羽柴小一郎秀長的預感果然應驗了。
羽柴秀吉在賤岳會戰贏得勝利後，轉瞬間便消滅了柴田勝家，迫使美濃的神戶信孝切腹，並降服了伊勢的瀧川一益，名副其實地成了織田信長的繼承人。而且他的勢力之強、地位之高，幾乎已是舉世無敵了。
事實上，在此之後並未發生任何讓羽柴秀吉傷神的戰事。唯一稍微棘手的一次，是在翌年的天正十二年（一五八四）展開的小牧、長久手會戰。那是擁有三、遠、駿三國和甲斐、信濃的德川家康，與得到尾張和伊勢、伊賀大部分土地的信長次男北畠信雄聯手，意圖對抗秀吉的戰事。
當時秀吉似乎太過輕敵，毫不深思地採納了池田恆興所提的「出其不意策略」，也就是趁德川家康在小牧山布陣之際，攻打其根據地三河。而且秀吉竟然派沒出息的外甥三好秀次（日後的關白豐臣秀次）擔任這次奇襲的指揮官，希望能多給他立功的機會，提高他的威信。
可惜秀次依然無能，竟然讓大軍在途中停留了兩天，又耗費時日攻打一個小城，結果平白給了家康追擊的機會。最後，池田恆興、森長可戰死，秀次本身落荒而逃，勉強保住一條小命，難得的奇計竟以慘敗告終。
當時小一郎在伊勢攻打北畠信雄的屬城，並未待在小牧山。
「唉，果然是這樣……」
前年攻打瀧川時，小一郎就已經覺得秀次魯鈍無才，得知這件事後，不由得悲哀地感嘆，同時也為他們兄弟缺乏能幹的親族而深感寂寞。
不過他仍充分發揮了機動部隊指揮官的功能，在伊勢立下足以彌補長久手敗戰損失的豐碩戰果。羽柴秀吉在長久手吃了敗仗，卻仍能和對手以有利的條件和解，就是因為小一郎攻陷了伊勢、伊賀諸城，讓北畠信雄無力起而再戰所致。
後世對德川家康在長久手贏得勝利一事知之甚詳，卻鮮少聽聞同一時間羽柴家在伊勢的斬獲，或許正是因為兩人扮演的角色不同所造成的。德川家康身為一方大將，會積極地宣傳自己的戰績；小一郎卻恪守幕僚本分，默默立下大功，而且還懂得將自己創造出的軍事優勢，提供給哥哥作為外交上的籌碼。
從此以後，幾乎沒有任何戰事需要勞煩秀吉出面。小牧、長久手會戰翌年，小一郎秀長平定了附從德川和北畠的紀州根來與雜賀的僧徒，以及四國的長宗我部元親。天正十五年（一五八七），他又以迅雷不及掩耳之勢收服了九州全島。其間只有攻打越中的佐佐成政時，因為小一郎在四國處理戰後事宜，所以由秀吉親自率軍，其餘的戰事，秀吉都是在小一郎攻下的領地上，風風光光地宣慰巡視罷了。
在長久手會戰中取得局部勝利的德川家康，也是因為小一郎秀長平定了四鄰，而迫於情勢不得不降服於秀吉手下。在小牧對陣後一年，德川依然只擁有五國領地，羽柴的領地卻增加了七國，而且又獲得北畠和長宗我部的支持，家康根本無力與之對抗。
不過，小一郎秀長所打的這些平定戰，並不是任何人都能手到擒來的輕鬆戰役。不說別的，在長久手會戰中，他的外甥秀次就吃了敗仗；率領部隊先行前往平定九州的仙石秀久、長宗我部元親等人，也在戶次川會戰中被島津的勇猛士兵打得落花流水，以慘敗收場。戰爭並不是有大勢力做靠山就打得贏的。
在這方面，小一郎秀長的勝戰紀錄，只能以「輝煌」二字來形容。他一生經歷了大小上百次的戰事，竟然從未嘗過一次敗績。在率領弱兵寡眾時，他能力守不潰；在統帥龐大軍隊時，他也能以踏實的戰術不給敵人可趁之機。他尤其擅長調度將領、安排兵站補給，讓將士或士兵可以安心作戰。
素以驍勇善戰自豪的土佐兵和號稱勇猛無敵的薩摩隼人，碰上了小一郎，也只能束手就擒。在戶次川大破仙石、長宗我部和大友部隊的島津士兵，等到小一郎一來，轉瞬間就被逼入薩摩一國，無法再張狂為亂。
小一郎很懂得善用友軍的兵力作戰。這或許也是一個不求功名美譽的幕僚，才能採用的做戰方式與特權吧。
不過，在賤岳會戰之後，小一郎在內政上的功績，遠高於他在軍事上的表現。
從天正十年的山崎會戰到天正十三年平定四國的三年間，羽柴秀吉從一個織田家的部將爬上了天下人的寶座。羽柴家的領地一舉增加了十倍，可動員的兵力也從一萬暴增為十萬，而且也獲得過去的主力北畠信雄或傳統的大勢力毛利、上杉等的支持。在這種情況下，內政以及和各個大名間的關係都必須隨之改變。但要在三年間建立起能夠順應這些改變的人才或組織，根本是不可能的。
