李鴻章到上海後，是承擔「借師助剿」任務的主要官員。針對這個問題，曾國藩給他寫了多封密信，用自強自立的思想對他加以指導。同治元年（一八六二年）三月三十日，他在書信中說：「洋人纏嬲頗難處置，尊處只宜以兩言決之曰：會防上海則可，會剿他處則不可。近而嘉定、金南，遠而蘇、常、金陵，皆他處也，皆腹地也。詞氣宜和婉，意思宜肫誠，切不可露傲惰之象。閣下向與敵以下交接頗近傲慢，一居高位，則宜時時檢點。與外國人相交際，尤宜和順，不可誤認簡傲為風骨。風骨者，內足自立，外無所求之謂，非傲慢之謂也。薛公各營挑兩三千人隨同夷兵操練、駐紮一說，亦斷斷不可。明知薛營為洋人所鄙棄，而以此愚弄之，可乎？閣下只認定『會防不會剿』五字，自非賊匪逼撲滬城，我與英、法可毫無交涉也。」在信中，他明確地指出了和洋人相處的原則，那就是只能在上海會防，在其他地方，列強不得插手，以維護中國的主權。他告誡李鴻章，首先要做到自立，即使沒有洋人，自己也完全能完成任務。但是在與其相處的過程中，卻不能因為自立自強而顯出傲慢的神色來，以免造成新的矛盾。
此後的三個月內，他接連寫了四五封信，教導李鴻章自強之道和與洋人相處之法。他在信中說：「務求我之兵力足以自立，先獨剿一二處，果其嚴肅奮勇，不為洋人所笑，然後與洋人相親，尚不為晚。」「吾軍足以自立，固可使遠人龍言服……願閣下謙懷抑抑以待洋人，並遍囑全軍勇夫，切勿自誇兵精，不稀罕洋人幫助云云。吾輩心中有一分矜氣，勇夫口中便有十分囂張，不可不察。」「與洋人交際，孔子忠敬以行蠻貊（ｍò）、勾踐卑遜以驕吳人二義，均不可少。形跡總以疏淡為妙。我疏淡而足以自立，則彼必愈求親暱。此一定之情態也。」
由於曾國藩的反覆告誡，朝廷也認識到問題的複雜性，於是打消了借師收復甦、常的念頭，把借兵助剿限於通商口岸的上海和寧波兩處。
李鴻章作為執行者，完全按照曾國藩的教導去做。洋人的力量不可不用，但是卻盡量加以限制。由於他在上海站穩了腳跟，成為太平軍的真正對手，列強對他也不敢輕視。而李鴻章也得以利用洋兵的力量來達到自己的目的，「曲意籠絡，俾為我用」，而不是為人所用。即使是華爾和戈登指揮的洋槍隊，也在李鴻章的牢牢控制下。鎮壓太平軍後，李鴻章果斷地解散了洋槍隊，把其中精銳納入了淮軍，完全解除了後顧之憂。他以自己為出發點，利用了洋人的力量，卻避免了受制於人的結局，正是曾國藩自強思想指導的結果。
與此同時，曾國藩認識到，真正實現自強，必須要學會洋人的長處，發展自我。於是他指導李鴻章，這也是李鴻章後來在洋務運動中有所作為的一個因素。