咸豐三年（1853年）正月初二，太平軍啟程了，這次他們的目的地是南京。
這次，他們也學乖了，再也不敢全軍都乘坐在民用船里。作為天王，洪秀全坐在舒適的大船里。楊秀清、韋昌輝、石達開、秦日綱等人則率領水師拱衛，保證不會再被偷襲。當時，船分為兩種，一種是民用船，一種是戰船。楊秀清等人指揮的就是戰船，戰船有作戰功能，不會被偷襲。
為了保險起見，林鳳祥、胡以晃、李開芳等人還率領著步兵在岸上走，蓑衣渡的悲劇不會再重複了。悲催的是清軍，沒人敢惹這麼一支龐大的隊伍，沿途的清軍都不超過幾千人，太平軍一人一口唾沫就能淹死他們。
消息傳到京城，咸豐氣得差點翹辮子，立即將欽差大臣徐廣縉逮捕入獄，提升向榮為欽差大臣，專門負責湖南和湖北的軍務。咸豐還任命兩江總督陸建瀛為欽差大臣，負責江蘇和安徽的防守重任。此外，咸豐又任命了河南巡撫琦善為欽差大臣，駐守湖北和河南。
咸豐用欽差大臣的數目表明他很重視，也很生氣，希望這些欽差大臣們給點力。咸豐心想，只要你們人人給點力，帝國就無虞了。
向榮很想給力，他在九江糾集重兵，準備和清軍在這裡大幹一場。在到達九江之前，太平軍暢行無阻。欽差大臣陸建瀛整天神經緊張，收到向榮的消息後，趕緊下令全軍撤到九江。在九江時，陸建瀛整天焦躁不安，要是向榮沒能及時趕來怎麼辦啊？
陸建瀛下令全軍必須日夜巡邏，切不可有絲毫疏忽，結果全軍上下的神經都綳得緊緊的。有一天夜裡，陸建瀛實在睡不著，半夜起來出去巡視，沒想到巡夜的士兵居然把他當成賊，狠狠地揍了他一頓。這個欽差大臣當得太窩囊，陸建瀛還不能責怪那個士兵，反而誇獎他敬業。可想而知，當時清軍壓力之大。
陸建瀛後來實在受不了，心想，要是向榮沒有及時趕到，我這老身子骨就要送給長毛了。九江這地方太危險了，陸建瀛越想越怕，撤到彭澤。到了彭澤後，他還是覺得很危險，居然連夜乘坐小船跑到南京，留著將領們守城。
巡撫張芾看欽差大臣跑了，心裡也著慌。張芾素來怕死，乾脆帶著全軍將士一起逃命。向榮果然沒有如期到達九江，太平軍來時，發現這裡空空蕩蕩，大家一路引吭高歌經過九江，很快就到達軍事重鎮安慶。安慶總兵王鵬飛知道大勢已去，自己如果抵抗，肯定是全軍覆滅，乾脆帶著大家一路狂奔，狂奔沒有目的地，離太平軍越遠越好。
安慶的戰略位置非常重要，它有長江作為天險，是太平天國一個重要的屏障，如果能把安慶搞好，南京城的安全就能得到鞏固。後來，曾國藩把安慶比作是太平天國的七寸，不惜巨大代價拿下安慶，最終撬翻太平天國。但太平天國的領導人卻沒一個意識到安慶的重要性，別說是不學無術的洪秀全，就是腳踏實地的楊秀清也沒看到這點，這件事充分說明了多讀點書多長點見識是有好處的。
楊秀清到了安慶後，根本沒想到好好經營這個戰略要地，還是老一套，瘋狂擴軍，將錢財席捲一空。
太平軍離開安慶後，部眾已經擴大到七十萬人了。
鎮江、瓜州、揚州、南京全都暴露在太平軍的刀鋒之下。太平軍一旦控制了鎮江和瓜州，等於是控制了南北漕運的咽喉，清廷危矣。沒有南方糧草和銀錢的供應，在曾國藩和左宗棠還沒有脫穎而出的時候，要想擊敗蝗蟲一樣的太平軍簡直是不敢想像的事情。
咸豐也很焦急，提拔周天爵為安徽巡撫，負責在安徽剿匪。這個周天爵我們已經見識過了，完全是一個大內密探零零發，他極有搞笑天賦，但現實不是電影，搞笑是搞不垮敵人的。這次，周天爵又對咸豐說：「太平軍非常驍勇善戰，要想打敗他們是不可能的，只有一種辦法。」
「什麼辦法？」咸豐問。
「下毒，」周天爵表情深沉地說，「皇上，您只要給我三十萬斤的爛腸草，我保證讓洪秀全和楊秀清不戰自潰。」
咸豐還真相信了，立即下旨讓兩廣總督葉名琛收集三十萬斤的爛腸草。據說，石達開曾經讓士兵們收集了幾萬斤爛腸草賣給葉名琛，再用這些錢買回了不少大炮火槍。
周天爵搞笑過頭了，最後自己辭去軍務，推說自己年紀大了。咸豐於是緊急召見軍機大臣，問他們怎麼辦。經過一番商議和爭吵，最後制定了一個戰略：南京將軍祥厚主持這次防守，江蘇巡撫楊文定鎮守鎮江，漕運總督楊殿邦鎮守瓜州，向榮帶兵到南京救援，琦善帶兵支援瓜州，江忠源和鄧紹良帶兵救援南京。
