洪秀全越來越難受了，因為楊秀清開始干涉他的私生活。
雖然洪秀全的私生活有許多可以指責的地方，但作為一個天王，有人對你的私生活指手畫腳，這簡直是無法忍受的事情。楊秀清經常譴責洪秀全對母親不孝，洪的不孝是事實，當上天王之後，洪秀全腦子裡全是酒色，哪裡還有什麼母親。
楊秀清雖然罵得在理，但洪秀全心裡很不舒服。
楊秀清是太平天國里唯一一個將軍政大權掌握在手中的人，之前和之後都沒有人做到這一點，包括洪秀全除掉楊秀清後，他也沒能將權力都控制在手中。在軍事方面，楊秀清擁有最高的裁決權，哪怕他生病時也是這樣。可能在政務上有些事情他還得跟洪秀全打聲招呼，但在軍事上他說一不二，前方將領任何大的軍事行動都出於楊秀清的決策。
北伐和西征都是楊秀清一手作出的決策，北伐是失敗了，但震動了清廷的心臟部位。西征也遭遇了重大挫折，但楊秀清臨時易帥，終於挽救了危局。這一系列軍事行動都證明了楊秀清卓越的戰略眼光，湘軍在西征戰場上潰敗，圍困天京的清軍大營也被一一攻破，心力交瘁的猛將向榮最終一命嗚呼。
勝利很容易激發人的野心，洪楊二人之間的矛盾本來就找不到出路，隨著楊秀清威望的提升，兩人的矛盾加速激化。洪秀全不可能退位，而楊秀清也不可能把自己辛辛苦苦建立起來的基業拱手讓人。
本來九千歲和萬歲只隔了一千歲，一個台階而已，但楊秀清受不了。他很希望跟洪秀全平起平坐，楊秀清也是一個權力慾望很強的人，有時候慾望一強，難免就會過於心急。
這不，楊秀清過早地提出要跟洪秀全平起平坐，以天父的名義命令洪秀全封自己為「萬歲」。洪秀全是什麼反應呢？他心裡一定非常吃驚非常害怕，雖然他知道這一天遲早會來，但來得太早了。他這時候擔心的還不只是自己的天王寶座，而是身家性命。楊秀清說出「萬歲」時，洪秀全就知道已經到了生死存亡的關頭了。
此時，朝政已完全控制在楊秀清手中，軍事大權、司法大權完全由他掌控，前方將領也多聽從楊秀清指揮。楊秀清如果要殺掉洪秀全，只是舉手之勞，甚至連舉手都不用，只需說一句話而已。楊秀清為什麼沒有殺洪秀全，以至於最後反被洪秀全殺了呢？
可以這麼說吧，楊秀清沒想過要殺掉洪秀全，也許他真實的想法是逼洪秀全退位。作為一個政治家，楊秀清很清楚地知道，如果幹掉了洪秀全，天國的這些把戲全都要穿幫，一旦這些統治的神話破滅，天國就會元氣大傷。神話一旦穿幫，楊秀清能不能穩住局面，連他自己都不知道。所以，他要做的是跟洪秀全平起平坐，一個天國，兩個萬歲。楊萬歲在前台掌權，洪萬歲在幕後享樂。
為了給自己造勢，楊秀清在太平天國的科考中出了這麼個題目：《四海之內有東王》。而且這年春節，楊秀清還在自己的家門前掛上對聯：參拜天父，永為我父；護衛東王，早做人王。這已經是非常赤裸地要上位了，洪秀全只能答應封他為萬歲。與此同時，洪秀全也在密謀除掉楊秀清。洪秀全知道，這次博的不只是權力，還有身家性命。
楊秀清早已把韋昌輝和秦日綱這些人支到前線去，洪秀全要除掉楊秀清必須把這些人召回，這是一項高難度的動作，因為天京城內到處都是楊秀清的密探。
為洪秀全送信的還有一個愛爾蘭人，愛爾蘭人拿了一筆豐厚的錢財，跑到秦日綱的大營里，將天京的事情和盤托出。根據愛爾蘭人的描述，楊秀清神靈附體時，洪秀全都要匍匐在地上。楊秀清曾經聲色俱厲地問洪秀全：「你打江山，多虧了何人？」洪秀全說：「四弟。」楊秀清又問：「你既然知道四弟有大功勞，為什麼不封他萬歲呢？」洪秀全說：「應該封四弟為萬歲。」楊秀清問：「東王世子也只是千歲嗎？」洪秀全說：「東王子孫後代都是萬歲。」
據說楊秀清後來也覺得自己做得有些過分了，稱自己是萬歲，洪秀全是萬萬歲。這個愛爾蘭人還說楊秀清雖然很跋扈，但確實是一個有魅力的領導人，他相貌高貴，和藹可親。
