嫪毐之亂，以嫪毐兵敗逃脫告終。逃脫的嫪毐，被懸賞捉拿以後，處以車裂，就是車馬分屍的酷刑，他的宗族也被誅滅。參與叛亂的二十多位高官，都被梟首示眾。依附嫪毐的家臣，很多被判刑，而被流放到四川的，數量就多達四千多家。
嫪毐是帝太后的面首，帝太后家務政務的貼心代理人。帝太后是嫪毐的後台，嫪毐之亂的幕後人物。嫪毐之亂失敗後，帝太后被驅逐出咸陽，遷徙到雍城棫陽宮（今陝西鳳翔南）軟禁，她與嫪毐所生的兩個兒子，也就是嬴政的兩位異父弟弟，都被處死。從此以後，以帝太后為首的趙系外戚集團瓦解，帝太后也基本上喪失了對於秦國政權和秦王嬴政的影響力。
在事後的一連串追究中，相國呂不韋與帝太后的舊情，他推薦嫪毐入宮的種種秘事，都被牽連出來，他也成了被審查的對象。秦王政十年十月，呂不韋被免去相國職務，驅逐出京，回到自己的封地河南（今河南洛陽）。
第二年，呂不韋受到更為嚴厲的追究和處罰，秦王嬴政親自下書給呂不韋說：「君何功於秦？秦封君河南，食十萬戶。君何親於秦？號稱仲父。其與家屬徙處蜀。」
看來，呂不韋被罷免以後，秦王嬴政仍然怒氣難消。他質問呂不韋說，你對秦有什麼功勞，秦國賜予你封地河南，享受十萬戶的待遇。你對秦有什麼親屬關係，竟然被稱為仲父。現在，命令你全家遷徙到蜀地去居住。呂不韋接到這封信以後，唯恐還有更為嚴厲的處罰到來，於是飲鴆自殺，終年約五十七歲（前二九二—前二三六年）。那些跟隨呂不韋的家臣和賓客們，也受到嚴厲的處罰。
不過，就在呂不韋免相的同一年，嬴政與母親的關係卻出現了戲劇性的變化。怒氣沖天的嬴政聽了一位叫做茅焦的齊國人的勸告，陡然回心轉意，親自到雍城去見母親，將她接回咸陽，重新居住於甘泉宮。《史記．秦始皇本紀》是這樣記載這件事情的：
齊人茅焦說秦王曰：「秦方以天下為事，而大王有遷母太后之名，恐諸侯聞之，由此倍秦也。」秦王乃迎太后於雍而入咸陽，復居甘泉宮。
這段記載，作為文學故事來讀的話，可以理解為作者在情節推進中製造的戲劇性轉折，是一波三折的起伏式敘事手法。這段記載，作為歷史來讀的話，則很有些不可思議，使人懷疑這段紀事的真偽和可靠性。作為歷史偵探，我們自然要問，這位齊國人茅焦究竟是什麼人，他為什麼會在嫪毐之亂後出現在秦王嬴政身邊？茅焦勸諫嬴政說：「秦國志在天下，而今大王有了遷徙母后的名聲，恐怕諸侯各國聽說後，由此紛紛背離秦國。」他講的不過是母子之間應當和睦相處的簡單道理，怎麼會扯到諸侯各國背叛秦國的外交大事上去？嬴政聽了這幾句話之後，又怎麼會怒氣全消，幡然醒悟，立刻前往雍城迎回母親？