《通釋》「溯學術之流派」不僅表現在闡述五經六藝的經典化歷程，探究儒家權力—知識話語的成因，還表現在作者對各家學派學術淵源的追尋。
章學誠稱「《漢志》最重學術源流」 ，這是因為向、歆父子「深明乎古人官師合一之道，而有以知乎私門初無著述之故也。何則？其敘六藝而後，次及諸子百家，必雲某家者流，蓋出古者某官之掌，其流而為某氏之學，失而為某氏之弊。其雲某官之掌，即法具於官，官守其書之義也；其雲流而為某家之學，即官司失職，而師弟傳業之義也；其雲失而為某氏之弊，即孟子所謂『生心發政，作政害事』，辨而別之，蓋欲庶幾於知言之學者也」 。《漢志》在其《諸子略》小序中都指出某家出於某官，如《儒家》小序說「儒家者流，蓋出於司徒之官」，《道家》小序說「道家者流，蓋出於史官」，《陰陽家》小序說「陰陽家者流，蓋出於羲和之官」等等。《通釋》指出：「自劉班論列諸子，謂皆出於王官。後之辨章學術者，率奉此以為定論。」可見除章學誠外，首肯諸子出於王官這一說法的學者大有人在。《通釋》雖能見《漢志》深處，得劉、班用心，但對《漢志》這一觀點並不隨聲附和。在張先生看來，《漢志》小序中沿流而溯源雖有辨章學術之功，但將某家某派的源頭推本於先秦某一官守，從方法上講未免有點膠柱鼓瑟，就事實而言也不符合歷史的真實。稱道家出於上古史官，只因為老子曾任過柱下史，但是，道家所倡導的秉要執本、清虛自守、淡泊無為，與史官記言記事毫不相關。稱墨家出於清廟之守更屬憑空臆斷，墨子主張兼愛、非攻、儉約，能與清廟之守扯上什麼關係？張先生認為春秋戰國諸子百家蜂起是時代的要求：「余平生論及斯事，守《淮南·要略篇》之論，以為諸子之興，皆因時勢之需要，應運而起，不必有期淵源所自也。使徒牽於某家出於某官之說，則不足以明學術自身發展之因，而莫由推原其興替，故其說必不可通。觀《淮南》論諸子之學，皆起於救世之弊，應時而興。故有殷周之爭，而太公之陰謀生；有周公之遺風，而儒者之學興；有儒學之弊，而墨者之教起；有齊國之興盛，而管仲之書作；有戰國之兵禍，而縱橫修短之術出；有韓國法令之新故相反，而申子刑名之書生；有秦孝公之勵精圖治，而商鞅之法興焉。其所論列，確當不移。凡言諸子之所由起，必以此為定論，足以摧破九流出於王官之論也。」 張先生所守之論或許更通達更近真，先秦諸子都是為了解決當下的社會和人生問題，是為了救時之弊而非為學術而學術。譬如就法家而言，大多數法家本人既是政治理論家又是政治家，「其職志端在富國強兵。而明法立制，特其致治之術耳」 。早在兩千多年前的司馬談就說過：「夫陰陽、儒、墨、名、法、道德，此務為治者也，直所從言之異路，有省不省耳。」 先秦諸子的勃興是因為世亂，其宗旨也是務為治亂，在周王朝既已禮崩樂壞之後，此時諸子百家怎麼可能出自早已消亡或根本不曾有過的某官某守呢？《漢志》說法家「出於理官」，看起來好像言之成理，法家和理官不都是以治理好國家為天職嗎？細究則似是而非，儒家、墨家哪一家不是為了重整乾坤？哪一家不是為了治理國家呢？只是治理的方法不同罷了。如果說法家出於理官能夠成立，說儒家也出於理官不同樣可通嗎？
古代文獻學家特別看重敘錄「解題」，文獻學家學問的大小、眼界的廣狹和見識的深淺，都能在簿錄解題中表現出來，「辨章學術，考鏡源流」，也只能經由簿錄解題來實現。如《漢志》的《書類》首列：「《尚書》。古文經四十六卷。」這幾個字只記了書名和卷數，如今許多讀者看後肯定不知所云。我們來看看《通釋》中此書目後的敘錄解題。作者先訓釋書名：「此籍本但稱《書》，不稱《尚書》，『尚』字乃古之編錄者所加。『尚』與『上』通，謂其為上古之書也。」當代人不會將自己時代的著作名為「上古之書」，「《尚書》」書名顯然是後世編者所加。《漢志》中所說的「古文經」又是怎麼回事呢？還是來看看《通釋》的闡釋：「後歷秦焚，此書損缺最重。漢初，伏生曰傳二十九篇，用當時隸書寫成，稱『《今文尚書》』；武帝末，魯共（恭）王劉餘，從孔壁中得古代文字寫成之竹簡，稱『《古文尚書》』。孔安國以當時字體校讀之，多十六篇，然此種《古文尚書》，雖曾獻之朝廷，終未列於學官，不久即佚。東晉元帝時，忽有豫章內史梅賾，奏上孔安國作傳之《古文尚書》，增多伏生二十五篇，又從伏生所傳諸篇中分出五篇，並《書序》凡五十九篇，為四十六卷。