10時在天安門前舉行的「北京反對八國通牒國民示威大會」上，李大釗並沒露面。在大會上講話的是國民黨北方負責人徐謙、顧孟余等。中午，遊行隊伍與執政府衛隊對峙時，也沒人注意李先生的到來。衛隊開槍後，遊行示威者轟然而散，有一位五十多歲的亡命者躲到了執政府大門對面的大影壁後，此影壁東西兩邊，各有執政府衛隊旅的一座馬號。無意中，這位老先生看到了李大釗：
……我竄入西馬號時，見李大釗亦在彼處，狀極狼狽。李先我而出馬號，其時槍聲稠密，李如竟向前奔，亦極危險。
還有人寫道，像許多急於逃命的人一樣，李大釗的「鞋、帽、眼鏡都失落了」，臉上、手上都沾有血污。這位著名的民眾領袖只能像其他亡命者一樣，光著腳順著大街往南逃去。
然而，1979年人民出版社出版的《李大釗傳》里的描寫，與這位親歷者見到的完全不一樣，其繪聲繪色的文字稱：
大釗同志在請願隊伍從天安門出發的時候，親自打起一面大旗，走在隊伍的最前面。流血慘劇發生，國民黨的徐謙等人即跳牆而走。大釗同志雖然頭部和雙手都負了傷，並曾一度被捕，只因回答機警才得脫險；但卻仍舊從容不迫，鎮靜地指揮和掩護群眾退卻。
我讀過的「三·一八」當事者的原始回憶文章，沒有找到類似的記錄，不知「權威」們典自何出。倒是李大釗手下的中共北京市委常委趙世炎等人做過這樣的事：在趕回蘇聯使館後，趙世炎向李大釗彙報說，槍響後，他越牆而出，巧遇蕭子暲（即蕭三，蕭子昇之弟）、劉伯庄同志，「我們把黨、團員組織起來，並聯絡群眾中的積極分子，編成救護小組，分別把負傷的群眾送往附近醫院」。把手下人乾的好事「上調」到領導頭上，如同「文化大革命」時把朱德的扁擔「下放」到林彪肩上，荒誕，但卻真實。「歷史為政治服務」體制下的「歷史」往往會與歷史事實相去甚遠。
「三·一八」第二天，李大釗就和徐謙、顧孟余等人遭到執政府通緝。他們不得不關閉了在翠花衚衕里的國民黨北京特別市黨部，都退縮到蘇聯使館的舊兵營里藏身。徐謙本來就是馮玉祥政變後應邀到北京主持庚款委員會的人。奉張攻入北京之前，徐、顧等人藏在蘇聯使館的小卧車裡，平安轉移至京城西北郊的國民軍防地，後又退至蘇聯境內，輾轉海參崴南下廣東。而李大釗則留守在東交民巷，並陸續將若干國共兩黨北方區的骨幹人員安排入內。
按國際慣例，使館區是外國人的領地，未經許可，駐在國的國民不得入內，尤其是根據《辛丑條約》的規定，中國人不得攜武器擅入使館區，失意的軍人若進入其間避難，無論是棲身哪家使館，還是入住六國飯店或醫院，必須解除武裝。洋人們深恐戰火殃及到他們身上。所以，東交民巷就成了北京的落難巨子們的避風港，一有風雲變幻，他們就會跑來避禍。清末，變法失敗了的康有為和梁啟超去過；民國以後，前來請袁世凱南下當大總統的蔡元培等南方代表們被亂兵嚇得去過，遭直系軍閥威逼的黎元洪去過，被馮玉祥的國民軍追捕的段祺瑞去過，被馮的大兵轟出皇宮的遜帝溥儀去過，被段祺瑞統帥的各路大軍討伐的復辟禍首「辮帥」張勳也去過