馬尾之役的慘敗，震驚全國，朝野均為之悲沮，更為舉國同憤不能寬恕的是駐在船廠的兩位大員的行為。福建海疆事務會辦張佩綸和船政大臣何如璋，竟然貪生怕死，臨陣脫逃，致使繼三號的江上全軍覆沒後，四號、五號在法艦的炮擊下，船廠因無人主持秩序大亂而損失慘重。
慈禧太后甚是惱怒，立即將張佩綸、何如璋罷官削職；過兩天，又將張佩綸薦舉徐延旭、唐炯的事加上一個「濫保匪人」的罪名，新賬老賬一起算，發往邊塞流放充軍。接著又將閩浙總督何璟、福建巡撫張兆棟一併解職，勒令致仕回籍，詔命東閣大學士、軍機大臣七十三歲的左宗棠赴福州督辦軍務，欲借他的聲威鎮撫東南，懾服法人。調楊昌濬為閩浙總督。同時下詔宣討法國罪狀，公開向法國開戰。
聖旨下到福州的時候，張佩綸尚躲在馬尾港三十里外的彭田鄉。
張佩綸在彭田鄉已經十一天了，這十一天里，他一直在極度的痛苦中度過。出事的那天下午，他被船廠協辦和一群工役攙扶著來到鼓山腳下，想在一家農舍里安頓下來，誰知那農夫聽說他們是船廠逃奔出來的，便不讓他們進屋。工役特別說：「這位是福建海疆會辦張大人。」那農夫冷冷地看了看張佩綸，不屑地說：「張大人我們也不接待！馬尾港打了敗仗，帶兵的大人應堅守陣地，士兵們死在沙場，你做大人的卻逃跑，有良心嗎？」
說罷「砰」的一聲把大門關了。
張佩綸受了這番指摘，滿臉羞慚，只得繼續向前走。又走了十多里，來到彭田鄉。吸取鼓山的教訓，他們不再找普通農舍而是去找鄉長。彭田鄉的鄉長是一名老紳士，聽了介紹後，對著衣衫不整的張佩綸十分鄙夷地說：「你就是那個號稱清流健將的張幼樵嗎？哼，你也有今天！想當年我的堂弟只因一個小小的過錯，你就上章糾彈他，工部為他求情，你硬是不罷休，一連三疏，終於害得他連降兩級。老夫還以為你是一個正派的人，原來你才是一個真正不負責任、不要人格的大奸佞。你滾吧，老夫家裡不能容忍你這個口是心非的清流！」
這一頓奚落，真的把張佩綸的臉面掃盡，恨不得去掘地以藏。
本來想離開彭田鄉，遠遠地走去，只是經這兩番辱罵，張佩綸心更虛，體更弱，實在不能再走了，幸而附近有一所尼姑庵，庵里只有一老一小兩個尼姑，都是膽小的女人，看來了一大群身著官服的男人，不敢阻擋，船廠的逃命者再也不敢打起張大人的牌子了，胡亂在尼姑庵里住了下來。
第二天、第三天，張佩綸接連打發人去船廠探聽消息，晚上回來時都說，這兩天法軍天天向船廠打炮，車間多半被炸毀，何大人沒有下落，其他管事的一個也找不到。
第四天晚上，派出的工役回來說：法國軍艦開走了，炮不打了，但船廠的人恨死了兩位大人，何大人借押送銀兩回福州離開了船廠。工役對張佩綸說，不要回船廠了，回去後會被人打死，不如乾脆在這裡呆著，過幾天再回福州去。
張佩綸昕到這些話以後，心裡有說不出的恐懼和悔恨。他知道自己的罪過太大了。法國的軍艦在馬尾二十多天，居然就輕信謊言沒有看出它的真正意圖，怎麼糊塗至此！
炮火一響，自己就驚惶失措，拿不出一點辦法，平日里那多主意都到哪裡去了，難道說對軍事的籌畫只能由安靜的書齋里產生，一到真刀實槍的戰場，就一點謀略都出不來了？尤其千不該萬不該的是，不該離開船廠，那天怎麼就這樣懵懂，這樣混賬！
張佩綸想到錐心的時候，捶胸打背，嚎啕痛哭！他想起僅僅只在三個月前，自己還是一位令人敬仰畏懼的堂堂都察院左副都御使，十多年裡，劾大員，糾顯宦，談洋務，議兵事，直贏得海內盛譽，天下聞名。說起張佩綸，誰人不稱讚是一個氣貫長虹、節如勁竹的清流名士？他的那些擲地有聲的奏疏，多年前便有琉璃廠的書商找上門，請求讓他們選擇其中一部分雕版付梓，刷印幾千份，好使那些敬仰他的人天天誦讀，張佩綸答應過兩年再說。倘若不是做這個背時的福建軍務會辦，來到這個倒楣的馬尾船廠，要不了多久，他就可以由副都御使而升都御使，由都御使而拜大學士，他的那些皇皇奏議，便會被千百萬士人奉為經典，惠及今時，澤被後世。
可是現在，一切都改變了，一切都破滅了。張佩綸想，他一定會遭到嚴懲，因為結怨太廣，仇家太多，那些人必定會羅織罪名，周納深文，甚至有可能被判處殺頭抄家。
