和珅的案子是嘉慶帝主抓的，效率當然非常高，很快罪名就被確定下來，接下來便是發交各省督撫進行議罪了。嘉慶的這套藉大臣之口彈劾，然後皇上再以順天應民之意，迅速除掉權臣、政敵的把戲，在中國歷史上已經屢見不鮮，但是卻屢屢奏效。
常言說：六月的天，孩兒臉，說變就變。其實那些當官的見風使舵的能力也不弱。和珅得意時，一個個趨之若鶩、唯恐落於人後，就在乾隆駕崩當天，還有些政治靈敏度低的官員，竟然直接繞過嘉慶帝，前往和府勸慰和珅要「節哀」；誰知十日不到，竟會有天壤之別，那些官員也都紛紛倒戈，真是莫大的諷刺。
和珅在朝中經營二十多年，從來沒被人直接彈劾過。可是等到嘉慶帝下定決心要收拾和珅時，朝中大臣又人人爭相控訴，個個表白自己曾如何受過和珅的迫害和打擊，唯恐皇帝不信；更有甚者在大殿之上竟然痛哭流涕，對和珅進行血淚控訴。態度變化之快，讓嘉慶帝看得目瞪口呆。
從前與和珅過從甚密者自然急於表白自己；素來就看不慣和珅為人者更是群起而討伐之，紛紛要求將和珅凌遲處死，方解心頭之恨。最突出的是直隸總督胡季堂，他在奏摺中說：「和珅喪盡天良，非復八類，種種悖逆不臣，巒國病民，幾同川楚賊匪，貪墨放蕩，實在是個無恥小人，喪心病狂，目無君上，請依大逆律凌遲處死」。文辭水平雖一般，但其處死和珅之意志堅決，讓嘉慶帝非常滿意。嘉慶帝立即批示在京的三品以上官員討論這個意見，其實這就已經定下基調，就是讓大家對這個論斷進行表決。眾人好不容易抓住一根救命稻草，當然紛紛靠攏。
見大局已經無可挽回，下嫁和珅兒子豐紳殷德的固倫和孝公主，「涕泣請全和珅肢體，屢屢懇請不止」。「大臣董誥、劉墉也乘機進言，認為和珅罪大惡極，雖千刀萬剮猶屬輕罰，然而是曾任先朝的大臣，請從次律」。嘉慶帝見朝中大臣對自己已經俯首帖耳，知道已經達到了目的，不想過於深究，以免大臣說自己過於嚴厲、失了仁慈之心，於是在量刑上作了一些小小的變通。
嘉慶在傳達處罰的諭令中說：和珅種種悖妄專擅，罪大惡極，於法實無絲毫可貸。因思聖祖仁皇帝之誅鰲拜，世宗憲皇帝之誅年羹堯，皇考之誅訥親，此三人分位與和珅相等，而和珅之罪尤為過之。從前辦理鰲拜、年羹堯皆蒙恩賜令自盡，訥親則因貽誤軍機於軍前正法。今就和珅罪狀而論，其壓擱軍報，有心欺隱，備路軍營聽其意旨，虛報首級，坐冒軍糧，以致軍務日久未竣，貽誤軍國，情罪尤為重大，即不照大逆律凌遲，亦應照訥親之例立正典刑。此事若於一二年後辦理，斷難寬其一線，唯現當皇考大事之時，即將和珅處決，在伊固為情真罪當，而朕心究有不忍。且伊罪雖浮於訥親，究未身在軍營，與訥親稍異。國家本有議親議貴之條，以和珅之喪心昧良，不齒人類，原難援八議量從未減，姑念其曾任首輔大臣，於萬無可貸之中，免其肆市。
其實，受盡和珅窩囊氣的嘉慶本欲將和珅凌遲處死，唯如此才能一出心頭那口惡氣。但既然有公主和大臣為其求情，嘉慶帝就倣傚康熙誅鰲拜、雍正誅年羹堯的前例，恩賜和珅於獄中自盡，並宣稱是為國體起見，並非針對和珅本人。當日，和珅即在獄中被勒令自盡。
乾隆時期，和珅的運氣太好了，以致在乾隆死後盛極而衰。也許是對和珅恣意弄權、貪污腐化的報應，嘉慶元年以後，和珅的家庭接二連三地遭到不幸。嘉慶元年（一七九六年）七月初七日，先是和珅的掌上明珠——剛滿兩歲的次子夭折了；僅僅兩個月後，和珅的弟弟、時任四川總督的和琳又在軍中染病身亡；緊接著第二年，和珅的孫子也夭折了；第三年二月，陪伴和珅三十年的結髮妻子馮氏也撒手人寰；之後不到一年，他本人也一命歸西。和珅死後，他的兒子豐紳殷德在河北薊州找了一塊地，草草將他掩埋了事，生前身後對比之強烈，實在讓人不勝欷歔。
嘉慶不是老眼昏花的乾隆，他自己也是委曲求全了好幾年才主持朝政大權的，所以任何偽裝都逃不過他的眼睛。那些與和珅關係密切的人，無論怎樣辯解都無法逃脫被處理的結局。和珅的弟弟和琳雖病死軍中，但嘉慶認為「有罪無功」，削去其所賜公爵，撤出太廟，拆毀所立專祠；其子豐紳殷德因係固倫和孝公主之額駙，加恩留襲伯爵，「在家閒住，不許出外滋事」；侍郎吳省蘭、李璜降為編修；勒令大學士蘇凌阿、太僕寺卿李光雲原品退休；左都御史吳省欽革職返鄉。
朝廷政壇經歷了一場大地震，難免會生出諸多事端。為迅速穩定政局，防止有人乘機挾嫌誣陷，引起案件的擴大化，嘉慶於處死和珅的第二天，及時發出了禁止株連的上諭：「和珅任事日久，專擅蒙蔽，以致下情不能上達，若不立除元惡，無以肅清庶政，整飭官方。今已明正其罪，此案業已辦結。因思和珅所管衙門本多，由其保舉升擢者自必不少，而外省官員奔走和珅門下，逢迎賄賂，皆所不免，若一一根究，連及多人，亦非罰不及眾之義。且近來弊端百出，事難悉數……倘臣工誤會朕意，過事搜求，尚復攻擊陰私，摘發細故，或指一二人一二事以實其言，則舉之不勝其舉，並恐啟告訐報復之漸。是除一巨菇，又不免流為覺援門戶陋習，殊非朕之本意也」。
和珅被捕，確實有很多他的門生故吏惶惶不可終日，嘉慶這一行動迅速打消了他們的顧慮，朝廷的日常秩序迅速恢復。當時人們對嘉慶處理和珅一案的評價良好。朝鮮使者曹錫中記載：和珅處置後，人皆謂皇帝有三達德。自即位以來，知和珅之必欲謀害，凡於政令，唯和珅是聽，以示親信之意，俾不生疑懼，此智也。一日裁處，不動聲色，使朝著一新，姦宄屏息，此勇也。不治黨羽，無所誅連，使大小臣工，洗心滌慮，俾各自安；皇妹之為坤子婦者，另加撫恤，此仁也。
嘉慶乾淨俐落地處理了和珅，並且沒有引起大的騷動，可見其政治能力非同一般。所以，大清在他手中仍然緩慢地向前發展著。