除了以上所論及的人倫主題外，對陶淵明道德闡釋的另一重要主題便是忠君。
顏延之以入仕新朝的身份自然不便於在《陶徵士誄》中涉及陶淵明的忠晉問題，不過，他在誄文中稱「有晉徵士尋陽陶淵明」，不僅如陶澍所說的那樣「隱示史筆」 ，而且也明示不當以陶淵明為宋人。沈約在《宋書·隱逸傳》中載：「潛弱年薄宦，不潔去就之跡，自以曾祖晉世宰輔，恥復屈身後代，自高祖王業漸隆，不復肯仕。所著文章，皆題其年月，義熙以前，則書晉氏年號，自永初以來唯雲甲子而已。」 此說對後世影響深遠，並成了歷代論陶者聚訟的焦點。稍後蕭統在《陶淵明傳》中重複了沈說的前半部分：「自以曾祖晉世宰輔，恥復屈身後代，自以高祖王業漸隆，不復肯仕。」略去了沈約甲子紀年的那部分內容。沈說歷齊、梁、陳、隋、唐幾朝都沒有引起爭論，唐初《晉書》陶傳未采其說，而《南史·隱逸傳》又將沈說幾乎一字不差地重複了一遍。
這種既無人提出異議也少有附和的現象，不見得就是這五個朝代的士人都贊同此說，倒很可能主要是以上幾朝忠君觀念在士林日趨淡薄，因而陶淵明是否矢志忠晉不像安史之亂以後的士人看得那麼重，陶詩中是否甲子紀年問題也不可能成為人們注意的焦點。南朝的世家大族有固定而優越的政治、經濟和社會地位，所謂「士大夫故非天子所命」 ，誰當皇帝他們都同樣「平流進取，坐至公卿」，君統的變易和朝代的更替既然對他們的地位毫無影響，他們對此的態度也就苟且冷淡。在南朝頻繁的「禪代廢立之際，世家大族不是不預聞，便是幫助篡位，均以自己門第利益為轉移」 。如宋受晉禪時，便由東晉重臣謝安孫謝澹授璽，王導孫王弘等人轉臉便成了新朝的佐命元勛。他們把禪代授璽看作不過是將一家物給於另一家而已。在這樣一種「殉國之感無因，保家之念宜切」的士風中，沈約所提出的陶淵明拒仕新朝的政治操守之不被人重視就毫不足怪了，就是沈約本人也「歷仕三代」，史家稱其「昧於榮利，乘時射勢」 。隋朝和初盛唐時期，儒學在社會上尚未取得獨尊的地位，儒家所強調的君臣觀念也不可能得到重視和發揚，武周篡政不僅沒有引起長期的道義反彈，甚至很快得到了士林的認可和合作。由於武氏不久便歸政於李唐，李唐王朝又繼續維持著帝國的強大和統一，人們一時還看不出忠君觀念淡薄對唐王朝乃至對封建社會秩序所造成的致命危害。等到安史之亂中許多士人附逆和失節，隨之又出現長期的藩鎮割據，在國家和民族面臨著分崩離析的歷史關頭，為了維護統一反對割據，尊王忠君和擁護正統的觀念又重新復甦，並成為許多士人的一種道德自覺。在安史之亂中和亂後擁護正統和維護統一（這二者在當時是一回事）的顏真卿，對《宋書》中所謂陶淵明「不屈身後代」和甲子紀年反響強烈，並作了濃墨重彩的讚頌：
張良思報韓，龔勝恥事新。
狙擊不肯就，捨生悲縉紳。
嗚呼陶淵明，奕葉為晉臣。
自以公相後，每懷宗國屯。
題詩庚子歲，自謂羲皇人。
手持《山海經》，頭戴漉酒巾，
興逐孤雲外，心隨還鳥泯。
——《詠陶淵明》
顏真卿眼中的陶淵明不再是超然事外的「隱逸詩人之宗」，而是像張良、龔勝一流思報故國恥事新朝的忠烈。
到了宋代士人更看重忠君的出處大節，陶淵明因而更時常與張良、諸葛亮並列，如黃庭堅在《宿舊彭澤懷陶令》中說：「潛魚願深渺，淵明無由逃。彭澤當此時，沉冥一世豪。司馬寒如灰，禮樂卯金刀。歲晚以字行，更始號元亮。凄其望諸葛，抗臟如漢相，時無益州牧，指撝用諸將。平生本朝心，歲月閱江浪，空餘詩語工，落筆九天上。向來非無人，此友獨可尚。」朱熹在《向薌林文集後序》中也以張良比陶淵明，並且以紀逡、唐林、王維、儲光羲失身於王莽、安祿山反襯陶淵明不仕異代的忠義：「張子房五世相韓，韓亡，不愛萬金之產，弟死不葬，為韓報仇。雖博浪之謀未遂，衡陽之命不延，然卒借漢滅秦誅項，以抒其憤……陶元亮自以晉世宰輔之孫，恥復屈身後代，自劉裕篡奪勢成，遂不肯仕。雖功名事業，不少概見，而其高情逸想，播於聲詩者，後世能言之士，皆自以為莫能及也……紀逡、唐林之節非不苦，王維、儲光羲之詩非不悠然清遠也，然一失身於新莽、祿山之朝，則其平生之所辛勤而僅得以傳世者，適足為後人嗤笑之資耳。」到元代吳澄又將陶淵明與屈原、張良、諸葛亮相提並論：「予嘗謂楚之屈大夫、韓之張司徒、漢之諸葛丞相、晉之陶徵士，是四君子者，其制行也不同，其遭時也不同，而其心一也。一者何？明君臣之義而已。」
