朱由校想直接去長沙船廠當設計師的願望當然被朱由棟拒絕了：小孩子家家，字都念不全，各種測距、函數計算都不懂，當個毛的設計師。所以朱由棟還是讓他明年開春去方山學校報到。
時間來到1613年，完成了開年的各種禮儀性質的活動後，朱由棟帶著自己的弟弟妹妹們進入了方山學校。
皇家子弟在平民學校念書，理所當然的激起了剛剛上任不久的新御史言官們的集體勸諫。但是在萬曆根本不理，朱由棟直接把這些奏章扔給自己門房的殘軍生火禦寒的情況下，御史們也是毫無辦法——皇族不是大臣，被彈劾了是不用在家寫自辯的。
朱由校們的身份想要保密，那幾乎是不可能的，所以朱由棟也乾脆不保密了。不過呢，他還是希望自己的弟弟妹妹們不要太特殊，除了田爾耕派出了一隊錦衣衛暗中保護外，這些小孩子就沒有其他特殊待遇了。
至於你說朱由校們進了方山會不會藉此培養自己的班底？哈！一二年級的小孩子可能知道這是皇家子弟後會有點討好的想法，但隨著年齡的增長，只怕個個都要避之不及：方山的教育是超越這個時代的，這個學校的學生也個個志向高遠——給藩王做臣屬，天天陪著藩王在那個高級監獄裡玩泥巴？大家還是搖頭快一點。
至於像朱徽娟這樣的女孩子，那更是會讓方山的男生們像躲避瘟神一樣躲開，生怕被看上。理由同上：明代的駙馬極慘！當不了實權官員不說，連什麼時候和自己的媳婦睡覺還得打報告！
總之，慈慶宮的孩子們最終都順利入學了，而朱由棟也來到方山實驗室，召開新一年的科研聯席會議。
「各位先生、師傅新年好啊。」
「殿下新年好。」
「這個，你們這裡出產的都是整個大明最新式的東西，孤就不送你們什麼小玩意了。咱們來點俗氣的，一人一個金餅，來，孤給大家拜年了。」
「哎呀~~殿下，小老兒明天把孫子孫女都帶到興華宮給您拜年！」
「老黃，你忒不要臉了。哈哈哈~」
一陣寒暄熱鬧後，眾人坐定。朱由棟開口道：「老規矩，一個一個來，去年的成績，今年的研發方向，存在的困難，需要其他學系或者孤的哪些協助。」
是的，借著這次搬家。方山學校和方山實驗室真正的融為一體了：各個實驗室成了學校的學系，真正的走上了學、研、產三位一體的道路。
「是，那就我們數學系先來吧。」
所謂數學系，其前身是方山的基礎科學實驗室，代替利瑪竇暫時執掌這個學系的，是以前方山學校的精英數學教師李國俊：「殿下，去年因為利奇先生去世，我們取得的成績不多。大體如下：完成了七年級到九年級數學教材的編寫。引入了正負數、代數式、冪的運算、方程式、三角函數等，發現、論證了利瑪竇定理（韋達定理），平面幾何方面已經推導、證明了一百四十條定理……總之，按殿下教令，今年開始，學校招收七年級學生，我們數學系完全可以承擔相關教學任務。
本年度本系除完成學校七個年級的教學任務外，主要研究方向是指數、冪函數、對數、立體幾何、解析幾何等。存在的困難嘛，當然是利奇先生去世後，很多東西得我們自己慢慢鑽研。不過還好，現在數學系正式成立了，學校所有數學老師聚集在一起，群策群力，總是能夠慢慢想到辦法來解決的。殿下？」
「嗯？哦，極好！極好！」穿越前曾經被高數折磨得生不如死的學渣聽著這函數那指數，只覺得全身都起了雞皮疙瘩，那遙遠的恐懼，似乎跨越時空降臨到了他的身上。所以李國俊開始講的時候，朱由棟還可以裝模作樣，到了後面，他都快被嚇癱了。
「孤，不太擅長數學。但是也知道數學是所有自然科學的基礎。因此，雖然數學不太容易看到直接的產出，但孤對數學系的支持，那是肯定不遺餘力的。至於說利奇先生的接任者，孤已經去信耶穌會讓他們選派了。還是那句話，學術過硬，傳教方式溫和的，我們就供起來。反之，就讓他們滾蛋！」
「是，謹遵殿下教令。」
