「溯學術之流派」這一主旨，同樣也體現於《通釋》對學派與學派之間親緣關係的深入探討，對學派自身發展與變異的縝密考辨。前者是從異中見同，發現歧見百出的學派之間原屬「近親」；後者是從同中辨異，追蹤同一學派的前後變化。
歷史上有些學派彼此視若寇讎，好像勢同水火，可實際上這些學派可能原先屬於同一個家族，後來才分道揚鑣；有些思想知識看似判若胡越，相互毫無瓜葛，其實這些表面上針鋒相對的思想知識，本質上可能具有深刻的內在聯繫，它們的最終目標也可能殊途同歸。
孟子力辟楊、墨的名言，許多人都耳熟能詳：「聖王不作，諸侯放恣，處士橫議，楊朱、墨翟之言盈天下。天下之言，不歸楊，則歸墨。楊氏為我，是無君也；墨氏兼愛，是無父也。無父無君，是禽獸也。」 被後世尊為亞聖的孟子罵墨子是「禽獸」，儒、墨似乎是天生就勢不兩立，可《通釋》在《墨子》一書的敘錄解題中斷言「墨學實出於儒」：「其學盛行於戰國之世，故《韓非子·顯學篇》曰：『世之顯學，儒墨也。儒之所至，孔丘也；墨之所至，墨翟也。』可知二家在當時，並見重於世。顧墨學實出於儒而與儒異者，《淮南·要略》云：『墨子學儒者之業，受孔子之術，以為其禮煩擾而不說，厚葬靡財而貧民，久服傷身而害事，故背周道而用夏政。』此論甚精，足以明其不同於儒之故。」 墨子開始也是受孔子之術的，只是學習過程中發現儒家的許多弊端，如禮儀過於煩瑣而不易施行，厚葬無謂浪費錢財而使人貧困，長久服喪更傷身誤事。不過，墨雖從儒入卻不從儒出，但儒、墨的差異並不如孟子所誇張的那樣大，二者有許多思路相通甚至相同。孟子為何要聲討墨家「兼愛」呢？《通釋》對此也做了間接的闡釋：「大抵墨學宗旨，兼愛乃其根本，而尚賢、尚同、節用、節葬、非樂、非命、尊天、事鬼、非攻諸端，皆其枝葉。」 打蛇要打七寸，批判對手當然要點要害。儒學的核心是仁愛，墨學的根本是兼愛。仁愛是一種以血緣為中心向外擴展的愛，是一種有親疏有等差的愛，兼愛則是不以血緣為基礎的愛，因而這種愛沒有親疏等差之別，兼愛對儒家仁愛這一核心命題的衝擊在當時是可想而知的，難怪孟子要聲嘶力竭地討伐了。儒、墨後來雖越走越遠，但他們淵源上「一百年前是一家」。
道家主張無為而治，法家強調嚴刑峻法，這兩家在治國思路上可謂針尖對麥芒，而遠在西漢的太史公偏將老、庄與申、韓合傳，後世不少文獻學家有的將某書列入道家，有的又將同一書列入法家，有的則用互著法將一書並列兩家，為什麼會出現這種情況呢？《通釋》闡明了箇中原因。《漢志·諸子略》中「法家」類收入「《慎子》四十二篇」，班固注說「名到，先申、韓，申、韓稱之」。此書宋王應麟已稱亡三十七篇，現只存七篇。《通釋》對此書的敘錄說：「《史記·孟荀列傳》：『慎到，趙人；田駢，接子，齊人；環淵，楚人；皆學黃老道德之術。因發明序其指意，故慎到著十二論。』……觀史公所論，則慎子所著十二論，乃道家言。」既然慎到是學「黃老道德之術」，《漢志》為什麼把他的書列入法家呢？張先生指出二家的淵源關係說：「法家之學，本出於道。故史公以老莊申韓同列一傳，而謂申韓皆原於道德之意也。疑十二論原在已佚之三十七篇中，今則不可考矣。」 《通釋》在《韓子》一書的敘錄中對「法道同源」的思想闡述得更為透徹：「非之學雖為法家之集大成者，而實深於黃老無為之旨。今觀其書，非特《解老》《喻老》，所以發明五千言者至為邃密，即如《主道》《大體》《揚權》諸篇，皆道論之精英也。史公稱其『喜刑名法術之學，而其歸本於黃老』，可謂諦當。」
儒與道的關係同樣也糾纏不清，如《漢志·諸子略》的「儒家」中收錄了「《內業》十五篇」，並註明「不知作書者」。王應麟和馬國翰都認為《漢志》中收錄的《內業》即《管子》第四十九篇《內業》，馬國翰還將《管子》中的《內業》重新厘為十五篇，正好吻合《漢志》所標明的篇數。過去研究思想史的學者很少關注《內業》，偶有論及此文的又將它附會「唐宋理學諸儒復性、主靜之說」。張先生在《漢志》所收《內業》的敘錄解題中指出：「余嘗反覆籀繹遺文，始悟是篇所言，皆為君道而發。舉凡後起附會之說，悉非此文本旨也。今取《心術》上下及《白心篇》，與是篇彼此印證，則其所言乃人君南面之術，昭昭甚明。《管子》雖為糅雜之書，而言人君南面之術者，往往在焉。