各種結構都有自己的整體性，這個特點是不言而喻的。因為所有的結構主義者都一致同意的唯一的一個對立關係（用在第1節里已經提到的各種批判意圖裡說的意義），就是在結構與聚合體即與全體沒有依存關係的那些成分組成的東西之間的對立關係。當然，一個結構是由若干個成分所組成的；但是這些成分是服從於能說明體系之成為體系特點的一些規律的。這些所謂組成規律，並不能還原為一些簡單相加的聯合關係，這些規律把不同於各種成分所有的種種性質的整體性質賦予作為全體的全體。例如，數學中的整數就並不是孤立地存在的，人們並不是在隨便什麼樣的程序里發現了它們，然後再把它們匯合成一個整體的。整數只是按照數的系列本身才表現出來的，這個數系列具有：「群」、「體「、「環」等的結構性質，而這些性質是不同於每一個數的性質的。就每一個數的性質而言，可以是偶數或是奇數，是素數或是能被n＞ 1的數除盡的數，等等。
但是，在事實上這個整體性的特性提出了許多問題。這裡我們只研究其中的兩個主要問題：一個是關於整體性的性質問題；另一個關係到整體有形成過程還是預先形成的這個方式的問題。
認為一切領域中都可以把科學認識論的態度歸結為兩者必居其一的選擇問題——要不就承認是一個具有其結構規律的整體，要不就認為是從若干成分出發而來的一個原子論式的組織——這恐怕是錯誤的。無論談的是感知結構或「格式塔」的完形學說，還是談的社會的整體性（社會的階級整體或全社會的整體）等等，我們都可以看到，在思想史上，無論在［心理學裡〕知覺方面反對聯想主義的先驗假設或是在社會學裡反對個人主義的先驗假設等等，人們總是把兩類學說同這些先驗假設對立起來。這兩類學說之中，只有第二類學說才似乎符合當代結構主義的精神。而第一類學說只是滿足於把想要由簡到繁辦事的人們所看來是自然的思想步驟［譯者按：即指從感覺印象到知覺複合體，從個別人到社會群體，等等］，顛倒過來，並按照一種被認為是自然規律的「湧現」方式，一開始並不增加什麼，就提出整體性來。當奧古斯特·孔德用人類來解釋人，而不再是用人來解釋人類，當塗爾千認為社會整體是從個人的匯合中湧現出來，就象分子是從原子的集合中湧現出來一樣的時候，或者當「格式塔」學派認為在種種原始的知覺裡面能立即看到一個整體性，可以比之於電磁學裡的場效應的時候，這些人當然是有功績的。他們告訴了我們：一個整體並不是一個諸先決成分的簡單總和；但是，他們把整體看作先於成分，或者看作是在這些成分發生接觸的同時所得到的產物，這樣，他們就把自己的任務簡單化了，就有把組成規律的本性這種中心問題丟到一邊去的危險。
然而，在原子論式的聯想圖式和湧現論的整體性圖式之外，是還存在一種第三種立場的。這種立場，就是運算結構主義的立場。這種立場，從一開始就採取了一種重視關係的態度；按照這種態度，認為真正重要的事情，既不是要人必須接受成分，也不是要人必須接受這樣的整體而又說不出所以然來，而是在這些成分之間的那些關係；換句話說，就是組成的程序或過程（依人們說的是主觀意向性運算還是客觀現實而定），因為這個全體只是這些關係或組成程序或過程的一個結果，這些關係的規律就是那個體系的規律。
但是這就產生第二個問題，這是個更為嚴重的問題；實際它是一切結構主義的中心問題：由組成程序或過程產生的這些整體性，從來就是被組成的嗎？可是怎樣組成的，或者被誰組成的？還是一開始就已經是（並且是否一直是？）處在組成的過程之中呢？換句話說，種種結構是否都具有一個形成過程？或者只有一個多少具有永久性的預先形成過程呢？一邊是原子論式的聯合所假定的、經驗主義已經使我們習慣了的、沒有結構的發生論；另一邊是主張沒有發生過程的整體性或形式，因而這就不斷會冒又回到談本質、談柏拉圖主義式的理念、或談種種先驗形式的超驗論的立場的危險：結構主義必須或者是從兩者之間做出選擇，或者是找出超越這些立場的解決辦法。可是正是在這一點上，很自然地產生了最多的分歧意見——直到有這樣的意見，認為不應該提出結構與發生論的關係問題，因為結構從本性上來說是非時間性的（好象在這裡並不存在選擇的問題了，而這正好就是預成論的意思）。
事實上，這個由整體性概念本身已經引起的問題，只要我們認真地對待「結構」的第二個特性，就可以清楚了。從結構這個術語的現代含義來講，「結構」就是要成為一個若干「轉換」[按：在有些學科里譯為「變換」]的體系，而不是某個靜止的「形式」。