清軍的慘敗給咸豐打了一針，讓他意識到自己可能遇上對手了。
第一件要做的事情是懲罰那些作戰不力的將領，接下來便是調兵遣將了。咸豐派遣湖北鹽法道姚瑩和淮揚道嚴正基前往廣西督戰，還派遣廣州火器營副都統烏蘭泰去支援。烏蘭泰這個人很有意思，他只帶了二十八個火槍兵。如果說這些還只是點將的話，那麼接下來就是要選帥了。
為了確保戰爭取得勝利，咸豐還任命首席軍機大臣、文華殿大學士賽尚阿為欽差大臣，到廣西去坐鎮指揮。賽尚阿出馬可見咸豐對太平天國的重視程度。
賽尚阿是滿洲正藍旗人，嘉慶年間曾中過舉，在滿人之中他算是比較有文化的，道光年間曾擔任軍機大臣，官職理藩院尚書。到道光末期，他又身兼協辦大學士和九門提督等要職，在人們眼裡已經是一人之下萬人之上的宰相了。
在賽尚阿出征前，咸豐就送給他一把尚方寶刀，授予他先斬後奏的權力。咸豐還給他增撥了兩百萬兩白銀，對他寄予了殷切的希望。賽尚阿去廣西，一般人都認為賊眾死定了，只有少數人保持著清醒的頭腦，翰林院侍講鐵林就是其中之一，他斷定賽尚阿這次去不但不會成功，反而會引起天下的兵災。
鐵林憑什麼作出這樣的判斷呢？事實上，鐵林對太平天國也不了解，但他了解賽尚阿是個什麼樣的人。賽尚阿做官還可以，清正廉潔，審案和辦公都還行，讓他去打仗卻是萬萬不行的，上了戰場我們就知道了。
賽尚阿出發時排場是相當大的，時任吏部侍郎的曾國藩當時對此就很看不上眼，在給弟弟的信中嘲諷賽尚阿虛張聲勢。賽尚阿還沒有到達廣西，從其他各省選出來的四千精兵已經開到廣西。在賽尚阿抵達廣西前，廣西已經有四萬的清軍了。李星沅已經被打怕了，整日憂懼，既恐懼太平軍襲擊，又擔心咸豐怪罪。沒多久，就一命嗚呼。
賽尚阿從京城到廣西，走走停停，一共花了兩個月。這兩個月，清軍和太平軍主要是對峙，雙方都忙著修建防禦工事，並不急著交戰。中途，太平軍的將領凌十八率領萬人前來會師，結果清軍在江上攔截，致使會師失敗。這次會師失敗，對太平天國是一次沉重的打擊，他們意識到自己並不是戰無不勝的。
其中一些教徒開始清醒，清醒之後第一件事就是後悔：「哎呀，我的腦殼出了毛病啊，怎麼相信上帝、天堂這些個離譜的東西。」可惜財產都已經充公了，現在肯定是要不回的，一些心懷不滿的人於是在背地裡搞破壞，搶劫民財、煽動叛亂等，太平天國的軍紀開始受到挑戰，如果不能果斷有力地處理好，很有可能從一支紀律嚴明的軍隊再次蛻變為流寇。
這時候，楊秀清站出來了，哐啷一聲倒在地上，又噌的一聲跳將起來。不得不佩服楊秀清這個人，每到太平天國危難之時，他都不顧腦震蕩的危險，模仿殭屍倒地跳起這種非常傷筋骨的行為。楊秀清對大家說了：「我派遣你們的主子為天王，他說的話就是我的命令，你們一定要遵從。你們要全心輔佐你們的天王，不得有任何膽大妄為的行為，也不能有任何怠慢。相信你們的天王吧，我既然讓他做你們的真主，你們跟著他一定不會錯的。」
楊秀清「清醒」後，蕭朝貴也哐啷一聲倒地，接著又跳起來，說道：「天國的臣民就應該有天國的風範，要遵紀守法，不要搶劫百姓的財產，打仗的時候不可以臨陣退縮。大家要不分彼此，同心協力，打下江山以後，不僅可以上天堂，榮華富貴也享不盡。」
楊秀清和蕭朝貴這雙簧唱得好，一個是從思想上規整眾人，一個是用物質誘惑教眾，真是精神文明和物質文明兩手抓的典範。
清軍越來越多了，太平軍的日子也越來越難過。這期間，凌十八的部隊被清軍殲滅，很多人投降了清軍，最著名的一個降將就是馮子材，馮子材後來成功擊敗法軍，從一個流寇將領變成民族英雄，這是一個非常華麗的蛻變。
賽尚阿對打仗毫無經驗，來了以後也想不出好的戰略，只能硬著頭皮讓向榮和烏蘭泰出戰。烏蘭泰一直掌管火器營，是個火器專家，不喜歡近身肉搏，喜歡搞遠程射擊。他帶著幾十個炮手朝對方開炮，雙方互有損傷。烏蘭泰急著上奏，說自己轟死對方多少多少人，偏偏不提己方損失了多少人。
在小規模交鋒中，雙方互有勝負。烏蘭泰取得小勝之後，第二次跟太平軍交手時卻被圍住了，清軍紛紛逃竄。後來，還是向榮趕過來支援，擊退了太平軍。