若《心術》上下、《白心》、《內業》四篇，其尤著者也。」張先生還從文字學上闡釋了《內業》篇名的旨意，「內猶心也，業猶術也」，《內業》不僅與《管子》中《心術》二文篇名義近，二者「所言亦表裡相依」，「其間精義要旨，足與道德五千言相發明」，同為「主術之綱領，道論之菁英」。既然《內業》內容上與《老子》五千言相發明，為什麼《漢志》將它列入「儒家」呢？張先生對此進行了推本求源的闡述：「余則以為周秦諸子之言南面術業，莫不原於道德之意。此《淮南·齊俗篇》所謂『道德之論，譬猶日月也，江南河北，不能易其指；馳騖千里，不能易其處』者是也。觀仲尼論政，有曰：『為政以德，譬如北辰，居其所而眾星拱之。』又曰：『無為而治者，其舜也與！夫何為哉？恭己正南面而已矣。』嘆堯之民無能名，唯能則天；稱仲弓居敬行簡，可使南面。可知孔子之言主術，亦無以遠於道德之論。則《漢志》儒家有《內業》，不足怪也。先秦諸子之學，皆前有所承。故《莊子·天下篇》敘述諸子源流，每雲古之道術有在於是者，某某聞其風而悅之。則百家之說，多非所自創，亦明矣。」 老莊鄙棄仁義，儒生又詆毀老莊，儒與道似乎是冰炭不可共器，但實際上二家卻有非常深遠的精神淵源。
過去，一提到春秋戰國時期百家爭鳴，大家印象中的圖景是當時各家彼此毫不通融，各自站在自家立場上相互對罵，《通釋》對各家各派學術源流的考溯，才為我們還原了歷史的真實景觀：當時各家往往你中有我、我中有你，既相互影響借鑒，又彼此爭論不休，激烈爭論的兩家或許還系出同源，更甚至可能「似二而實一」。假如諸子百家沒有這種剪不斷理還亂的複雜關係，百家之間就肯定井水不犯河水，不可能出現百家爭鳴的熱鬧場面。
考辨同一學術流派自身的發展與變異，也是《通釋》「溯學術之流派」題中應有之義，只是這裡不是上溯淵源而是下尋流變。我們先看看《通釋》對《漢志·諸子略》「儒家」類收錄的《孫卿子》（即《荀子》——引者注）一書的敘錄：「孟荀同為儒學之宗，咸歸於師法聖人，誦說王道，大張仲尼之說於後世。顧儒學自有孟荀，道遂分而為二：孟主於尊德性，荀主於道問學。論其終詣，則孟子多衛道之語，荀子有傳經之功。其後兩千餘年儒學，皆二途並騖，爭議遂多。孟荀之說，實其先導。孟荀二家之書，在漢世並列諸子。自宋以後既入《孟子》於經，《荀》猶與百家伍，而學者遂妄分軒輊矣。其實《荀子》三十二篇，多與兩戴《禮記》相表裡。如《小戴禮記》之《三年問》，全出《荀子·禮論篇》；《樂記》《鄉飲酒義》所引，俱出《樂論篇》；《聘義》貴玉賤珉語，亦與《法行篇》大同。《大戴禮記》之《禮三本篇》，出《禮論篇》；《勸學篇》即《荀子》首篇，而以《宥坐篇》末見大水一則附之；哀公問五義，出《哀公篇》之首。可見其書醇粹以精，直與傳記比重。唐人楊倞始為之注，乃謂『荀子之書，羽翼六經，增廣孔氏，非諸子之言。』良不誣也。」 儒學發展至孟荀便出現不同的精神向度：孟子主張以先驗道德主宰人的感性而提出人性善，荀子則強調以禮義去克制和改造人的自然本能而提出人性惡；前者因人性善而「主於尊德性」，後者因人性惡而「主於道問學」；因尊德性而高揚人的「浩然之氣」，因道問學而首重勸學修為。孟荀也是後來儒學家所謂「內聖」與「外王」的分野，宋後士人精神的內在轉向，出現了十分偏激的揚孟抑荀思潮，遂使《孟子》尊為經而《荀子》仍居於子，也使後來的士人精神嚴重失衡。「儒學自有孟荀，道遂分而為二」，此論的確切中了儒學流變的脈搏。
儒學精神內涵與價值取向在其發展過程中也不斷發生變異，《通釋》在闡釋《諸子略·儒家》小序時對此作了深刻的辨析：「自漢武帝罷黜百家，表章《六經》以後，儒學始居諸子之上，以『祖述堯、舜，憲章文、武，宗師仲尼』者為儒。故《淮南·俶真篇》高誘注云：『儒，孔子道也。』是即漢人之所謂儒耳。若漢以前之所謂儒，乃術士之通稱。故秦之坑儒，實坑術士也。漢人多以濡柔釋儒，流於懦弱無能。而孔子與魯哀公論及儒行，則謂『非時不見，非義不合』；『見利不虧其義，見死不更其守』；『可親而不可劫，可殺而不可辱』；『身可危也，而志不可奪也』；其剛毅有守如此。是豈自漢以下褒衣博帶、張拱徐趨、柔弱不振之所謂儒乎？故論儒術崇卑廣狹，自必上溯其原，以校其異同；而未