何伯權是在焦躁和無奈之中漸漸落入下風的。他是一個勇於學習的人，當一個問題開始冒出來的時候，他會迅速地去找出一個辦法，然而直到他離開樂百氏其實都沒有想出足以對抗娃哈哈的戰略方案。在某種意義上，這種無力感也是促使他痛下決心黯然離去的內在因素之一。有一段時間，他對宗慶後的營銷模式到了入迷的地步，甚至不憚於亦步亦趨。譬如，樂百氏曾多次試圖建立聯銷體而未果；1998年以後，娃哈哈一推新產品、一搞新促銷、一請明星代言，數月後樂百氏肯定貼身跟上；在公司決策設置上，娃哈哈沒有設副總裁而樂百氏也不設。這一方面展現出何伯權豁達從容的一面，在另一方面卻也造成了某些戰略實施的滯後。在很多次旺季促銷中，樂百氏常常因喪失先機而被動，始終處在防守與跟進的境地。
市場競爭的失利，使何伯權開始從制度的角度反思企業的戰略設計和運作結構。1998年，他宣布花1200萬元聘請麥肯錫顧問公司。這是當時國內最為昂貴的一個戰略諮詢項目，何伯權的大手筆一時又引起了傳媒的注目。
麥肯錫以戰略設計聞名於世，何伯權顯然希望藉助這位洋諮詢之力從根本上重建樂百氏。麥肯錫派出6位專家駐紮在何伯權辦公室的對門，半年後，他們遞交了一份近300頁的題為「造就一個中國非碳酸飲料市場的領先者」的報告。據稱這份洋洋洒洒的報告主要涉及今日集團目前狀況的評估及目標，下一步有哪些路可以走，建議決定選擇哪些路，怎樣去運作等等。
何伯權用「超值」兩個字來評價這次諮詢，他說：「1200萬元是很值得的一個投入，它使我們今後發展的思路清晰了很多。一年下來，今日集團從方向來說，基本上都是按照報告建議的方向在運作，像資金準備、組織結構和市場策略等。」然而，從日後的企業運作來看，這份超長的「實戰大全」式的報告並沒有給樂百氏帶來實質性的效應，至少從日後的實際效果來看，何的這段話並非是由衷之辭。
這一年底，何伯權又與SAP、OR Partner等公司就實施EPRR/3系統項目簽訂協議，其投入據說也超過千萬元。按何伯權的設想，通過這些舉措重新創建企業的現代管理構架，其縱軸是麥肯錫提出的「造就一個中國非碳酸飲料市場的領先者」的戰略方向，橫軸平台是SAP提供的EPR
R/3慣例系統，而核心則是「今日」不斷完善的管理營銷方法，何伯權的決心之大可見一斑。就這一代中國企業家來說，對新觀念及新模式的接受在心態上並不存在什麼障礙，其優劣之別僅在於執行力的高低而已，而對具體的企業經營目標而言，還有什麼比執行力更為關鍵呢？
在嘗試內部制度創新的同時，何伯權也開始謀求資本市場的支持。他認為，娃哈哈通過與達能合資取得巨額的運作資金，是其戰勝樂百氏的重要因素之一。何伯權與歐洲最大的飲料食品巨子瑞士雀巢公司進行了長達一年的秘密談判，其間還接觸過百事可樂、可口可樂等多家跨國公司以及摩根斯坦利、美林、高盛等全球最大的投資機構。然而到2000年3月，當他宣布樂百氏的合資夥伴時，仍然讓全國媒體一片嘩然：出現在樂百氏合資名單上的竟然是當年與娃哈哈聯姻的法國達能公司。
據透露，達能與樂百氏合資包括以下內容：共同組建「樂百氏（廣東）食品飲料有限公司」，涉及樂百氏乳酸奶和瓶裝水兩個拳頭產品。合資公司由達能集團控股，樂百氏集團負責經營管理。樂百氏商標仍由樂百氏集團擁有，有償許可新成立的合資公司使用。達能對樂百氏一次性注入資金超過10億元人民幣。
何伯權這樣解釋自己的選擇：「我們是最先和雀巢進行談判的，但是沒有談成。
雀巢是很優秀的老公司，但有時候老就意味著不太靈活。我們與雀巢在管理權、商標、企業以後的發展上想法都不一樣。比如商標，雀巢要先100％買去，然後合資的是企業的廠房和設備等，這個是我們不能接受的，於是就沒有選擇雀巢。高盛等投資銀行跟樂百氏合作的目的是有一天賣掉企業，這對企業的未來也增添很多變數。達能公司則靈活得多，與它合作符合雙方的戰略利益。」
此外，跟達能的合作，其中最微妙而敏感的一部分便是與娃哈哈的關係處理。
何伯權是這樣對外表述的：娃哈哈是樂百氏最主要的競爭對手，與達能合資後，這種競爭格局不會改變，它只會更加良性，會把競爭的焦點放在消費者利益上。我與宗慶後先生是朋友，但在市場上亦互不相讓，只要雙方採取正當的競爭手段，在市場上可以狠狠地打。
