在國共兩黨的夾縫中，他始終堅持獨立的民間立場，不僅不斷地批評當政的國民黨，也沒有放棄對共產黨的批評。1945年11月，他發表《質中共》社評，呼籲和平，《新華日報》第二天就發表《與大公報論國是》的社論，進行嚴厲駁斥；次年4月，他又發表《可恥的長春之戰》社評，《新華日報》則針鋒相對，於兩日後發表《可恥的大公報社論》，予以反駁。
據王芝琛介紹，在1948年王芸生應毛澤東之邀赴解放區之前，曾專門請人找來《解放日報》，翻看了其中王實味的《野百合花》一文。當時他說：「這就要挨槍子兒啊，那我過去豈不是要挨800個槍子兒？」
上世紀40年代曾有人這樣評價：「王芸生的文章為世人所傳誦。他立言的長處是常以國家為前提，而站在人民的立場，說一般人民所要說的話。」事實上，這也正是《大公報》的理念之所系。
其實，給予《大公報》最高評價者，恰恰是解放前的毛澤東。1945年，毛澤東飛抵重慶，與蔣介石進行舉世矚目的和平談判。期間，他曾兩次約見王芸生，單獨交談甚久。後來大公報館回請毛澤東，宴會後，毛澤東當場為《大公報》題詞：為人民服務