舉個簡單的例子來說，這就好像身為某個大企業子公司的中堅企業，因為好運連連，在三年之間企業規模擴充了十倍，員工從一萬人暴增為十萬人，又併購了包括母公司在內的無數一流大企業。試想想看，在這種情況下，這個公司的經營群會忙到甚麼地步？過去由母公司的人事部門或財務部門統籌處理的人事和資金調度問題，現在還必須反過頭去指導母公司該怎麼做。不但要進行整個集團的規劃調整，和政治家、公家單位乃至外國企業的交往，也會遽然增加。況且這個公司原來只是個二流的子公司，人才缺乏自不待言，領導階層工作過量當然是無可避免的。
這就是天正十三年平定了紀州、四國，把德川家康納入旗下的羽柴家的最佳寫照：軍事上的勝利固然輝煌，內政卻極度紊亂，人才更是嚴重欠缺。過去在秀吉手下工作的那群人，多半作戰經驗豐富卻不諳內政，而且只懂得粗聲粗氣、大搖大擺地四處巡視，對辦事程序或規矩根本一竅不通，甚至有些人連大字都不認得一個。還有不少像加藤光泰或神子田正治一般，突然獲得龐大領地，喜不自勝之餘，到處僱用浪人，竟然招致破產下場的蠢貨。他們連四萬石可以僱用多少人都不知道。
另一方面，後來在豐臣政權中佔據重要地位的文治派官僚，當時也都還年輕。石田三成才剛滿二十五歲，大谷吉繼也差不多是這個年紀。而年屆四十的增田長盛，在賤岳會戰時，只是一個拿槍作戰的低階士兵，長束正家則是丹羽長秀家的財務總管。
秀吉也給這些文治派的幹才高額的俸祿，將他們升格為大名，但這些缺乏戰功的年輕人根本管不動那些老資格的武士。那些老將總是自豪地誇稱：「羽柴秀吉是靠著咱們的努力才有今天的。」至於要求大家遵守規定的年輕文治派，卻主張：「一定要公平公正、嚴守規範，才能治理天下。」
這就和中小企業發展成大企業時，一定會遭遇到的景況一樣，經驗豐富的老人和新加入的高學歷人才總是會產生齟齬。此時羽柴家雖因領地擴充、打倒強敵而勢力大增，但也愈發暴露出組織的孱弱和人才的欠缺等問題的嚴重性。
基礎如此脆弱，秀吉成為「天下人」之後，卻一心急著想在上面興建更豪華炫目的大伽藍〔註：寺廟院宇的主要建築〕。不，或許正因為知道基礎不穩固，所以才想藉著炫麗的外觀來鞏固權威。
賤岳會戰一結束，秀吉立刻在大坂建造巨城，並在其四周興建廣闊的市街。整個城和市街的規模及功能，明顯地超越了領主居城所需的範圍，顯見秀吉在此時就已有意展現他治理天下的意志和力量了。
此外，他在天正十三年七月平定四國之後，當上了關白，翌年十二月又被任命為太政大臣，獲賜豐臣為姓。一個出身卑賤、姓氏闕如的人，想要穩踞第一大臣寶座，當然必須創設繼源平藤橘之後的第五姓，來鞏固其地位。
小一郎秀長的地位也隨著哥哥而提升，並且改了姓氏。天正十三年閏八月平定四國回來後，小一郎獲得了紀伊、和泉七十餘萬石的領地和從三位參議的職稱，又更名為豐臣秀長。和當時只是從五位三河守的德川家康等人相比，小一郎的稱號之華麗、地位之崇高，遠非他們所能及的。
不過，內政不是改改稱號、蓋蓋房子就能治理得好的。當哥哥忙著以炫麗外觀惹人注目的同時，小一郎在背地裏成天忙著協調新舊家臣間的關係。他的主要做法，乃是嘴裡嚴厲斥責那些年輕聰穎的文治派家臣傲慢無禮，結果卻促使那些老資格的武士一同遵守新的規矩。老將們看到那些自命不凡的書生和成天捧著算盤的小子挨罵，自然消了不少氣；反應敏捷的文治官僚們也懂得要靠小一郎來約束老將們守規矩。
不但如此，許多惹怒秀吉的家臣也會來找小一郎代為說項調解。僱用太多家來而破產的加藤光泰，靠著小一郎的說項而恢復舊職；佐佐成政也因他撿回一條命，傲慢的千利休更是不知多少次逃進小一郎的府邸避禍。小一郎在世的時候，秀吉幾乎鮮少斬殺部屬，也未曾奪取過同族人的性命，但小一郎死後沒多久，他便開始經常性地嚴懲家臣親族，以殘忍的重刑對待他們。
除此之外，身為豐臣家實力僅次於秀吉的人，許多新加入的外部大名或商人，也會來向小一郎請託。天正十四年四月，因為在島津陷入苦戰，大友宗麟特別前來大坂城乞求秀吉援助。
事後他歡喜無比地寫信送回領地，說當他參觀天守閣時，小一郎親自前來接待他。