李蓮英作為慈禧的寵臣，難免會做出一些出格的事情，被人彈劾，幸好有慈禧太后出面，才化險為夷。
洋務運動後期，外國侵略勢力加緊了對中國的進攻。日、英、俄、法紛紛侵佔中國的邊疆地區。清政府為了應付這種複雜的局勢，於光緒十一年（一八八五年）九月，命醇親王為總理海軍衙門事務大臣，慶郡王奕劻、北洋大臣李鴻章為會辦大臣，善慶、曾紀澤為幫辦大臣，於京師設海軍衙門。
創建一支海軍並非易事，船艦的支出非常龐大，無奈國庫支黜，力不從心。慈禧太后本人並不清楚海軍跟大清的關係，還要從少得可憐的海軍經費中扣除一部分供自己享樂。
無論如何，經過北洋李鴻章多年苦心經營，到光緒十二年（一八八六年）初，已經逐漸從英、德、美、法等國家陸續購買各類戰艦二十八艘，其中主力艦七艘，擁有定遠、鎮遠、濟遠、經遠、來遠、致遠、靖遠等。據說，當時的北洋海軍已在世界上排列第十一位。
同年四月，北洋大臣李鴻章覺得北洋海軍已經編成軍，奏請欽派大臣校閱。慈禧太后當即派總理海軍衙門大臣醇親王奕譞親往巡閱北洋各海口。醇親王雖然是光緒帝的生父，但向來膽小怕事，主動提出要慈禧太后的寵監李蓮英隨同前往，免得慈禧心中生疑。此舉正合慈禧心意，遂依計而行。只有李鴻章納悶為什麼派太監來檢閱。
原來，李蓮英是奉了慈禧太后之命向李鴻章要錢來的。李蓮英知道太監不可出京，安德海就是一個明顯的例子。所以，他不敢張揚，一路低調地到了天津。醇親王和李蓮英先後巡閱了南至威海、煙台，北至旅順口等處。
有一次，醇親王不敢乘坐大船，令李蓮英代行巡閱。李蓮英猶如國家大員一般坐在船頭。而丁汝昌、衛汝貴、衛汝成、葉志超、趙桂林、龔照與諸人立於其後。就是此次之後，李蓮英向李鴻章傳達慈禧太后的懿旨，說修建頤和園經費不足，希再籌措。李鴻章還背著醇親王給李蓮英十萬兩雪花銀。
回京之後，李蓮英當然把北洋水師吹捧一番，並說李鴻章已經答應籌錢的事，慈禧聽後非常高興。
此事被監察御史朱一新作為把柄，參了李蓮英一本，其中說他置祖宗家法而不顧，擅自出京，並以太監身份檢閱海軍，實在有損國家威嚴。慈禧專門頒發懿旨，親自為李蓮英辯解，並斥責朱一新是「危詞聳聽」和「附會不經」，並詰責疏言，「苦衷」何指？
朱一新本來是要彈劾李蓮英，不料卻被慈禧詰問，只好再上一道奏摺表明自己的清白：「臣所謂不得以苦衷者，意以親藩遠涉，內侍隨行，藉以示體恤，昭慎重也，顧在朝廷為曲體，在臣庶則為創見。風聞北洋大臣以座船迎醇親王，王弗受，而太監乘之，至嘁觀聽，一不謹慎，流弊遂已至斯，臣所謂不能已於言也。」
慈禧見朱一新得寸進尺，更加憤怒，降旨把朱一新降為主事。而李蓮英卻輕鬆無事，因為朱一新沒有認識到事情的根源在慈禧自己，總不能慈禧把自己否定了吧？醇親王奕譞知道其中的利害關係，當然出來為李蓮英美言，並一口咬定在巡閱海軍過程中，李蓮英並無交接外官或干預政事。但眾大臣卻死抓住不放，一口咬定李蓮英干預政事。
這一年李蓮英年屆三十九歲，擔任三品頂戴花翎總管也有八年了，早就是城府極深的人。他知道有慈禧為他打掩護，自己就不必出來再說什麼了。果然，此事最後以朱一新失敗而草草收場。
光緒二十年（一八九四年）十月初十，是慈禧太后六十歲萬壽節，為了顯示自己母儀天下，寬容大度和皇恩浩蕩，慈禧決定舉辦大型活動。為了籌辦好這些活動，當年正月初一，藉開門大吉之言，命光緒皇帝發出上諭，為中外臣工又加官晉級，為瑾珍二嬪晉陞為妃，給大總管太監李蓮英由三品賞加二品頂戴，開清代太監之先例，讓他獨佔風騷。慈禧太后當然自己也加徽號，於「慈禧端佑康頤昭豫莊誠」後面又添了「壽恭欽獻」四個字，並下令修繕皇極殿。
正當慈禧大肆籌辦準備慶賀萬壽節時，不料八月份中日甲午戰爭爆發。年輕氣盛的光緒皇帝應戰的決心很大，並希望盡快打敗日本侵略軍，命李鴻章擔任這次戰爭的總指揮。
既然正在打仗，慈禧當然要做做省錢的樣子，下令部分從簡，實際上慶壽規模並沒有任何從簡的跡象。
