秦可卿這個人物，是紅樓夢的作者想極力寫好的人物之一。因為她代表了賈寶玉在「天上和人間」墮落的開始，也代表了賈寶玉在繁華末世最後覺悟的棄家逃亡。但像秦可卿這樣一個重要的人物，在紅樓夢裏卻留下了許多像謎一樣的問題。比如說：秦可卿的出生來歷是什麼？她為什麼會嫁入賈府？天上有一個秦可卿，人間也有一個秦可卿，作者為什麼要把她寫得那樣的迷離恍忽，這裡頭究竟隱藏著怎麼樣的秘密，她和賈寶玉真正的關係是怎樣？秦可卿死在天香樓的時候，在太虛幻境的畫冊上明明說的是懸樑自盡，但作者後來又偏偏說她是病死的，為什麼要這樣故意的造成矛盾？而且秦可卿死的時候，「合家皆知，無不納悶，都有些疑心」（見庚辰本第十三回）可見秦可卿實在不是病死的，甲戌本第十三回脂評上說：「隱去天香樓一節是不忍下筆也。」為什麼會不忍下筆呢？秦可卿在紅樓夢裏，出場早，下場也早，自第十三回她香消玉殞之後，紅樓夢中就消失了她的影子，那麼秦可卿和紅樓夢的情節主題究竟又有怎樣的關係呢？
一、天上和人間的秦可卿
首先我們必須知道：紅樓夢裏的秦可卿是實有其人的。甲戌本第十三回的回末總批上說：
秦可卿淫喪天香樓，作者用史筆也。老朽（按：趙岡的紅樓夢新探云：指畸笏）因有魂托鳳姐賈家後事二件，嫡（庚辰本作豈）是安富尊榮坐享人能想得到處，其事雖未漏，其言其意則令人悲切感服，姑赦之，因命芹溪刪去。
同頁又有眉批說：
此回只十頁，因刪去天香樓事，少卻四五頁也。
於此可見紅樓夢稿本原有「秦可卿淫喪天香樓」這一回，以描寫秦可卿在天香樓因「遺簪更衣」而喪生的情節（參見靖本脂批），但這一回的文字太露骨了，所以有人建議雪芹把它刪去，以赦免秦可卿的罪過。這樣看來，紅樓夢天香樓這回的稿本，應當是某種程度的「寫實之文」，而秦可卿也應是「實有其人」的了。
秦可卿既是實有其人，那麼她就應當有個出身來歷。但是紅樓夢的作者卻把秦可卿的出身寫得離奇的曖昧。雪芹說：秦可卿是一個老營繕司的郎中——秦邦業在「養生堂」所抱養的女兒，後來長大時，生得形容嬝娜，性格風流，因素與賈家有些瓜葛，故結了親。於此可見雪芹對於秦可卿的出身及其進入賈家的始末，實有難言之隱，這不能不使人懷疑到秦可卿的出身和賈府恐有「不尋常」的倫理關係。我們看到當秦可卿死時，那賈珍竟哭得淚人兒一般，對人說：「誰不知道我這媳婦比兒子還強十倍，如今伸腿去了，可見這長房內滅絕無人了！」說著又哭起來，眾人問說這喪事要如何料理，賈珍道：「如何料理，不過儘我所有罷了」，後來賈珍竟又因悲傷過度，病得扶杖而行。如此看來，秦可卿的出生和死亡應和賈珍有不尋常的關係，所以秦可卿的來歷和她進入賈府的經過，作者只好含糊過去了。
秦可卿在賈府的地位，足可和王鳳姐相比。但是秦可卿在賈府的事跡，一向就被描寫得迷離恍忽，尤其是她和賈寶玉的關係，一會兒在天上，一會兒在人間，真是令人捉摸不定。
紅樓夢第五回說：賈寶玉到寧府的會芳園遊玩，一時寶玉倦怠，想睡中覺，秦可卿便帶他到自己的房裏去，一個嬤嬤說道：「那裏有個叔叔往侄兒媳婦房裏睡覺的禮呢？」秦氏笑道：「他能多大了，就忌諱這些個？」接下去作者把秦氏的臥房做了一段極其象徵性的描寫。他說秦氏的房中：
案上設著武則天當日鏡室中設的寶鏡，一邊擺著趙飛燕立著舞的金盤，盤內盛著安祿山擲傷了太真乳的木瓜，上面設著壽昌公主於含章殿下臥的寶榻，懸的是同昌公主製的連珠帳。
這一段暗示，我們當然知道是在說些什麼，因為這正是對秦可卿「嬝娜風流」的強烈暗示，賈寶玉在人間跌入那萬丈深淵就由此開始。所以紅樓夢下文接著又說：眾奶媽服侍寶玉臥好之後，款款散去，只留下襲人、晴雯、麝月、秋紋四個丫嬛為伴，秦氏便叫小丫嬛們好生在簷下看著貓兒打架。但是秦氏去了那裏呢？書中沒有明文交代，只說寶玉可卿一同到了「天上」。
賈寶玉到了「天上」之後：由一個「神仙姐姐」指引，遊歷了「太虛幻境」。這個仙子先給他一杯「千紅一窟」（即千紅一哭）的仙茗，又給他一杯「萬艷同盃」（即萬艷同悲）的烈酒，使得寶玉吃了以後，朦朧恍惚，告醉求臥。然後這個「仙子」就把她的妹妹「乳名兼美，表字可卿」的，配給了寶玉，要他們立即成親，於是「推寶玉入房中，將門掩上自去。」
