根據夏商周斷代工程的課題設置，整個商代以著名的殷墟文化為界，分為商前期和商後期兩個部分，每一部分包含幾個小專題。
建立商前期年代學架構的主要依據是商前期考古學文化的分期與定年，以及商前期都城的歷史地理學研究和古代文獻有關商年記載的研究。
從考古學的角度看，屬於商前期的重要遺址有鄭州商城、偃師商城、小雙橋遺址、洹北花園莊遺址、邢台曹演莊遺址和東先賢遺址等。如果以上述遺址發掘和分期研究為基礎，便可以建立起比較完整的商代前期考古學文化序列。當然，在這幾處遺址中，鄭州商城和偃師商城又是主要研究探尋的對象。因為只有解決了這兩座都城的時間和性質問題，才能確立夏商文化的分界。
前面已經介紹，關於二里頭遺址文化一、二期之間，二里頭文化二、三期之間，二里頭文化三、四期之間，二里頭文化四期與鄭州二里崗下層之間等是夏商文化分界的說法，在一九九七年十一月於河南召開的「夏商周斷代工程夏、商前期考古年代學研討會」上，專家們根據對實物的觀察，普遍趨向於認同二里頭文化為夏文化；也就是說二里頭文化已不存在商文化的問題了。那麼最早的商文化在哪裡？鄭州商城或偃師商城哪一個是夏商劃分的標誌？隨著問題的提出，學者們的目光集中到鄭州商城和偃師商城這兩座文化遺址上，同時也圍繞上述問題再度展開激烈的爭論。
就在「工程」開展不久，為便於碳十四定年研究，「工程」專門安排考古人員對鄭州商城和偃師商城某些區域進行發掘，並提取了具有典型性的含碳標本。就在這次發掘中，偃師商城的考古人員在原來大城的基礎上，又發現了一座長約一七一○公尺、東西寬約七四○公尺的小城，小城內外有壕溝、道路、墓葬、水溝、灰坑等遺跡，從所發掘的遺跡遺物看，小城明顯要早於大城，大城正是在小城的基礎上興起來的。尤其在小城內宮殿區北部發掘出的一條大灰土溝，其時間跨度幾乎涵蓋偃師商城所有時期，大大有利於對其早期遺存面貌的認識和對城址性質的正確判定。據此，偃師商城的發掘者杜金鵬、王學榮等考古學家認為：
由於小城的規模不是很大（面積約八十多萬平方公尺），並不構成否定其為早商王都的理由。小城的狹小和在建造過程中表現出來的倉促與簡陋，以及在城牆設計方面所具有的濃厚軍事色彩。應與商湯滅夏之初，為了鎮撫夏遺民、鞏固統治權而在夏王朝的腹地傍臨夏舊都新建商王朝的統治中心時所面臨的政局不穩、人力財力匱乏等情況，正相符合。相反的，在當時的歷史背景下，若商湯能在河洛地區迅速建築起一座規模龐大的城池，倒是一件不可思議的事情了。
值得注意的是，小城城垣、宮室以及墓葬朝向等特點，與鄭州商城、黃陂盤龍城〔註一〕、安陽殷墟的商代建築是一致的。根據學術界的共識，二里頭文化的大部分屬於夏文化，偃師商城的建築是夏商文化的一個界標。那麼偃師商城小城屬於商文化遺存，顯然是沒有疑問的了。
〔註一〕原註：此城發現於一九六四年，位於今武漢市黃陂縣葉店村，在城北角的高地上，發現了大型宮殿建築基址。學術界認為，這座城應是商王朝在南方建立的一政治、軍事重鎮。
……綜上所述，偃師商城小城應為早商時期的王都遺址。聯繫到小城的地理位置正與史傳湯都西亳的地望相符合，小城在二里頭遺址之近旁突然拔地而起，以及小城與二里頭遺址（從大的歷史發展進程上看）間一興一廢的更替，使得我們有較充分的理由相信，這些考古事實正是董仲舒《春秋繁露》所說商湯滅夏「作宮邑於下洛之陽」的最好注腳。也是劃分夏、商文化的一個重要界標。
針對偃師商城發掘者這一新的意見，有的專家認為，新發現之小城可能是同期打破關係，並不意味著小城時間更早，仍堅持鄭州商城早於偃師商城，夏商分界的界標自然是鄭州商城。
而堅持鄭亳說的鄒衡，認為偃師商城小城剛剛發掘，所出遺物很少，許多問題沒有弄清楚，且從已發掘的材料看，也不會早於鄭州商城，故不能以偃師商城為界標。如果碳十四對二里頭遺址、鄭州商城、偃師商城所提供的含碳標本測的正確，有可能會產生矛盾，這個矛盾會在以上三個遺址的定年比較中得到解決。如果碳十四定年證實鄭州商城和偃師商城的年代相差不大，那麼以這兩個城作為夏商分界的標誌也是可以的，但是偃師商城不能作為唯一的界標。
