趙秉鈞的死，使得「宋教仁案」更成了人們注目的「驚天大案」。有人推測，袁世凱極可能就是幕後的元兇；另一些人則不以為然，認為以袁世凱自身強大的實力、難以撼動的地位和聲望，以及做事從不魯莽的風格，根本不會出此下策暗殺宋教仁。
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一九一三年的「宋教仁」事件，可以看做是一個非常不好的信號。直到如今，有關這起案件的真實情況，依舊是撲朔迷離。焦點在於：宋教仁的死，究竟是不是袁世凱下令或者示意趙秉鈞執行的？宋教仁在早年的同盟會中，一直算是一個異類，這是因為他書生氣較重，不太主張暴力革命。中華民國成立後，宋教仁也一直被他的同志視為親袁派，原因是袁世凱對宋教仁一直很器重，甚至視為子侄。宋教仁從國民政府辭職，在南方巡講時，雖然有抨擊民國政府的言辭，但那都是泛泛而談，並沒有針對袁世凱個人。在此期間，袁世凱也幾次電報召他到北京議事。有人分析說，袁世凱很有可能讓宋教仁取代趙秉鈞出任民國總理。所以，宋教仁被刺，是否有其他勢力介入其中，比如說國民黨內部的激進派？或者居心叵測的日本組織？這個，也不應忽略。在確鑿的證據發現前，所有的爭論都只是一種猜測。問題的關鍵在於，無論是袁世凱也好，趙秉鈞也好，甚至包括孫中山也好，在中華民國創建之初，對於那種以和平民主方式進行的競爭，一直不是太熟悉，也缺乏把握的能力。於是，對於眾多敏感而警惕的軍人和革命黨人來說，動亂紛爭的共和國，就像是建立在火藥桶上，稍稍的一點火苗，都會引起轟天巨響。
國民黨成立初期，由於孫中山正致力於實業建設，國民黨的領袖人物實際上是代理理事長宋教仁。英氣勃發的宋教仁很想藉助於國民黨，幹出一場轟轟烈烈的大事。在他起草的《國民黨宣言》中，明確提出：中國雖號為共和立憲，而實無強健而良善之政黨焉，因此，國民黨決心以鞏固共和，實行平民政治為根本宗旨，在中國完成共和立憲政治，組織志同道合之政黨內閣。
國民黨成立之時，袁世凱一直持觀望態度。觀望，是因為袁世凱對於現代政黨政治缺乏經驗，一時把握不準。袁世凱畢竟是一個傳統意義上的權臣，他對國內政治、經濟建設，以及權力的控制，堪稱經驗老到，但在組織政黨、爭取選民、控制議會這套新鮮玩意上，就顯得很外行了。正當袁世凱與孫中山言談甚歡，雙方合作愉快的時候，國會的選舉進入了高潮。在宋教仁的親自策劃和領導之下，國民黨利用強大的組織力量，在一九一二年十二月至一九一三年二月的國會議員選舉中，擊敗共和、民主、統一三黨，大獲全勝，在眾參兩院八百七十個議席中獨佔三百九十二席，成為國會中第一大黨。國民黨人的勝利，使實際負責國民黨事務的宋教仁躊躇滿志。按照《臨時約法》建立責任內閣的規定，議會第一大黨當然組閣，其黨魁當然出任內閣總理。於是，年輕的宋教仁奔走於湖北、湖南、江西、安徽等地，發表競選演說，抨擊時弊，指責政府，極力鼓吹政黨政府。
宋教仁這樣的方式，自然遭到了另一種政治理解方式的牴觸——一九一三年三月二十一日二十二時四十五分，上海老火車站，國民黨代理理事長宋教仁準備乘火車前往北京，參加第一屆國會開幕大會。在檢票口時，突然一個人迎面走來，連開三槍。宋教仁倒在血泊之中，兇手從容不迫地離去。到了第二天凌晨，由於子彈攜有劇毒，宋教仁搶救無效，死於上海鐵路醫院，時年三十一歲。
宋教仁被刺後，神志還很清楚，掙扎著口述一封信給袁世凱。從信中看，宋教仁一點也沒懷疑袁世凱。宋教仁的信原文為：
北京袁大總統鑒：仁本夜乘滬寧車赴京，敬謁鈞座。十時四十五分在車站突被奸人自背後施槍彈，由腰上部入腹下部，勢必至死。窮思仁自受教以來，即束身自愛，雖寡過之未獲，從未結怨於私人。清政不良，起任改革，亦重人道，守公理，不敢有毫權之見存。今國基未固，民福不增，遽爾撒手，死有餘恨。伏冀大總統開誠心，佈公道，竭力保障民權；俾國家得確定不拔之憲法，則雖死之日，猶生之年。臨死哀言，尚祈見納。
