光緒皇帝聽信康有為之言，實行變法，維新派與守舊派展開了搏鬥。光緒皇帝罷了守舊派文悌的官，文悌乞求懷塔布到頤和園求救。慈禧雖然沒有對此事表態，但卻命令光緒速速斥逐翁同龢。光緒皇帝無法，只得把翁同龢開缺回籍。
其實，慈禧太后的這種行為是受了李蓮英的提醒和建議，讓光緒皇帝身邊失去了一個出謀劃策的人。緊接著，慈禧太后又特降懿旨，令榮祿為直隸總督、裕祿任軍機處行走。光緒皇帝不得不按照慈禧的意思辦。但他心有不甘，暗中察訪得知是懷塔布從中作梗。光緒龍顏大怒，立刻下旨把禮部尚書懷塔布、許應騤，及侍郎壁岫、徐會灃、溥頤、曾廣汶六人一律免職。
守舊黨大為震驚，立即通過李蓮英請求慈禧太后重新執政。慈禧太后表面上不動聲色，暗地裡卻積極準備力量進行反撲，免得變法改了老祖宗的東西。
維新黨由於得到光緒皇帝的支持，一時間聲勢非常浩大。他們的一項改革觸犯了李蓮英的利益，維新黨人要求光緒帝罷斥太監。光緒帝本來對李蓮英就恨之入骨，若維新黨的要求得到應答，李蓮英肯定沒有好下場。因此，李蓮英擔心萬一維新黨人成了氣候，自己必然性命難保，於是向慈禧極力哭訴光緒帝支持康有為等人慾圖謀不軌，恐怕要對慈禧太后不利。
慈禧太后恐怕維新黨對自己不利，也非常痛恨他們。於是，她按照李蓮英的計謀，準備以榮祿請求光緒去天津檢閱水軍為名暫時將光緒調出京城，然後便宜行事。
光緒對慈禧之命，當然不敢不遵。但覺得其中有問題，就傳召康有為、楊銳、劉光第、林旭、譚嗣同等一班維新人物到勤政殿商議。康有為分析利弊後認為，這是一個誘騙皇帝出京的騙局，懇請光緒不要輕易出京。
光緒帝制止康有為繼續說下去，康有為也明白光緒帝的意思——宮中耳目眾多，談論過多難免會洩密。於是，康有為等人商議出宮密議後再作打算。
最後，他們也採取了和守舊派一樣的策略，就是先派人在天津把榮祿除掉，再迅速調陸軍萬人，星夜入城圍住頤和園，除掉李蓮英；然後把慈禧太后圈禁西苑，令其頤養天年，不再過問政事。這樣一來，光緒帝的維新運動才能得以繼續實施。
商定之後，康有為入宮報於光緒帝。光緒思之再三，覺得康有為的話雖有道理，但卻缺乏實際可操作性：兵哪裡來，誰去殺榮祿？派去的人可不可靠？這些都是問題，可又別無良策，只好令康有為先退下。
光緒皇帝想來想去，覺得康有為的辦法雖然好，可惜京畿之內的兵都掌握在榮祿手中，因而不可輕舉妄動。除非先奪榮祿的兵權，否則難以成事。光緒思來想去，無法確定派哪個膽大心細的人去執行這一策略。
恰在此時，直隸按察使袁世凱入京覲見。光緒立刻眼前一亮：此人當年在朝鮮帶頭攻打王宮，定是自己尋找的膽大心細之人。光緒喜出望外，立刻召見。
光緒雖然急於把重任交給他，但光緒也不是三歲頑童，當然會先試探袁世凱對維新變法的態度，於是問他對新政有什麼看法。袁世凱是個八面玲瓏、極會看風使舵之人，向來知道光緒皇帝有意推新政，便順著光緒帝的意思講。
袁世凱吹捧光緒是有為之君，大清欲圖自強，必須實行新政。他還以鄰邦日本作例子，說日本自明治維新以來，不久即成為世界強國。倘若新政在國內興起，憑藉國內地大物博，必將很快發展成為世界強國。
光緒帝被袁世凱說得有些飄飄然了，認為袁世凱是支持維新的，於是又問他是否願意聽自己調遣，帶領軍隊去刺殺榮祿。
袁世凱雖然沒有想到光緒會讓他去刺殺榮祿，但覺得自己的機會來了，連忙下跪表示自己定會盡心竭力報答皇上厚恩，只要一息尚存，必定為皇上盡力。
光緒聞言大喜，很快降諭：
現在練兵緊要，直隸按察使袁世凱，辦事勤奮，校練認真，著不缺以侍郎候補，責成專辦練兵事務，所有應辦事宜，著隨時具奏。當此時局艱難，修明武備，實為第一要務。袁世凱當勉萁加勉，切實講求訓練，用心朝廷整飭戎行之聖意。欽此。
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驚恐萬分的守舊派見了此諭，連忙報於慈禧。其實，宮廷內外遍佈李蓮英心腹，就是他們不報，慈禧對康有為、袁世凱入宮也都瞭然於胸，只是不知道康有為要圖謀頤和園。
