《四庫全書總目提要》中總類、小類前的敘錄承《漢書·藝文志》之緒，考鏡學術淵源與流衍，闡述學派興盛與衰微，論定各家的是非與高下。但追溯各家各派的學術淵源流變，可不像追溯黃河和長江的源頭那樣可以「逆流而上」，歷史上各種學術和各個流派往往相互影響，彼此滲透，有的可能枝分而干同，有的可能源異而流合，更加之時代久遠頭緒紛繁，所以「認祖追宗」式的考鏡源流絕非易事。《漢書·藝文志·諸子略》中將諸子百家的產生推源於上古的某官某守，如「儒家者流，蓋出於司徒之官」「墨家者流，蓋出於清廟之守」等等，就常被人指責認錯了祖、歸錯了宗，不只現代學者胡適等人提出反駁，連清代四庫館臣也認為「名家稱出於禮官，然堅石白馬之辨，無所謂禮；縱橫家稱出於行人，然傾危變詐，古行人無是詞命；墨家稱出於清廟之守，並不解其為何語」 。《四庫提要》敘錄考索源流時問題也同樣不少，這次該由張舜徽先生來為四庫館臣正本清源了。譬如，《經部總敘》一開口就錯：「經稟聖裁，垂型萬世；刪定之旨，如日中天，無所容其贊述。」漢武帝以後，儒學之士都稱孔子刪定《詩經》《尚書》，制訂《禮記》《樂經》。四庫館臣所謂「經稟聖裁」「刪定之旨」云云，不過人云亦云剿襲陳說。《講疏》闡述了這種說法不成立的理由：
一、「刪定」之說既「無征於《論語》」，又「不見稱於孟、荀」，「秦火以前」並無此說。「《論語》為孔門所同記，於其師一言一行，乃至飲食衣服之微，喜樂哀戚之感，無所不記。使果有刪定之弘業，何其弟子無一語及之？」
二、《詩經》《書經》《禮記》《樂經》四經都是孔子之前就已存在的舊典。「史遷嘗稱『孔子以《詩》《書》《禮》《樂》教弟子』，然《管子》中已雲『澤其四經』，可知以《詩》《書》《禮》《樂》為教者，不自孔子始。此四經者，皆舊典也，孔子特取舊典為及門講習之，所謂『述而不作』也。」《講疏》還特引龔自珍《六經正名》中的名言作為佐證：「仲尼未生，先有六經；仲尼既生，自明不作。」六經為孔子以前「舊典」之說，張氏還可以找到更早的同道，章學誠在《校讎通義》中早就斷言「六藝非孔氏之書，乃《周官》之舊典」 。《講疏》還從社會背景和社會心理兩方面探討了這一說法的成因：「蓋自漢世罷黜百家，獨崇儒術，言及六籍，必推尊為孔子所刪定，此猶言易卦者，必託名於伏羲；言本草者，必託名於神農；言醫經者，必託名於黃帝；言禮制者，必託名於周公，莫不高遠其所從來，以自取重於世，後先相師，如出一轍，學者可明辨之。」 推尊孔子刪定六經，是儒者尊聖宗經的心理作祟，四庫館臣不是無能，而是無意去探尋六經產生的淵源。
如果說認定孔子刪定六經是意識形態作祟，《四庫提要敘》中對方誌、職官、目錄等類淵源的誤斷，則屬於認知偏差或知識錯誤。如《四庫全書總目提要·地理類敘》稱：「《元和郡縣誌》頗涉古迹，蓋用《山海經》例；《太平寰宇記》增以人物，又偶及藝文，於是為州縣誌書之濫觴。」這裡所謂「州縣誌書」就是我們現在所說的「方誌」。四庫館臣把《元和郡縣誌》，尤其是《太平寰宇記》視為「州縣誌書之濫觴」，是因為前者記載了唐元和年間四十七節鎮各府、州、縣、戶政區的沿革，及山川、道里、貢賦等情況，後者在沿襲《元和郡縣誌》門類之外，又增以風俗、姓氏、人物、藝文、土產等門，該著卷帙雖十分浩博，但「考據特為精核」。《太平寰宇記提要》稱：「蓋地理之書，記載至是書而始詳，體例亦至是書而大變。」 但是，將二書作為方誌的濫觴卻犯了以「流」當「源」的錯誤。張先生在《講疏》中說「方誌之起源甚早」，更遠可以追溯到周代，「遠在周代，百國分立，大者如後世之府、郡，小者僅同州縣耳。《孟子》所謂『晉之《乘》，楚之《檮杌》，魯之《春秋》，其實一也』，以今視之，即最古之方誌耳。」不只是周時沒有「方誌」的名稱，「自隋以前，方誌但稱為『記』。即以著錄於《隋書·經籍志》者而言，以三國時吳人顧啟期所撰《婁地記》為最先。此後復有《洛陽記》《吳興記》《吳郡記》《京口記》《南徐州記》《會稽記》《荊州記》等數十種書。此皆後世州縣誌書之作」。張先生還指出，即使像《元和郡縣誌》《太平寰宇記》這樣分門別類記載，其體式也是因襲而非首創：「至於分門敘述，成為專門性記載者，尤不可勝數。《隋志·史部·地理類敘》稱：『隋大業中，普詔天下諸郡，條其風俗物產地圖，上於尚書。故隋代有《諸郡物產土俗記》一百三十一卷，《區宇圖志》一百二十九卷，《諸州圖經記》一百卷。』此乃歷代帝王下詔編纂全國性方誌圖經之始。其後如唐代李吉甫所修《元和郡縣誌》，宋代樂史所修《太平寰宇記》，皆沿用其體，不得謂二書為州縣誌之濫觴也。下逮元、明、清三朝所修《一統志》，亦循斯例矣。」 《講疏》從方誌在上古的雛形，再到方誌體例在隋代的成熟，以及《元和郡縣誌》《太平寰宇記》二書對隋代方誌體例的承襲，通過探本溯源有力辯駁了四庫館臣有關方誌「濫觴」的誤判。
