由於馮軍的又一次反叛，被各方擁戴出山的段祺瑞一夜之間成了「革命」的對象。執政難以為繼，老段只好率眾要員撤出北京，同車離京赴津的隨員中，也有章士釗。
也許，直到此時，黯然神傷的章士釗才會一遍遍想起已經過世的楊昌濟對自己的奉勸吧？他的睿智的老友早就頗有先見之明地忠告過他：
政治漩渦中誠非吾輩所應托足，無補國事，徒有墮落人格之憂。……軍閥政客，皆不當與之為緣。不當迎合惡社會，當造新社會；當築室於盤石之上，不當築室於沙石之上。吾輩救世惟賴此一支筆，改革思想，提倡真理，要耐清苦，耐寂寞，望幡然改圖，天下幸甚！
章士釗離開了北京，也自茲離開了政壇。
寫完那幾篇著名的文章之後，教育部僉事周樹人也辭了公職，攜心愛的女師大學生許廣平離開了北京，把母親和妻子朱安女士留在了京城白塔寺下的那座小院兒里。與章士釗的這場鬥爭使他心身交瘁，以致在給老母的信中還曾承認被章氏氣得吐血。
不知魯迅能否知道章士釗在之後四十幾年裡一直忍受著他的責罵，而章的女兒竟也因了他的文章遭到過同學們異樣的目光。
章含之回憶過，老師在講解課文《紀念劉和珍君》時，說到章士釗如何鎮壓學生運動，這使得十六歲的共青團員章含之如坐針氈。儘管爹爹（湖南人對父親的稱呼）是中央文史館館長和全國人大常委會委員，但她認為有這樣的父親是自己終生的恥辱！放學後，她氣沖沖地跑回家責問爹爹：「當年你為什麼要迫害魯迅，鎮壓學生？」
章士釗只是平靜地看著女兒，說：「一個人的功過是非，歷史自有公論。現在對你講，你聽不懂，也聽不進去。我和魯迅之間，有些事情是誤會，你長大後自己去讀歷史，自己去判斷吧！」
其實，毛澤東並未把「章魯之爭」看得多麼不得了。某天讀完英語後，毛澤東就對他的「小章老師」說起過其父章士釗。偉大領袖諄諄教導章含之說：
你父親一生做的好事很多，歷史上做過幾件錯事，那是很早以前的事。他當教育總長，不喜歡學生鬧事，雇了一批老媽子硬是把罷課學生架出去了，學生有氣，砸了他的家。至於和魯迅打架，你也不要太認真，打架嘛，總會言過其實。
毛澤東曾嚴厲地警告劉少奇：「凡鎮壓學生運動的人決無好下場！」但他對北洋時代的學潮卻又是這番說辭。可見，毛澤東既能理解當時章士釗對學生的無奈做法，也已明白魯迅的「言過其實」。聯想到近年親歷者披露的毛澤東對「魯迅若活到現在」的預測（「要麼在監獄裡寫他的，要麼不說話」），不是很可以讓人們了解最高領袖對學潮和學潮領袖的真實認識嗎？也許，出於維護魯迅的神聖形象考慮，毛澤東的話才未變成章氏的平反決議公開發表，所以，一屆屆中學生們也就照常在課堂上大念「痛打落水狗」。
魯迅對論敵的態度是「一個都不寬恕」，而章士釗對被捧為新「文聖」的魯迅是什麼態度呢？章含之告訴我們，老人生前儘管藏書甚豐，但書架上一本魯迅的書也不曾有。女兒大惑不解，他是這樣回答的：「你看，我一本白話書都沒有。」
倒是在全國政協會上，他不得不與許廣平女士比肩而坐，因為在按姓氏筆畫為序的官場，他的「章」與繁體的「許」恰好都是十一畫，所以，當年的教育總長和學運領袖便每每相逢一笑，然後，鄰座議政。只是，各自的心事就無人知曉了。
北洋時代後期，章士釗的身影在政壇上消失了，但他又回到了理論界的前沿陣地。他在復辦的《甲寅周刊》上，不斷對時政發出自己的聲音。
彼時，國民黨正氣勢洶洶地殺將過來，眼見得人家要勝利了，這位曾是孫中山和黃興諍友的「孤桐」先生卻話鋒直指國民黨從蘇聯人那兒學來的「以黨治國」。
他說：中華民國，是人民之國，不是革命黨的私產。
他說：一國之中，從政只許一黨；一黨之眾，所奉只許一義，這不是政黨政治。
他說：政黨必須是在憲法範疇內公開活動的政治團體，政黨必須要有自己的對立面，政黨要有「黨德」。
這種對成功者直言不諱的批評，實在點破了國民黨何以難以成大氣候的要害，也為中國民主政治的走向指明了一條道路。
遺憾的是，歷史從來都是成功者書寫的，章氏的那些超前的救國理論非但沒被後來的執政者所重視，反倒拿他當了通緝犯！他只好籌款三赴歐洲，遠離中國，也遠離政治。