洪秀全自己手中沒多少兵，就一些親兵，靠這些人沒法除掉楊秀清，但韋昌輝、秦日綱、石達開手中有兵啊！韋昌輝受了楊秀清不少氣，最難堪的是有一次韋昌輝的士兵鬧兵變，楊秀清當眾打了韋昌輝幾百軍棍，差點把他打殘。挨打之後，韋昌輝還說東王依法辦事，賞罰分明，讓人心服口服。還有一次，韋昌輝的哥哥跟楊秀清的小舅子爭地皮，韋昌輝居然把自己的哥哥五馬分屍。韋昌輝也是厲害的角色，把刀懸在心裡，忍術很厲害。
秦日綱是跟著韋昌輝混的，同樣對楊秀清恨之入骨，洪秀全選擇這兩人是沒錯的。但選擇石達開就有問題了，石達開雖然也有理由恨楊秀清，因為之前他的岳父黃玉昆得罪了楊秀清，被杖打三百，革職查辦。但另一方面，楊秀清又很器重石達開，石達開跟楊秀清的關係到底怎樣非常難說。
根據史料記載，石達開是反對洪秀全誅殺楊秀清的，他跑到天京來阻止，可惜為時已晚。世人稱石達開為奇男子，他奇特的地方，並不僅僅在於凌遲的時候泰然自若一聲不吭，而是這個人的心思不可捉摸。除了岳父被打之外，他跟楊秀清沒什麼大的矛盾，兩人之間更多的是明主和良將的關係，這也是為什麼他被捕後沒有說楊秀清一句壞話，後來又請示洪秀全誅殺韋昌輝和秦日綱。
但石達開也有慾望啊，他手握重兵，東王一旦被殺，沒有人能控制得了他。他就可以取代楊秀清的位置，然而，楊秀清既然被殺，難保他以後也不被殺，所以他是很矛盾的。加上世人普遍認為石達開的性格優柔寡斷，所以我們很難斷定他對誅殺楊秀清的真實態度，但仍然能找到一些蛛絲馬跡。
楊秀清器重石達開是大家都看到的事實，大家看不到的是楊秀清很有可能對石達開非常猜忌。沒有證據表明楊秀清對石達開非常猜忌，但是我們可以作出合理的推測，石達開是諸王之中兵權最重的一個人，也是能力最強威望最高的大王，能力和地位僅次於楊秀清。楊秀清也許看不起洪秀全，但他一定忌憚石達開，他不敢對洪秀全動手的一個重要原因就是怕激起石達開叛變。
楊秀清的性格很像雍正，雄才大略但是猜忌心非常重，韋昌輝和秦日綱被他折磨得死去活來，石達開也擔心楊秀清將來有天會這樣對自己。石達開被俘後寫了個《自述》，在《自述》中他有兩點歪曲事實：一、他說洪秀全主動誅殺韋昌輝，其實是他以兵權威脅洪秀全誅殺韋昌輝；二、他說洪秀全是主動封楊秀清為萬歲，韋昌輝不服氣，所以誅殺了楊秀清，其實是楊秀清逼宮，洪秀全借刀殺人。
石達開為什麼要歪曲事實呢？他這麼做的目的無非是說天京事變跟自己沒關係，由此可見，石達開很可能也參與了密謀殺害楊秀清的計畫，或許他中途又反悔了。
1856年9月1日深夜，韋昌輝帶領三千廣西長毛抵達南京，這些士兵全都跟隨他多年，忠實可靠。秦日綱已經在天京城內，他駐紮的地方離天京不遠，之所以按兵不動，是在等待韋昌輝的到來。
韋昌輝到了以後，大家在洪秀全家裡開了一個會，商議好了，只殺楊秀清一個人。與會者一致認為，在天京城內有六千人是完全忠於楊秀清的，如果等他反應過來的話，行動會很不便，所以應該儘快下手，殺楊秀清一個措手不及。至於石達開那邊，以後再說。
東王府的人聽到韋昌輝深夜敲門，以為有緊急軍情，便打開大門。韋昌輝進來以後，大手一揮，士兵們一下子湧進來，見人就殺。
楊秀清聽到外面有喧鬧聲，很不高興，他也以為是有軍情，但不願意別人深夜打擾自己。楊秀清身邊有十二個絕色的女秘書，這些女秘書有雙重身份，既是楊秀清的小蜜，又是得力助手。聽說韋昌輝有緊急要事，她們在第一時間起床，準備備案，記錄軍情。沒想到韋昌輝衝上來，咔嚓十二刀，十二個美人頓時人頭落地。
終於到達了楊秀清的寢宮裡，楊秀清很吃驚，他發現今天的韋昌輝已經不是往日的韋昌輝了。他滿臉是血，眼睛通紅。仇人見面分外眼紅，楊秀清知道大事不妙，還沒等他反應過來。韋昌輝已經舉起手中的鋼刀，只聽咔嚓一聲，一代梟雄楊秀清的人頭就被捏在韋昌輝的手中。
韋昌輝濺了一臉的血，看著手中這個血淋淋的人頭，他心中全是復仇的快感，絲毫沒意識到死神已經在身後。