肅清湖北的太平軍後，曾國藩一時之間也被勝利沖昏了頭腦，他在咸豐的奏摺中洋洋得意地說，東南很快就會出現轉機，形勢很有可能扭轉。
湘軍上下比曾國藩更嘚瑟，大家都覺得太平軍不堪一擊，紛紛鼓噪著一舉肅清江面，直搗天京。曾國藩也覺得是時候了，他在九江和湖口一帶糾集部隊，準備順江摧毀太平軍的防線，然後在天京城外和向榮會師，一同攻破天京城。
這個算盤是很好的，但是也有點虛。曾國藩首先應該估摸自己的勢力，然後再了解太平軍的勢力，然而求勝心切，哪顧得了那麼多。
曾國藩急命兩大王牌將領塔齊布和羅澤南進攻，進攻的目標是太平軍的後起之秀陳玉成。陳玉成是一個很有天賦的將領，不過太年輕了，他雖然是佯裝撤退的計策擊敗了周鳳山的軍隊，但是塔齊布和羅澤南同時過來襲擊，被三路大軍夾擊，豈有不敗之理。
秦日綱又在九江被擊敗，這時太平軍呈全線潰敗的頹勢。秦日綱一路退到黃梅，黃梅縣是湖北、江西、湖南三省的交界點，也是太平軍的一個重要軍事要塞。
秦日綱不斷敗退的同時，楊秀清也一再地對他表示憤怒，先是讓石達開取得一切指揮權，接著表示，如果黃梅再丟了，決不輕饒。秦日綱也知道楊秀清是個什麼樣的人，如果黃梅丟了，自己的腦袋估計也保不住了。
秦日綱背水一戰，為了打贏這場戰，他不斷地加固防禦工事。他在黃梅城外挖掘了許多巨大的梅花坑，深達丈余，裡面布滿了地雷和竹籤。黃梅城的周圍陷阱重重，滾石檑木一大堆，秦日綱自認為湘軍這次怎麼也不可能拿下黃梅城。
秦日綱千算萬算，就沒有算到湘軍有幾十個間諜潛入軍中。這些間諜冒充太平軍，將城內外的布置弄得一清二楚，塔齊布對太平軍的陷阱了如指掌。
儘管如此，秦日綱還是仗著堅固的防禦工事屢次擊敗湘軍。秦日綱沒得意多久，湘軍內外夾擊，攻入城內，放火燒成，擊敗秦日綱。這次湘軍付出的代價相對較大，死傷甚巨，猛將塔齊布也在戰鬥中受了重傷。
秦日綱和陳玉成退到宿松和太湖一帶，兩人都飽受挫折，心裡留下了一點陰影，守著陣地死活不肯出戰。
咸豐四年（1854年）十一月初七，羅澤南率領四千人向濯港進發，遇上了羅大綱和賴桂英，太平軍方面有兩萬人。羅大綱雖然也姓羅，但此羅遠不是羅澤南的對手。羅大綱自亂陣腳，居然分兵突圍，結果正好被羅澤南擰緊一個拳頭擊敗。羅大綱和賴桂英被擊退之後，也學著秦日綱的樣子，堅守不出。
由攻勢轉為守勢，這是太平軍最大的變化。
不是湘軍太猛，而是太平軍的士氣正在不斷下跌，這說明龐大的太平集團出現了問題。當你的敵人做得比你更好的時候，一定要注意學習別人的優點，在戰場上尤其如此，在這一點上，以洪秀全楊秀清為代表的太平集團做得不夠好。
不久，羅大綱在幾支湘軍的猛烈攻擊下，損失萬人，退到湖口。湘軍銳氣高漲，一鼓作氣擊敗九江江面的太平軍水師部隊。
湘軍完全收復了湖北。
太平軍全部退到九江湖口，湘軍近兩萬人也嚴陣以待，準備一舉攻下九江和湖口。為了鼓舞士氣，曾國藩親自來到九江。
這邊楊秀清比較悲劇，他對秦日綱非常痛恨，讓石達開代替秦日綱主持西征軍的一切軍務。楊秀清當然很想一刀斬了秦日綱，但秦日綱畢竟是洪秀全的人，讓秦日綱主持西征軍事宜也是洪秀全的主意。打狗也得看主人，何況是殺一個王。