此本流行於世最久，唐初諸儒修《尚書正義》，陸德明《經典釋文》，皆用此本，今日通行之《四部叢刊》《四部備要》中之《尚書》，悉此本也。此本除《書序》外，實有正文五十八篇。其中真偽相雜，必須去偽存真而後可讀。自宋儒吳棫、朱熹首疑其偽，至清初閻若璩著《尚書古文疏證》，列舉一百二十八條證據，於是此案乃成定讞。其後崔述撰《古文尚書辨偽》，條辨更為明晰矣。今據昔人所考訂，其中較可信賴之史料，實止二十八篇。」 此則敘錄對《尚書》書名的本意、古文《尚書》的流傳和真偽，一一做了深入細緻的闡述和考辨。《漢志》的《書類》次列：「《經》二十九卷。大小夏侯二家。歐陽經三十二卷。」《通釋》對此《經》的敘錄解題重構了這三句話中所蘊含的學術史：「此即伏生《今文尚書》也。上雲『古文經』；此但云『經』，則為今文明矣。」上文「《古文經》四十六卷」，《今文尚書》為什麼只二十九卷呢？還是來聽聽《通釋》是怎麼說的：「《史記·儒林傳》云：『伏生者，濟南人，故為秦博士。秦時焚書，伏生壁藏之。其後兵大起，流亡。漢定，伏生求其書，亡數十篇，獨得二十九篇。』《漢書·儒林傳》說同。而劉歆《移太常博士書》言『《泰誓》後得，博士集而讀之』。《漢志》所云『經二十九卷』，其時『卷』與『篇』同，二十八篇外，合《泰誓》計之也。」 「大小夏侯二家。歐陽經三十二卷」又是怎麼回事呢？原來，「漢世傳《尚書》者，有歐陽、大小夏侯之學。觀《漢志》自注，知大小夏侯經本乃二十九卷。又雲『歐陽經三十二卷』，『二』當為『一』，寫者誤之。由分《盤庚》為上、中、下三篇，故為三十一卷。與下文『《歐陽章句》三十一卷』正合」 。
《漢志·六藝略》錄書的順序是經、傳、章句、訓詁等，《書類》在古文經和今文經後面，登錄了「《傳》四十一篇」「《歐陽章句》三十一卷」和「《大、小夏侯章句》各二十九卷」三書。《通釋》循《漢志》順序對三書做了敘錄解題。解《傳》說：「此即《尚書大傳》也。《經典釋文·敘錄》云：『《尚書大傳》三卷，伏生作。』《隋書·經籍志》亦云：『《尚書大傳》三卷，鄭玄注。』此後唐宋志以迄《郡齋讀書志》，並著錄三卷；而《直齋書錄解題》則作四卷。蓋其闕佚已久，葉夢得、晁公武皆言今本首尾不倫，是宋世已無善本，至明遂殘。清儒從事輯錄者多家，以陳壽祺《尚書大傳定本》為善。是書雖由掇拾而稍存概略，然闡明大義，訓辭深厚，除《詩傳》外，為漢世經說之近古者。惟其義例，頗與《韓詩外傳》為近，與《詩傳》之詳於訓詁名物者不同耳。」《書傳》為什麼改名《尚書大傳》呢？《通釋》解釋說：「其書本但名『傳』，《漢志》仍其舊題。後乃稱為『大傳』，此『大』字蓋漢人所增，猶之《太史公論六家旨要》引《易繫辭》稱《易大傳》也。」 對《歐陽章句》三十一卷，清庄述祖《載籍足征錄》解釋說：「《歐陽經》三十二卷，《章句》三十一卷，其一卷無《章句》，蓋序也。」 庄氏的解釋明顯不通，假如經有三十二卷，其中一卷為序，章句即使不訓釋序文，章句照樣還是三十二卷，其中包括一卷序文。《通釋》力辨庄氏之非，並提出了更合情合理的考釋：「伏生所傳今文《經》二十九篇，自二十八篇外，連《泰誓》計之也。歐陽分《盤庚》為三篇，故成三十一卷，其時本無序篇，庄氏《載籍足征錄》所言，非也。今本《漢志》所云『歐陽《經》三十二卷』，『二』字乃『一』字之訛，已辨於上矣。經文三十一卷，故章句亦為三十一卷耳。歐陽生，《漢書》儒林有傳。《經典釋文·序錄》云：『伏生授濟南張生、千乘歐陽生，生授同郡兒寬，寬又從孔安國受業，以授歐陽生之子。歐陽氏世傳業，至曾孫高作《尚書章句》，為歐陽氏學。高孫地餘，以《書》授元帝，傳至歐陽歙。歙以上八世，皆為博士。』」 再看《通釋》對「《大、小夏侯章句》各二十九卷」的敘錄解題：「歐陽生、張生親受業於伏生。張生再傳得夏侯勝，是為大夏侯氏學；勝傳至侄建，是為小夏侯氏學。始立學者唯歐陽《尚書》，至宣帝時乃立大、小夏侯。傳至後漢，夏侯二家，亦不如歐陽之盛。及晉永嘉之亂，歐陽、大小夏侯《尚書》並亡，故隋唐志皆不著錄。」
《通釋》對《漢志·六藝略》之《書類》中古文經、今文經、傳、章句五部書的敘錄解題，或闡述《尚書》古今文本的亡佚與流傳，或