「接下來就是我們理化系了。因為李大人出任浙江巡撫的原因，所以按照殿下的教令，我們火藥組和理化實驗室合併為理化系。」此時站起身來的，是趙士禎：「我們也完成了七到九年級的教材編寫，可以承擔本年起七年級學生的教學任務。物理方面主要是力學、熱學、光學。按照殿下的指示，我們已經將目前需要用到的物理學單位進行了冠名。其中，力的基本單位是『朱』（歷史本位面叫牛頓，下同），壓強單位是『明』（帕斯卡），能量單位是『由棟』（焦耳），熱力學溫度是『士禎』（卡）、功率單位是『光啟』（瓦特）……化學方面則是46種元素的介紹，以及常見的酸、鹼合成、變化。
教學之外，本系去年主要的研究方向是蒸汽機的實用化。分離式冷凝器、汽缸外絕熱層、專用油類潤滑活塞等已經實現。今年主要是要解決行星式齒輪、平行運動連桿機構、離心式調速器、節氣閥、壓力計的問題。預計最遲兩到三年後，更夠製造出功率強大的，可以投入實用的蒸汽機。
火器方面，已經完成後裝步槍的定型，擊針的質量已經可以保證，但子彈仍然無法形成量產。按照殿下的提示，我們已經完成了硝化纖維的製造，但是這種纖維極不穩定，在運輸過程中容易爆炸。
目前存在的最大困難，主要是材料學方面的進度拖後，金屬耐久性不足。雖然我們已經完成了數十種合金的研究，但仍然沒有找到有很高的強度同時還耐鏽蝕，特別是耐海水鏽蝕的合金。此外就是水利機械動力仍嫌不足，我們亟需蒸汽機的實用化。而隨著蒸汽機的實用化，有了更強大的動能後，後裝槍的生產就可以實現全部量產。不過，殿下，在找到殿下描述過的無煙火藥配方之前，後裝槍就是實現量產了也無法投入實戰。」
「很好，非常好。諸位，你們可要繼續努力，將來電學、光學方面都還有單位等著以你們的名字去命名呢。」
朱由棟對理化的進展總體還是滿意的。作為穿越者，雖說他不是理工科出身，但作為歷史愛好者，他非常清楚，理化的進步，有時候速度過快未必是好事。
比如說，他現在就可以拿出諸如飛梭、珍妮紡紗機這樣的東西，可以極大的提高大明棉紗、絲綢的產量。但是這樣的東西突兀的放出去，很可能會導致大量的良田被改為桑田或者棉田——經濟利益驅動，這不是朝廷發令控制得住的。而這會兒小冰河的威力越來越大，北方越來越仰仗南方的糧食，這時候玩「改糧為桑」簡直就是自殺。
又比如說，現在大明很多農民、軍戶都已經離開土地進入城市的各個工坊做工。如果蒸汽機真的全部推廣？那會造成大量的工坊工人失業。如此，國家的穩定就會受到極大的損害。
所以，此時進展稍微慢一點，未必就是壞事。
不過接下來的醫學系就要單純得多了：醫學的進步，對於社會來說，基本都是利大於弊。
「殿下，我們醫學系去年主要的成績是研發出了鏈黴素。經過實驗室鏡下實驗、動物實驗、結核患者親身試藥後，已經確認，鏈黴素對於肺結核、鼠疫患者，有極好的療效。當然，此物毒副作用也不少，但只要不是對其過敏，總的來說不容易致死。」
「好啊！」作為一個醫學類穿越者，朱由棟如何不知道中國是一個結核大國？21世紀全國所有縣城，都設有結核病防治所當然是事出有因的。而鏈黴素的提前問世，對於這個國家來說，好處之大，無論怎麼強調都不過分。
「此外，本系去年已經開展闌尾炎、膽結石手術三百餘例，死在手術台上的十八人，術後死亡的二十三人，其餘皆痊癒。檢討失敗案例，主要還是術中出血點沒有處理好，導致術後二次出血……
本系已經完成初級醫學教材的編寫，不過學生等同意殿下的意見，醫學畢竟攸關人命，所以要學醫的，必須得在年齡到了一定程度後才可以深入學習。所以臣等的計畫是，如果有學生念完九年級之後，仍然有志於醫學的，可以報考我們醫學系。」
「好！諸位，孤剛才聽完了你們的介紹，只覺得成績有很多，這困難也有很多。有好多課題甚至進入了瓶頸。這些，都不要緊。我大明各行各業，哪一行沒有困難？這科研，就更是如此。面對這些困難，我們唯有堅持不懈的努力，才有可能跨過去！所以，孤在這裡，拜託大家哪！」
「不敢，殿下如此厚待我等，我等敢不繼之以死！」