對於慈禧太后的鎮壓維新變法，西方各國很是不滿，都覺得應讓太后下台。這樣一來，慈禧太后也對洋人極為不滿。義和團運動在北方的廣大地區爆發了，義和團破壞教堂，殺死外國人，規模迅速擴大。正是義和團的排外性質，使得與其有同樣要求的慈禧太后開始利用義和團來打擊洋人。她下令清軍停止鎮壓義和團，用義和團攻打北京的各國使館。這一下可把各國的怒火點燃了，他們組成了八國聯軍，迅速攻佔了北京，慈禧太后帶著光緒帝逃到了西安。中華大地東至山海關，北起張家口，西南至正定，東南至滄州之間，一時間列強橫行，肆意蹂躪，人民飽受痛苦。八國聯軍在東北殺害的中國人是數百上千倍於被殺的洋人，中華民族遭受到了前所未有的巨大浩劫。朝廷對此危局已無對策，只好讓兩廣總督李鴻章北上向列強求和，請列強退兵。
李鴻章對此次八國聯軍入侵是痛心疾首的，他早就覺得慈禧太后藉義和團打擊洋人是根本行不通的。當時是一九○○年六月，李鴻章從軍機處命令直隸總督裕祿停止鎮壓義和團的廷寄密旨時，就覺察到太后企圖利用義和團對抗洋人。六月九日，他發電報給盛宣懷說：「有密諭，裕勿進剿。國事太亂，政出多門，鄙人何能為力？」
六月十二日，聯軍與義和團在廊坊大戰。十七日，大沽炮台落入八國聯軍手中。十五日，朝廷發佈命令讓廣東巡撫署理兩廣總督，而李鴻章馬上入京負責與各國交涉。李鴻章很不情願，想一想當初自己只是沒有支持太后發動政變鎮壓變法派，就被逐出軍機處，外放兩廣總督，現在有難了卻又來找他；此外，他對自己入京後與各國交涉的方針還琢磨不透，因為太后的態度還在和戰之間動搖。因此，李鴻章沒有赴命，只是坐觀局勢的走向，要以靜制動。
十七日至二十日之間，清廷一連進行了四次御前會議，討論應如何應對局勢。太后決心對外宣戰，因為她受到了偽造各國公使勒令太后歸政的照會的影響。而主戰派鼓動說義和團有神術，可滅洋人，力主圍攻各國使館。光緒帝等人則反對圍攻使館的挑釁行為。雙方爭持不下，最後主戰派一意孤行，鼓動太后下令將主和的五位大臣誅殺，徹底掃除了開戰的障礙。
二十日，李鴻章向軍機處和總理衙門發送緊急電報，提出：「眾義非自清內匪，事無轉機。」雖然朝中主戰派佔了上風，但李鴻章還是將義和團定義為匪和內亂，建議慈禧太后「宸衷獨斷，先定內亂，再弭外侮」。然而當日德公使克林德就被殺死在北京崇文門大街。
二十一日，清政府向各國正式宣戰，下令各省召集義和團消滅洋人。當時北京的義和團以「殺一龍二虎三百羊」為口號，光緒就是其中的「龍」，他要學習西方搞維新變法；二虎是指李鴻章和慶親王，慶親王時任總理衙門大臣，而群眾不知道李鴻章不在京，只認為他是個大漢奸；三百羊則泛指辦洋務的人，像總理衙門裡和海關裡的都是「洋奴」。義和團認為只要殺光中國「崇洋」的人，再把洋人全部趕回老家，中國就好了。這一主張，正中慈禧太后下懷。
清政府已正式對外宣戰，各地方大吏都不知如何應對朝廷的政策，於是紛紛來電詢問李鴻章。李鴻章十分堅決地回答說：「此亂命也，粵不奉詔。」李鴻章為官多年，自然知道此舉是公然抗旨，但之所以採取這樣的措施，完全是經過對局勢的深刻全面的分析的，他知道中國根本不是強大的八國聯軍的對手，慈禧太后不久就會招架不住，反過來向八國聯軍求饒。因此，他建議朝廷先不要讓董福祥軍輕舉妄動，只要使館得保，危局還是能夠挽救的。同時，又與袁世凱、張之洞等聯名電請朝廷對洋商、教士、使館等進行保護。後來，實現了東南自保，避免了戰火向江南十幾個省蔓延。
此時，盛宣懷電告李鴻章說：「初十以後，朝政皆為拳黨把持，文告恐有非兩宮所自出者，欲全東南，諸大帥須以權宜應之，以定各國之心。」二十四日李鴻章回電答覆說：「二十一日矯詔，粵斷不奉，希密緻劉坤一、張之洞。」一下子中外人士都請他出山，紛紛來電勸他北上。五月三十日，中國駐德國公使呂海寰到德國外交部就義和團問題交換了意見，德國外交部副大臣李和芬說，只要李鴻章出面就沒問題了。
呂海寰：「李中堂已奉派赴北。」
李和芬：「聞李中堂粵省堅留，恐未必成行。」
