李蓮英權勢之大，從珍妃之死就可以看出來。珍妃死於一九○○年庚子之亂帝後出逃西安的那天早上。後人都對珍妃之死報以同情和憐憫，對慈禧太后的狠毒深切痛恨。其實，李蓮英也是謀害珍妃的主要人物之一。李蓮英之所以要謀害珍妃，除了因為恨光緒帝和珍妃外，更主要的是為了迎合慈禧太后的心意，以此達到鞏固自己地位的目的。
珍妃，一八七六年生於滿族世家，鑲紅旗人，祖父裕泰是陝西總督，父親長敘，官至戶部右侍郎。瑾妃、珍妃姐妹，自幼隨伯父長善在廣州生活，長善請文廷式為先生，在署內教她姐妹二人讀書。
按照清朝制度，皇帝選后妃時，凡三品以上八旗官員的女兒，都在候選之列。光緒十四年（一八八八年），十九歲的光緒皇帝已屆成年。按照祖制，幼年登基的皇帝，須在完婚大典前三個月舉行選后妃的禮節。選定的皇后就是正宮，選為嬪妃的則是東西兩宮。對選定的皇后妃嬪，要明降諭旨，昭示天下。
前面我們已經講過，慈禧太后做主，將自己的內侄女（副都統桂祥的女兒）葉赫那拉氏指定為皇后，同時將瑾、珍姐妹列選為嬪。光緒十四年十月初五日，光緒皇帝完婚後，與皇后感情很一般。原因是慈禧太后向來對光緒態度不好，光緒對慈禧的家人也沒有好感。
只有年紀尚小的珍妃一心想討得光緒皇帝的喜歡，顯得更加天真活潑，聰明伶俐。她常常在養心殿伴駕光緒，隨侍左右，很得光緒皇帝的寵愛。珍妃由於太過活潑，有時竟然公然女扮男裝，足蹬朝靴，頭上一品頂戴，三眼花翎，身著袍子馬褂，腰繫絲帶，背後垂著大辮子，與朝廷官員毫無二致。更加離譜的是，光緒帝喜歡她，竟然默許她這樣做。
可惜被李蓮英發現了，出於對光緒和珍妃的嫉妒，便把這些事密告慈禧太后。慈禧聽了，認為找到了光緒與皇后關係冷淡的根源。皇后葉赫那拉氏也非常嫉恨珍妃，常在慈禧太后面前說珍妃的壞話。慈禧臉上慢慢顯得惱恨甚至憤怒起來。李蓮英平時又是個見風使舵的人，一見慈禧的態度，知道慈禧也不喜歡珍妃。於是趁熱打鐵，污衊珍妃迷惑皇帝，擾亂朝綱不說，還顛倒乾坤，整日女扮男裝，實在有失皇家尊嚴。
正在火頭上的慈禧太后聽了李蓮英的話更是忍無可忍，立刻召珍妃於宮中，以有損威儀、蠱惑皇上為由進行杖責。雖然珍妃苦苦哀求，但盛怒之下的慈禧根本聽不進去。
李蓮英卻是兩頭都想討好，便假意懇請老佛爺饒恕了珍妃，稱珍妃只是一時好玩，以後會慢慢改正。慈禧正好有台階下，就順勢停止，不再責罰珍妃。城府不深的珍妃還把李蓮英當成了自己人。
光緒二十年（一八九四年）六月，中日甲午戰爭爆發，結果清軍大敗，日本更加猖狂。九月，日本侵略者已把戰火燒到中國邊境，形勢迫在眉睫。同時，迫在眉睫的還有慈禧的六十大壽。籌備了八個多月、花了五百四十萬兩銀子的萬壽盛舉，頓時化為煙塵，未能如願，慈禧很是掃興。
李蓮英覺得這又是一次陷害珍妃的好機會，便把早就暗中察訪好的珍妃與其兄串通奏事房太監賣官一事，趁著給慈禧太后梳頭的時候稟報了。不僅如此，他還扯上了光緒皇帝，說皇上慫恿珍妃在宮廷大內賣官鬻爵，上下都知道了，眾說紛紜，擾亂了官場人心。
慈禧聽後十分愕然。其實，慈禧太后與李蓮英何曾不幹這等捐官的勾當，不過是他們只許自己放火，不許別人點燈罷了。慈禧為了藉機出氣，便叫李蓮英從頭到尾把事情的經過述說一遍。慈禧聽了勃然大怒，便叫著李蓮英直奔養心殿。
光緒此時正與諸大臣商議抵日方略，忽聞太后駕到，即出迎跪接。慈禧陰沉著臉，一聲不吭地直入殿內，光緒皇帝遂又跟入殿中再跪請安。慈禧這才厲聲厲色地斥責他為什麼主戰，以致局面一發不可收拾。不等光緒回答，又轉頭讓李蓮英把珍妃帶來。慈禧太后這樣憤怒，光緒皇帝嚇得戰戰兢兢，眾位大臣更是大氣也不敢出。
珍妃一到，慈禧更加火冒三丈，二話不說，劈頭蓋臉一陣數落，然後又令她將賣官鬻爵的事情一一道來。珍妃本來就胸無城府，如今見事已敗露，難以掩飾，又不敢直接承認，只好跪在地上磕頭不語。
