活的有機體，在種種其他體系之間同時既是一個物理化學體系，又是主體活動的源泉。如果象我們已經認為的（見第 1節）那樣，一個結構真的是一個能自身調節的有若干轉換作用的整體性體系的話，那末有機體就是各種結構的原型了；而且，如果人們能夠精確地了解自身的結構，那末由於有機體的人具有既是複雜的物理客體、又是行為的原動力這雙重性質，就會給我們提供一把結構主義理論的鑰匙了。可是我們還沒有達到這個地步；生物學經過了好幾個世紀的簡單化的還原主義，或者是講得多而解釋得少的唯生主義之後，真正的生物學結構主義甚至還只是剛在形成的過程中。
單就把生命現象還原為物理化學現象的嘗試而言，就象種種還原問題一樣，對於結構主義也已經是有教益的了。但是在這種有巨大重要性的情況下，這種嘗試具有特殊的尖銳性。以往還原主義的原理，認為在無機界中認識了A、B、C等現象之後，就應該足以理解用它們組成的總和或乘積：從而產生了一長系列叫做「機械論」 的學說。這些學說中最糟糕的例子是笛卡爾的「動物-機器」論，和那種沒有明確承認失敗、在許多地方還受人尊重、主張由偶然的變異並在事後選擇的進化論圖式。就這樣，人們簡單地忘記了兩件主要事實。一個事實是，物理學不是靠把累積的知識相加而進步的，而是新的發現M、N等總是導致對知識A、B、C等進行全面的重新解釋；可是未來仍然會有未知的X、Y等的發現的。另一個事實是，物理學本身把複雜還原成簡單的嘗試，例如把電磁學還原成機械力學這樣，最後總是得到一些綜合理論，其中低級的內容被高級的內容豐富了，由此而來的相互同化作用闡明了整體「結構」的存在，這與加法式的組成或同一化的組成恰好相反。所以，我們可以毫不憂慮地等待著把生命現象還原為物理化學現象，因為這些還原不會把任何東西「還原掉」，而是會把這有關的兩個項轉換得對雙方更加有利。
唯生論經常不斷地用各種整體性觀念、內在目的性或外在目的性等觀念，來反對簡單化的反結構主義的還原論的嘗試。但只要人們還沒有明確說明在一個體系中發揮作用的那些轉換的因果關係模式和運算模式時，這還稱不上是結構。同樣，摩根（LloydMan)和另外一些人堅決主張的「湧現論」學說，只限於證明有不同水平的整體性的存在，卻又說這些整體性是在某個時候「湧現」出來的；這種理論只是提出了這裡面存在著問題而已，另一方面，如果說唯生論著重在把有機體作為主體或主體的來源，來跟客體的機械論相對立，那也只是或者滿足於從常識的內省得到啟發的對於主體的表象，或者象德里施（Driesch)那樣滿足於亞里士多德式的「形式」的形而上學。
有趣的是要在這方面指出：生物學方面明確主張結構主義的第一次嘗試，是貝達朗菲（L.voalanffy）的「有機論」。這是受到「格式塔」（完形）即知覺和運動結構的領域裡所進行的實驗心理學研究工作的啟發產生的。但是，這位生物學理論家的創作就其努力建立一種「各個系統的普遍理論」而言固然具有無可爭辯的興趣，可是從生物學的當代結構主義趨向來看，主要還是在比較生理學、因果關係胚胎學、遺傳學、演化理論、動物行為學等學科內部的進展，才是富有意義的。
從結構的觀點來看，長期以來生理學繼貝爾納（ClaudeBernard）的研究工作之後運用了一個非常重要的概念，這就是坎農（on）提出的 「體內環境恆定」（或譯「體內平衡」homeostasie）的概念。這個概念，涉及到機體內部環境的永恆性平衡狀態，因而也涉及到內部環境的調整，於是引起對整個有機體的自身調節作用的闡明。然而，整個有機體的自身調節作用，在三個方面超越了已知的物理平衡作用的形式（特別是按照勒·夏托列 [LeChatelier]原理，發生「平衡位移」時的部分補償作用）。
第一個方面，我們看到，結構的調整，首先取決於一個總的自身調節作用，其次是由起調節作用的各個分化了的器官來保證。例如根據馬考洋（Markosjan）的研究，血液凝固的多種因素，產生一種從種系發生學上看已經古老的自發的調節作用（可能從腔腸動物開始），然後這些因素受到第一個調節器官即激素系統的控制，最後又受第二個調節器官即神經系統的控制。
