浙江河姆渡新石器時代遺址出土的菌類遺存物，證明我國先民在距今六七千年前已經大量採食蘑菇。《爾雅·釋草》最早提到了「苬〔xiu修陽平〕(即菌)芝」和「中馗〔kui葵〕菌」等菌類名稱。《神農本草經》記載了芝類、伏苓、雚菌、雷丸等十幾種大型真菌。特別對芝類還作了進一步的分類描述，按子實體的顏色分為青芝、赤芝、黃芝、白芝、紫芝、黑芝等。
在宋代，我國出版了世界最早的食用菌類專著——《菌譜》(公元1245年)。作者陳仁玉是台州(今浙江臨海縣)人，台州以出產上等美味菌而聞名。《菌譜》就是對本鄉特產的記述。書中一共記述了11種菌，對每一種菌的生長、採收時間，以及菌的形狀、色味都作了一定的說明。《菌譜》指出：「鵝膏菌生高山中，狀類鵝子，久而散開。味殊甘滑，不減稠膏(菌)。然與杜菌相亂。杜菌者生土中，俗言毒蜇氣所成，食之殺人……凡中其毒者必笑，解之宜以苦茗雜白礬，勺新水並咽之，無不立愈。」現在知道，在鵝膏屬中，有些種類如毒傘是極毒的，而有些種類如青鵝蛋菌卻是味道鮮美，可供食用的。但這兩種菌，外形很相似，很容易相混，吃錯了可是性命攸關的大事。宋代人已經識別它們，這是不易的。明代潘之恆編著的《廣菌譜》一書，記述了20種大型真菌，這些真菌的產地遍及西南、華南和華北。《本草綱目》著錄了28種真菌，其中有六種是李時珍新增加的，大大擴充了有關真菌的知識(圖13)。李時珍對各種菌類的描述更加詳細，關於蘑菇，他說：「蘑菇出山東、淮北諸處……長二、三寸，本小末大，白色柔軟，其中空虛，狀如未開玉簪花。」這裡對蘑菇的產地、大小、形狀和顏色，都作了生動的描述。又如稠膏菌：「生孟溪諸山，秋中雨零露浸，釀山膏木腴，發為菌花，生絕頂樹杪，初如蕊珠，圓瑩類輕酥滴乳，淺黃白色，味尤甘。已而張傘大如掌，味頓渝矣。春時而生而膏液少。」這充分說明當時對這些菌類的形態生態，進行了相當細緻的觀察。清初吳林撰《吳蕈譜》不僅介紹八種食用蕈，還對如何辨識毒菌作了相當詳細的說明。
我國在漢代就已經有關於食用菌栽培的記載。到唐代《四時纂要》很詳細地記述了冬菇的栽培方法。具體作法是這樣的：「三月種菌子，取爛構木及葉，於地埋之。常以泔澆令濕，兩三日即生。」又法，「畦中下爛糞，取構木可長六、七尺，截斷磓〔chui垂〕碎，如種菜法，於畦中勻布，土蓋。水澆長令潤。如初有小菌子，仰杷〔pa爬〕推之。明旦又出，亦推之。三度後出者甚大，即收食之……」這種栽培法和現在用鋸屑栽培的方法基本相同。香菇是大家喜歡吃的食品，它的人工栽培也已有悠久的歷史，元代《王禎農書》最早記載了香菇的栽培技術，即「以蕈碎剉〔cuo挫〕，均布坑內」，這是用子實體組織塊作為播種材料，可見我國很早就對菌類的繁殖方法有了一定的認識。 日本江戶時代本草學家佐藤義信所著《溫故齋五端編》(公元1790年)中說：日本的香菇栽培技術就是由中國傳去的。當今世界廣泛栽培的10種食用菌中，絕大部分在我國古代都有栽種。