上文我們闡述了《講疏》對《四庫提要敘》「考鏡源流」上的正誤，此處再分析對《四庫提要敘》「辨章學術」上的糾偏。
在辨章學術的過程中，學者不同的價值取向決定了各自不同的價值判斷，不同的學術傾向又影響著他們對不同學派、學科、學術的評價。由於尊聖、崇經、忠君的立場，四庫館臣毫不掩飾自己「編錄遺文」的目的，是「以闡聖學、明王道為主，不以百氏雜學為事」 。他們認為經文「如日中天，無所容其贊述」，對經書只能信仰而不得懷疑，對「天裁」「聖諭」只能讚頌而不可否定，一切以「天裁」的是非為是非，以「聖諭」的好惡為好惡。儘管四庫館臣反覆申言「參稽眾說，務取持平」 ，不斷強調「掃除畛域，一準至公」 ，可是由於特定的意識形態、政治態度及學術傾向，他們在月旦學人、論定學術、評價學派時，正如張先生所批評的那樣，有時難免「逞愛憎之私，失是非之公」 。他們在總敘小敘中所闡述和勾勒的學術史，有些部分像誇張變形了的「學術漫畫」：有的學人被拔高聖化，有的學派學人又被貶損醜化。
先看四庫館臣對漢學、宋學的態度。他們主觀上申明要「消融門戶之見，而各取所長」：「要其歸宿，則不過漢學、宋學兩家，互為勝負。夫漢學具有根柢，講學者以淺陋輕之，不足服漢儒也；宋學具有精微，讀書者以空疏薄之，亦不足服宋儒也。」 表面上看，似乎對漢學與宋學一碗水端平，而實際上正如《講疏》所指出的那樣，這些都是館臣們的門面話，「然通觀全書，於評定學術高下、審斷著述精粗之際，仍多揚漢抑宋之辭。蓋習尚移人，賢者不免」。《講疏》還特地提醒讀者說：「讀是書者，宜知其論列古今，自不無偏袒之見也。良以紀昀學術根柢，仍在考證。江氏《漢學師承記》，取與江永、金榜、戴震諸家並列，以其治學趨向同耳。其撰述《提要》有所軒輊，不足怪也。」 清從乾嘉開始，漢、宋之爭形同水火，在《詩經》研究領域裡，「攻漢學者，意不盡在於經義，務勝漢儒而已。伸漢學者，意亦不盡在於經義，憤宋儒之詆漢儒而已」。這兩派名義上是論是非，而實際上是爭勝負。《四庫提要·詩類敘》兩邊各打五十大板，一邊說對於兩方的意見「全信全疑，均屬偏見」，一邊又說「至於鳥獸草木之名，訓詁聲音之學，皆事須考證，非可空談。今所采輯，則尊漢學者居多焉」 。從館臣的取捨可以看出，他們對漢學、宋學的態度並不那麼「持平」，張先生在漢宋之爭中才真正能「消融門戶之見」：
然余觀朱子說《詩》，名雖廢序，而陰本序說者實多。以意逆志，曲得詩旨。以視鄭君牽於禮制、致紆曲而難通者，則有間矣。外此若呂氏（南宋呂祖謙——引者注）《讀詩記》、嚴氏（南宋嚴粲——引者注）《詩緝》，悉能原本舊義，兼錄時人說《詩》之言，無適無莫，實事求是。嚴書尤後出，集諸家之成，實能鎔鑄漢唐舊義，為一家言。自來說《詩》之書，未有善於此者。自清儒治經，大張漢幟，率屏棄漢人經說不觀，迄於今三百年矣。平心論之，清儒惟考證名物之情狀，審別文字之異同，足以跨越前人。至於引申大義，闡明《詩》意，不逮宋賢遠甚。二三拘儒，遽欲以廣搜博引，上傲宋賢，斯亦過矣。余早歲治《詩》，於陳氏《毛詩傳疏》，讀之三反，旁涉乾嘉諸儒考證之書，鍥而不捨。及反而求之註疏以逮宋賢遺說，始於篇中之微旨，詞外之寄託，恍然有悟，信足以發墨守而開疑滯，下視有清諸儒之書，直糟粕耳。雖然，訓詁之不明，則大義亦無由自見。清儒發疑正讀之功，亦豈可泯！顧以此為治經之功則可，若謂治經之事遽止於此，則隘甚矣。晚近說經之弊有二：上焉者，蹈襲乾嘉以下經生余習，以解字辨物為工；下焉者，則蔑棄傳注，以游談臆斷相尚。舍大道以適荊棘，通經之效乃晦。
清儒治《詩經》「足以跨越前人」之處在「考證名物之情狀，審別文字之異同」，宋賢治《詩經》之所長在闡述「篇中之微旨，詞外之寄託」。在張先生看來，前者只能算「治經之功」，只是治《詩經》的基礎和準備，後者才是治《詩經》的目的，它代表一個時代對《詩經》理解和體驗的深度。朱熹通過對《詩經》義的深心體貼和對《詩經》藝的細膩感悟，能夠「以意逆志，曲得詩旨」。鄭玄的《毛詩傳箋》以《禮記》解《詩經》，自然有很多曲解和附會，所以說他「牽於禮制」致使「紆曲而難通」。難怪張先生將朱熹《詩集傳》置於鄭玄《毛詩傳箋》之上了。其實，鄭玄是張先生一生都非常景仰的大師，推崇他「學術淵湛，識斷精審」 ，晚年還撰寫《鄭學叢著》以總結鄭學的成就，該著可以說是鄭學集大成的著作。景仰他卻不偏袒他，這才說得上是「惟求義理之安，不存門戶之異」 ，「一準至公」，平視漢、宋。
