嘉慶首先不露聲色地辦好太上皇的葬禮，然後麻痺和珅，以治喪為藉口暫時免除他的軍機大臣、步兵統領等軍職；然後以迅雷不及掩耳之勢逮捕了和珅。不可一世的和珅終於還是栽在了嘉慶手中，為自己的大意付出了代價。
正月初八，乾隆去世後第五天，嘉慶帝知道和珅長期把持軍機處，任意封鎖消息，恣意妄為，遂下諭指出：內閣、各部院衙門文武大臣，及直省督撫、布政、按東二司，凡有奏事之責者，及軍營帶兵大員等，以後有陳奏事件，都應直達朕處，不許另有副封奏報軍機處。各部院文武大臣，也不得將所奏之事，預先告知軍機大臣。即如各部院衙門奏章呈遞後，朕可即行召見，面為商酌，各交該衙辦理，不關軍機大臣指示也。何得豫行宣露，至啟通同扶飾之弊耶？
同時以給事中王念孫、御史廣興等彈劾為根據，宣佈奪大學士和珅、戶部尚書福長安職，下獄治罪。特命儀親王永璇、成親王永瑆前往宣旨，由護軍統領阿蘭保監押以行。並命永璇總理吏部、成親王永瑆總理戶部及三庫，為剷除和珅做了充足的準備。
王念孫是江蘇高郵人，是原吏部尚書王安國的兒子，乾隆四十年進士，歷任工部主事、郎中、陝西道監察御史、吏科給事中等職。因彈劾和珅有功，升任直隸永定河道。後來因發生永定河水漫堤事故，引咎辭職，於道光年間去世。他還是清代著名的古文字學家，一生著作豐富，有《導河議》、《讀書雜誌》、《分逸周書》、《漢隸拾遺》等著作流傳。
廣興是滿洲鑲黃旗人，大學士高晉的第十二子，以捐納為禮部主事。因敏於做事，背誦案牘如瀉水，很受大學士王傑的器重。因第一個上奏彈劾和珅罪狀升任副都御史。累官至總管內務府大臣、署刑部侍郎等職。後因內庫綢緞缺額罷職，後又被以苛求供應、收納饋贈等罪狀處死抄家。
十一日，嘉慶帝為和珅問題特發上諭指出：「朕親承付託之重，此時突遭皇考去世大故，守孝之中，每思《論語》所說三年無改之義，如我皇考敬天法祖，勤政愛民，實心實政，四海內外，人所共知，方將垂示萬年，永為家法，何止三年無改？至皇考所簡用的重臣，朕斷不肯輕易更換，即使有獲罪者，稍有可寬恕的地方，無不想法予以保全，此確實是朕的本意，自必仰蒙皇考明鑒……今和珅罪情重大，並經過科道諸臣列款參奏，實有難以寬恕之處。所以朕於恭頒遺詔之時，即將和珅革職拿問，臚列罪狀，特降諭告知大家。」同時將和珅二十項罪行公佈於眾：
昨於乾隆六十年（一七九五年）九月初三日，蒙皇考冊封皇太子，尚未宣佈諭旨，和珅於初二日在朕前先遞如意，洩露機密，居然以擁戴為功，其大罪一。上年正月，皇考於圓明園召見和珅，伊竟騎馬直進左門，過正大光明殿，至壽山口，無父無君，莫此為甚，其大罪二。又因腿疾乘坐椅轎抬入大內，肩輿出入神武門，眾目共睹，毫無忌憚，其大罪三。並將出宮女子取為次妻，罔顧廉恥，其大罪四。自剿辦川楚教匪以來，皇考盼望軍書，刻縈宵旰，乃和珅於備路軍營遞到奏報任意延擱，有心欺蔽，以致軍務日久未竣，其大罪五。皇考聖躬不豫時，和珅毫無憂戚，每進見後，出向外廷人員談笑如常，其大罪六。皇考力疾披章批諭，字畫間有未真，和珅膽敢口稱不如撕去另行擬旨，其大罪七。前奉皇考敕旨，令伊管吏部刑部事務，嗣因軍需銷算，伊係熟手，是以又諭令兼管戶部，題奏報銷事件，伊竟將戶部事務一人把持，變更成例，不許部臣參議一字，其大罪八。上年十二月，奎舒奏循化、貴德二廳賊番聚眾，在青海肆劫，和珅竟將原摺駁回，隱匿不辦，全不以邊務為事，其大罪九。皇考升遐後，朕諭蒙古王公未出痘者不必來京，和珅不遵諭旨，令已、未出痘者俱不必來，全不顧撫綏外藩之意，其居心實不可問，其大罪十。大學士蘇凌阿兩耳重聽，衰邁難堪，因係伊弟和琳姻親，竟隱匿不奏；侍郎吳省蘭、李潢，太僕寺卿李光雲曾在伊家教讀，保列卿階，兼任學政，其大罪十一。軍機處記名人員，和珅任意撤去，種種專擅，不可枚舉，其大罪十二。昨將和珅家產查抄，所蓋楠木房屋僭侈逾制，其多寶閣隔段皆仿照寧壽宮制度，其園寓點綴與圓明園蓬島、瑤台無異，不知是何肺腸，其大罪十三。薊州墳塋設立享殿，開置隧道，致附近居民有和陵之稱，其大罪十四。家內所藏珍珠手串二百餘，較大內多至數倍，並有大珠較御用冠頂尤大，其大罪十五。