楊秀清知道，如果長江上游的防線全部失掉，太平集團就岌岌可危。楊秀清讓石達開統領西征軍不只是為了表達對洪秀全的不滿，而是真切地希望他能夠挽回敗局。所以，楊秀清把新訓練出來的幾萬新兵全部交給石達開。但石達開能不能力挽狂瀾是個很大的問題，西征之前，太平軍的勢力很強大，水師部隊也很龐大。現在水師部隊幾乎全部被摧毀，陸軍屢戰屢敗，損失了不少人。
九江其實是一個無險可守的城市，但戰略地位也很重要。清廷方面認為，南方的大局全在於長江，長江的關鍵全在於九江。石達開也是這麼看的，守住了九江等於是為安慶和天京提供了保障，同時又能隨時反攻，進攻其他省。
石達開這個人做事很有計畫，在全軍防守九江之前，他趁著湘軍和秦日綱大戰。從背後搞到了很多糧草，全都運往九江，準備在九江跟湘軍來個大決戰。
秦日綱也不是沒有功勞，他的功勞就是為石達開贏得了充足的時間。石達開讓自己的心腹愛將林啟容鎮守九江，林啟容這個人前面曾提到過，還是有幾把刷子的，打仗跟石達開很像，都是穩健保守派，都有一個宗旨：以最少的代價換取最大的收穫。
林啟容是個防守天才，他居然用石達開搶到的糧食做成堡壘。他把糯米和黏土混合在一起，製造出黏性十足的堡壘，因為黏性十足，很適合抵擋炮彈的襲擊，也會讓湘軍進攻時很糾結。你想想，一群人拿著刀槍往前沖，忽然前面是一堆糯米團，是應該上，還是應該退，上的話會被黏住，行動不便。
西征軍水師覆滅，石達開知道要想打贏這場戰，還必須建立起一支水師，而且是更加精銳的水師。所以，他在安慶設置了造船廠，模仿湘軍建設水師的經驗，準備打造出一支像樣的水軍。
曾國藩指揮兩萬湘軍攻城，但都被林啟容擊退。林啟容不愧是得到石達開的真傳，防守密不透風，湘軍將領童添雲陣亡，羅澤南也受了傷，李續賓也不能討到好處。戰事處於膠著狀態。
石達開不愧是一個優秀的統帥，九江在防守的同時，他還在到處打劫湘軍的糧草。盛衰之勢極有可能扭轉，湘軍攻了一個多月，沒有半點效果。石達開認為，戰事越久對自己就越有利，時間一長，曾國藩必定心浮氣躁，然後會更加急於求成，到那時或許就是出擊的時候。
鄱陽湖那邊的水戰也正打得熱火朝天，石達開知道湘軍水師厲害，親自指揮戰鬥。他發現湘軍艦船有一個弱點，艦船雖然龐大，卻很笨重，搏殺與移動主要靠舢板來完成，如果拿掉舢板等於是拔掉老虎的牙齒。
石達開故意撤走鄱陽湖口的水軍，引誘湘軍進入鄱陽湖。湘軍果然中計，等湘軍的舢板全部入湖，石達開下令封鎖湖口，然後把湘軍的大船小船分割開來，再派小艦艇去放火攻擊，湘軍的小船被殲滅之後，大船就只能坐以待斃了。湘軍水師敗退到九江，石達開下令趁著夜色進攻，同時襲擊曾國藩的座船，殺掉船長，曾國藩差點成為階下囚。雖然僥倖逃走，曾國藩羞憤交加，投水自殺，再次被部下救起。這都怪江忠源，開了一個好頭，以後湘軍將領打敗了如果不自殺，彷彿覺得內疚似的。
這一戰粉碎了曾國藩直取天京的計畫，石達開終於挽狂瀾於既倒，解救了天國的一次大危機。西征戰場的勝利仰賴於楊秀清的運籌帷幄，楊秀清選擇了石達開，石達開勝利了，證明了楊秀清決策之正確。
湖口之戰後，石達開迅速佔領江西的大部分地方，部眾也擴大到幾十萬人。曾國藩帶著湘軍守衛南昌，此時南昌變成一座孤城，出於謹慎考慮，石達開並沒有攻打南昌。石達開當然是擔心損兵折將，但沒有將曾國藩的湘軍斬草除根，也是一個很大的失策。