東王府的人被殺得一乾二淨，但是楊秀清還有很多忠實的部下，他們如果知道楊秀清被殺的話，很可能會叛變，到時天京城就會變成戰場。
如何處理這件事呢？洪秀全找韋昌輝商量：「昌輝，你還得再付出一次，東王的下屬肯定很憤怒。我只好假裝痛斥你濫殺無辜，對外界說當眾打你五百棍，然後再把你處死，用這個理由邀請東王的下屬來觀刑，他們一定不會拒絕的。」
韋昌輝陰險地問：「天王是想等他們來了，再把他們一網打儘是吧？」
洪秀全笑道：「昌輝，我沒有看走眼，你是很有潛力的。」
行刑的場所就在天王府內，之前就有規定，進入天王府的人一律要交出兵器。東王的部下乖乖地交出兵器，大家恨透了韋昌輝，只想看到他被千刀萬剮，完全沒有想到這是一條毒計。這六千人進去以後，連韋昌輝的影子都沒看到，就在大家感覺出什麼事的時候，腳底下的炸藥忽然炸開，接著一群士兵拿著刀槍沖了過來。
屍體，全都是屍體，東王的人馬已被徹底清除了。論理，洪秀全應該放心了吧！
還不行，必須在全城搜捕楊秀清的親信，一個也不能放過。兩萬多人死於這場屠殺，到最後參與屠殺的已不止是韋昌輝，洪秀全出動了天京城內所有的士兵。
殺死楊秀清後，洪秀全還不解恨，下令將楊秀清分屍，然後放到鍋里煮，再分給全軍將士吃。屠殺完成後，石達開終於趕到天京，老實說他非常吃驚，他萬萬沒想到洪秀全和韋昌輝做事會這麼絕。石達開當面指責韋昌輝濫殺無辜，他這麼做不一定是為楊秀清鳴不平，而是他清楚地看到，這麼做是自取滅亡。
韋昌輝自然很惱火，他認為石達開是楊秀清的人馬，或者已經投向清廷。不過這時韋昌輝還沒有要殺掉石達開的意思，他還想籠絡石達開。韋昌輝本來和石達開是競爭對手，都是王，都得聽洪秀全節制，如果韋昌輝頭腦正常，就不會想籠絡石達開，而是要想辦法除掉他。
韋昌輝的頭腦很正常，他所以這麼做是因為他有了不一樣的想法，他想取代洪秀全成為最高領導者。要除掉洪秀全，還得打敗清軍，他不能不籠絡石達開。
一天，韋昌輝請石達開到北王府吃飯，吃著吃著，忽然侍者端上一鍋肉羹。韋昌輝笑著對石達開說：「這肉價值連城，達開，來嘗嘗。」石達開吃著吃著，忽然眉頭緊皺，問：「這是什麼肉，怎麼味道怪怪的？」
韋昌輝笑道：「九千歲的肉。」
石達開頓時臉色大變：「你太殘忍了，人都殺了，居然把人煮成肉羹，好歹東王以前是我們的領導。」
韋昌輝臉色突然變得冷峻：「達開，識時務者為俊傑，我相信你一定是個聰明人。」
石達開是一個自視甚高的人，哪受得了韋昌輝這樣跟自己說話，臉色一沉，甩袖而去。回去以後，石達開才知道自己處境很危險，韋昌輝和洪秀全這麼殘忍，一定不會放過自己。這時，石達開的一個部下建議他快點逃，正如部下所說：「再晚了就來不及了。」
石達開也是一個聰明人，連夜逃出天京城，他不敢走正門，讓人從上面放個繩子，慢慢滑下城。堂堂西征軍統帥，逃走的時候這麼狼狽，由此可見，當時天京城局勢之恐怖。
聽說石達開逃走，韋昌輝氣得咬牙切齒，楊秀清死後，石達開是軍中威望最高的人，他逃走就代表不想和新的政府機構配合。韋昌輝殺人上癮，請求洪秀全讓自己誅殺石達開全家，洪秀全看別人殺人也上癮，立即同意了。
洪秀全做事還是很有頭腦的，讓韋昌輝殺石達開全家，還讓秦日綱去追殺石達開。秦日綱沒追到石達開，韋昌輝倒是把石達開全家殺得一乾二淨。
石達開逃到安慶後，洪秀全才意識到，現在石達開是最大的軍閥，他坐擁幾十萬大軍，比楊秀清的威脅性更大。如果石達開要造反，幾十萬人大半都會跟著他，因為石達開在太平軍中名聲最好。
果然，石達開在安慶點兵，揚言要殺回天京，平息叛亂。洪秀全聽說這事，立即慌了，立即作出姿態譴責韋昌輝：「我本來沒有殺東王的意思，是你逼我這樣做的，就算殺了東王，他的下屬也是無辜的，你把他們全部都殺了。你這樣做讓我很心疼，如果不是天父仁慈，我豈能輕饒你。」