慈禧以為珍妃死不悔改，又命人對她進行杖責。光緒帝見珍妃要受到重責，趕緊跪下為珍妃求情，但正在氣頭上的慈禧太后絲毫不顧及光緒的感受，仍然堅持要重罰珍妃。李蓮英同上次一樣，又出來為珍妃求情——其實是想對她實施更進一步的懲罰。
李蓮英在求情的時候，故意暗示慈禧太后可以用別的方法進行懲罰。慈禧太后經李蓮英提醒，馬上轉變主意，表示看在李大總管的面上，杖責可以免了，改為囚禁，並令光緒皇帝當下寫旨將珍妃降為貴人。
慈禧太后為了羞辱珍妃，讓她長記性，還在她的禁室掛了一塊禁牌，以示懲戒，內容為：
光緒二十年十一月初一日，奉皇太后懿旨，皇后有統轄六宮之責，俟有妃嬪等如不遵家法，在皇帝前干預國政，顛倒是非，著皇后嚴加訪查，據實陳奏，從重懲辦，決不寬貸，欽此。
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慈禧由於不喜歡珍妃，對她賣官的案子也非常痛恨，下大力氣去追查。後來，此案株連很廣，珍妃的哥哥也被迫逃往廣州，宮中涉及的太監被杖責而死的就有六十多人。
光緒二十四年（一八九八年）八月初六日，慈禧太后發動了「戊戌政變」。不僅光緒皇帝的變法維新之目的未能實現，而且被囚禁在瀛台，珍妃因為被牽扯其中而徹底被囚禁，從此與世隔絕。到了光緒二十六年（一九○○年），英、美、德、法、俄、日、奧、義八國聯軍攻破大沽炮台，大舉進犯京師，威脅皇宮安全。慈禧太后非常害怕，立即吩咐準備出逃。七月二十三日凌晨，紫禁城裡已聽到震耳欲聾的炮聲。到天剛亮時，慈禧太后在寧壽宮裡已坐立不安，準備攜帶光緒、后妃和王公大臣倉皇離京向西逃跑。
緊急時刻，大家都是逃命要緊，只有瑾妃想起了自己的妹妹，問光緒皇帝，珍妃該怎麼辦。光緒有心帶她一起出逃，慈禧卻不同意，認為帶著也是個累贅，留在宮裡難免被洋人俘虜，於是起了殺她之心。
慈禧太后走到景旗閣的西側，忽然停住腳步，命二總管崔玉貴，將珍妃帶來。這時，珍妃被關押在景旗閣後邊的一個小院裡，由於長期受盡折磨，早已經蓬頭垢面，身上的衣服已經破舊不堪。珍妃被帶到慈禧面前，跪下給慈禧太后請安。慈禧嚴厲地斥責道：「如今洋人欺我太甚，戰火緊急，我本意要把你帶走，恐怕路上諸多不便，留在宮中，你年紀尚輕，倘遭洋人之辱，則無顏以對祖宗，還是賜你死了，倒也落得乾淨。」珍妃聽完，從地下站起來，態度從容不屑地說：「我死不足惜，只是皇上應該留在北京，不能丟下萬民不管！」
光緒皇帝見這等危急時刻珍妃還替自己想著國家大事，真是悲痛萬分，百感交集，於是苦苦哀求留珍妃一命。正在這時，東南方向又連續不斷地傳來炮聲，慈禧神情焦急，便惡狠狠地對光緒說：「你自己的命都保不住，還留她有何用！」
說完，不管在一旁求情的光緒皇帝，命令將景旗閣後過道裡的井蓋打開，讓珍妃自盡。珍妃見情況危急，就想向李蓮英求救。其實，平時李蓮英對珍妃的好處都是假的，只是為了緩和慈禧和光緒的矛盾罷了。在這種「大是大非」面前，李蓮英是從來不會站錯隊的。
李蓮英不但見死不救，反倒落井下石，勸珍妃趕緊執行慈禧太后的懿旨，免得時間晚了，出逃不成，大家都受到牽連。
珍妃求生的慾望很強烈，誓死不從。慈禧太后即命崔玉貴等人將珍妃架到井口，推入井中。就這樣，珍妃被慈禧的狠毒、李蓮英的冷漠給害死了。
光緒二十七年（一九○一年），李鴻章與慶親王奕劻在北京和八國聯軍議和後，慈禧太后派二總管崔玉貴回到北京，探聽情況。崔玉貴才叫人將珍妃從井裡撈上來，葬在北京西郊田莊北端。這一年的冬天，慈禧由西安返回北京。為了掩飾珍妃被害的真相，又假惺惺地給珍妃追加封號。據《大清歷朝實錄》記載：「皇太后降旨：上年京師之變，倉促之中，珍妃扈從不及，即於宮內殉難，洵屬節烈義嘉，加恩著追贈貴妃位號，以示褒恤。」直到宣統年間，珍妃的姐姐瑾妃晉陞為瑾貴太妃以後，才將珍妃遺骨遷葬於易縣西陵崇妃園寢。