呂海寰：「中國禮法最重君命，召不俟駕而行，李中堂既奉內詔，斷無停留之理。李中堂久任北洋大臣，直隸情形最熟悉，直津之民亦十分愛戴，本大臣料李中堂一到京門，內亂自平，諸事當可商量。」
李和芬：「恐中堂未必能到京都，聞有人慾害之。」
呂海寰：「李中堂威望素著，斷無有人相害之理。」
六月二十二日，兩江總督劉坤一給李鴻章來電：「危局唯公可撐，祈早日啟節，以慰兩宮焦盼，天下仰望。」李鴻章回電推辭：「水陸梗阻，萬難速達。」呂海寰又致電相請：「竊思北事危急，務請中堂早日北上，以維大局，而孚夷望。」李鴻章還是推辭，回電說：「政府尚無主見，鴻即繞道前去，無濟於事。」七月一日，李鴻章再次覆電劉坤一，一針見血地指出了自己不願北上的原因：「政府悖謬如此，斷無挽救，鴻去何益？」
七月三日，朝廷又發來詔命，讓他「懍遵前旨，迅速來京，毋稍刻延」。但還是沒有給他承諾，因此，李鴻章還是推辭不從。他的這種態度終於開始發生作用，朝廷在七月七日發來電令：「前迭經諭令李鴻章迅速來京，尚未奏報起程，如海道難行，即由陸路兼程北上，並將起程日期先行電奏。」又在第二天作出了任命李鴻章為直隸總督兼北洋大臣的決定。九日再次來電：「自行酌量，如能借坐俄國信船由海道星夜北上，尤為殷盼，否則即由陸路兼程前來，勿稍刻延，是為至要。」
十二日，清廷又做讓步，電稱：「無分水陸兼程來京。」李鴻章見朝廷已經軟下來了，於是在七月十七日與兩江總督劉坤一、湖廣總督張之洞、四川總督奎俊、閩浙總督許應揆、福州將軍善聯、大理寺少卿盛宣懷、安徽巡撫王之春、浙江巡撫劉樹棠、陝西巡撫端方、山東巡撫袁世凱等聯名上奏，提出四個請求：
一、請明降諭旨，飭各省將軍督撫仍照約保護各省洋商教士，以示雖已開戰，其不預戰事者皆為國家所保護，益彰聖明如天之仁。且中國官員商民在外國者尤多，保全尤廣。
二、請明降諭旨，將德公使被戕事切實惋惜，並致國書於德王，以便別國排解，並請致英、法兩國，以見中國意在敦睦，一視同仁。
三、請明降諭旨，飭順天府尹、直隸總督，查明除因戰事外，此次匪亂被害之洋人教士等，所有損失人命物產，開具清單，請旨撫恤，以示朝廷不肯延及無辜之恩義。不待外人啟口，將來所省實多。
四、請明降諭旨，飭直隸境內督撫統兵大員，如有亂匪亂兵，實係擾害良民，焚殺劫掠，飭其相機力辦，一面奏聞。從來安內乃可攘外，必先令京畿安謐，民心乃固。必先紀律嚴肅，兵氣乃揚。
二十二日，李鴻章在廣州公開表示了自己對此事的看法：「拳民僅係愚民，起事原因教民與教士不能辭其責。清廷未備戰，不能認為宣戰，清廷將懲首，遣散拳民，與各國議和，慈禧係受人愚惑。」
二十三日，朝廷又催促李鴻章趕快入京：「現在事機日緊，各國使臣亦尚在京，迭次電諭李鴻章兼程來京，迄今並無起程確期電奏。該大臣受恩深重，尤非諸大臣比，豈能坐視大局艱危於不顧耶？著接奉此旨後，無論水陸，即刻起程，並將起程日期速行電奏。」
經過朝廷的再三催促，李鴻章終於同意北上。出發前，南海知縣裴景福與他進行了一次意味深長的談話。
李鴻章當時身著藍布短衫，倚在小藤榻上，問裴景福：「廣州斗大的城中，緩急可恃者能有幾人？你能任事，取信於民，為地方弭患，督撫不如州縣也。能遏內亂，何至招外侮，勉之！」
裴景福（以下簡稱裴）說：「公已調直督。」
李鴻章（以下簡稱李）問：「何以知之？」
裴說：「外洋有電，諸領事皆額手稱慶。當不妄。」
李自負地說：「捨我其誰也。」
裴又問起李鴻章對當前局勢和國家命運的看法。李鴻章回答：「百足之蟲，死而不僵。我朝聖德，人心未失，京師難作，雖根本動搖，幸袁慰亭（世凱）支拄山東，香濤（張之洞）、峴莊（劉坤一）向有定識，必能聯絡保全上海，不至一蹶不振。」
裴又問：「公看京師如何？」
李說：「論吾國兵力，危急當在八九月之交，但聶功亭（士成）已陣亡，馬（玉崑）、宋（慶）諸軍零落，牽制必不得力。日本調兵最速，英國助之，恐七八月已不保矣。」李鴻章說到情急之處不免痛心疾首，越發激動，不禁感嘆說：「內亂如何得止？」
這一問裴景福自然難以回答，兩人沉默了好久。
還是裴首先發話，說：「論各國公法，敵兵即入京，亦不能無禮於我。」