韋昌輝一聽，就差沒有當洪秀全的面罵娘，憤然反擊道：「我為你除掉大害，你利用了我，現在反而沽名釣譽指責我，你當我是任人宰割的牛羊啊！」
洪秀全一聽，臉色驟變，心想你這個白痴，我這是在救你，看你這樣子遲早都會反，不如殺了你，還可以籠絡石達開。
等韋昌輝走後，洪秀全立即讓人擬旨，下詔捕殺韋昌輝。韋昌輝聽說後，氣得頭頂冒煙，直想一刀戳穿洪秀全，立即帶領手下的三千精兵圍攻天王府。洪秀全早料到他會狗急跳牆，早早關閉了王府的大門。洪秀全是個多疑的人，所以天王府修得堅固如鐵桶，怎麼攻都攻不破。
就在韋昌輝心急如燎的時候，天王府里忽然衝出一群不要命的女兵，這些女兵全是完美洗腦的產物。韋昌輝的精兵居然被這些女人擊潰，韋昌輝等人狼狽不堪地逃到北王府。
這時，洪秀全從王府中走出來，呼吸了一口新鮮空氣，下令全力圍攻北王府。韋昌輝看大勢已去，已不可能推翻洪秀全，便帶著幾個親信逃出王府，想悄悄溜出城。韋昌輝逃到城門口，遇到巡邏兵，偏偏他又回答不出口令，被人捆綁起來，押到天王府。
洪秀全根本不想見韋昌輝，只是下了一道命令，將韋昌輝五馬分屍。分完屍之後，又讓人把韋昌輝的屍體割成無數小塊，掛在城樓上，寫著：「北奸肉，只許看，不許取。」做完這一切後，洪秀全讓人把韋昌輝的人頭寄給石達開。石達開仍然不滿足，他給洪秀全寫了一封信，讓他誅殺秦日綱。
洪秀全無奈，只好繼續誘捕秦日綱，將秦日綱的首級也送了過去。收到這兩人的首級，悲痛中的石達開總算稍感安慰。
1856年12月，石達開拋開仇恨，帶領部分人馬進入天京城。在天京，石達開受到英雄般的待遇，人們朝他扔鮮花，歡迎他的到來。
洪秀全見到石達開後，淚流滿面，悲憤地控訴自己被韋昌輝「挾持」的經歷，他說如果沒有韋昌輝，這一切都不會發生，東王不會死，你的家人也不會……
石達開只能安慰洪秀全：「天王，不要這樣，過去的事就讓它過去吧！」
對這起內訌，天國高層諱莫如深，大家都不說事實，都說東王是贖罪期到了，跟著耶穌一樣歸天了。東王死的這天定為「東王升天日」，即使韋昌輝、秦日綱這些人，大家也不說他們被誅殺，而是說死了，一不小心死了。
雖然高層封鎖消息的能力值得肯定，但這起事件就像大地震，波及整個天國控制的區域，連不被天國控制的區域都受到了影響。百姓們紛紛說：「天父殺東王，江山打不通。長毛非正主，依舊讓咸豐。」太平軍的一些士兵說：「天父殺天兄，終歸一場空。打包回家轉，還是做長工。」
太平天國的很多人是真的相信上帝，相信洪秀全是上帝的二兒子，相信楊秀清是天父的代言人。但現在他們崩潰了，北王殺掉了代言天父的東王，天王又殺了北王，這一切到底是怎麼回事？
為了補救統治危機，洪秀全開始追封楊秀清，把他塑造成高大全式的完美人物，甚至親自寫詩謳歌東王：「七月念七東升節，天國代代莫忘記。」洪秀全還把自己的兒子過繼給東王，稱為幼東王。這些舉動當然全是作秀，出於政治需要。後來洪秀全領導的太平軍與清軍湘軍交戰時處處挨打，洪秀全才真心想起楊秀清的好。
天京事變是一場毀滅性的政變，從此太平天國義無反顧地走向下坡路。這次政變，楊秀清手下兩萬多人被殺，這些人不是精兵強將，就是高級參謀，都是太平天國的中流砥柱。他們集體被殺，導致太平天國整體實力急劇下滑。
在天京事變爆發前，整個戰略形勢對太平軍是有利的，當時清軍駐紮在天京附近的江北大營和江南大營都已拔去。石達開又擊敗了湘軍，控制了安徽、江西和湖北，隨時可能打入湖南，擊潰湘軍。太平軍已經掌握了戰場的主動權，只要拿下浙江和江蘇等地，就等於握住了天下糧倉。
事變之後，曾國藩得到喘息之機，迅速調整部隊，準備反攻。