清廷高層的想法是在南京城下一舉殲滅太平軍的主力。但向榮和琦善卻違背聖旨，遲遲不肯出兵。曾國荃後來評價說：「先到先敗，後到後敗，同到同敗，不到不敗。」江南總共兵力才幾萬人，太平天國卻有七十萬之眾，能夠作戰的至少也有十萬人。軍機大臣們紙上談兵不需任何代價，只不過浪費點口水，但前方將士卻要因為這些口水而送命。自古就有將在外軍令有所不受的說法，所以他們的做法也是可以理解的。
一月二十八日，李開芳的部隊抵達南京城外，從武漢到南京只用了一個月的時間，一路上基本上沒遇到像樣的抵抗。
李開芳到了南京城外後，終於遇到了一次像樣的抵抗。這支抵抗的力量並不是來自清軍，而是一個叫張炳垣的讀書人糾集的幾百鄉勇。令人稱奇的是，這幫鄉勇連武器都沒有，拿起扁擔充當武器。還別說，他們打得有模有樣，因為是巷戰，太平軍不熟悉地形，被他們打得暈頭轉向。
陸建瀛在城樓上看呆了，他不理解怎麼會發生這種事情，幾百個鄉勇對付太平軍上萬人，怎麼可能？這仗打得起來嗎？
鄉勇們一下子打出了自信，加入團練的越來越多，大家紛紛請求總督陸建瀛支援，貢獻些武器。陸建瀛本是個神經很容易緊張的人，他認為這幫鄉勇是太平軍的內奸，故意做做樣子引誘自己開城。陸建瀛不但不給鄉勇們武器，反而下令向鄉勇們開炮，炸死了幾百個鄉勇。鄉勇們徹底寒心了，紛紛逃走。
陸建瀛非常黑，他殺死鄉勇後，還上報說擊殺了大量的太平軍。咸豐一聽他立功了，表揚一番，陸建瀛把這些錢全部挪入自己的家中。
不久，林鳳祥的精銳部隊和李開芳會師，太平軍意氣風發，而城內的守軍卻心驚膽戰，個個像縮頭烏龜一樣躲在城樓上。
太平軍先不急著攻城，而是把大炮先運到城下。李開芳大旗一揮，數十門大炮朝城樓轟去。城裡許多建築被轟塌，看這架勢，陸建瀛又想逃命。儒生張炳垣這時候派上用場了，他建議陸建瀛，用牛皮泡水後包裹藤盾，再蒙上一層漁網，蓋在城樓上就可以抵擋炮火。陸建瀛將信將疑，到了這節骨眼上，也只能死馬當活馬醫了，權且當做是一個偏方吧！
沒想到這偏方真的很管用，陸建瀛此時心理上完全處於依賴狀態，他覺得張炳垣這個人太神奇了。只要有他在，南京城定然金槍不倒，這麼一想，便不再作逃跑的打算。
別說張炳垣不是諸葛亮，就算他真是諸葛亮也不管用。各地援兵都沒趕到，南京城已經是一座孤城了。而且攻城的林鳳祥是個有勇有謀之人，無論白晝黑夜，太平軍的大炮持續不斷地轟擊著南京城，城內的守軍無不心驚膽戰。一到晚上，林鳳祥就將士兵分成很多小隊，假裝要攻擊，搞得清軍人心惶惶，夜不能寐。
與此同時，南京城內部也不消停，城內的天地會教眾也伺機搞破壞。到了這地步，陸建瀛已是草木皆兵，南京城已經沒有不破的道理了。就算不會被攻破，陸建瀛也會精神崩潰。
楊秀清到了前線之後，下令在靜海寺、天后宮等地方挖掘地道，準備實施爆破攻城的計畫。張炳垣發現之後，建議陸建瀛在入城口修建地堡，在城中主幹道兩旁設置炮台，只要太平軍挖地道就轟擊。不知道為什麼陸建瀛拒絕了他，想是這些天被嚇壞了，不再相信張炳垣。
二月十日，一聲巨響，獅子山上的那塊城牆轟然倒塌，接著太平軍又用大炮猛烈轟擊缺口。獅子山那塊的城牆全部倒塌，太平軍蜂擁入城，陸建瀛正準備逃跑，不想在街上被逮了個正著，當場被殺。如果以為到這裡戰事結束了，我們就大錯了。漢兵們一鬨而散，因為之前楊秀清頒布過命令，凡是投降的可以不殺，所以大家還是保命要緊。
但南京城內駐紮著一支八旗軍隊，八旗軍隊是沒有特赦權的，不論投降還是血戰，都是個死。置之死地而後生，八旗兵和城裡的鄉勇聯手，居然把攻入城內的太平軍全部殲滅。許多和尚也加入了這場戰鬥，因為太平軍從武昌到南京的途中殺了不少的和尚，理由是這些和尚相信佛祖不相信上帝。
李開芳親自率領大部隊進城，才控制局面，將八旗兵擊退到城中之城中。南京城內也有很多的小城，這些旗人拼了命也要跟太平軍戰鬥到底。洪秀全這是自己給自己找麻煩，如果改變一下政策，規定投降的人一概不追究，說不定這些八旗兵立即會繳械投降。