由此而來，第二個方面，一個生命結構包含一種與有機體在其整體方面起機能作用相聯繫的機能作用，這樣，這個生命結構就擔負或包含了一個在生物學意義上可以用子結構相對於整體結構所起的作用來確定的功能。在生命領域裡，這個事實是很難提出異議的；但是在各種認知領域裡，我們看到有些作者卻用結構主義來反對任何功能主義的情況，這種意見將留在以後來加以討論。
第三方面，讓我們注意，與有機結構的這種功能性質緊密聯繫，就是這些有機結構具有一個各種物理結構所不知道的方面（除非對物理學家來說），這就是要和意義聯繫起來。這些意義，在行為領域裡對生命主體來說是明顯的；尤其是行為領域裡的本能結構，使種種遺傳的「意義的標誌」（動物行為學家說的種種IRM：天賦行為機制[innate releasing meisms])都發揮了作用。但是，從出現了生物學上所特有的正常與不正常的區別之後，這些意義在任何功能活動中就不是明顯的了。例如在出生時有窒息危險的情況下，血液的凝固立刻會產生一個神經系的調節作用。
但是生物體內平衡並不只有生理學上的意義。現代生物學結構主義的主要成就之一，就是已經能夠拋棄掉把一個基因團作為許多孤立基因的聚合體來看的形象，而是看成一個系統，在系統里，這些基因象多布贊斯基（Dobzhansky）所說的，不再「象獨奏者，而是象一個樂隊」似地起作用，特別是有一些起協調作用的基因，使好多個基因僅為某一個性質協同地起作用，或者是一個基因為幾個性質起作用，等等。遺傳學的單位不再是個別的基因團，而是「種群」，不是一個簡單的混合體，而是一個種系的組合體；以致它的遺傳「庫」呈現出一種「遺傳上的體內平衡」，也就是一種增加存活概率的平衡作用，而且正如多布贊斯基和斯巴斯基（Spassky）所已經做的，當人使幾個已知種系雜交成一個「種群籠」（「cage a populatlon」），繁殖了幾代之後，來研究它們的比率時，是可以驗證的。還不止如此，變異的基本過程不再是突變，而是遺傳上的「再組合」，這是形成新的遺傳結構的主要工具。
在胚胎髮生學領域中，自從發現了「形成體」（anisateurs）、結構的調節作用和復生作用之後，已經開始了的結構主義傾向，因瓦廷頓（Waddington）的研究工作而越發加強了，他引進了「血緣恆定」（homeorhesie）的概念，也就是在發育中的能動的平衡，對於圍繞著「胚胎順序」（creodes）即胚胎髮育必須遵循的途徑可能有的偏差，能夠起補償作用。但瓦廷頓尤其指出了在胚胎髮育過程中以環境為一方。遺傳綜合體為另一方之間的相互作用（表現型的形成），並且強調了這樣一個事實，表現型就這樣成了基因團對於環境刺激的反應，選擇就在這些「反應」上進行，而不是在遺傳型本身上面進行：由於進行了這樣的選擇，才有「遺傳同化作用」即把獲得的性質固定下來的可能性。總的說來，瓦廷頓在環境和有機體的關係上看到了一種控制論的迴路，使得環境在制約有機體的同時，有機體也在選擇他的環境。這裡自身調節結構的概念超越了個體和種群本身，包括整個由環境X 表現型X 種群遺傳庫所組成的複合體。總之，從演化的意義上來看，這種解釋是帶基本性的。但是，正象還有作者仍然認為胚胎髮育完全是先天形成，從而否定了後生成（epigenese）概念的價值（相反，瓦廷頓卻恢複了這個概念的全部意義），近幾年來有時有人主張整個演化作用是由建立在脫氧核糖核酸（DNA）構成成份基礎上的組合系統所預先確定的。要是這樣，那就是某種預成論的結構主義對於演化論本身的勝利了。如著重新確立環境的地位，那環境所提出的問題就要由內源變異來提供答案了；人們一定會把辯證的意義歸於演化，而不是在演化里只看到有一種永恆的先天命定作用的。先天命定說的缺陷和缺點現在已成為無法解釋的了。
現代生物學的這些成就，對一般結構主義來說是很珍貴的，尤其是因為這些成就，跟行為的比較理論即「動物行為學」（ethologie）合併一起，為心理發生學的結構主義提供了不可缺少的基礎。事實上，一方面，動物行為學已經闡明了存在著一個各種本能的複雜結構，以致今天我們可以說有一種本能的邏輯，並能分析本能邏輯的各種不同的等級水平；這樣，本能在成為從遺傳上說未編碼的動作和人為製造的工具的邏