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宋教仁的死，引起社會輿論大嘩。袁世凱看起來十分著急，接連發電慰問，又幾次責成江蘇地方當局，懸重賞偵破此案。偵破過程中，有人舉報，警察根據舉報人提供的線索，趕到一家妓院，將主謀應夔丞（亦名應桂馨）抓獲。應夔丞曾任國民黨上海都督陳其美府中偵探。通過應夔丞的招供，又抓獲了兇手武士英。武士英是一個失業軍人，係原雲南七十四標四營管帶。主謀應夔丞交代幕後指使者為內務部秘書洪述祖。洪述祖曾為台灣巡撫劉銘傳的幕僚，曾經在採購軍火時，侵吞公款被下獄。採購拿回扣，是當時的「潛規則」，並不能說明什麼。民國之後，洪述祖以自己的幹練和能力，成了內務總長趙秉鈞的秘書。袁世凱對他也很信任，隆裕太后頒布的退位詔書，就是洪述祖草擬的。——看起來，這一回幕後的黑手似乎追到了北京政府，連原來的內務總長、現任代理國務總理的趙秉鈞也逃不了干係。雖然沒有充分證據顯示此事為趙秉均指揮，但人們推測出，如果宋教仁回到北京，極可能取代趙秉鈞擔任總理，因此，趙秉鈞參與謀殺的理由最充分，況且他本來就是特務和警察出身，習慣以這種方式解決問題——案情發展到這一步，種種跡象顯示，袁世凱也脫不了干係了。
幾天後，在日本的孫中山趕到上海，在黃興寓所召開緊急會議。極端憤怒的情緒下，孫中山提議拋開法律程序，聯合日本，舉兵討伐袁世凱政府。陳其美和戴季陶也擁護孫中山的主張。雖然黃興極度悲憤，但還是理智地認為，民國已建，應冷靜採取法律途徑處理此案，努力剋制事端。況且此時南方武力已不足以言戰，如果發難，則大局混亂，局面不可收拾。黃興提出，既然袁世凱和趙秉鈞已經表態，提議組成一個公正獨立的法庭來調查此事，那麼，一切都有待法律的定奪。在鼓動不力的情況下，孫中山只好聽從黃興的意見，暫時放棄了戰爭。
「宋教仁案」在隨後的調查中，變得更加撲朔迷離。首先，宋教仁被刺殺時，情景令人費解，一個北上即將組閣的中國國民黨代理理事長，身邊一個衛士都沒有；而且，兇殺案發時，車站警察也不見蹤影，兇手僅憑一把手槍行刺後就能從容逃逸。人們無法想像，這事發生在上海這個國民黨的地盤上。其次，兇手武士英被捕後，忽然暴斃獄中；已抓捕的直接主謀應夔丞在數月後，竟然越獄逃之夭夭；最後只剩下了被供出的主謀，原內務部秘書洪述祖。洪述祖把所有的責任都攬在自己身上，承認所有的事情都是自己做的，他辯解說：之所以策劃殺宋教仁，是「滿懷報國之情」，是為了揭露宋教仁，「使世人認清這位革命領袖的真面目」，一切與他人無關。一番調查之後，沒有一項確鑿證據能證明洪述祖所做，是趙秉鈞或者是袁世凱暗中指使。即使是在應夔丞處查到的與趙秉鈞的通電和信件，也是圍繞取締共進會和秘密結社的主旨，不能直接推論趙秉鈞參與指揮刺殺宋教仁一事。上海地方檢察院曾幾次通過北京地方檢察院傳趙秉鈞來上海對質，趙秉鈞都以走不開為托詞推脫。雖然案件一直沒有突破性進展，但社會上的輿論已明顯對趙秉鈞和袁世凱不利。趙秉鈞和袁世凱承受了巨大的壓力。
三月三十日，國民黨本部在北京召開宋教仁追悼大會，一千多人參加了追悼會。趙秉鈞特派親信王治馨為代表參加。悲慟的國民黨人看見趙秉鈞的代表，群情激憤，紛紛指責宋案為趙秉鈞所為，要求趙秉鈞到會說明情況。王治馨情急之下，大聲辯白說：「洪述祖雖然是內務部秘書，但他的行為係個人行為，與趙總理無關，總理對此毫無預聞。我這裡有洪述祖與應夔丞的來往電文，請主持會議的吳景濂先生查收。現在有人要殺宋先生，但絕不是趙總理！趙總理不能對此事負責，此責自有人負！」王治馨的說法顯然意有所指。這一事件被登到報紙上後，又引起了一番新的騷動。
四月三日，趙秉鈞在北京《新紀元報》上發表了一段談話，說：「我和宋教仁，一任內務總長，一任農林總長，以同僚而為至友，他住在西直門外的農事試驗場，離城十里，有時天晚來不及出城，他總住到我家中，我們感情甚洽，無話不談，他離北京南下時，欠了五千餘元的債，都是我替他還的。」趙秉鈞的這段自白，又引起了一場軒然大波。
為了避免更大的紛爭，不久，趙秉鈞稱病，向袁世凱遞交了辭呈，住進了一家法國醫院。袁世凱解除了趙秉鈞的總理職務，安排他離開北京去天津就任直隸都督。一段時間之後，趙秉鈞突然暴斃而亡。雖然社會上傳聞說袁世凱在給趙秉鈞送去的新疆葡萄裡注射了劇毒，從而殺了趙秉鈞，但袁世凱在趙秉鈞逝世後的沉痛態度，又使很多人對這種說法半信半疑。畢竟，趙秉鈞得罪人太多，即使是被殺，誰殺他都有可能。趙秉鈞的死，使得「宋教仁案」更成了人們注目的「驚天大案」。有人推測，袁世凱極可能就是幕後的元兇；另一些