太平天國領導層的矛盾由來已久，在廣西的時候就已經埋下了隱患。
洪秀全一直是太平天國名義上的領導者，實際權力掌握在楊秀清的手中。楊秀清是一個雄才大略的人物，他依靠過硬的行政能力和軍事天賦，成為僅次於洪秀全的二號人物。當年馮雲山設立了一種架空天王的制度，我們很難想像馮雲山是為楊秀清準備的，他最開始肯定還是為了大權落到自己的手中，只是楊秀清後來居上，在天國中的影響力越來越大，成為公認的領袖，馮雲山也只好承認楊秀清的領導地位。
這種安排對於天國是有利的，洪秀全並無軍事和行政才能，而且也不願太勞神費力，楊秀清只要不威脅到他的一把手地位，他還是願意讓他處理軍政大事的。自從馮雲山和蕭朝貴戰死，楊秀清的地位已經無人撼動了，洪秀全有危機感也是難免的。
楊秀清和洪秀全雖然是一個陣營的，但穿的並不是同一條褲子，兩人的政見和做事風格可以說是截然相反的。鑒於洪秀全悲劇的科舉歷程，他對儒家有一種刻骨銘心的仇恨，想要打倒所有的孔家店。楊秀清雖然沒有讀過書，也許正因為沒讀過書，對孔孟之道沒那麼多的仇恨，他更看重讀書人的作用，所以很反感洪秀全的「滅孔」運動。
為了阻止洪秀全焚書坑儒，楊秀清假裝天父下凡，要洪秀全立即停止這種自戕的行為。洪秀全不甘心，但也不能不住手。洪秀全也是一個很偏執的人，楊秀清如此不給他面子，他心裡自然恨不得將楊秀清千刀萬剮。
這還只是個開始。
一天，楊秀清與韋昌輝等人商討政事的時候，當時洪秀全的幾個女官也在這裡。楊秀清忽然倒地，站起來時已經是天父了，天父說洪秀全已經變得專橫跋扈，經常虐待身邊的宮女。接著，天父對這四個女官說，你們以後不要去伺候天王了，到東王府伺候東王吧！
楊秀清這是幹嗎呢？可能是這四個女官長得比較漂亮，他垂涎美色；也有可能是這四個女官很有才能，東王日理萬機，需要她們幫忙。但這麼做等於是羞辱洪秀全，難道楊秀清不知道？
楊秀清當然不是不知道，而是此時他覺得已經沒必要忌憚洪秀全了，軍政大事全操於他一人之手，而且他在天國里的威望已經很高。此時，倒是洪秀全非常忌憚楊秀清。
如果說虐待女僕確實有錯的話，那麼楊秀清指責洪秀全四歲的兒子恣意妄為就有些過分了，一個四歲的小孩，在雨里玩耍，楊秀清卻說這種行為過於放縱，為了防止他將來虐待子民，必須禁止。
當然，洪秀全虐待婦女是事實，洪秀全生氣的時候，曾經一腳踢傷懷孕的婦女，導致後者流產。
楊秀清當然也不是一味地以天父的身份批評洪秀全，他也曾以下屬的身份建議過洪秀全，這時候，洪秀全往往聽不進去。每逢這時候，楊秀清就玩天父下凡的遊戲。楊秀清這麼做當然讓洪秀全很難受，但對於天國的穩定還是有好處的，因為洪秀全是一個性格粗暴的人，處事方式也非常簡單，看不慣的不喜歡的就殺，楊秀清做事要認真謹慎得多，這樣就避免了許多冤獄。
在對待男女分營的事情上，洪秀全是一個非常固執的人，楊秀清從人性的角度很反感這樣，他覺得革命雖然重要，但也不能泯滅人倫，男女之愛是人的天性，所以不應該禁止男女分營，應該允許他們每隔二十天或是三十天能夠回家跟老婆團聚一次。楊秀清還建議不應該把象徵帝王的「龍」打入妖魔鬼怪的行列，洪秀全是個反傳統的人，所以龍在他眼裡也是妖魔鬼怪中的一個。而楊秀清卻認為龍是中華民族的象徵，不應該打入牛鬼蛇神的行列。
也許是迫於形勢，洪秀全公開讚揚楊秀清坦誠、無畏、忠實，所以應該被尊為「勸慰師」和「聖神風」，所謂的「勸慰師」和「聖神風」就是三位一體中的聖靈，估計洪秀全這麼做也是無奈的。
