在明清交替的時代，知識分子大致有這樣幾種表現，一種是歸順清朝；一種是與清朝採取不合作的態度，當了「隱士」；再有一種就是出於對祖國、民族深摯的愛，認真總結歷史經驗，整理文化遺產，探求人類的正確思想，培養一代經世致用的人才。這後一種人中出現了三位傑出的學者和思想家，他們是黃宗羲、顧炎武和王夫之。歷史上把他們合稱為清初三先生。
黃宗羲，生於1610年，字太沖，號南雷，世稱梨州先生，浙江餘姚人。他的父親黃尊素，是明朝一位重要的東林黨人，與東林黨核心人物楊漣、左光斗往來甚為密切。1626年因與宦官魏忠賢的鬥爭被削去御史官職，後被害死在獄中。
少年的黃宗羲聽到這個消息，決心要為父親報仇。1627年明熹宗去世，他的弟弟朱由檢即位，改元崇禎。得到魏忠賢被崇禎帝處死的消息，黃宗羲攜帶利錐，星夜趕赴北京，決心找那些殺害他父親的閹黨報仇雪恨。
黃宗羲到達北京後，雖然他父親的冤案得到昭雪，魏忠賢已被賜死，但魏忠賢的一些餘黨仍逍遙法外。黃宗羲上書崇禎帝，要求斬首直接殺害他父親的兇手許顯純、崔應元和李實等人。
一天，在審堂上對質的時候，黃宗羲滿腔怒火沖騰而起，手拿利錐，刺得許顯純遍體流血連喊饒命，崔應元嚇得面無人色。經黃宗羲據理力爭，許、崔二人被判處死刑。
當年一手捏造黃宗羲父親罪名的李實聽到這個消息，趕忙給黃宗羲送來三千兩白銀，希望黃宗羲對他免於追究，可是黃宗羲一點兒不為所動，再次上書崇禎帝，揭發李實的罪惡行徑，最後李實也被發配充軍。
黃宗羲的行動，轟動了整個京城，贏得人們的一片讚譽，連崇禎帝也誇獎他是一位「忠臣孤子」。
隨後，黃宗羲回到家鄉發憤讀書，抄書。家鄉的世學樓、澹生堂以及南中的千頃堂、絳雲樓的藏書，他都認真地一一看過，在兩年左右的時間裡，他讀完了「二十一史」、《十三朝實錄》等巨著。孜孜不倦的讀書生活，為他打下了堅實的學術根底，也使他更加看清了明王朝行將崩潰的政治命運。
崇禎三年，他加入了在當時社會影響最大的文人團體一復社。這是一個與奸臣黨鬥爭的文人聯合組織。黃宗羲與顧憲成之孫顧杲作為發起人，聯合貼出了聲討第二個魏忠賢式的人物——阮大鋮的《南都亂公揭》，一下子轟動了南京。阮大鋮剛要躍躍欲試、仿效魏忠賢的醜惡陰險的嘴臉暴露無遺，只好躲起來，再也不敢公開活動。
崇禎死後，阮大鋮的死黨馬士英輔佐朱由崧在南京稱帝，阮大鋮又出任弘光帝政權的兵部尚書。他一上台便拋出一個名叫《蝗蝻錄》的黑名單，大肆捕殺東林黨人和復社成員，黃宗羲不幸被捕。後因提審延期，在1645年清軍攻進南京後，黃宗羲得幸逃脫出來。
這時，張國維、張煌言等在紹興擁立魯王朱以海堅持抗清，黃宗羲集合起黃竹浦子弟數百人起兵響應，他被任命為魯王政權的監察御史，從此踏上了八年抗清的艱辛歷程。魯王政權中主持軍務的孫嘉績、熊汝霖等人是一幫沒有指揮才能，更不敢率兵出擊收復失地的書生。黃宗羲處處受到這幫庸人的節制操縱，不能有所作為。
1646年六月，清兵進入浙東，魯王南逃。黃宗羲率領五百名殘兵在四明山結寨固守，抵抗清兵的進攻，但終因力量單薄而被打敗了。
為了躲避清朝統治者的懸賞通緝，黃宗羲置身於深山草莽之中。在食宿十分艱難的情況下，他仍然以頑強的毅力創作完成了《春秋日食歷》、《授時歷》、《故大統歷》、《新推交食法授時歷》、《西曆假如》、《勾股圖說》、《開方命算》、《割圓八線解》、《測圓要義》等一些天文學、數學方面的著作，為我國科技史增添了光輝的一頁。
在亡命的日子裡，他得知魯王在建跳，曾再度投奔魯王的帳下，但這時魯王的政權已晚景凄涼了，一幫愚蠢的將領左右著魯王，連提一句建議的機會也沒有，還留在這裡幹什麼呢？於是他決定回鄉「畢力於著述」。
1661年康熙帝即位，清朝統治已穩定下來，這一年黃宗羲也結束了武裝抗清的鬥爭生活，從此避居鄉間，專心著述。1663年，著名的《明夷待訪錄》問世，在這部書中，黃宗羲提出了兩大著名的思想，在中國思想文化史上樹起了一座豐碑。
其一，他提出了「天下之治亂，不在一姓之興亡，而在萬民之快樂」的思想，嚴斥君主專制制度，書中字裡行間閃爍著民主思想的光輝。該書後來成為晚清戊戌變法中維新派的有力思想武器。