在《四庫提要敘》中，揚漢抑宋的學術傾向隨處可見，如《春秋類敘》交代其審斷標準說：「雖舊說流傳，不能盡廢，要以切實有徵、平易近理者為本。其瑕瑜互見者，則別白而存之；游談臆說，以私意亂聖經者，則僅存其目。」由於主其事者紀昀的學術根基在於考證，那些「切實有徵」的著作容易受到四庫館臣的青睞，而那些「游談臆說」一類的東西則被打入另冊。《四庫全書總目·春秋類》末的《案語》稱：「徵實跡者其失小，騁虛論者其失大矣。」 從學理上講，「徵實跡」的史實考證和「騁虛論」的理論闡釋不可偏廢，古人將這二者分別名為「考據」「義理」，這兩種學術路數都各有其優劣，「失小」「失大」更是難見分曉，尚義理者容易失之空疏，尚考據者容易失之瑣碎。當時「達人顯貴之所主持，聰明才俊之所奔赴」多在名物、訓詁、考證 ，紀昀等館臣的觀點不過是乾嘉學界主導學風的反映。《四庫全書總目·凡例》就揭明了全書的取捨標準：「謝彼虛談，敦茲實學。」 張先生對漢學與宋學無所偏心，因而對漢學與宋學的評價也就無所偏見。在《詩經》研究上，他認為鄭玄不及朱熹；在三禮的研究上，他又認為鄭玄遠過宋賢：「鄭氏遍注三禮，為世所宗。」「宋人於名物度數，不能與之立異，惟力詆鄭氏好以緯候說經……要之，三禮自是鄭學。其於勘正文字異同，疏說名物情狀，厥功不細，非可妄議，未宜以其小疵掩其大醇也。」同時，他也肯定宋儒治禮的獨到之處：「漢儒說禮，考禮之制；宋儒說禮，明禮之義，各有攸長，自可兼采。」 「持論歸乎至平，立義期於有據」 ，是張先生一生奉行的學術準的。他不薄漢學也尊重宋儒，所以他在清儒的漢宋之爭中能不偏不倚。
四庫館臣不僅常常揚漢抑宋，還往往尊古卑今甚至是古非今。來看看《樂類敘》對古樂今樂的評價：「顧自漢氏以來，兼陳雅俗，艷歌側調，並隸雲韶。於是諸史所登，雖細至箏琶，亦附於經末。循是以往，將小說稗官，未嘗不記言記事，亦附之《書》與《春秋》乎？悖理傷教，於斯為甚。今區別諸書，惟以辨律呂、明雅樂者，仍列於經。其謳歌末技，弦管繁聲，均退列雜藝、詞曲兩類中。用以見大樂母音，道侔天地，非鄭聲所得而奸也。」 《講疏》分析了館臣所謂「雅俗」之所指和其評斷之所失：「苟非兼陳雅俗，斷不至繁雜至此，故《四庫總目敘》痛斥之。而必謂為悖理傷教，失之過激矣。」館臣為什麼如此偏激呢？除了他們的審美偏好外，更主要的是他們「明王道」的政治立場，使他們把審美趣味上的雅俗，混同於政治上的是非和道德上的邪正——凡雅者必正，凡俗者必邪，於是便咬牙切齒地罵俗樂「悖理傷教」。《四庫全書總目》將那些所謂「謳歌末技，弦管繁聲」都視為是淫蕩的「鄭聲」，將它們全部剔出「樂類」，歸入「雜藝」或「詞曲」二類中。「雜藝」被人鄙視自不待言，「詞曲」在四庫館臣眼中同樣「厥品頗卑」 ，將流行的「弦管繁聲」退出「樂類」而歸於「雜藝」和「詞曲」，就是把這一類音樂打入另冊。從知識類型上看，無論是「律呂雅樂」還是「弦管繁聲」都是音樂，將前者收入樂類，後者貶入雜藝，完全不顧知識分類和圖書分類的基本原則。張先生不同意館臣將所有「弦管繁聲」「皆目為鄭聲」：「大抵事物之興，古簡而今繁；古代樸素而後世華靡；萬類皆然，無足怪者。太古之樂，惟土鼓、蕢桴、葦龠而已。後乃益之以鐘磬弦管，亦有來自域外以補國樂之所不足者，於是音樂始臻極盛。如但一意尊古卑今，舉凡今之所有而古之所無者，悉目為不正之聲，概加屏棄，則違於事物進化之理遠矣。此學者辨藝論古，所以貴能觀其通也。」 《講疏》敏銳地指出館臣是以音樂產生時代的早晚來判定音樂本身的尊卑——但凡古樂必尊，但凡今樂必賤。這既「違於事物進化之理」，也悖於音樂社會學的常識，充分暴露了四庫館臣意識形態上的傲慢和知識社會學上的偏見。
這種意識形態的傲慢在子部各類小敘中表現得更為明顯露骨。我們來看看《法家類敘》：「刑名之學，起於周季，其術為盛世所不取。然流覽遺篇，兼資法戒。觀於管仲諸家，可以知近功小利之隘；觀於商鞅、韓非諸家，可以知刻薄寡恩之非