第二天下午，刑部尚書潘祖蔭奉到聖旨，他展開恭讀：
潘祖蔭細細地研讀上諭，體味旨意。聖旨上講的是值班護軍毆打太監，否定太監兵丁互相口角一說，口氣嚴厲，要重辦護軍及其統領。太監屬內務府管，午門護軍屬步軍統領衙門管，按理應是刑部會同內務府和步軍統領衙門一道審辦，但聖旨既否定護軍統領岳林的上奏，排除護軍統領衙門的參與，且已申明嚴懲護軍。顯然，聖意非常明確，此事責任在護軍，太監無過，刑部應當遵照這個意思去辦理。倘若是一個普通的只會奉旨辦事的刑部尚書，按此去辦就行了，保證能得到符合聖意的嘉獎。但清流黨的第二號首領不是一個這樣的人。
中國歷史上曾有過不少太監把持朝政，干預國事，造成禍亂的現象，鑒於此，歷朝正直的大臣都主張對太監要從嚴管束，自己也從不與太監交往，明智的君主也知道整肅內宮的重要。滿人人關之初，是一個興旺發達的時期，順治帝曾為此專門鑄造了一個十三衙門鐵牌。
十三衙門即清初管理太監的機構。這個鐵牌上明文規定：「但有犯法干政，竊權納賄，囑託內外衙門，交往滿漢官員，越分擅奏外事，上言官吏賢劣者，即行凌遲處死，定不姑貸。」這條規定後來便成為整個清代禁止宦官干政的家法。相對於前代而言，清代在抑制宦官干政這一點上做得還是比較好的。首先破壞這條家法的，便是那位敢於藐視祖制的葉赫那拉氏慈禧太后，安得海出宮被斬後，她並沒有吸取教訓，改過自新，而是繼續重用太監。梳頭太監李蓮英這幾年就甚得她的寵信，去年已升為五品大總管了。
慈禧為何重用太監呢？野史上說，作為女人，慈禧喜歡那些閹割不幹凈的太監，因為他們身上還殘存著男人味。這種說法是想當然的。慈禧重用身邊的太監，其實也和歷代男性皇帝一樣，是因為她相信太監是自己的私人，可靠，尤其是利用他們來辦一些不能公之於眾的事情，最為穩當。
對於慈禧的這種行徑，朝廷中正派的官員們私下都有些議論，特別是那些激進的清流黨，更是對此痛惡不已。
憑直感，潘祖蔭覺得這樁鬥毆案，必定是太監失理在先，而慈禧又聽信了太監的一面之詞，借聖旨來發泄自己的滿腔怒火，同時也要借處理此事來樹立自己至高無上不可侵犯的權威。為了證實自己的分析，他親自提訊已被拘捕的玉林、忠和和祥福。提訊的結果，他的分析得到證實。
但內務府大臣恩良則要堅決按旨辦事。審訊不審訊都無所謂，玉林等人的陳述他根本就聽不進。作為內宮主管，恩良的這種態度是不難理解的，這是因為他不但要維護屬於自己管轄的太監們的利益，他更要藉此討好巴結他的頂頭主子——兩宮皇太后。在這種職務的官員眼中，向來是沒有什麼原則和國家的概念的。面對著這種棘手的案子和尷尬的局面，才華過人的潘祖蔭頗感為難。思索再三，他決定採取投石探路的方式。
第一步先上一折，將提訊玉林等人的情況上報。摺子上詳細記錄玉林等人的口供，試圖讓兩宮太后了解事情的另一面，希望她們在兼聽之後能變得明白起來。潘祖蔭請恩良會銜，恩良拒絕，他只得單銜上奏。幾天後，他奉到硃批：不可偏聽一面之詞，應從嚴從速審結此案。太后們接過潘祖蔭投過的「偏聽」之矛，反過來又投向潘祖蔭本人，弄得這位刑部尚書哭笑不得。
無奈，潘尚書只得採取各打五十大板的和稀泥的辦法，擬了一個懲處方案：護軍這邊，其頭目玉林責任較大，杖五百，罰去月俸三個月，祥福、忠和各杖五百；太監這邊，其頭目李三順責任較大，交內務府慎刑司責打五百，罰去月俸三個月，二愣子、小勾子各責打五百。
疏上，硃批責備刑部偏袒護軍，對玉林等人懲罰過輕。
潘祖蔭氣憤了。他在刑部衙門裡發牢騷：「既然刑部處置不當，皇上自己聖心獨裁好了，何必要借我們的口來說話！」
滿尚書文煜生怕因此得罪太后而丟掉頭上的紅頂子，他勸潘祖蔭：「伯寅兄，何苦為幾個護軍惹太后生氣。太后說輕了，咱們再加重點。」
文煜自作主張重新判決：玉林從重發往吉林充當苦差，祥福從重發往駐防當差，覺羅忠和從重圈禁三年。他也不給潘祖蔭過目，便以刑部的名義第三次上奏。
三天後，上諭下達：
