中日甲午戰爭所造成的嚴重的民族危機，使譚嗣同痛心疾首，極度悲憤。昔日視為彈丸小國的日本，居然打敗了中國，戰敗的恥辱，喪權辱國的《馬關條約》的簽訂，激起中國士大夫階層及一切愛國者心理的波瀾。甲午海戰三年後，中國興起了旨在救亡圖存的維新運動。但是帶來新生希望的維新運動卻以失敗告終，隨之而來的是腐朽、頑固封建勢力的全面反攻倒算！「有心殺賊，無力回天」，戊戌六君子慷慨赴死，中國依舊貧弱黑暗。在這血雨腥風的時代，一批批救亡志士為了探求救國的途徑，為了擺脫纏繞在他們心靈的危機感、幻滅感，毅然走出了黑暗腐朽的國度，漂洋過海，到國外去學習、思索、體驗。在國外，儘管他們依然悲切、彷徨，但他們終於尋求到了只有推翻滿清政府，才能徹底解決中國問題這一真正的目標與手段，並勇敢地付諸實踐中。
滿清朝野一些人士也認為，不講求變法圖強不足以挽救中國的危亡，而變法就必須有人才，必須辦教育。當時國內的新式學堂寥寥無幾，人才的培養，除依靠國外，別無他法。清廷重臣張之洞、張百熙以及康有為、梁啟超、張謇等知識分子，或對清廷上陳奏章，或對社會發表時論，鼓吹留學的好處，遊學的國家，一致主張到日本去。張之洞曾這樣說：「出洋一年勝於讀西書五年，……入外國學堂一年勝於中國三年，……至遊學之國，西洋不如東洋。」他還列舉了到日本遊學的好處：「路近省費可多遣；去華近易考察；東文近於中文易通曉；西書甚繁，凡西學不切要者，東人已刪節而酌改之；中、東情勢風俗相近，易仿行，事半功倍，無過於此。」張之洞的這篇「勸學篇」實無異於倡導留學日本的宣言書，這一主張備受朝廷重視。當時，來華考察遊歷的日本文武官員在同中國當局晤面之際，也多方勸說派遣青年子弟赴日留學。1897年日本陸軍少佐宇都宮太郎在湖北與張之洞會晤，後來日本陸軍大佐福島安正在南京訪晤劉坤一，都建議中國派遣學生赴日留學，日本願意教育中國青年、為中國造就人才。日本政府中的一些人出於培植在華侵略勢力的信念，也打算接受中國留學生，日本駐華公使矢野文雄在其與日本外務大臣西德二郎的機密信件中毫不掩飾地說：通過吸引中國留學生，「斯時清之官民對我信賴之情，亦必勝於今日十倍。由於此輩學生與日本之關係，將來清政府必陸續不斷自派學生來我國，如是則我國之勢將悄然駸駸於東亞大陸。故而無論從何方考慮，望我政府適應時機，接受清之留學生。」而且日本實行的君主立憲制度，又最適合中國採用；日本的大多數中下層人士希望中日友好，也呼籲吸收中國學生留學日本以加強文化教育的交流。於是，清政府從關係其安身立命的「新政」出發，決定廣派留日學生。1898年，清廷派黃遵憲繼裕庚之後任駐日本公使，並在所擬呈遞日本方面的國書中表示了中國派遣學生的決議：「曩復貽書總理各國事務衙門，備述貴國政府關念中國需才孔亟，願中國選派學生前赴貴國學堂肄習各種學問，尤佩大皇帝休戚相關之誼，曷勝感謝。朕已諭令總理各國事務王大臣，與貴國駐京使臣商訂章程，認真選派，以副大皇帝盛意。」這樣，留學日本的帷幕就拉開了。
(1)將總署同文館中學日語的學生酌派數人，並咨行南北洋大臣以及兩廣、湖廣、閩浙各督撫，在現設的學堂中挑選年幼穎悟、粗通日語的學生上報總署，並知照日本使臣陸續派往；
早在1896年，當時的駐日公使裕庚就派理事官呂賢笙赴上海、蘇州一帶招募了唐寶鍔、朱忠光等13名學生於6月15日抵達日本，將他們送入日本東京高等師範學習。這些學生不是清政府計畫派遣的，只是基於駐日使館業務上的需要而培養的半官方式的「使館學生」，但他們可視為近代最早的中國留日生。1898年，清廷總署奏陳「遴選生徒遊學日本片」粗定遊學章程，規定：
(2)赴日學生由出使日本大臣就近照料；
日本學制規定，速成生分師範和政法兩種；普通生即中、小學生。光緒二十九年(公元1903年)張百熙等奏定學務綱要，極力提倡師範教育，仍規定派遣學生出洋學習，此令頒行後，各省派遣學生赴日學師範很多。四川總督錫良於光緒三十年(公元1904年)派周鳳翔為監督，率領100多名學生赴日學習師範速成科；兩廣總督岑春煊精選120名學生赴日本高等師範學校本科肄業。直隸學務處為推進學務工作，曾派遣學生赴日學習師範，多入速成科，後又選派保定師範學堂最優秀的四年級學生，到日本廣島高等師範學校留學。後來，為了使留學生求實效以救中國所要解決的先務之急，出使日本大臣奏准與日本明治大學商定特設經緯學堂，分普通與高等兩科，普通科兩年畢業後升入明治大學專科，高等科一年畢業升入本科。並另設師範、警察等速成科。這樣，留日學習的學生開始按程度不同分入普通與高等科學習，而速成科除了警察類之外，還有農、工、商、實業等等，種類繁多。