賽尚阿到廣西後做的第一件好事就是重用在家守喪的舉人江忠源，江忠源可謂是湘軍團練的祖師爺，當時他負責訓練五百個團練。江忠源雖然在鎮壓太平軍過程中名氣很大，但一生帶兵從沒有超過三千團練。
江忠源上前線後，帶領五百個衣衫襤褸的鄉勇，逼向清軍前線。石達開以為江忠源是來送死的，很是輕敵，沒想到江忠源帶領的這些鄉勇全都彪悍勇猛，都是一副拚命的架勢。石達開一看討不到便宜，趕緊下令撤退，結果在逃跑過程中被江忠源砍了幾百個士兵首級。
江忠源一出手就讓人刮目相看，清軍上下都對他相當尊重，職位比他高的將領在行動之前都會先請教他。此後，江忠源一發不可收拾，在戰爭中屢屢挫敗韋昌輝、石達開這些人，江忠源收到咸豐的表揚如同雪片一樣。
寫鴉片戰爭之時，我們就提到台灣島姚瑩這個人，鴉片戰爭時，清軍全面潰敗，只有台灣取得了局部勝利，由此可見姚瑩這個人不一般啊！像這樣的人才自然要用到刀刃上，這次平定太平天國起義也有姚瑩的一份。賽尚阿雖然不懂打仗，但還是會用人的，他的任務不在於指揮，而在於協調各路將領。
在賽尚阿的統一調度下，太平軍扛不住了。清軍步步為營，穩打穩紮，想一步步摧毀太平軍。洪秀全危機感重了，打算突圍回到金田。回去的路上，洪秀全掃蕩了曾經抓捕馮雲山的團練頭目王作新等人，王作新的親屬有四五人戰死，王作新自己則脫身逃走。
太平軍轉移到紫荊山一帶時，與清軍又展開了一場血戰。賽尚阿拿著尚方寶刀，清軍將士們不敢不死戰。在統一領導和尚方寶刀面前，向榮的能量得到了釋放，他就像一個能量驚人的野獸，在戰場上不知疲倦地廝殺著，讓洪秀全和楊秀清寢食難安。同時，姚瑩和江忠源還不斷發起心理戰，宣稱洪秀全已經被擊斃，清軍已經在太平天國的防區內埋下了大量的地雷和炸藥。
這些心理戰術對瓦解敵人的鬥志起了很重要的作用，太平天國中很多人開始想著叛離。到了這時候，又是楊秀清和蕭朝貴付出之時了，他們冒著腦震蕩和骨折的危險再次玩起了鯉魚打挺的遊戲。可惜，危機時刻，這些舊日的把戲已經不太管用了。
怎麼辦？楊秀清覺得還是用實力說話吧，打幾場勝仗鼓舞一下士氣。楊秀清親自率領部隊擊潰了烏蘭泰的火槍兵，他想多撈幾個勝利，穩固軍心，可惜還是難敵餓狼一樣的向榮，最終被打回來了。蕭朝貴和韋昌輝也先後被向榮擊敗，韋昌輝的兩個弟弟戰死。向榮將戰線推入太平天國的防區，佔領了太平軍的一些重要陣地。連在戰場上一向沉穩老辣的楊秀清也屢屢吃敗仗，更讓人絕望的是，這時候各省仍在源源不斷地往廣西運送清兵。
楊秀清一向是個沉得住氣的人，這時候也有些發狂了，滿腔怒氣無處撒。他決定選擇達洪阿下手，達洪阿這個人喜歡炫耀，平時沒事習慣把皇帝賞賜的黃馬褂穿在身上，在戰場上也不例外。楊秀清便挑選了一批精幹的兵將，襲擊達洪阿所在的部隊，恰好烏蘭泰趕過來支援，都被楊秀清殲滅，僅達洪阿和烏蘭泰兩人倖免。
儘管如此，也無法扭轉太平軍的劣勢。恰好這時，旗人巴清德嫉妒向榮的功勞，拚命跟向榮作對，給咸豐上書「五不可」，讓皇帝好好管教向榮，別讓他氣焰過於囂張。結果，在戰場上如狼似虎的向榮氣得一病不起，賽尚阿充當和事老，過來勸向榮，向榮這才勉強起床。
清軍勢頭很猛，大有一戰撲滅起義的架勢。
八月二十日，太平軍撤到平南縣思旺墟，這裡是楊秀清處女戰的地方。這一次可能不會像第一次那麼走運了，清軍也尾隨而至，和太平軍相距不到五里。雙方都沒有進攻，不久就天降大雨，火器都不能用了。這時候如果打仗的話就完全是拼刺刀了，楊秀清也是這麼想的，所以他命令蕭朝貴和韋昌輝抓住機會，即時出擊。
向榮之前特別拉風，沒想到這場雨中之戰全軍覆沒，他本人狼狽不堪地逃走。逃到半路上，江忠源過來接應他。向榮抱著江忠源大哭：「我打了幾十年的仗，從來沒有受過今天這種恥辱。」
正是這一戰，給了太平軍喘息的機會，他們收繳了清軍的輜重糧草和武器，衝出了清軍的包圍，向廣西繁華地帶發展。不僅鼓舞了原本低落的士氣，而且士兵很快就發展到八萬人。
咸豐派遣欽差大臣賽尚阿，原本是為了撲滅叛亂，沒想到叛亂之火越燒越旺。我們只能說，這個欽差大臣不管用。