對護軍處罰之重，對太監偏愛之深，不僅令潘祖蔭憤慨，令文煜意外，也令闔朝大臣不滿。連日來，六部九卿的官員們紛紛私下議論：明明是太監虧理在先，為何只指摘護軍一方？明明是太監、護軍相互毆打，為何單說護軍毆打太監？護軍盤查，乃職守所在，即使出現毆打之事，也不可處以如此重的懲罰。革去護軍，已屬不輕，消除旗檔，聽之可駭，還要加上充當苦差，遇赦不赦，這一輩子永無出頭之日了。這種處罰，比打劫行兇還要重！尤其是忠和更慘，一個紅帶子居然被圈禁五年，而所犯之罪僅僅只是打了太監。這叫人如何能服氣！至於這背後的原因卻是再明白不過了：因為李三順是奉慈禧太后之命出宮的，打狗得看主人面，玉林等人可惜年少不知此中關係！
奉行職守的遭到嚴懲，違反宮禁的反倒無事，今後誰來遵制，誰來守責？官員們哀嘆：門禁必將漸成虛文。國家法紀不受重視，主子身邊的太監可以仗勢藐法，於是官員們又哀嘆：如此下去，前朝宦官干政的故事再將重演，大清朝的朝政從此將多事了！
狀元出身時任工部尚書的翁同龢很想為此事上個摺子，提醒太后要杜防貂璫之弊。一天深夜，翁同龢來到好友協辦大學士軍機大臣沈桂芬的府上，探探他的口風。翁同龢想，如果他和自己一樣的看法的話，便和他會銜上奏。
朝中官員的擔憂，也是沈桂芬的擔憂，但他卻不願上折。
沈桂芬對翁同龢說：「遞摺子給太后，這不明擺著是披龍鱗、捋虎鬚嗎？我六十多歲了，又多病，還能活得幾年。壽終正寢，得個好謚號，便是此生最後的希望了，犯不著為幾個護軍去觸怒太后。老弟，我也勸你多一事不如少一事，國家也不是你我二人的。她皇太后心中都只有自己個人，不把國家當一回事，我們多操這份心做什麼！」
這話也說得有理。翁同龢的摺子也便不上了。
滿朝文武大臣大多數採取的也正是翁同龢、沈桂芬的態度，只在嘴巴上說說而已，對於這場皇家與部曹的鬥法，誰都不想參與。但翰林院有幾個書獃子與眾不同，他們卻敢於頂風逆浪，要為公理和正義去爭鬥一番。
這天午後，應陳寶琛之約，張之洞來到陳府。此時正是隆冬季節，天寒地凍，京師猶如置於一個大冰窟之中。陳寶琛夫婦都是福建人，十分畏寒，初冬開始便天天把火爐燒得旺旺的，一到陳家，張之洞彷彿有踏入春天之感。特別是客廳桌子上擺著的那幾盆福建特產——水仙，更是為房間裝點著濃郁的春意。
張之洞端視著這幾盆可愛的植物，只見那密密叢生的蒜條葉，一根根筆挺筆挺地向上奮進，黃綠色的葉片里飽含著蓬勃生機。許多葉片的頂部都結著花蕾，有幾個花蕾提前綻開了，淡黃晶亮的花瓣笑融融地面對著窗外的枯枝敗葉、寒山瘦水。在眼下百花凋謝的殘冬，這幾盆南國水仙給冷寂的寰宇帶來多少溫馨，多少生氣啊！
正在張之洞凝思遐想的時候，張佩綸也應約走進陳家的客廳。
「香濤，你先我一步了！」張佩綸對在水仙花面前出神的張之洞大聲打著招呼。
「你看這花開得有多好！」張之洞抬起頭來對張佩綸說。正在這時，陳寶琛出來了。他又笑著對陳寶琛說：「你們福建怎麼有這麼好的冬花？」
「這是我們福建地氣好的緣故。不只水仙，還有福橘、龍眼，都比別省的要好。」陳寶琛頗為自豪地說，「你這麼喜歡水仙，我送你一盆吧！」
「也要送我一盆！」張佩綸直接索求。
「好，一人一盆。」陳寶琛爽快地答應。
三人坐下，喝著陳府的福建特產烏龍茶。
急性子張佩綸先開口：「弢庵，你把我和香濤召來，是不是為了午門鬥毆事？」
「正是，正是！」陳寶琛說，「前些日子，一個名叫劉振生的瘋子冒稱太監，從神武門進了內宮，險些造成大禍，神武門護軍也只是革職而已。這次太后為了自己的面子，可以不顧家法，不顧國紀，給午門護軍這麼重的懲處。這樣的大事，滿朝文武沒有一人遞個摺子主持公道，大清豈不要亡了嗎？」
「看來弢庵要上摺子了，有意把事情說得這等嚴重，好像大清就他一個人在支撐似的。」張佩綸打斷陳寶琛的話，笑著對張之洞說。
張之洞也笑了起來：「且聽他說完，看他是如何砥柱中流，力挽狂瀾的。」
「看來這大清是要靠我一人支撐了！」陳寶琛故意這麼說，他是想藉此刺激一下這兩位一向勇於言事的清流好友，希望他們也幫襯幫襯。「我關在家裡整整想了三天，擬了一道摺子，特為請你們來，幫我參謀參謀。」