光緒三十二年(公元1906年)學部因為赴日學習速成師範及政治的學生太多，於是通令各省一律停止派送此類學生。光緒三十三年(公元1907年)留日學生普通科畢業後，因為專門學校的學額限制而不易入學，雖然自願升入日本官立高等以上學校的有2000人以上，但仍有許多學生不能解決學業。因此，清廷出使大臣同日本文部省商定，從光緒三十四年(公元1908年)起，15年內由日本第一高等學校、東京高師、東京商工、山口高商、千葉醫專等五校，分別共接收中國學生165人，經費由各省分擔，直至大學為止。這是清政府正式選送留日學生研修高等學問的開始。清廷學部為此制定了九條章程，對此作了安排和規定，從光緒三十四年(公元1908年)到宣統二年(公元1910年)，以上五校已收中國學生460多人。
光緒二十九年(公元1903年)前，中國女子教育在學制系統上還沒有正式的地位，更談不上留學了。不過，1898年前後，隨著維新變法的展開，產生了一股反纏足、辦女學的婦女解放運動。先進的人們開始注意到女子教育的重要性和迫切性，梁啟超曾這樣說道：「女學最盛者，其國最強，不戰而屈人之兵，美(國)是也。女學次盛者，其國次強，英法德日本是也。女學衰，母教失，無業眾，智民少，國之所存者幸矣，印度、波斯、土耳其是也。」把女學的興衰作為衡量一國強盛的最重要的標誌。之後國內辦起了一些女子學校。到了光緒三十一年(公元1905年)三月，日本的東亞女學附設中國女子留學速成師範學堂；實踐女學也設中國女子留學師範工藝速成科，以招收我國留日女生肄業。東亞女學本科修業二年，並有修業六個月的音樂專修科和遊戲體操專修科；實踐女學本科修業一年，而工藝科則修業六個月，中國到日本去的女生，大多在這些專設的學校補習。當時實踐女學校校長是日本女界著名的下田歌子。最初，中國的女子留學生並不是單獨前往，大多數是伴隨父兄夫婿，1903年時僅有10多人，她們在課餘常聚在一起談論，對中國女學的衰敗感到憤怒。這年四月，他們在日本組織共愛會，並強調日本一來與中國鄰近，便於來往，二來學費節省，便於苦學，呼籲國內女同胞赴日留學。這之後，官費留日生中開始有女生出現，1905年湖南選派20多名女學生赴日學習速成師範，也有自費前往的，如秋瑾，她是變賣了首飾，衝破丈夫的阻礙隻身搭上赴日輪船的。同年，奉天農工商務局總辦熊希齡赴日考察，並同下田歌子簽約，每年奉天派15名女生到實踐女學校學習師範。為了使女留學生迅速適應生活，清廷駐日公使楊樞等人還積極向國內宣傳女子留學須知，如行李不宜多帶；衣服都須穿布並以青、藍二色為主；裝飾不宜用釵環釧鐲之類；不要帶女僕和婢；事前要放足；及早與本省同鄉會或東京的中國留學生會館聯繫等。這些工作對留日女子的增多起了較大的推動作用。到1907年，僅東京的中國女留學生就有100多人，而且她們還成立了「中國留日女學生會」。女留學生們大都學習刻苦、生活儉樸，常受到日本人士的稱讚，認為她們「舉止嫻雅，志趣高尚，對日本人亦不畏懼，彬彬有禮，為日本婦女所不能及」。當時清廷駐日留學生監督也以「下田歌子學校中，女學生數十，於專門學科俱見成效，志趣高尚者，頗不乏人」而對她們大加讚賞。女子留學生雖比男子留學生少，但卻非常活躍，她們辦了《中國女報》、《神州女報》、《中國新女界雜誌》等報刊鼓吹新思想。清廷受了她們發行雜誌的影響，於1907年學部正式規定了女子師範學堂及女子小學堂章程，至此，女子教育在學制上總算有了一席之地。1910年後，清政府對女子赴日留學進行限制，規定女子自費留學必須由地方官呈請提學司衙門考驗，申請者必須是受過本國教育、文明和順、品行聰淑才准予東渡；至於官費生，只限考上東京高等女子師範、奈良女子師範、蠶業講習所女子部三所學校的才准派，這樣致使在日