慈禧曾要求凡二品以上官授任，當親往太后處謝恩。此次袁世凱擢任侍郎，官居從二品，理應面見太后謝恩。袁世凱到頤和園謝恩時，慈禧立即召見，細問上殿時的話，袁世凱一一回答。慈禧太后囑咐袁世凱不要操之過急，上了光緒的當。李蓮英也在他退出後，囑咐他小心光緒帝有什麼陰謀。
八月初五，袁世凱請訓往天津。光緒在乾清宮召見，支走所有人，秘密囑咐袁世凱到天津後，立即帶兵捉殺榮祿，然後馬不停蹄回京圍住頤和園，控制慈禧太后。同時，許諾他事成之後，直接任命為直隸總督，還賜給他大內令箭一支作為憑據。
袁世凱這才想起慈禧太后跟自己說的話，心中大吃一驚。其實，他是個牆頭草，誰強跟誰混飯吃。光緒帝勢力弱小，大權仍然在慈禧太后手中，他不敢冒險殺榮祿，來換取不確定的直隸總督。所以，他決定出賣光緒帝，把一切都告訴榮祿。但為了穩住光緒帝，他鎮定地領旨退出了。
袁世凱退出後當即乘火車去了天津，然後去榮祿府上和盤將光緒的計劃說出。榮祿大驚，當天就返京去了頤和園面見慈禧太后，把袁世凱的話又說了一遍。慈禧直到此時還不能確定是否真有此事，直到榮祿拿出令箭。慈禧見確實是大內之物，這才知道向來膽小懦弱的光緒真的要除掉她。
李蓮英也嚇壞了，連忙下跪請求慈禧太后立即採取行動，否則後果將不堪設想。驚恐未定的慈禧太后連忙命榮祿速召滿族親貴，守舊派人物世鐸、剛毅、懷塔布、許應騤等人，奉旨特召。不多時，眾人來到慈禧太后面前，黑壓壓跪了一片，叩請慈禧太后速出訓政，挽救局勢。
慈禧太后立即命令榮祿速回天津帶兵入京。誰知榮祿早就讓官兵啟程，已經抵達京師。慈禧讚揚榮祿有先見之明，命他立刻將紫禁城侍衛一律調出，換成榮祿的親信，並去天津截住康有為的同黨，以免逃脫。榮祿奉命而去。
就在慈禧召開秘密會議的時候，碰巧被一個姓孫的太監獲知消息。這個小太監素來被光緒帝信任，於是連忙趕回皇宮，向光緒帝稟報。光緒帝這才知道袁世凱出賣了自己。現在事已洩漏，他首先想到的是康有為處於危險之中，便立刻草擬一份諭旨，命人送給康有為。康有為接到光緒的親筆，知道計劃失敗，急忙化裝乘火車到了塘沽，然後登船去了上海。等榮祿趕到天津時，康有為早就逃走了。
第二天，慈禧太后傳旨在西苑召見光緒皇帝。光緒帝知道這是慈禧要來算賬，但也不得不去。太監引導光緒帝來到西苑，李蓮英早就領著一幫人等著，見到光緒帝，不由分說，簇擁著光緒帝上船，直達瀛台。從此，光緒帝就被囚禁在此，大權又被慈禧收回。
很快，慈禧太后領著皇后、珍妃等人到了瀛台。光緒慌忙跪迎慈禧太后。慈禧太后一邊數落光緒的不是，一邊稱大臣們都要求她出來訓政，言語之間似乎有即行廢主之意。
珍妃害怕光緒被廢黜，出來求情，卻被慈禧怒斥不配出來講話。珍妃一時情急，就大著膽子說慈禧太后不能隨意廢黜一國之君。慈禧見珍妃竟敢挑戰她的權威，一怒之下便將她囚禁起來。
慈禧太后餘怒未消，還在申斥跪在地上的光緒，被一旁的李蓮英勸住。臨走之前，令皇后留在光緒這裡，監視光緒的行動。
慈禧回宮後，下令迅速逮捕維新黨人，很快就拿住楊深秀、譚嗣同、楊銳、林旭、劉光第、康廣仁六人，這就是赫赫有名的「戊戌六君子」。只是康有為、梁啟超未曾拿獲，而楊深秀、譚嗣同等人經嚴加審訊，均供認不諱，慈禧很快就把他們處斬。
慈禧有意廢黜光緒，又恐惹起中外干涉，就以光緒帝的名義降諭道：
現在國事艱難，庶務待理，朕勤勞宵盰日綜萬機，工業之餘，時虞叢脞。恭溯同治年間以來，慈禧端佑康頤昭穆應誠壽恭欽獻崇頤皇太后，兩次垂簾聽政，辦理朝政，弘濟時艱，無不盡美盡善，因念社稷為重，再三呼懇慈恩訓政，仰蒙俯如所請。此乃天下臣民之福。由今日始，在便殿辦事。本月初八日，朕策諸王公大臣，在勤政殿行禮。一切應行禮儀，著各司衙門敬謹預備，欽此。
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雖然名義上光緒還是皇帝，可形同廢黜。慈禧又命端王載漪的兒子溥俊入宮為大阿哥（即太子）。外國列強沒事還要鬧三分，如今聽說要廢去光緒皇帝，紛紛干涉。恰好山東義和團興起，這才引出了李蓮英建議慈禧「用義和團牽制洋人」的策略。