顯然，這是論陶者把自己的忠君觀念帶入了對陶淵明的理解中，因而對他忠晉的這一面作了誇張的闡釋。處身朝代廢立之際，目睹種種奸詐、虛偽、陰謀和殺戮，像陶淵明這樣敏銳的詩人不可能木然無所感，也不可能完全沒有個人的感情向背。如《述酒》一詩就表現了對被害的晉恭帝的同情，甚至有「流淚抱中嘆，傾耳聽司晨」這樣動情的詩句。可是即使在這首被人贊為悼晉祚之終、傷君父之難的詩中，詩人仍在詩的後半部分十分超然地說：「朱公練九齒，閑居離世紛。」他既不想像張良那樣為韓刺秦，更不想像諸葛亮那樣滅魏復漢，他只想遠遠離開這個爾虞我詐的血腥之地。在晉宋易代這場殘酷的政治角逐中，只有強弱而沒有是非，陶淵明的感嘆唏噓與其說是矢志忠晉還不如說是出於對弱者的同情，否則就不會有「離世紛」這種抽身事外的高舉遠蹈了。
然而，那些滿腦袋君臣大義的接受者幾乎在陶淵明所有的詩文中都讀出了黍離之悲和忠君之節。抒寫「思親友」的《停雲》詩被理解為「皆匡扶世道之熱腸，非但離索思群之閑悰也」「乃難冀之世，復難冀之朋」 。抒寫「游暮春」之樂的《時運》被理解成「處桓、劉之時，故慨同夷、叔」 。《歲暮和張常侍》不過抒寫歲月易逝人生苦短，可清代的接受者竟然讀出了「雖坐視晉亡而不能救，猶以命自安，而有養晦待時之意」 。《始作鎮軍參軍經曲阿作》也只是寫其初入劉裕幕為參軍時的心理感受，而此詩的接受者卻從中看出了詩人試圖與幕主一試高低：「宋公以鎮軍終，我亦以參軍終，苟或不然，即我之返期矣。此詩全在佔地步……以吾之田園山澤，當彼之曲阿，以吾之班生長廬，當彼之鎮軍府。然以吾班生廬，當彼之鎮軍府，亦第暫當之耳，實是以吾之田園，當彼之曲阿；以吾之山澤居，當彼之鎮軍府，而姑留班生廬別有所當也。」 詩人並沒有詩論家這樣意氣用事，更沒有自覺地去與「宋公」對著干，他入劉裕幕的初衷絕不是要去與幕主比個高下，他之所以發誓要「終返班生廬」，全是由於留戀早年「委懷在琴書」的恬淡生涯，厭倦這種「投策命晨裝」的仕途奔競（《始作鎮軍參軍經曲阿作》）。接受者吳氏本有陶忠晉拒宋的成見，這才把詩人想像成一開始便與後來篡晉自立的「宋公」為敵，因而詩中所抒寫的遠仕途而念山澤、惡外榮而親琴書的超脫情懷，都被理解或曲解成了與幕主宋公勢不兩立的敵對情緒。甚至連《讀山海經十三首》這一抒寫詩人奇情異想的組詩也被接受者讀出「眷眷王室」之心和「矢志社稷」之願 。其實這一組詩不過寫讀《山海經》時的種種快慰、好奇、幻想和感慨，從文本的字面上絕然見不出詩人有什麼「誅強賊」或「嘆忠義」這類嚴肅的政治意圖。
忠義在封建社會後期被視為出處大節，也是判定一個人人格高下尊卑最重要的價值尺度，因而稱陶淵明「憂時念亂，思扶晉衰，思抗晉禪，經濟熱腸，語藏本末，涌若海立，屹若劍飛」便是對他最高的肯定 。於是，接受者在讀解陶詩時便不自覺地牽強附會，「聞淵明恥事二姓，高尚羲皇」，便「逐景尋響，望文生義，稍涉長林之想，便謂採薇之吟」 ，竭力使其「字字句句皆關君父」 ，處處「曲為辯說」「膠繞牽合」，連封建時代的詩論家也覺得「幾無復理，俱足噴飯」 。明許學夷在《詩源辯體》卷六中也指出：「靖節詩，惟《擬古》及《述酒》一篇，中有悼國傷時之語，其他不過寫其常情耳，未嘗沾沾以忠悃自居也。趙凡夫云：凡論詩不得兼道義，兼則詩道終不發矣。如談屈、宋、陶、杜動引忠誠悃款以實之，遂令塵腐宿氣勃然而起。」
我們再回到上文引到的《宋書·隱逸傳》中關於陶「不肯復仕」和「甲子紀年」的記載。史家記載這兩件事自然意在表明陶矢志忠晉，拒仕新朝。
先看他「不肯復仕」的真正原因。歷代贊同沈說的不乏其人，宋王質在《栗里譜》卷首說：「元亮高風，發於宋、晉去就之際。君曾祖事晉，懋著勛勞。自宋武帝芟玄復馬，逆揣其末流，即不出。武帝將收賢士，以系人心，見要，亦不應。」 葛立方認為陶辭官歸隱「委身窮巷，甘黔婁之貧而不自悔者，豈非以恥事二姓而然邪」 ！吳仁傑在《陶靖節先生年譜》中解釋辭官的原因說：「方是時，劉寄奴