時間來到了天啟二十二年（1640）的一月，在這一年的元宵節後，大明的中樞進行了較大的調整。
首輔袁可立、人事部尚書孫承宗、科技部尚書徐光啟、樞密院使熊廷弼、教育部尚書張以誠等人，全都因為年事已高乞骸骨。朱由棟在象徵性的挽留後，允許他們致仕。並給予他們豐厚的賞賜，准許他們回鄉安度晚年。
至此，帝師黨完成了自己的歷史使命，完全的退出了歷史舞台。
年齡問題是任何人都無法抗拒的，除了五位七八十歲的帝師，還有諸如國防部尚書楊鎬、司法部尚書王在晉、兵役總局局長李世忠、農業部尚書王紹徵、左都御史趙彥等，也因為年齡的原因，先後致仕了。
舊人走了，新人就要上來。經過多方商議、妥協，最後朱由棟通盤考慮後，大明新的中樞機構主要職位以一批年齡在四五十歲上下為主的官員所填充。
首相：馬士英。副相：原駐藏大臣李嘉。人事部尚書：黃道周。
這是大明中樞最重要的三個官職，身為溫體仁弟子的馬士英，方山出身的第一學長李嘉，以及袁可立的弟子黃道周。三人來自不同的派系，但又全都經歷了地方和中樞的歷練，足以保證朱由棟不會大權旁落的同時，國家還能有序運轉。
新任樞密院使：顏思齊。新任國防部尚書：趙率教。新任兵役總局局長，是以前擔任全國後備役軍事訓練總監的左良玉中將——這一位，以前因為朱由棟的慣性思維作祟，本能的不太願意讓其領兵。但是其子左夢庚在開伯爾的上佳表現，使得朱由棟願意給這位歷史本位面中的明末大將一個新的機會。
新任科技部尚書孫元化，農業部尚書顧秉謙，司法部尚書洪承疇，原稅務總局局長，方山系出身的王華欽轉任審計署署長。原審計署署長信王朱由檢出任左都御史——這才是朱由檢最喜歡的職位。審計的主要工作是監管地方立法、政府開支和預決算。都察院才是正經的查處貪官污吏的地方。
而袁可立的學生，數學天才倪元璐則出任稅務總局局長。溫體仁的嫡系，大學問家，在新疆擔任布政使，政績卓著的高宏圖則出任教育部尚書。
新任司法部尚書成基命，新任公安部尚書李標——原公安部尚書簡王朱由（木學）則是出任了最高法院院長……
對於朱由棟來說，接下來的兩三年，日子可能有些難熬：大明現在是把渤海、黃海、東海合稱為北中國海。南海則是稱為南中國海。在海軍遭到重創後，南北中國海都暫時不是大明的內湖了。通過海洋，緊密聯繫為一體的宗藩體系，以及通過海洋，越來越興盛的商貿往來，都會受到巨大的威脅。
因此，早點把班子調整好了，多一些應對時間吧。
……
1640年2月8日。浙江烏程。
「老師，這是今天剛剛送到金陵日報，朝廷果然對中樞做了調整。」
「嗯……待為師看看，呵，不出老夫所料。」
「老師，據聞這馬相也是您的弟子？」
「是啊，怎麼？完勛，你想靠著你這位師兄上位？」
「老師說笑了，弟子早就熄了走公務員這條路的念頭。」
「咦？你不會也想從軍吧？」
「正是如此，還請老師成全。」
從印度敗回後，溫體仁的仕途徹底斷絕，加上此時他也是快七十歲的人了。所以他回到老家後，就安心的做了一個普通的地主。每日里在田間地頭和鄉民們閑談，約朋友垂釣，如此度日，倒也悠哉。
不過，到底他是做過首輔和異域總督的人，這人脈、見識都是當世頂級的。所以，也有浙江的不少青年子弟，慕名前來求學。老溫到底當了一輩子的官，怎麼可能完全閑得下來？於是他也收了不少新的弟子。
人都是會變的。如老溫這樣以前八面玲瓏、身段柔軟，以善於調和各方矛盾見長，並因此被朱由棟任命為首輔的人。以前喜歡的是那種少年老成，做事有靜氣的學生。但是經歷了印度慘敗後，老溫臨到老了，卻開始對那種年輕時充滿銳氣，敢說敢做的學生偏愛了起來。
所以，現在新收的這批弟子中，他最喜歡的就是王翊、馮京第、董志寧三個來自寧波的青年：這三個傢伙，讀書只能算是中上，但是勝在行動力上佳。不管是調皮搗蛋還是做理學方面的實驗，那真是說干就干。而且若是失敗了，也不會氣餒，稍微緩過一口氣後，就會繼續鬥志滿滿的投入下一輪的行動中。
