光緒皇帝自從戊戌變法失敗後，就被慈禧太后一直囚在瀛台，後來八國聯軍侵入北京，又隨慈禧西逃，在西逃路上才算有了點兒自由。一個皇帝只有在逃亡的路上才有自己一點兒自由，真是一個悲哀的笑話。光緒回京後仍然被囚於瀛台，孑然一身。最喜歡的珍妃死了，瑾妃也不敢違命前來，平時顯得非常孤獨。時刻想著國家大事的光緒傷感自己猶如籠中之鳥，而且還無法討得主人的喜歡。就連慈禧太后身邊的太監都可以欺負他，真是一個窩囊的皇帝。李蓮英曾諷刺他既有萬歲之名，又不用分心操持國家大事，真是洪福齊天，樂得逍遙自在。
當一個想有所作為的人被束縛了身心的時候，常常就會憂思過度，難免會生病，況且又得不到及時的調養，所以日益嚴重，以致形容枯槁。即便如此，在慈禧的萬壽節，光緒皇帝還要抱病前往，不過連率領眾大臣行祝壽大禮都難以進行，只好早早勉強拜壽，以避免和大臣在一起舉行活動，空耗體力。
慈禧見光緒顏色憔悴，行動氣喘吁吁，不由起了惻隱之心，讓他不必陪侍一旁，命他先行回去休息。
金秋十月的一天，慈禧帶領後宮嬪妃、福晉、李蓮英等泛舟昆明湖，慈禧太后興致大發，自己扮作觀音大士，命李蓮英扮作童子，並拍照留念，日暮方歸。
歸途中，天氣漸涼，侵人肌骨，慈禧回到寢宮鬧起了痢疾。不過尚能理朝政，並批閱奏摺多件。誰知第二天，竟不能御殿，再加上光緒帝一向身體欠佳，一時間無人能處理國事。
第三天，慈禧、光緒同御便殿，直隸提學使傅增湘陛辭（離開朝廷，辭別皇帝）。慈禧囑他，近來學生思想，多趨向革命，此風斷不可長，要他盡心盡力，挽回風氣，言談間頗多感傷。自此光緒再也沒有臨過朝，不僅如此，就連慈禧太后也休息宮中，不再御殿。
御醫料定情況不妙，早早通知軍機處，兩宮脈相均不穩定，還需高明醫生診視，以免誤了病情。軍機處立即加強了皇宮的保衛工作，所有出入人員都要嚴格搜查。
慈禧身染重病，軍機大臣、北洋大臣、直隸總督袁世凱和李蓮英都非常著急。因為他們兩人都是依靠慈禧太后才爬上了高位，獲得了顯赫的地位和榮耀。同時，他們又都是光緒帝的大仇人，袁世凱是戊戌變法的告密者，李蓮英則親自將光緒帝囚在瀛台。
光緒皇帝雖身染頑疾，畢竟正值壯年，未必會歸天。而慈禧太后年過古稀，太醫又稱脈相不好，萬一慈禧暴死在光緒皇帝之前，光緒皇帝一定會先將他們二人拿下問罪。
袁世凱急急忙忙找到李蓮英，李蓮英卻氣定神閒，胸有成竹地告訴他自己已經有所準備，不必擔心。袁世凱見李蓮英如此自信，便點點頭放心去了。
慈禧太后則認為光緒身體病重，無法理政，立刻下旨立醇親王載灃的四歲兒子、榮祿的外孫溥儀為嗣。慶親王奕劻大驚，認為立嗣不合禮制，急忙入宮謁見慈禧太后，力陳按照支派而論，溥倫應是第一個繼位人，其次就是恭王溥偉……怎麼會輪到溥儀？
慈禧不聽奕劻的勸告，仍堅持自己的意見，並稱木已成舟，無法改變。李蓮英也在一旁極力奉承慈禧，讓奕劻不必再做無謂的抗爭，並讓他前去光緒處傳達此意。
奕劻奉旨來到瀛台看望光緒，只見光緒皇帝兩眼無神，氣喘吁吁，骨瘦如柴，恐怕命在須臾。身邊只有兩個年近六十的老太監伺候。見此情景，奕劻心想，身為一國之君，卻這般慘不忍睹，不禁老淚縱橫。
奕劻知道多說會傳到別有用心的人耳中，連忙把慈禧的意思跟光緒說了。光緒雖然重病在身，仍覺得此事不妥，認為立長君比較好，並要他答應在慈禧面前力爭「承嗣穆宗，兼祧光緒」。奕劻對光緒說一切包在他身上，又詢問了病情，就回報慈禧去了。
李蓮英很快就知道了光緒想立長君的意思，立刻恐懼起來。如果慈禧一旦變卦，不立溥儀，將對自己不利。於是，他在慈禧面前造謠說光緒對慈禧身體抱病非常高興，而且還面露喜色。
慈禧對此不辨真假，立刻大怒，並吩咐李蓮英像對付慈安太后那樣毒死光緒，李蓮英立刻領命而出。
這天中午，李蓮英到了瀛台，把毒藥混雜在光緒吃的藥中，讓光緒服了下去，然後離開了。出來後，他恰好遇到了皇后正在瀛台外邊徘徊，李蓮英突然靈機一動，滿臉謙卑地問安，並稱光緒大限已到，讓她進去見上一面。皇后卻苦於沒有慈禧太后的懿旨而不敢擅入。李蓮英則大包大攬，說一切都由他負責，讓皇后儘管進去。