如果說洪秀全是天父的兒子的話，那麼楊秀清似乎正在一步步高升，要把天父的兒子從天國的寶座上擠下來。用今天的話說，楊秀清是一個非常上進的人，已經是二把手的人，再往上爬，洪秀全豈不要從頂端摔下來。
1853年12月，楊秀清幾次天父附體，羞辱洪秀全的兩大心腹，韋昌輝和秦日綱。楊秀清有時閑得無聊，就會突然倒地，然後讓侍女去傳喚韋昌輝。韋昌輝到了之後，必須五體投地聽楊秀清訓誡。楊秀清坐在轎子里，韋昌輝必須在一旁恭敬地當個跟班。就連楊秀清的奴僕都可以把韋昌輝玩得團團轉。秦日綱的處境也好不到哪兒去，他甚至還要為東王抬轎子。
也是因為這個原因，韋昌輝和秦日綱對洪秀全更加依賴，他們知道只有這個人能夠幫自己除掉楊秀清，雖然這個人沒什麼能力，但他畢竟是天國的最高領導人，至少名義上是這樣的。私下裡，韋昌輝經常跟楊秀清唱對台戲，楊秀清曾建議洪秀全要節儉，又不是開時裝店，幹嗎弄那麼多龍袍。韋昌輝卻對洪秀全說：「天王大哥，你現在富甲天下，龍袍當然是越多越好。」
後來，楊秀清知道了這事，洪秀全出來打圓場：「秀清就是古代敢於直言的正直大臣啊，昌輝只是心疼我這個做哥哥的，你們兩人都是愛我啊，只是方式不一樣而已。」
對楊秀清來說，他是容不下有人再稱王，韋昌輝雖然是北王，但在他眼裡也只是一個跟班的。楊秀清只想在太平天國內部建立一個四人領導集團，這四人中除了他自己和洪秀全，其他兩個都是不存在的。一個是長兄耶穌，一個是三哥馮雲山，洪秀全是老二，楊秀清是四弟。
毫無疑問，太平天國已經分化為兩個陣營，這兩個陣營不存在什麼是非，只存在好壞之分。以楊秀清為首的一派，代表的是更專業更有遠見的利益集團，他們的目的是一統江山，再創盛世。以洪秀全為首的一派更多的是關注既得利益，為了既得利益，韋昌輝和秦日綱這些人聚攏在洪秀全周圍。
楊秀清曾以上帝的口吻說過這樣的話：「千古英雄不得除，流傳全仗簡中書。」意思很明顯，就是讓洪秀全珍惜文化和典籍。
楊秀清清楚地看到，走向傳統文化的對立面只會威脅天國的事業。楊秀清的看法是對的，當時有很多人對太平天國的統治不滿，有讀書人，也有一般的勞苦大眾。所以，曾國藩拿太平天國毀壞傳統的事情大做文章。楊秀清是一個政治家，洪秀全是個權謀家，政治與權謀在中國的傳統文化里很難區分，但多少還是有一些區別的。政治是為了求大治，在求大治的過程中難免會做出一些權謀之事，譬如唐太宗發動宣武門兵變。而權謀則是為了個人利益不惜犧牲一切。一個是以大治為最高標準，一個是以個人利益為最高標準。
1855年，楊秀清已經病魔纏身，躺在床上的時候他也不忘日理萬機，權力就像鴉片，很容易上癮。楊秀清每次扮演天神下凡時，排場越來越大，他的家屬和部屬地位已經非常高了，大家整整齊齊排列在宮殿里。楊秀清如果要出巡的話，所有人都必須在宮外提前一兩個時辰，恭敬地等候在那裡。有時候連洪秀全也不得不跪在天王府門口恭候楊秀清的到來，如果楊秀清不想親自動身的話，洪秀全還必須跑到東王府聽候聖旨。
到此時，洪楊二人之間雖然表面上風平浪靜，事實上已經到了你死我活的地步了。自古一山不能容二虎，權力鬥爭從來沒有雙贏機制，雙贏只存在於現代的商業和政治活動中。
楊秀清往最高權力路上奔走之時，韋昌輝和秦日綱最辛苦了。如果楊秀清心血來潮，半夜天神附體，韋昌輝必須連夜趕到東王府，倘若遲到一分鐘，楊秀清就讓人用板子伺候韋昌輝。堂堂一個北王，落到這步田地，我們可以想像他心裡的怨恨。
洪秀全把秦日綱提拔為燕王，後來因為西征失利，又被楊秀清廢掉了。