光緒皇帝名義上已經親政多年，雖名為親政，但什麼國家大事都做不了主。甲午中日戰爭好不容易做一回主，卻偏偏又割地又賠款，實在令人沮喪。後來，光緒又極力推崇變法，以振朝綱。但變法談何容易，朝中多是守舊、頑固的官僚，無法接受新事物。他們紛紛賄賂李蓮英，托他在慈禧太后面前極力陳詞，萬萬不可答應變法。慈禧太后也因光緒皇帝自作主張，造成甲午海戰失敗而看不慣他。倒不是說賠了多少銀子，因為賠多少她都不會出一分錢，而是因為攪亂了她的大壽慶典，不能風風光光地大辦一場，也少收了許多官員的金銀財物。由於種種原因，慈禧終於收緊了對光緒的政策。
慈禧沒有撈到多少好東西，李蓮英就更沒什麼油水了，這是李蓮英恨光緒皇帝的一個原因。還有就是前面提到的，李蓮英讓慈禧做媒要妹妹成為嬪妃，被光緒拒絕，李蓮英和光緒之間的恩怨比較久遠。
清光緒十八年（一八九二年），李蓮英又添了一處外宅。前門外煤市大街的一個木器鋪老闆主動給李蓮英做了一套楠木傢俱，不但雕工精細，古樸大方，而且與客廳非常協調。李蓮英十分高興，有意想多給那掌櫃一些銀子，卻被老闆拒絕了，並說自己從江南到北京做生意，以後還要仰仗李總管，這是送給李蓮英的。
李蓮英覺得這人情有點兒大，再加上這個老闆看著也實在，就有意保舉他一個官職。老闆一聽，連忙說自己斗大的字不識三升，不是當官的料。李蓮英卻呵呵一笑，打包票讓他等著做官。
正好不久後江蘇有一知縣出缺，李蓮英向慈禧太后說了這件事，慈禧也就答應了。但此時慈禧已經名義上歸政，至少要通過光緒降旨。正巧光緒皇帝已經答應了派珍妃的老師文廷式的一個親戚去充任。雖然尚未赴任，可既然已經答應，也不好收回成命。
光緒皇帝聽說李蓮英通過慈禧太后也要安排自己人充任此職時，感到非常為難。李蓮英雖然只是個太監，可他偏偏在慈禧面前大紅大紫，不能得罪；但自己作為皇帝既然已經答應，也萬萬不能食言。正在左右為難時，恰好他的老師翁同龢前來覲見。於是，光緒就向他求教。
翁同龢閱歷豐富，為人又機智，而且向來對李蓮英的行為非常不滿，想來他推薦的人也沒什麼文化。於是，他建議光緒採用殿試的辦法，在金殿之上，當場命題，當場作答，二人量才而用，文才兼優者便可赴任，文才不佳者可再讀書深造。這樣一來，皇上擇賢能尚任用，既體現了大公無私，又不會傷及各方的面子，兩全其美。
光緒皇帝聽了翁同龢的辦法，不由大喜，便依計而行，當下傳旨命木器老闆和文廷式的親戚金殿上覲見，光緒當場出的題目是《為政》。文廷式的親戚是個舉人，做文章當然不成問題。尤其是《為政》，出自《論語》，只要讀過《四書》的人，一開頭便是《論語》，對《為政》當然熟悉，因此很快就完成了。
木器老闆本來就不通文墨，只想著李蓮英敢誇海口讓自己做官，從來沒想到要來考試。當小太監把筆墨紙硯拿到他面前，並給他搬來一張矮凳讓他在上邊寫時，木器老闆真的傻了眼。不一會兒，他頭上的汗珠就滾下來了。文廷式的親戚早就交卷子了，這邊還沒有寫一個字——他不認識字。
文廷式知道李蓮英推薦的這個人肯定目不識丁，這種人怎能做官，於是二話不說就把他轟出去了。
李蓮英等到考試完才知道有這種事，連忙把木器老闆叫住，問明事情的前因後果。他十分惱火，對光緒更加恨之入骨。這才有了後來的文廷式被革職，珍妃被打入冷宮，直至後來死於八角琉璃井，這一切的背後都有李蓮英的影子。
光緒三十四年（一九○八年）二月，恭親王奕訢病歿邸中。其後不久，光緒的生母醇親王福晉又生了臥病不起的頑症，光緒皇帝多次前往視疾。趁慈禧不在之際，醇親王福晉囑咐光緒千萬不要多說話、多主事。要想主事，須待慈禧死後再作打算。她還命令把醇王府中最好的珠寶簪環之類都統統裝到棺材裡，不給慈禧留下半分，可見其對慈禧憎恨之深——也難怪，自己的兒子做了皇帝，還得小心翼翼地伺候慈禧太后，實在窩囊。