李蓮英為什麼突然間對皇后這般禮貌？原來，他看到最近幾天形勢急轉直下。首先，光緒必死無疑，而且看樣子慈禧也不會堅持多久，自己的靠山眼看就要倒，自己的將來變得撲朔迷離起來。如今，慈禧太后立了年幼的溥儀為帝，將來一定又是太后秉政。到那時，現在的光緒皇后，也就是將來的皇太后就會像慈禧太后一樣掌握實權。自己現在有恩於她，說不定將來會得到她的青睞，攀上新的高枝。就算她看不上自己的行為，也不至於得罪她，也算為將來留條後路。
過了幾天，下午三點，慈禧聽伺候光緒的太監稟奏，說是皇上疾大漸（正在嚥氣，即將死亡）。慈禧太后立即帶領皇后、瑾妃到瀛台，此時的光緒已經氣若游絲。
根據大清律例，在皇上彌留之際，必須著長壽禮服，否則對皇上升天不好，因為若只穿尋常衣服，就不會引起玉皇大帝重視，也會被祖宗責備。
太監們剛要為光緒換衣服，卻被他制止了——他不同意。慈禧可能覺得自己欠他太多，因為她一輩子沒給光緒好臉色看過，也沒給他好話聽過，如今到了最後關頭，出於對光緒的最後的關愛，就依他的心願，免得光緒死後還怨她，所以沒有堅持讓太監給他穿衣服。
到了下午一點，做了一輩子傀儡的光緒皇帝終於駕崩了，這一天是光緒三十四年（一九○八年）十月二十一日。光緒駕崩時，只有慈禧、皇后、瑾妃、李蓮英和幾個太監、宮女在側。王公大臣、軍機大臣、御前大臣，一個也沒有，場景非常悲涼。
慈禧太后見光緒皇帝崩逝，也不免有些悲痛，哭了幾聲。隨後，立即回去傳諭降光緒帝的遺詔，並頒發新皇帝登基喜詔。其實，這份遺詔早就寫成，就等著光緒皇帝死後昭告天下呢！
慶親王奕劻聞聽光緒崩逝，便急忙入宮，面見慈禧，要求新皇入嗣，承繼穆宗（同治皇帝），並表示大行皇帝亦不可先後，還是由嗣皇帝兼祧為好。
慈禧心中老大不高興，可皇帝新亡，她不好大動肝火。這時，李蓮英認為此時是向光緒皇后、將來的皇太后表現的時候了，便勸慈禧說，慶王爺奕劻之言實在是為大清江山社稷著想。
慈禧見奕劻堅持己見不動搖，又有李蓮英在一旁助陣，況且自己也沒有精力與奕劻爭論下去，只好同意奕劻，並去擬旨。這樣一來，光緒皇后算是大贏家，也算是光緒有後了。
果然不出李蓮英所料，兼祧之制已定，光緒皇后非常感激奕劻親王和李蓮英，因為同治皇后已死，她便是名正言順的皇太后了。
後來，宣統皇帝登基一年之後，攝政王載灃被隆裕太后（光緒皇后）逼下台，造成了清帝宣告退位。攝政王載灃要抄李蓮英的家，被隆裕太后攔住，算是救了李蓮英一命。這是後話，暫且不表。
奕劻擬完兼祧之旨以後，時已夜半，方才退出。第二天是十月二十二日，奕劻將擬好的兼祧之旨拿給慈禧太后看，慈禧太后召軍機大臣與皇后、攝政王與攝政王福晉，議論多時，復用新皇宣統的名目，發了一道上諭。尊慈禧皇太后為太皇太后，光緒皇后為皇太后。
午膳時，已經成為太皇太后的慈禧忽然一陣頭暈，暈倒在飯桌上。幸好李蓮英急忙與太監、宮女們扶慈禧到寢宮，又令太醫一陣急救，這才醒轉過來。
原來，慈禧晚年曾長期為面風、消渴和痔瘡便血等病症折磨。而且據脈案記載，慈禧在光緒十二年（一八八六年），五十歲時便已患有面風，其症狀是「左眼下連顴」時作跳動、「視物不爽」等。面風到光緒三十二年（一九○六年）才有所好轉，但消渴症和痔瘡始終沒有治好。
慈禧這次病發突然就是因為消渴症才出現了昏迷。她清醒過來之後，召光緒皇后、攝政王載灃及軍機大臣等齊集病榻之前，吩咐身後事。將國政交由攝政王辦理，並令軍機大臣現場擬旨，大意如下：
奉太皇太后懿旨：昨已降諭，以醇王為監國攝政王，秉承余之訓示，處理國事。現余病勢危急，自知不起，以後國政，即完全交付監國攝政王。若有重要之事，必須稟詢皇太后者，即由監國攝政王稟詢裁奪。
慈禧太后叮囑完畢，喉中突然一股濃痰湧上來，噎得她差點兒背過氣去，周圍的宮女太監連忙給她沖了口清茶，這才緩過來。這期間，所擬旨意經過反覆斟酌修改，並參考光緒皇后的意見，終於定稿。傍晚時分，慈禧的眼神漸漸迷離起來，隨即辭世。統治大清王朝近五十年的慈禧太后終於離開了這個世界，僅僅比光緒皇帝晚一天。
棺槨是早已備下了