這一段天上幻境的象徵性的描寫，實際上就暗示賈寶玉一生墮落的開始，所以紅樓夢曲文「好事終」（指秦可卿）：
家事消亡首罪寧，宿孽總因情。
即指此而言。寧是指寧國府，情即是「秦」（見甲戌本脂批），指秦可卿。秦可卿和寶玉的關係，畢竟是違背倫常的，所以改寫為天上的幻境。同時又因為這段塵世的宿孽是一個「寫實之文」，所以後來賈寶玉突然聽見秦可卿死在天香樓時，便好像是心中戳了一刀，「哇的一聲，噴出一口血來」（見第十三回）。
賈寶玉在天上和秦可卿溫存一番之後，忽然來到一個所在，但見荊榛滿地，狼虎同行，迎面一道黑溪阻路，並無橋樑可通。紅樓夢第五回說：
正在猶豫之間，忽見警幻從後追來，說道：「快休前進，作速回頭要緊！」寶玉忙止步問道：「此係何處？」警幻道：「此乃迷津，深有萬丈，遙亙千里，中無舟楫可通，只有一個木筏，乃木居士掌舵，灰侍者撐篙，不受金銀之謝，但遇有緣者渡之。——」話猶未了，只聽迷津內響如雷，有許多夜叉海鬼，將寶玉拖將下去，嚇得寶玉汗下如雨，一面失聲喊叫「可卿救我！」
這是描寫寶玉從情網墮落之後，在色慾與性靈之間的強烈掙扎。而警幻所說的話的意思，就是告訴寶玉此時惟有身如槁木，心如死灰，才能渡此萬丈迷津。寶玉聞言，才如大夢初醒，大叫「可卿救我！」逃出了萬丈迷津。由此可知：寶玉是因「情」的迷惑而墮落，亦因「情」的看破而逃亡。情和秦都是雙關語，秦可卿的形象是「嬝娜風流、情淫兼美」的女子，而秦可卿三字的含意卻是「情可輕」（見甲戌本脂評）。因此甲戌本第五回的脂評又說：
此夢文情固佳，然必用秦氏引夢，又用秦氏出夢竟不知立何屬意，惟批書人知之。
二、薛林是秦可卿死後的化身
秦可卿既然代表了那茫茫大荒山青埂峰下的「情根」，使得賈寶玉（頑石）淪落紅塵，但事實上「人間」的秦可卿死的很早。賈寶玉在紅塵歸劫的過程（也就是寶玉在靈肉之間長期痛苦掙扎的過程），就必須有另外的安排。所以作者就另外寫出了薛寶釵和林黛玉兩人，來代表秦可卿死後的化身，藉此描寫寶玉內心的矛盾衝突。
但是從什麼地方知道薛林是代表了秦可卿死後的化身呢？
紅樓夢第五回寫賈寶玉在太虛幻境見到秦可卿時，作者故意設下一重伏筆說：
其鮮艷嫵媚，大似寶釵，嬝娜風流，又如黛玉。
這是一個暗示。其次，在太虛幻境，警幻對寶玉說：吾有一妹，「乳名兼美，表字可卿」。這裡所謂「兼美」的含義，據甲戌本脂評上說是指「兼有黛玉寶釵之美」。可知薛林就是代表可卿死後的化身。也就因此，薛林真實也就是一個人。所以庚辰本第四十二回的脂評就說：
釵黛名雖兩個，人卻一身。此幻筆也。
薛林既為一個人的幻影，所以紅樓夢中「十二釵正冊」的圖畫中，薛寶釵林黛玉就在同一幅畫上表示，而且在紅樓夢曲文中，也用同一支曲來表示。
紅樓夢第五回上說：金陵十二釵正冊頭一頁上面，畫著兩株枯木，木上懸著一圍玉帶，地下又有一堆雪，雪中一股金簪，旁邊題的詩是：
玉帶林中掛，金簪雪裏埋。
「玉帶林」指林黛玉，「金簪雪」指薛寶釵。又紅樓夢曲文「終身誤」上說：
空對著山中高士晶瑩雪，終不忘世外仙姝寂寞林。
「晶瑩雪」指薛寶釵，「寂寞林」指林黛玉。這些都是暗示薛林同為一人的伏線。
薛林既同為一人的幻影，作者為什麼要寫成兩個人呢？這是作者想藉此強調寶玉心中的矛盾掙扎，薛林兩人分據著寶玉的心，薛是象徵著寶玉心目中偏向於色慾、傳統、世俗的一面；林是象徵著偏向於寶玉心目中的性靈、浪漫、反叛的一面。
紅樓夢常提到寶釵的美麗以及寶玉對她外貌的神魂顛倒。例如第二十八回「薛寶釵羞籠紅麝串」，就有一段細膩的描寫說：寶玉想著寶釵左腕上籠著的一串香串子，可是寶釵生的肌膚豐澤，一時褪不下來。寶玉在旁邊看了雪白的肐膊，不覺動了羨慕之心，暗暗想到：「這個膀子若長在林姑娘身上，或者還得摸一摸……。」再看看寶釵的模樣兒，只見臉若銀盆，眼同水杏，唇不點而含丹，眉不畫而翠橫，比黛玉另具一種嫵媚風流