乾隆五十一年（一七八六年）七月，負責工部事務的蘇凌阿、瑞保出差在外，而新任尚書舒常也尚未到京，工部的日常事務又多，所以一切工部日常事務暫時由和珅代為管理。一個月後，三十七歲的和珅補授大學士一職，並仍然負責戶部事務。與此同時，因為補授吏部尚書、協辦大學士的福康安尚兼陝甘總督一職，無法回京，所以吏部事務也由和珅負責。同年九月，因和珅掌管崇文門稅務已有八年時間，況且已經升任大學士，不便再兼任這一職務，轉而由其子、同時也是固倫和孝公主額附的豐紳殷德充任。
清代的大學士只是一種榮譽職位。雍正年間創設軍機處後，就算是議政王大臣會議也不得參與軍國大事的處理，成為一個虛銜。會典上規定的「大學士掌鈞國政，贊詔命，厘憲典，議大禮、大政，裁酌可否入告」等決策職責等於廢話，只有參與「修實錄、史、志，充監修總裁官。經筵領講官，會試充考試官，殿試充讀卷官，春秋釋奠攝行祭事」等閒散職能，根本沒有實權。即便如此，不少官員想獲得大學士一職也不容易，大多在即將退休的時候才能得到。而一旦獲得大學士一職，即要解除所負責的六部職務，最多可以兼管事務，但並非直接掌管實權。
和珅是個例外，他不僅三十七歲即獲得大學士這一榮譽職位，而且不脫離實權，仍直接掌管六部中吏部、戶部、工部等的實權。如所兼任工部事務是主持工程的最有油水的部門；吏部尚書是負責官吏的遴選和考核，是天官；戶部則負責國家的財政大權……可以說，和珅幾乎控制了大清國所有的要害部門。
在乾隆眼裡，和珅的才能還沒有完全發揮，他讓和珅開始主持軍機處的大權。軍機處是清代直接秉承皇帝旨意經辦重大政務的中樞。軍機大臣的權勢之顯赫，那是朝野聞名的。就連軍機大臣下面的一些草擬文稿的助理人員，即軍機章京，因接近國家機要，平時也狐假虎威，頗有權勢，俗稱「小軍機」。
「小軍機」在清代社會上名聲很大。每當皇帝下諭旨，都要由軍機大臣交給軍機章京草擬稿，然後呈皇帝閱覽批准後頒發執行。《簷曝雜記》中對這一過程進行了具體的描述：「軍機大臣早晨入內面奉諭旨，等到退下來，已是辰牌時分了。回到軍機處後，叫軍機章京進來，告訴他今天有幾道什麼上諭。軍機大臣一面說，軍機章京一面用手摺一一記下；然後回到自己辦公的房子裡，分派擬稿：某某擬哪一道，某某擬哪一道。一霎時筆如風雨。軍機章京看過了，又斟酌幾個字，然後給軍機大臣看。軍機大臣認可後，就由太監呈送皇上，皇上閱覽批准後，這才頒行天下。」
軍機章京官級不大，屬於助理人員，但因其身處政權中樞，經手的都是上諭、奏摺等國家機要文書，因此，官場中的人都認為他們是頗有權勢的人物。許多官員都通過他們打探官場最新消息，以期獲得他們的關照。尤其是一些想向上爬的地方官吏，雖然沒辦法接近軍機大臣、各部尚書或侍郎等朝廷大員，但是經常以巨資珍寶買通官級稍微低一些的軍機章京作為自己的內線，把握朝廷的動向。所以軍機章京在官場上影響很大。
軍機章京一般都是文思敏捷，「下筆千言，倚馬可待」的飽學之士。但也難免有文采一般、庸俗不堪者，這樣的人只好多幹些黏貼文稿、摺子的雜活兒。這種軍機章京被世人譏為「麵糊章京」。《負曝閒談》中提到他們何以被稱為「麵糊章京」：達拉密章京對於那些無法執筆的章京瞭然於胸，於是有些事情就不去驚動他，到了忙的時候，把批好的摺子，什麼「知道了」「該部議奏」等，都一條一條的夾在摺子裡面，叫他用漿糊一條一條地黏上去，這就是他們的工作，所以叫「麵糊章經」。
任何職務只要能跟皇帝沾上邊兒，就有陞遷的機會。軍機章京擬的文稿如果經常受到皇帝賞識，擬稿者一時間就會聲名鵲起，甚至破格陞官。反之，如果擬的稿總是不盡如人意，沒有亮點，就可能十天半月都不被委派一事，只是按時上下班而已。前者被稱為「紅章京」，意為受到皇帝的重視，鴻運當頭；後者被稱為「黑章京」，意為被冷落、觸了霉頭。有人甚至為「紅章京」作詩道：「流水是車龍是馬，主人如虎僕如狐。昂然直到軍機處，笑問中堂到也無。」其中的中堂指大學士，可見「紅章京」當時的權勢之盛。相反，「黑章京」就沒有那麼風光了：「篾簍作車驢作馬，主人如鼠僕如豬。悄然溜到軍機處，低問中堂到也無。」更有好事者將後二句改作「五更踱到軍機處，不識今朝有事無。」將「黑章京」低三下四、無事可做的倒霉模樣表現得淋漓盡致。其實，無論「紅章京」還是「黑章京」，都是清朝黑暗官場的一面鏡子，讓人不勝欷歔慨嘆人生的際遇。
和珅剛入軍機處時，並沒有掌握實際大權，因為很多居功至偉的朝中老臣都排在他前面。乾隆四十九年（一七八四年）閏三月，福隆安去世，和珅在軍機處的排名升至第三位，加上首席軍機大臣阿桂一直奔波於外，次席梁國治又是漢人，無法掌握實權，這樣一來，軍機處的實際決策權就落到和珅手中。
乾隆五十年（一七八五年），朝鮮使臣在聞見別單中又說：「吏部尚書和珅，去年升為軍機大臣，子尚皇女，女配皇孫，權勢日隆。皇帝且遣內侍輪番其第，勢焰熏天，折紳趨附。惟閣老阿桂勳伐既盛，而清謹自持，為珅敬憚，朝野頗以倚賴雲。」四月，朝鮮使臣在聞見別單中又說：「和珅寵遇愈隆，威勢日加，今年又以軍功進封一等男。」此時的和珅，可謂大權在握，如日中天，成了大清朝廷的實際控制者。
和珅權勢越來越大的原因正是年老而又不肯放權的乾隆帝越來越「倦勤」，與先前那個年輕氣盛、精力旺盛的乾隆不可同日而語。乾隆五十二年（一七八七年）二月，朝鮮使臣就有描述晚年乾隆政風的變化的記載：「皇帝近年頗倦，為政多涉於柔巽，處事每患於優遊；恩或多濫，罰必從輕；多濫故啟幸進之門，罰輕故成冒犯之習。文武恬戲，法綱解弛，有識者頗以為憂。」
正是乾隆的越發「倦勤」，給和珅提供了把持朝政、鞏固自己權勢和地位的機會。到了乾隆末年，和珅實際上已經成了大清國的掌舵人。嘉慶二年（一七九二年）八月，阿桂去世，他真正成了朝廷的第一決策者，達到人生事業發展的巔峰。