何的這段表白，不偏不倚，無懈可擊。可是從營銷角度來講，所謂「消費者利益」可以有多種解讀。至少在達能方面來看，有很多種方式是它所不願意看到的，比如為了阻擊對手而被迫投入的巨額廣告費用以及刺刀見紅的價格戰。事實上，在樂百氏合資之後的一年多里，何伯權迅速投入巨額廣告，在各重點市場與娃哈哈展開了終端大爭奪，而其純凈水更是進行大幅度的讓利降價，使競爭的火藥味猛然變濃。宗慶後坦言，娃哈哈受到空前的市場壓力，營銷費用成倍增加而整個行業的利潤空間陡然變小。而在這樣的競爭中，樂百氏儘管在某些市場奪回了主動權，市場份額有所上升，可是公司的總體效益卻沒有隨著銷售額的增長而同比提升，反而呈下滑的趨勢。而今視之，這可能是何伯權在樂百氏犯下的「最後的錯誤」：他在獲得了巨額的資金後，並沒有進行充足的謀劃，在產品研發、人才儲備及階段性市場目標均準備不足的情況下，便貿然地與強大的對手展開成本高昂的終端爭奪和價格戰，從而加速了企業實力的消耗。
2001年8月，樂百氏被迫宣布進行組織結構的大變動，與何伯權同為創始人的楊傑強等4人均離開了原來的總監崗位，這次匆忙的改組被視為樂百氏發生地震的前兆。
何伯權曾對樂百氏的組織結構進行過解讀：改革前的樂百氏是按產、供、銷分成若干部門，再由全國各分公司負責營銷。為了完成銷售任務，分公司都喜歡把精力放在水和乳酸奶這些好賣的產品上，其他如茶飲料那些不太成熟的產品就沒下功夫，這對新產品的成熟非常不利。更糟糕的是，由於生產部門只對質量和成本負責，銷售部門只對銷售額和費用負責，各部門都不承擔利潤責任，其結果就變成了整個集團只有總裁一個人對利潤負責。
改革後，樂百氏採用了事業部制的構架：在總裁之下設5個事業部、8個職能部門和1個銷售總部。其目的是利潤中心細分化，瓶裝水、牛奶、乳酸奶、桶裝水和茶飲料等5個事業部每一個都成為一個利潤中心。同時減少中間層，集團的權力結構由以前的5人會議，變為1個總裁和14個總經理，成為一個更加扁平化的組織構架。
這樣的解讀有多少是出於何伯權的本意不得而知，而其可以被質疑的地方卻是不少。一個組織構架是否高效，需要兩個層面的考量，一是它的執行貫徹能力，二是面對競爭的整合應變能力。從其短暫的運營時間來看，這一變革的實際成效似乎不太大，反而有自亂陣腳之疑。
2001年秋天，財經傳媒突然傳出「娃哈哈與樂百氏可能親上加親」的傳聞。
《中國經營報》在10月18日的一篇報道中透露說：來自杭州的確切消息說，進入10月份，杭州娃哈哈公司正加班加點、緊鑼密鼓地忙碌著併購最大的競爭對手樂百氏，一旦時機成熟即對外發布併購的內容。
這一言之鑿鑿的新聞披露頓時在業界掀起軒然大波，各種猜測滿天亂飛，有說這是達能擴張戰略的新動作，有說這是娃哈哈與樂百氏心照不宣的強強聯合，還有說宗慶後與何伯權各有難言之隱。然而，就如同所有「見光就死」的併購傳聞一樣，這起結親傳聞在紛紛擾擾中註定了會成為一場無疾而終的嘴仗。
儘管娃-樂結盟的方案「胎死腹中」，可是關於樂百氏發生巨變的傳聞仍然沸沸揚揚。11月30日，一切傳言都在一則簡短的新聞通稿中塵埃落定：何伯權與楊傑強、王廣、李寶磊、彭艷芬這一曾被稱為「四龍一鳳」最佳組合的樂百氏創業團隊宣布集體辭職。
何伯權在最後陳詞中說，作為經營者，我們與控股方達能對公司今後的發展戰略的認識發生了嚴重的分歧，而公司今年的業績增長亦沒有達到預期的目標，為尊重大股東的決定，同時也與董事會權衡了利弊，才作出集體辭職的選擇。率直的何伯權面對媒體並不諱言：「對於目前的結果，合資當初真的沒想到。」然而，他還是找到了一個可以讓達能和自己都走下來的台階：這是中國加入WTO後上的第一課。
在何伯權的辦公室里一直懸掛著他的座右銘：「順逆一視，欣戚兩忘。」此句出自明人小品《菜根譚》，表達的是一種豁達從容的人生觀。何伯權離開那間他揮灑了全部青春時光的辦公室時，僅帶走了少量私人物品，其中之一便是這幅裝在鏡框里的書法。