在很多人看來，袁世凱絕對是一個有「命」無「運」的人，命運垂青於他，給他恩惠，給他勇氣，把他推上前台，讓他結束這個時代；同時，命運也無情地戲弄他，也讓這個時代結束他。
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一九一五年春天過後，袁世凱的身體顯得明顯地虛弱了。其中最明顯的一點，就是袁世凱的睡眠變得越來越差。原先的袁世凱精力過人，白天從不知疲倦，夜晚只要一倒下，就鼾聲如雷。而現在不行了，伴隨著身體一天天的臃腫，袁世凱感覺到一天天衰老了。不僅精力不濟，夜裡也開始失眠了。由於睡眠不好，袁世凱在很多時候變得憂鬱而急躁，愚蠢的舉動也日益增多。當然，這一切，都是搬入中南海之後的事情——自從住進中南海之後，袁世凱就沒有再出過新華門一步，在這個到處都是帝王遺跡的園子裡，袁世凱總是感到內心不太踏實，這裡的每棟樓宇、每棵樹木、每塊石頭、每處墨跡，都是昔日王權的符號與象徵，昭示著皇家的霸氣與夢想。浸淫在濃濃的帝王氛圍之中，袁世凱會不由自主地壯懷激越，他想學古代的盛世君王，將這個古老的國家治理得井井有條、強盛壯大；但每到夜深人靜時，袁世凱回想起昔日榮光的南柯一夢，有時候會不由自主地頹然，畢竟，居天子大不易啊！那種巨大的孤獨與悲涼，也不是凡人所能承擔的。
事態的發展果然如袁世凱擔心的——一九一五年十一月十一日，在洪憲帝制的一片喧嘩聲中，年輕的雲南將軍蔡鍔在京都名妓小鳳仙的掩護下，改裝悄悄逃出京城，住進了天津共立醫院。此後，在日本人的幫助下，蔡鍔轉道日本、香港、越南，返回昆明。十二月二十五日，唐繼堯、蔡鍔、戴戡等通電全國，宣佈雲南獨立，並請各省聯電勸袁世凱取消帝制，擁護共和。
因改變國體一事而引起動亂，這是袁世凱最不願意看到的。雲南宣佈獨立後，袁世凱不得不再次強打精神，調兵遣將征討護國軍。起初，在袁世凱看來，這一次唐繼堯、蔡鍔們發起的所謂獨立，跟前幾年革命黨人發動的「二次革命」一樣，很快便會平定。但出乎袁世凱意料的是，這一次護國軍的力量比上一次要強得多，而且，背景要遠遠複雜得多。當然，對於袁世凱來說，叛亂並不是他所忌憚的，就軍事而言，他手中的部隊足以打贏一切戰鬥。戰爭進行過程中，袁世凱很快發現，自己的內部出現問題了——那些原先對自己唯命是從的將領們，此時一個個也有了「小九九」，不約而同地以一種磨磨蹭蹭的方式，對自己進行消極的抵制。這當中的原因，當然是他們對袁世凱的某些做法不滿——從擔任正式大總統後，袁世凱就一直按照「軍人不得干預政治」的思路，一方面削弱北洋諸將的兵權，擬建立模範軍代替北洋軍；另一方面在地方上進行了「削藩」。此次平叛徵召，正好讓這些人有了發洩情緒的機會。於是，陽奉陰違者有之，紙上談兵者有之，渾水摸魚者有之，真正死心塌地聽從袁世凱的，變得少之又少。連先前的陸軍總長段祺瑞，因為不滿袁世凱大權獨攬，此時也稱病不出，不願擔任前敵總指揮的職務。
段總長稱病不出，袁世凱只好動用另一顆棋子馮國璋。當袁世凱電令馮國璋，命他出任征滇軍統帥一職時，沒想到馮國璋同樣以有病為名，托詞不就。馮國璋的舉動，讓袁世凱非常生氣。因為袁世凱一直把馮國璋當做自己人，其現任妻子周道如也曾是袁世凱的家庭教師，並且，每一次馮國璋來北京，袁世凱都把他召喚到自己家，留他共進午餐，一談就是好幾個小時。袁世凱知道馮國璋對自己有不滿情緒，因為馮國璋權力過大，軍人習氣重，袁世凱一直考慮對馮國璋「削藩」——為了牽制馮國璋，袁世凱把鄭汝成擺在上海，楊善德擺在松江，又有意識地造成張勳與馮國璋的對立和矛盾；袁世凱甚至還考慮過把馮國璋調到京城，任命他為陸軍總長，以解除馮國璋的實際兵權。馮國璋的不聽徵調，明顯地，就是對袁世凱不滿。
袁世凱手中一下無「牌」可打了——在「北洋三傑」中，除了段祺瑞、馮國璋之外，另一個具有帥才的，就是王士珍了。王士珍一直對清廷持忠誠態度，清廷退位之後，王士珍也慢慢淡出。無奈何之下，袁世凱只得親自掛帥，重用資歷相對較輕的曹錕等，分三路進兵雲南。這實際上就向全國上下傳達了一個信號：在袁世凱的政府中，已經出現了不和諧的聲音，高層已不抱團了。這樣的徵兆，給了反對派以足夠信心，也使得北洋將士在臨陣打仗時很難形成凝聚力。