至於那些金聲玉振般的奏疏，更會成為一堆廢紙，再也沒有人去理睬了。「張佩綸」三個字，從此以後將會成為「只會為文，不會辦事」，「口頭上的英豪，骨子裡的懦夫」等等的代名詞，千秋萬代成為士大夫的反面教材。
張佩綸這樣想來想去後，萬念俱灰，身如槁木，連起床的力氣都沒有了，一天到晚僵卧冷床，氣如遊絲，奄奄待斃。
聖旨到了福州後，會辦衙門的官員們四處查訪，終於在彭田鄉的尼姑庵里找到張佩綸。聽完聖旨，他暗自慶幸沒有殺頭，一絲生機又從體內恢複。他無理由也無臉面作任何申訴，叩頭謝恩完畢，稍過幾天便穿起囚服踏上戍途！一路上他時刻擔心，生怕再有後命。
果然不出他所料，不少人上折痛斥他，更有許多清流黨的怨敵，此時都要將他從戍途上召回，交刑部議決，處以立決。慈禧權衡了一下，沒有召他回京，只是將戍邊的年限由五年增至八年。
張佩綸剛披上囚衣，陳寶琛又中箭落下馬來。本來，馬尾之戰爆發前，因擅許賠償法人五十萬軍費一事，慈禧早已對陳寶琛不滿，戰火燒起來之後，陳寶琛又奉曾國荃之命巡視長江人海口及沿海防務要塞，督促加強戰備，防禦法國兵船從長江口打入。
陳寶琛在巡視過程中，親眼看到海防要塞軍紀渙散，防守鬆懈，將士們對從西洋進口的槍炮火藥的使用，懵然不知。軍中賭博之風盛行，有的通宵不眠，一夜之間的勝負達數百兩之多。營官剋扣軍餉幾成通例。更為嚴重的是，前線最高將官陳浞萎靡貪侈，險詐驕縱，不僅品性惡劣，而且才能平庸，當此非常之時，恐壞國家大事。陳寶琛回到江寧之後，把這些情況如實告訴曾國荃，豈料曾國荃不但不支持陳寶琛，反而指責他不該隨便批評前線將士，擾亂軍心。
原來，陳浞乃曾國荃的同鄉姻親，又是百戰沙場過來的生死之交。曾做山西巡撫時，陳為山西按察使。曾做江督時，又奏調陳為水陸馬步統領。陳的貪驕，曾不是不知，但陳是他的心腹，他有意維護。陳寶琛不知深淺，口無遮攔，曾如何不惱！
但陳寶琛依然秉他在京時的清流亢直之氣，認為不向朝廷如實反映，則有負太后的重託。聯繫到曾國荃平日的倚老賣老荒廢公事，陳寶琛憂心忡忡，於是給慈禧上了一道辭氣激烈的奏疏，在稟報江南海防的實情後筆鋒直指陳浞：「直視兵戎為兒戲，等紀律於弁髦。其才智足以濟其奸，貪權適以成其驕。在曾國荃不過任用姻私，失知人之明，在國家則直豢養無賴，釀玩兵之禍。臣若謬托和衷，坐觀成敗，於曾國荃則為姑息，於皇太后、皇上則為不忠。」
既已點到曾國荃，陳寶琛乾脆一吐痛快：「曾國荃自奉命督防以來，初尚踴躍，一人直境，日就頹廢，老病日增，志氣日挫。見賓客則卧榻而呻，談戎機則涕流而道，觀其愁苦龍鍾之態。幾若旦晚就木之人。若以為真耶，孱暮衰氣豈可臨戎；若以為偽耶，挾詐畏難豈非負國？」
陳寶琛這一道密折進京不久，便有平時用重金收買的宮廷耳目密報曾國荃。曾國荃、陳浞知道後，怒火萬丈。這些白刀子進紅刀子出的人對背後搗鬼的秀才恨之入骨，報復起來決不手軟。
曾國荃一面指使人上奏朝廷，無端給陳寶琛加上一個收受法國人五萬兩銀子的賄賂罪名，又無中生有地說陳寶琛在江南期間狎娼嫖妓，行為不軌，有傷風化。還有人上奏揭老底：保舉徐延旭、唐炯是張佩綸與陳寶琛的合謀；張既是濫保匪人，陳不應逃脫責任。
江寧城裡，曾國荃從此不理睬陳寶琛。所有會辦南洋事務大臣應該參與的事情，曾國荃一律不讓他參與，將陳寶琛晾在一旁，無事可做。陳浞更指使一些兵痞子在陳寶琛的住宅四周尋事生非，無理挑釁，弄得陳寶琛形影孤單，凄凄惶惶，日不能食，夜不安寢，處境尷尬，心緒煩亂，如坐針氈，如處火爐，狼狽至極！
這時，陳寶琛才悔不該來到江寧做曾老九的會辦，才知道清流只能存於京師，離開京師那個圈子，則孤立無援，寸步難行；也終於明白，世事的複雜，實事的難辦，遠非書齋里可以想得到的，至於忠誠正直、廉潔律己，這些書生們所推崇的品德，也只是在文章里才有光彩，而在現實世界中，它們並沒有多高的地位，更沒有絲毫的力量可言！
陳寶琛的迂腐，終於為自己招來苦果。慈禧採取對張佩綸同樣的手法，新賬老賬一起算，一道上諭，將陳寶琛連貶五級！
陳寶琛身心交瘁，心灰意懶，他也不想回京師去做一個低微的小京官，