就在隆隆的炮聲中，慈禧在圓明園歡聲笑語地度過了她的六十大壽。由於種種原因，戰爭逐漸對清朝不利。眾多大臣對李鴻章進行彈劾。
慈禧太后發出懿旨，命翁同龢前往天津面晤李鴻章，嚴詞責備李鴻章「敗軍誤國之罪」。李鴻章深知大清王朝面臨的將是國將不國的局面，不是一人之力能挽回的，於是引咎辭職。朝廷雖然迫於輿論壓力同意了對他的處罰，但不久後就撤銷了對李鴻章的處置，繼續賞穿黃馬褂，並命他為頭等議和全權大使前往日本議和停戰事宜，在日本馬關還被羞辱了一番。《華夏五千年勝跡》一書提到：在馬關的春帆樓上，李鴻章與日本全權代表伊藤博文和陸奧宗光開始談判。經過三次談判之後，面對日本人的蠻橫態度，強制中國割讓遼東、台灣、澎湖列島，賠償軍費三億兩白銀的開價，李鴻章覺得實在難以接受。而此時朝廷給他的電報「著鴻章酌量辦理」，又使他摸不著邊際，李鴻章憂心忡忡，甚感身心憔悴。到了最後簽字的前一天下午，日方的要求極為苛刻，不允許李鴻章辯解或再講什麼。李鴻章希望伊藤博文再減少二千萬兩白銀，一直為此拉鋸到天黑，李鴻章甚至含淚哀求，但伊藤博文根本不做任何讓步。
三月二十四日下午四時，李鴻章受到日本右翼團體「神刀館」成員的刺殺。此後不久，伊藤博文來到驛館，通知李鴻章日本天皇已下令停戰。李鴻章的日本之行總算有了結果。
四月十七日，李鴻章在《馬關條約》上簽字。當他帶著《馬關條約》和臉上的繃帶回到北京時，發現自己已成為舉國的「公敵」。朝廷只好拿他當替罪羊，以緩解國人的怨恨之情。
光緒二十二年（一八九六年）四月十四日，為俄皇尼古拉二世加冕禮之期，清廷本打算派湖北布政使、一品大員王之春赴俄參加俄皇加冕禮。但俄國公使喀希尼認為王之春資歷淺薄，沒有資格充當此任，可勝任者獨李鴻章一人。
李鴻章又被起用，並秉承朝廷旨意與俄國人在莫斯科簽訂了《中俄密約》，又稱《禦敵相互援助條約》、《防禦同盟條約》。俄國打著共同防禦的幌子，脅迫清政府同意讓出東三省內的土地，供其建造中東鐵路等。上自慈禧太后下至一幫號稱通曉洋務的開明人物，皆不惜以「厚賂俄人」的方式，求取俄國盟約的保護。
不料，《中俄密約》引起了世界各帝國主義列強瓜分中國的浪潮，形成了連鎖效應。很快，俄、德、法出面干涉遼東，俄國佔領旅大，德國佔領膠州灣，英國佔領威海衛，法國佔領廣州灣等。清廷更是不敢出言反對。
十二月，福建道監察御史安維峻有鑑於《馬關條約》、《中俄條約》等一系列喪權辱國條約的簽訂，上疏參奏李鴻章，並涉及二品頂戴總管李蓮英：
……而又謂議和出自皇太后，太監李蓮英實左右之，臣未敢深信。何者？皇太后既歸政，若仍遇事牽制，將何以上對祖宗，下對臣民？至李蓮英是何人斯，敢於政事乎？如果屬實，律以祖宗法制，豈復可容？
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福建道御史安維峻是在暗中抨擊李蓮英暗中勾通俄國公使，參與國事，實際上是反對慈禧一人弄權。他被慈禧發配充軍。不過，所有人都知道他的愛國行為，所到之處皆受到人們的尊敬。《清官史略》有這樣的記載：「因謂太后遇事掣肘，何以對祖宗天下臣民，便以此妄言離間，被革職謫戍張家口。」充軍期間，當地官吏皆以客禮相待，並聘他主講倫才書院。又據《清史稿》記載：「御史安維峻，以言獲罪，聲震中外，人多榮之。訪問者萃於門，餞送者塞於道，或贈以言，或資以貽，車馬飲食，眾皆為供應。」就連京師義俠大刀王五也自願為他做保鏢。
從這些歷史記載，我們可以知道，當時朝野人士對慈禧太后賣國求榮、喪權辱國的行徑是非常不滿的，但苦於無處發洩，只好通過為英雄壯行、提供幫助進行反抗，其中涉及李蓮英也是在所難免的。
從光緒十二年（一八八六年）至光緒二十二年（一八九六年）的十年間，每次李蓮英被彈劾都在慈禧太后的保護下安然無恙。慈禧太后一而再再而三地施展淫威，殺雞儆猴，表面上是在為李蓮英辯護，實際上是在維護自己的權威。