又寶石頂非伊應戴之物，伊所藏數十，而整塊大寶石不計其數，且有內府所無者，其大罪十六。銀兩、衣服等件數逾千萬，其大罪十七。且有夾牆藏金二萬六千餘兩，私庫藏金六千餘兩，地窖內藏埋銀兩三百餘萬，其大罪十八。附近通州、薊州有當鋪、錢店貲本又不下十餘萬，以首輔大臣下與小民爭利，其大罪十九。伊家人劉全不過下賤家奴，而查抄家產竟至二十餘萬，並有太珠及珍珠手串，偌非縱令需索，何得如此豐饒？其大罪二十。其餘貪縱狂妄之處尚難悉數。著將胡季堂原摺發交在京文武三品以上官員，並翰詹科道閱看，悉心妥議具奏。如有自抒所見者，另摺封陳。
同時，嘉慶委派由儀親王永璇、成親王永瑆、大學士劉墉、朱珪等人組成強大的審理班底，對和珅的罪行進行審理。雖然具體審理過程難見記載，但是李孟符在《春冰室野乘》中也有所體現：
一問和珅：「現在查抄你家產，所蓋楠木房屋，奢侈逾制，並有多寶閣，後隔段樣式，皆仿照寧壽宮安設，如此僭妄不法，是何居心？」
一問和珅：「昨將抄出你家藏珠寶進呈，珍珠手串有二百餘串之多。大內所貯林串，尚只六十餘串，你家較大內多至兩三倍，並有大珠一顆，較之御用冠頂蒼龍教子大珠更大。又真寶石頂十餘個，並非你應戴之物，何以收貯如許之多，而正塊大寶石，尤不計其數，甚有極大為內府無者，豈不是你貪墨的證據嗎？」
一紙係和珅供詞，凡三條：
奴才城內原不該有楠木房子，多寶閣及隔段式樣是奴才打發太監胡什圖到寧壽宮看的式樣，仿照蓋造的。楠木都是奴才自己買的，玻璃柱子內陳設都是有的，總是奴才糊塗該死。
又，珍珠手串，有福康安、海蘭察、李侍堯給的。珠帽頂一個，也是海蘭察給的。小些的給了豐紳殷德幾個。其大些的有福康安給的。至大珠頂是奴才用四千餘兩銀子，給佛寧、額爾登布代買的，亦有福康安、海蘭察給的。鑲珠帶頭是穆騰額給的，藍寶石帶頭係富綱給的。
又家中銀子，有吏部郎中和精額於奴才女人死時，送過五百兩。此外寅著、蘇凌阿都送過，不記數目，其餘送銀的人甚多。自數百兩至千餘兩不等，實在一時不能記憶。
再，肅親王永錫襲爵時，彼時賚住（布）有承重孫，永錫係賚住（布）之侄，恐不能襲王，曾給過奴才前門外鋪面房兩所。彼時外間不平之人，紛紛議論，此事奴才也知道。以上俱是有的。
又一紙亦係供詞，而問詞已失。凡十四條：
大行太上皇帝龍馭賓天，安置壽皇殿，是奴才年輕不懂事，未能想到從前聖祖升遐時，壽皇殿未曾供奉御容，現在殿內已供御容，自然不應在此安置，這是奴才糊塗該死。
又，六十年九月初二日，太上皇帝冊封皇太子的時節，奴才選遞如意，洩露旨意，亦是有的。
又，太上皇帝病重時，奴才將宮中秘事向外廷人員敘說，也是有的。
又，太上皇所批諭旨，奴才因字跡不甚識，將摺尾裁下，另擬進也是有的。
又，因出宮女子貌納娶作妾，也是有的。
又，去年正月十四日，太上皇帝召見時，奴才一時急迫，騎馬進左門，至壽山口，誠如聖諭，無父無君，莫此為甚，奴才罪該萬死。
又，奴才家資金銀房產，現奉查抄，可以查得來的。至銀子約有數十萬，一時記不清數目，實無千兩一錠的元寶，亦無筆一枝、墨一盒的暗號。
又，蒙古王公原奉諭旨，是不出痘的不叫來京。奴才（決定）無論已未出痘都不叫來，未能仰體皇上聖意。太上皇帝六十年來撫綏外藩，深仁厚澤，外藩蒙古原該來的，總是奴才糊塗該死。
又，因腿痛有時坐了椅轎抬入大內，也是有的。
又，軍報到時，遲延不即呈遞，也是有的。
又，蘇凌阿年逾八十，兩耳重聽，數年之間由倉場侍郎用至大學士，兼理刑部尚書，伊係和琳兒女姻親，這是奴才糊塗。
又，鐵保是阿桂保的，不與奴才相干。至伊犁將軍保寧升授協辦大學士時，奴才因係邊疆重地，是以奏明不叫來京。朱珪前在兩廣總督任內，因魁倫參奏洋盜案內奉旨降調，奴才實不敢阻抑。
又，前年管理刑部時，奉敕旨仍管戶部，原叫管理戶部緊要大事，後來奴才一人把持，實在糊塗該死。至福長安求補山東司書吏，奴才實不記得。
又，胡季堂放外任，實係出自太上皇帝的旨意，至奴才管理刑部，於審情實緩決，每案都有批語，至九卿上班時，奴才在圍上並未上班。
又，吳省蘭、李潢、李光雲都係奴才