四庫館臣雖極一時之選，但《四庫全書總目》既成之於眾手，又迫之以時限，其間抵牾謬誤在所難免。即使再淵博的學者也會有知識上的暗角，更不可能對每一學術問題細究深考，加之總其成者「紀氏恃其博洽，往往奮筆直書，而其謬誤乃益多」 。《四庫提要敘》在考鏡源流時甚至還出現知識性的「硬傷」，如《目錄類敘》斷言：「鄭玄有《三禮目錄》一卷，此名所昉也。」「目錄」名稱起於東漢後期的《三禮目錄》嗎？張先生以有力的證據作了否定的回答：「『目錄』二字連稱，實起於西漢。《漢書·敘傳》云：『劉向司籍，九流以別，爰著目錄，略序洪烈。』《文選》任昉《為范始興求立太宰碑表注》引《七略》云：『《尚書》有青絲編目錄。』是劉向、劉歆校書漢成帝時，已有目錄之名，遠在鄭玄《三禮目錄》之前。特為專書目錄，自鄭氏始耳。」從現存資料看，「目錄」名稱西漢向、歆父子時就有了，至東漢鄭玄才開始用「目錄」作書名，說「目錄」之名始於《三禮目錄》，顯然是館臣一時疏於考證而輕下結論。這篇敘文在考鏡源流上出錯的還不止這一處：「今所傳者，以《崇文總目》為古。晁公武、趙希弁、陳振孫，並准為撰述之式。惟鄭樵作《通志·藝文略》，始無所詮釋，並建議廢《崇文總目》之解題。」館臣誤以為但記書名而不錄解題始於鄭樵《通志·藝文略》，而且將刪削《崇文總目》解題過錯也歸咎於鄭樵。《講疏》對此做了有力的辯證：「論者咸以《崇文總目》之刪去序釋，出於鄭樵，相與譏短而嫉恨之，此則不明乎簿錄體例之過也。無論《崇文總目》之無序釋，與鄭氏不相涉，即書目下不錄解題，其例實創於班固。蓋史志之不同於朝廷官簿與私家書目，亦即在此，尤不可不明辨也。」張先生從簿錄體例的角度分析了《漢書·藝文志》但記書名的原因：「《隋書·經籍志》既舉劉向《別錄》、劉歆《七略》以別於後世但記書名一派，從知不獨《別錄》每書皆有敘錄，即《七略》亦必刪繁存簡，各為解題，如《四庫簡明目錄》之於《提要》無疑耳……班氏撰《藝文志》時，所以毅然刪去《七略》解題而不顧者，誠以史之為書，包羅甚廣，《藝文》特其一篇，勢不得不芟汰煩辭、但記書名而已。若夫朝廷官簿與私家書目，意在條別源流，考正得失。其所營為，既為專門之事；其所論述，則成專門之書；考釋務致其詳，亦勢所能為。劉、班二家編目之職志既有不同，則體例亦無由強合。鄭氏《通志·藝文略》之於《崇文總目》，亦猶班氏《藝文志》之於《七略》耳。惟鄭氏深明修史之不同於他書，故獨遵班例，不為序釋，其識已卓，豈特不可譏詆已哉！」 令人不解的是，鄭樵《通志》和班固《漢書》同為史書，《漢書·藝文志》和《通志·藝文略》同樣都是只記書名而無解題，為何四庫館臣不追究《漢書·藝文志》開始「但記書名」，偏偏歸咎於「唯鄭樵作《通志·藝文略》，始無所詮釋」？至於所謂鄭樵「建議廢《崇文總目》之解題」的指責，余嘉錫早已指出是四庫館臣偏信朱彝尊《曝書亭集》中的「意度之詞」，清代學者杭世俊、錢大昕早為鄭氏洗刷了不白之冤。 當然，余嘉錫先生也可能百密一疏，鄭樵嫌《崇文總目》解題「文煩無用」，朱彝尊的「意度」也並非無風起浪，鄭樵《校讎略》對《崇文總目》的解題的確多有批評：「古之編書，但標類而已，未嘗註解，其著注者，人之姓名耳。蓋經入經類，何必更言經？史入史類，何必更言史？但隨其凡目，則其書自顯……今《崇文總目》出新意，每書之下必著說焉。據標類自見，何用更為之說？且為之說也已自繁矣，何用一一說焉？至於無說者，或後書與前書不殊者，則強為之說，使人意怠。」 鄭樵的校讎學理論強調「類例」而不是「解題」，他認為「類例既分，學術自明」 ，依類而查「其書自顯」，無須在「每書之下必著說焉」，「於晦疑處