李蓮英在慈禧歸天後的第三年去世，死後葬在恩濟莊。如今的恩濟莊李蓮英墓地，雖然經過歲月的沖刷早已失去昔日豪華壯觀的風貌，但地面建築物有些尚保存完好，如祠堂、陽宅、碑亭、虎皮牆、松林、土丘等還依然如故，而牌坊、單孔石橋、墓誌碑、香案、五供桌、墓室寶頂已不復存在。
李蓮英的墓毀於「文化大革命」初期的一九六六年八九月間，但地下墓室現仍基本完好，墓室建築結構為兩門五券，以漢白玉石為主要建築材料構成，整個墓室距地面有五六米深。
進入墓室之前，有兩道漢白玉支撐的石門，兩門相距不足兩米。通道兩側牆壁用雪白的石頭鑲嵌裝飾，上面刻有類似「五蝠捧壽」的圖案。在第二道門的門框上刻有一副楹聯，上聯是「秉性惟真承眷厚」，下聯是「居身克謹得心安」。兩道門都採用同樣的構造，門後刻有石槽。當墓室門關上前，放入一個石球，球的直徑大約三十厘米，可以防備盜墓者隨便把門打開。第二道門邊上有一個三寸長、四寸寬的鐵銷子別著，同樣是為了防備盜墓者穿過第二道門，進入墓室。墓室長約四米，寬約三米，四周牆壁，以花崗石砌成，並用漢白玉鋪地，地上建造有一個完好的棺床，為停放棺槨之用，長約三米，寬約一米五，高約一尺，上面刻有六角形花紋，接觸地面部位刻有虎頭形雲紋，使四周與地面有一個縫隙，便於棺槨的安放。
棺床下面還專門設有一口水井，棺床的圓孔正好對準井口中央，這種下葬方式名為「金井玉葬」。這種安葬方式有兩種說法：一是風水像井裡的水一樣源遠流長，使後代人財兩旺；再就是借井水中的冷氣，防止遺體腐爛。但實際上，李蓮英是沒有資格用「金井玉葬」這種規格的安葬方式的。為了不暴露這種超越等級的做法，棺床中央的圓孔沒有打通，免得留下把柄。
李蓮英的棺柩因被砸爛，今已蕩然無存。整個墓地建在關帝廟後，佔地二畝以上，再加上祠堂和地面陽宅等建築物，也在十畝以上了。
李蓮英墓地的看墓老人孫寶祥說，宣統三年（一九一一年）春天，建造李蓮英墓地時，他才十五歲，先是他父親孫景春被李家僱用看墳，剛開始月銀四兩。後來，他父親年老後，墓地就由他看管。再到後來，因為兵荒馬亂，加上李家逐漸開始敗落，就什麼也不給了。
當年，孫寶祥就住在祠堂前的西廂房裡。全部陽宅共有四十多間。除祠堂外，其餘房間主要是供李家男女老少來上墳祭祖或掃墓時臨時休息用。平時這些房子都閒著，每逢李家人來時，男人騎馬，女眷坐車。一應的吃飯、喝茶、休息等事宜都由他操辦。孫寶祥還說，李蓮英墓地是由他的八侄李甫廷具體掌管修建的。李甫廷這個人脾氣不好，因為他一隻眼有毛病，大家都叫他「瞎八兒」。整個修建過程持續了一年半。
宣統三年（一九一一年）十月，由於辛亥革命爆發，政局急劇變化，修墓工人只好紛紛離去。直到第二年，局勢逐漸平息下來後，李甫廷又請人來接著修，半年後才完全竣工。在整個建造過程中，瓦工、石匠、木匠、運料採石的車馬來往不斷，每天都投入上百人修建。到最後完全竣工時，整個工程耗銀二萬兩左右。
當時，墓室周圍有個大的月台，月台上的寶頂有二米多高，直徑三米多。墓前有甬路，甬路兩旁鋪有花崗石，中間是方磚，可惜這些今已無存。今尚可見者，甬路兩側各有四行柏樹，靠近墓室寶頂的後邊有兩棵白松（當年原是五棵），後面的土丘高有六米，前後共植六行柏樹，西側之虎皮牆尚完好保存。
李蓮英一生為奴，也曾經歷過悲歡離合、酸甜苦辣的煎熬，但他只知道生前，無法預知死後。
李蓮英死後，是年十月，辛亥武昌起義爆發，清王朝被推翻，結束了中國幾千年的封建統治，建立了中華民國。現在的李蓮英墓地又被列為北京市海澱區文物保護單位。作為歷史的見證，除了那座久經滄桑的四角攢尖亭外，還有那土阜上下的松柏和國槐，依然枝繁葉茂、鬱鬱蔥蔥。
李蓮英的死因有很多種說法，最盛行的是以下三種：
一、李蓮英是在北京南花園內（即原昇平署）被人殺死的，頭被殺人者搶走了，埋葬時只有一個身子，頭是假的，傳言假頭是用白銀或黃金製成的。
二、李蓮英有一個侄孫女，嫁到山東省無棣縣，據說李蓮英去探望侄孫女，並順便到泰山一遊，走到山東和河北交界處被人殺死。當時，跟隨的兩個侍從嚇得丟魂落魄，只把一個血淋淋的人頭用包袱皮兜回了北京，等再派人回去找他的屍體時，早已無影無蹤。
三、他退居南花園後，雖然隆裕太后恩賜兩個小太監侍候他，但每當回想起昔日跟隨慈禧太后之威勢，對比當前的鬱鬱不得志，他總是很鬱悶。於是，他溜出京城，到東陵去拜謁慈禧陵寢，回來時半路上被人殺死。
這三種說法究竟哪個是真、哪個是假，李蓮英究竟死在什麼地方，被何人所殺？最終成了一個困擾人們的謎團。
從挖墓者介紹的情況看，至少可以證明李蓮英並非如傳聞中所言病死於北京。李蓮英墓地原保存完好，墓室沒有被人打開過。當挖開墓室第二道門，只見一個用金絲楠木做成的棺材，上面塗有黑褐色的火漆和貼金畫，畫的都是戲曲場面，人物逼真，栩栩如生。棺槨被打開以後，就見到裡邊像躺著一個人，一切完好，上面蓋著被子，兩側放著很多疊放整齊的衣服。
當開始取棺內的東西時，人們才發現李蓮英的棺槨內只有一個頭骨和兩根小腿骨，其餘什麼都沒有，腳的部位也只有一雙靴子，而且靴底完好。頭上的辮子也完好，有三尺長，從上到下用類似黑絲線之類的東西連接在一起，上半部是頭髮，有一尺長，下半部則完全是絲線。
從李蓮英棺槨內的情況看，被殺而死的傳說有可能是真的。而且李賈村的一位老人也說，李蓮英的嗣子李成武有一天正在莊園養病，忽然由北京騎馬來人送信，叫他趕緊啟程去北京，說李蓮英病重。李成武接到消息後立刻趕往火車站，奔赴北京。很快，從北京傳來消息，李蓮英死了。這個說法對李蓮英的突然死亡是支持的，但不能支持就是被殺死的。所以，關於李蓮英的死因，至今仍然無法定論，恐怕將永遠是個謎了。