「哎，你們三個焦不離孟，孟不離焦的。完勛你要從軍了，躋仲（馮京第）、幼安（董志寧）你們兩個是不是也準備去從軍啊？」
「正是如此呢，老師。說起來，我們三個年紀也不小了，這時候去報考皇家軍事學院，還真有點麻煩，所以，這次我等三人，還要請老師給我們各寫一封推薦信。」
「嗯，二十四五報考軍事學院，即便順利畢業，出來也都快三十歲了。那時候才從少尉做起，一個不小心，到了四十五歲還沒有升到中校就要被強制轉業。說起來，你們三個現在在縣裡也幹得不錯啊，完勛你都當到公安局長了，躋仲、幼安也都快了。有為師在你們身後，你們將來即便入不了中樞，做個封疆大吏也是沒有問題的啊。你說，你們這是何苦呢？」
「老師。」王翊踏前一步：「學生是這麼想的，人活一世，總是要做點什麼的。現如今我大明國內總體穩定，如我們浙江這樣的地方，早年聽聞因為土地問題多流民、多訴訟，治安也不好。那時候做這個公安局長倒是很有意思。但是現在？大量的工廠開工，大家只會覺得人力不夠。現如今我浙江的田租降到三成五都沒多少人願意租種，路邊的野果熟了爛在地上都沒人去撿。就這樣的環境，治安有啥問題？現如今學生擔任局長的慈溪公安局除了戶籍登記管理，管管家長里短的小矛盾，屁事情都沒有。學生實在是不願意如此虛耗年華。」
「但是參軍就不一樣了。」王翊說到這裡興奮了起來：「現如今我海軍大敗，朝廷一方面是極缺海軍軍官，另一方面則是要大力擴建海軍。學生覺得吧，等四年後學生畢業，那時候大明的萬噸戰艦肯定有好幾條了，不管是要反攻，還是遠征西賊本土，都是海軍大展拳腳的時候。學生只要能從海軍學院畢業，怎麼可能會四十五歲都升不到中校呢？說不得，那時候學生都升到將官，統率一支艦隊了。」
「哼~」微微一笑，溫體仁點了點他：「但你也可能中途在某一場海戰里陣亡了。」
「確實有這個可能，不過老師，學生是大明的子民嘛，還是您這位前首輔的弟子。這時候國家有困難，學生不該主動站出來么？」
「嗤~前首輔，你這傢伙又在取笑為師。」擺擺手，溫體仁對這學生的言語也不在意，而是轉頭對另外兩人道：「你們呢？也是閑的發慌了要從軍？」
「老師。」馮京第上前：「學生現在在寧波工商局擔任科長，事情還是很多的。但是學生實在是對每日和各種商人打交道不耐煩，相比而言，還是海軍那種要麼轟別人，要麼被別人轟的生活乾脆一些。」
「怎麼？被那些商人討好，奉承還不舒服了？」
「哎，老師，你又不是不知道。以前信王做審計署署長的時候各地官員都膽戰心驚了，現在信王成了左都御史，貪污受賄的事情，或許有些膽大包天之徒敢做。反正學生是不敢做的，當然，也不屑於做。學生的意思是，現在工商大興，學生每天在局裡看到無數的普通百姓都勇於創業，而學生卻一天天的守著這點死俸祿，心裡實在是不甘。」
「你也可以自己去經商啊，我大明經過皇上這麼多年的變革，已經不再歧視商人了。」
「學生要是去經商，應該能做的不錯。」馮京第笑了笑：「不過現在南海即將被西賊入寇嘛，生意肯定不好做了。與其到時候破產，不如參加海軍，把西賊打完了再去做生意。」
「好吧。」溫體仁點點頭：「你呢，教育局啊，多清貴的衙門，怎麼也腦袋發熱要去從軍？」
「老師。」董志寧上前一步：「學生作為寧波教育局的小學部主任，成天在各個小學來回宣講忠君愛國，諸如天下興亡匹夫有責這樣的話，學生天天掛在嘴上。這個，總不能平時嘴上說得起勁，這到了國家有困難的時候，卻拿不出行動來吧？」說完這句話，董志寧又踏前一步：「老師，我等三人，受老師教誨時間不長。但是，老師教導我們多做實事，少說空話這一點，我等三人是牢記在心的。當此之時，國家需要擴建海軍，而海軍是技術軍種，不是隨便在田間地頭找個農夫短期培訓就能用的。在這個時候，但凡心裡有這個國家，有血性的讀書人，難道不應該站出來么？」
「……為師明白了。」幽幽長嘆了一口氣，溫體仁道：「為師晚年能有你們三個學生，是為師的幸運。推薦信，為師親自給你們寫。軍事學院那邊的馬院長，我讓此刻在教育部的溫儼親自出面與其交涉。」
「多謝老師成全。」