這一次，這個精力旺盛的學者竟迷上了弗洛伊德的精神分析學！他具體地考證出，「仁、義、禮、智、信」居然都與兩性有關！
他那一套，在中國實在吃不開啊！所以，從東北輾轉抵滬以後，他竟成了無所事事的閑人！幸有上海灘聞人杜月笙，一代國士才有了固定工作。
杜聞人十分謙遜地降階以迎，章士釗用「久仰久仰」一類客套話掩飾著自己的尷尬。堂堂的章某人，竟淪為一個幫會頭子的清客，他無法不尷尬。當初袁世凱請他擔任憲法顧問他沒答應，請他當北大校長他不幹，現在卻淪為一個名聲不佳的「地頭蛇」的代言人，誠所謂此一時，彼一時也。
這段律師生涯最為人稱道的，當是他義務給舊友陳獨秀擔當辯護律師。民國二十二年（1933年）4月20日，亦即章士釗從事職業律師不到兩年，他走上了江蘇省高等法院審判廳的辯護席，給委託代理人陳獨秀當起律師。陳獨秀把國民黨的審判廳當成了自己的講堂，而章士釗也把那裡當成了表現思維與辯才的舞台。他與陳的辯護詞一併成為東吳大學的教材。蔣介石顯然沒料到，一場公開審理的「危害民國案」會如此成全陳獨秀和章士釗。
服刑中的陳獨秀曾託人要章士釗寫一條幅製成屏風以便獄中解悶，章士釗欣然從命。想起共患難時的情誼，寫下「三十年前楚兩生，君時捫虱我談兵」的趣句。無論陳在獄中還是出獄後，他都曾捎錢給陳，供其購書或補貼生活。在重慶時，章曾將自己一個月的薪水全部寄給了困居江津縣的陳獨秀，令陳大為感動。
下野的北洋人士一向是日本人誘降的首選目標，上海淪陷後，章士釗也被他們盯上了。但章士釗與大部分北洋舊僚一樣，不屑與倭人為伴，他便像當年逃離袁世凱一樣，又一次悄然失蹤。這一次，是那位政治傾向模糊的杜月笙幫了他。
他先往香港，後到重慶，抗戰勝利後還曾和前來陪都與蔣介石談判的毛澤東相見。面對已經擁兵百萬的毛潤之，他居然在紙上寫了個「走」字，意思是勸毛不要相信蔣介石，趕緊離去。不知那一次毛澤東是否會被這位前輩鄉賢的三國人物一樣的天真之舉逗樂了，但章氏的忠憫之情卻如冰心玉壺。
回到上海，重操舊業，這回是忙著給他的老友、曾任段祺瑞執政府秘書長的梁鴻志當起辯護律師。梁乃汪精衛漢奸集團里的頭面人物，自然不得好死，但章士釗卻一直儘力幫助其遺屬，梁的遺腹子甚至在章的家裡住了十年之久！可見其古義士之風。此外，他還當過另一位巨奸周佛海的辯護律師。
也許，正是看重他與中共領袖毛澤東的交情，民國三十八年（1949年）年初的中華民國代總統李宗仁才委託他與其他幾位有影響的人物以私人身份前往北方與中共和談。在石家莊，章士釗又一次見到了毛澤東。4月初，他成為南京政府和談代表團的成員，隨團長張治中將軍去了北平，之後再也不肯回滬。
他一個人去了香港，把三位夫人都留在了上海。
他與那位頗為不凡的吳弱男女士早在民國十八年（1929年）就已離異，因為吳弱男知道他私納了一位青樓女子為妾，此女即奚女士。太平洋戰爭爆發前，杜月笙又給他介紹了一位年輕的戲子，即殷某，章愛不釋手，便再娶為側室。時丈夫六十又四，而新夫人年僅二十六歲。
章含之說，吳弱男帶三個兒子在歐洲生活了很長時間，第二次世界大戰爆發後才回到上海，她一直是歐洲淑女的裝扮。每月來章宅樓下會客室與前夫相見一次，聽說還與那位後來定居香港的殷夫人互有來往。但奚夫人卻從來不與自己的前後任接觸。
不過，章含之也不是章士釗與奚夫人的親生骨肉。幾年前從一本上海文史刊物上讀過章含之的身世：她生母是一位非常漂亮的賣「康克令」金筆的營業員，被當時駐軍上海的一個軍閥的公子看上，遂暗結良緣。但因雙方地位懸殊，雖女子已生有幾個月大的嬰兒（即章含之），男方仍未將其娶回家，女子一怒將男方告上法庭。章大律師被聘為辯護律師，在為女子索得巨額補償後，也接受了原告的委託，將嬰兒帶回家領養。
似乎章含之女士現在已不諱言自己的身世。有文章稱，她曾在1983年在上海愚園路生母家中待了三個月，母親怕鄰居告發自己在家搓麻將（那時打麻將是違禁的），竟讓有很大身份的章含之敲打餅乾筒為之掩護！這位不幸的老太太很為有一個外交部長女婿而驕傲