其二，黃宗羲在《明夷待訪錄》里還提出了「工商皆本」的先進思想。中國古代社會，商人經商一直受到抑制，被認為是最低賤的行業，致使中國古代社會一直處於小農經濟的狀態，社會發展緩慢。黃宗羲敢於向傳統的愚昧專制思想挑戰，這在當時是需要相當大的魄力和遠見卓識的。
1665年，黃宗羲收徒講學，後來成為著名學者的萬斯大、萬斯同等人都出於他的門下。1667年，他又恢複了他的教師劉宗同創辦的證人書院。
黃宗羲講學注重教給學生做學問的途徑和方法，強調讀書必須實用。他教學的內容，除了經、史、子、集外，還有曆法、天文、數學等自然科學，他深受學生們的歡迎，在二十幾年的時間裡，有一百多人拜他為師，這時，他已是一個學生滿天下的學者了。
1678年，康熙為了籠絡漢族地主，開博學鴻辭科取士，命令三品以上的中央和地方官吏推薦人才。掌院學士葉方藹向康熙推薦了黃宗羲，但被黃宗羲婉言辭謝了。兩年後，清政府聘請他任《明史》編修的顧問，他以氣節為重，再次力辭。康熙沒有勉強，只是要求他把所寫的有關歷史方面的著作全都抄送入京。
雖然黃宗羲沒有直接參与《明史》的修撰，但《明史》的修成，也凝聚了他許多心血。比如《歷志》，雖不是他執筆，卻是經過他的審閱才定稿的。另外，他讓自己的兒子黃白家參加了史局。
1676年他完成了另一部重要著作《明儒學案》。在這部著作中，他把明代二百多位學者的著作系統排比，闡明每個學者的學術淵源，學說宗旨及演變。評論公正，分析深刻，在中國歷史上還是首創。晚年他又完成了《宋元學案》，使七百年間儒苑門戶一目了然，在中國學術史上是一個傑出的貢獻。
黃宗羲晚年仍然非常勤奮，每天讀書不完成規定的卷數絕不休息，他以八十四歲的高齡編撰了四百八十二卷的《明文海》這部巨著。
1695年，黃宗羲與世長辭。死前他留遺囑，要求家人在他死後「於次日安葬，殮以時服，一被一褥，安放石床，不用棺槨，不作佛事，不做七七，凡鼓吹巫覡旌幡紙錢一概不用」。
這是對當時盛行的佛教唯心主義思想最大的輕蔑，也是他唯物主義認識觀的徹底表現，他以特有的錚錚風骨，昂揚的戰鬥性格、博大精深的學術思想為自己的一生做了很好的總結。
顧炎武，江蘇崑山人。出身江南大族，他父親是個很有見識的人，認為讀書一定要研究實際。顧炎武受祖父的影響，從小就喜歡讀《資治通鑒》、《史記》和《孫子兵法》等書，十分關心時事。後來參加科舉，沒有考中，就乾脆放棄了科舉，通讀歷史典籍，研究全國各地的地理和歷代名人奏章，開始編寫一本重要的歷史地理著作《天下郡國利病書》。
正當他用心治學的時候，明朝滅亡，清兵南下，江南各地人民紛紛起來組織抗清鬥爭。顧炎武和他的兩位好友也參加了保衛崑山的戰鬥，崑山軍民在跟清兵激戰二十一天後，終因寡不敵眾而失敗，崑山城陷落的時候，顧炎武的生母被清兵砍斷了右臂。撫養他成長的嬸母（也是他的繼母）聽到清兵破城，就絕食自殺了，臨死時囑咐顧炎武誓死不受清朝俸祿，說完閉上了眼睛。
顧炎武痛哭著安葬了繼母，準備離開家鄉投奔魯王，但還沒有動身，魯王政權就已經覆滅了。後來顧炎武隱姓埋名，在長江南北一帶奔走，想組織一支抗清的隊伍，但終因勢單力孤，沒有成功。
當時，沿海和太湖一帶還有零星的抗清活動，清朝官府防備很嚴，如果發現有抗清嫌疑的人，就要加上「通海」的罪名，打進監獄。
崑山有個地主叫葉方恆，想吞沒顧炎武家的田地，就買通顧家的僕人，舉報顧炎武「通海」。顧炎武於是被清政府抓進了監獄。一些朋友為了搭救他，去找在清朝做官的錢謙益幫忙。錢謙益本來是南明弘光政權的禮部尚書，又是個出名的文學家。清兵南下時，他投降了清朝，名聲不好。
對於顧炎武的難處，錢謙益表示，只要顧炎武承認是他的學生，就願意保他出來。那位朋友知道顧炎武是不會那樣做的，於是就自作主張，假造了一張顧炎武的名帖，送給錢謙益求助。這件事後來讓顧炎武知道了，直怪那朋友多事，非要把名帖討回不可，朋友不肯，顧炎武就索性在大街上貼告示表白，聲明那張