針對鄒衡的觀點，杜金鵬就偃師商城的情況作了三點說明：「第一、偃師商城的地層是清楚的，大灰溝出土的遺物也是清楚可辨的，其中灰溝第一段出土的遺物以二里頭文化因素居多，第二段遺物單純，主要屬於商文化因素。第二、偃師商城的分期是在很多專家工作的基礎上進一步得出的，現在的分期根據新的地層關係早晚會弄得更加細緻可靠。在研究過程中，我們還請了專家前來考察、把關，應該說，我們的工作是被學術界認可的。第三、關於偃師商城的年代問題，最早的那個小城，我們在一九九六年就發現了線索，一九九七年開始發掘，所出的材料確實不算多，我們已盡可能地將材料發了簡報。但在小城中發現有墓葬、牆、水溝之間的關聯關係，大灰溝在宮殿區，周圍有牆，可能也是建築遺跡。它在第一、二段使用，四段時被填平，此時在其北面出現了石砌的水池。另外，發掘的宮殿遺跡有五個在第二段使用，三段時擴建，此時又出現了大城，這也可作為旁證。」
針對杜金鵬的說明，曾參加過偃師商城發掘的中科院考古所副所長王巍補充道：「偃師商城的始建年代還沒有得到直接證據，但現在至少證明小城比大城早。儘管目前尚不能證明城牆本身早到第一段，不過可以結合城內的遺跡關係相互證明得出結論。小城範圍內的最早的遺跡是大灰溝一段，其遺跡與四號宮殿共用一牆，兩者可能有必然的關係，而不是像鄒衡先生所說的那樣沒有關係。」
關於夏商文化的界標問題，王巍對杜金鵬等人的觀點表示認同，並指出在鄭州商城要區分先商、早商文化是困難的，而偃師商城出現於夏都二里頭附近，它的出現應晚於夏的年代，進入了商王朝時期，所以偃師商城的始建年代應近於夏商文化的分界。這個觀點，得到了河南省考古研究所研究員楊育彬的支持。
對鄭州商城和偃師商城到底誰早誰晚、誰有資格充當夏商界標的問題爭論，著名的考古專家殷瑋璋頗不以為然。他說：「在過去的十幾年裡，考古界幹了些什麼事呢？就是為鄭州商城早還是偃師商城早而爭吵，而這個爭吵是沒有結果的。你說你這個早，他說他那個早，有什麼憑據啊？一九九五年在偃師召開商文化討論會，這個會議由我主持，有許多專家參加，會上大家依然是爭論不休。當時仇士華先生對我說，關於鄭州商城和偃師商城到底誰早的問題，碳十四定年可以解決，如果碳十四定年出來，我想這就有了依據。事實上，大家都坐在家裡討論是解決不了什麼問題的，就考古學的角度而言，必須對一座都城控制一定程度，你才能把這個遺址的情況瞭解清楚。否則，討論來討論去總是沒有抓住根本，沒什麼意義。」
關於能否用都城來作為界標的問題，殷瑋璋也有不同於其他學者的看法：「我不同意用都城來解決夏商分界問題，考古學上的斷代必須用考古本身的方法來解決，用考定某個都城的方法是解決不了考古學上的問題的。文獻上記載著亳，你就說這個都城是亳，有什麼證據？你找的那些證據許多是建立在假設之上的。當然，這個假設是允許的，但必須在得到證實的情況下，再作第二個推論。可有些學者不等這個假設予以證實，接著第二個、第三個、第四個，一連串的假設都出來了，看起來頭頭是道，什麼問題都解決了，但考證後發現不是那麼回事，實際上這是超前意識，憑空想像，而科學是不允許這樣做了。」
由鄭州商城與偃師商城之爭，牽涉到二里頭文化的分期問題，殷瑋璋表示：「我認為到二、三期之間有非常突出的變化，從出土的陶器來看，明顯是兩種不同的文化。但鄒衡先生不同意我的看法，認為二、三期之間有變化，但太少，是量變，不是質變。試想一個朝代的變遷，在文化上不可能是突變。新中國成立後十年，才搞了北京十大建築作為標誌，現在看到的高樓大廈，是近幾年才出現的事。許多生活用品也是慢慢地淘汰、更換，沒聽說在新中國一解放的時候誰把自家的鍋碗瓢盆全砸了，全部更換新的。即是你砸了，想換新的，恐怕工廠也一時造不出來。再如秦始皇滅六國，實行天下統一，但就從考古學的角度看，你在六國之內很難找到秦的歷史影子。這就證明朝代的變更跟文化的變更是不同步的。新中國成立後，梁思成等人提出要建一個新都，結果毛澤東把梁思成批了一頓，據說毛澤東領導人民推翻了三座大山，開闢了歷史新的紀元，他為什麼不去建個新都？這就說明一段歷史或一個朝代的更替不意味著就要建都，歷史上也是這樣，當一個王朝誕生後，要有一個休養生息的階段，要輕徭薄賦，減租減