到了一九一六年的三月，袁世凱的處境更為不妙了。先是外交方面的壓力——日本公開干涉帝制，揚言將承認南方護國軍為交戰團體。在日本公使的鼓動下，五國公使接連提出口頭警告，認為袁世凱政府已無力量平定雲南，如果戰事擴大，必將影響全國秩序和外僑安全，他們不能坐視；而且，讓袁世凱感到惱火的是，這些國家一致拒絕袁世凱用「洪憲」標誌發出的公文。外交上的捉襟見肘，導致無法獲得列強的財力支持，財政狀況每況愈下，國庫空空，之前通過發展生產、鴉片煙稅以及救國儲金積聚的一點錢，戰事一開之後，幾乎被用得精光。對內無法開源節流，對外借款不成，這個仗實在是無法打下去了。
三月中旬，廣西陸榮廷也在梁啟超和其老上司岑春煊的策動下，宣佈獨立。袁世凱的第三路軍司令龍覲光也被陸榮廷俘虜並投降，通電宣佈擁護共和。政局變得更亂了。有人向袁世凱告發，在南京的馮國璋正在密電有關各省軍政要員，建議發出一個逼迫袁世凱取消帝制、懲辦禍首的聯名電報，內容共有八條：一、承認袁世凱仍居民國大總統地位；二、慎選議員，重開國會；三、懲辦奸人，以謝國人；四、各省軍隊以全國軍隊依次編號，並實行征名制；五、明定憲法，憲法未定以前用民國元年約法；六、民國四年冬之各省將軍、巡按使，一律仍舊；七、川、湘前敵北軍，一律撤回；八、大赦黨人。這明顯就是要求袁世凱取消帝制，回歸到以前的內閣制。當時回電馮國璋表示同意的，已有江西將軍李純、浙江將軍朱瑞、山東將軍靳雲鵬和湖南將軍湯薌銘。馮國璋可能覺得五人聯名聲勢還不夠大，又以五人聯名密電的形式，尋求更多將軍的支持。與此同時，來袁府或致函以朋友身份勸袁世凱取消帝制的社會名流，還有湯化龍、唐紹儀、伍廷芳、康有為等。讓袁世凱最擔心的是，駐日大使陸宗輿也傳來了日本內閣的決議，要利用中國內亂之機，擴大在華權益。
這個時候的袁世凱，悔得連腸子都青了。袁世凱根本沒想到改變國體竟會鬧出如此大的動靜。早先的稱帝運動，看起來那麼眾口一詞，萬眾一心。自己甚至是在整個社會力推的情況下，才半推半就決定恢復帝制的。袁世凱恢復帝制，最根本的是想恢復中央的權威，而現在，中央權威不僅沒有恢復，「藩鎮」割據局面反而一發不可收了。人心真是險惡啊！那些當年積極為帝制搖旗吶喊的人，此時就如同霜降過後的昆蟲似的，隱匿得無影無蹤。袁世凱已經意識到了，這一回，自己是中了別人的「套」了——似乎從一開始，各種勢力就默契地將他引入一個陷阱，然後不約而同地落井下石。這個陰謀的策劃者是誰呢？是日本？是革命黨？還是不可確定的中國文化？袁世凱不敢肯定。但無論怎麼說，這一次鬧出的動靜，罪魁禍首還是自己。畢竟，當皇帝看起來總是他個人的事情。如果因此造成天下大亂，袁世凱無論怎樣是承擔不起的。
袁世凱決心取消帝制了，並且頹唐地對恢復帝制行為表示了後悔。袁世凱的猶豫，更加強了反袁勢力的堅定。儘管袁克定力勸袁世凱不要取消，理由是西南各省軍隊並不可怕，軍費也不充足，內部也有問題；北方大局已趨穩定，如果決策反覆，反而會引起動亂。但袁世凱再也不想聽袁克定的意見了，袁世凱只想快速地解決問題。三月二十一日，袁世凱召開了有特邀人員徐世昌、段祺瑞、黎元洪等人參加的各部總長會議，主要議題是撤銷帝制，會議作出五條決議：一、撤銷承認帝制，取消洪憲年號；二、召開參政院會議撤銷帝制決議案；三、以徐世昌為國務卿，解除陸徵祥國務卿之職，回任外交總長；四、任命段祺瑞為參謀總長；五由徐世昌、馮國璋、黎元洪主持南北和談。
三月二十二日，袁世凱發佈申令，撤銷承認帝位案。這一篇申令，是袁世凱的機要局長張一麐起草的。張一麐一直反對袁世凱改變成體，為此，袁世凱還曾對張一麐直有看法，現在，袁世凱幾乎是無顏見張一麐了。袁世凱感慨地說：我昏聵，不能聽你的意見，以至於到了這個地步。今日這個申令，非你不可。袁世凱又說：我的意思還是取消帝制，並且將擁戴書焚燬。張一麐說：這一件事，是你為小人蒙蔽。袁世凱說：這是我自己不好，不能怪罪別人。張一麐為袁世凱起草了撤銷帝制的申令。在申令中，袁世凱這樣自責道：
民國肇建，變故紛乘，薄德如予，躬膺艱鉅。憂國之士，怵於禍至之無日，多主恢復帝制，以絕爭端而策久安。癸丑以來，言不絕耳，予屢加呵斥，至為嚴峻。自上年時異勢殊，幾不可遏。僉謂中國國體，非實行君主立憲，