袁世凱在八國聯軍進軍北京前後的表現，以及在新政中所起到的先鋒作用，不僅贏得了慈禧太后的好評，也贏得了西方列強的好感。在西方列強看來，袁世凱是一個具有進步思想的中國官僚，他用他的行動表明對於西方的制度和做法沒有敵意。
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百日維新的經歷，對於袁世凱來說，就如同一場驚險無比的走鋼絲一樣，儘管走得心驚膽戰，但還是憑藉著過人的冷靜和狡猾平安著落。這樣的艱險，直到很多年後，袁世凱想起來還心有餘悸。也算是上天對於他的垂憐吧——或許，還想留給袁世凱一點時間，讓他繼續完成一些事業，畢竟，對於雄心勃勃的袁世凱來說，一切都是開了個頭。
接下來的事情，就是義和團事件了。現在回過頭來看，當歷史進入二十世紀的時候，隨著西方勢力的不斷滲透，困頓與恥辱一直如鉛雲一樣，壓抑在中國人心上，一股強大的民族主義浪潮開始滋生湧動——自道光時代開始，歷經咸豐、同治，一直到光緒，落後的農業大國在與西方的角力中，一直敗得體無完膚，臉面全無。當洋務派的自強措施沒能頂得住列強的擴張和侵略，維新派的變法陰差陽錯走向失敗之時，人們開始用一種非正常的手段從絕望中尋找希望。清政府在列強的壓力之下簽訂不平等條約，被迫同意解除教禁。西方傳教士以越來越普遍的形式深入到中國農村，在中國內地的地方事務中擁有相當的特權，不受中國法律約束；在實際利益方面，教會為了擴大勢力和影響，不擇手段、不分良莠地吸收教民，不少品行不良分子乘機紛紛入教，為非作歹，興風作浪，激起底層廣大民眾的憤怒。中國人多年來積鬱於胸的民族情緒被點燃，民間的力量走到了前台。文化衝突和民族矛盾交織在一起，一股帶有仇恨的強大力量終於迸發了。
義和團的興起，是一種複雜的產物。這樣的複雜體牽涉到社會背景、民間情緒、經濟困窘以及文化傳統等方面，而在它的發展過程中，又顯得沒有約束和控制。當這種情緒以一種暴力和非理性方式轟轟烈烈表現出來的時候，實際上已誤入歧途。在此之前的太平天國運動也可以說是這種現象的典型表現，之後北方捻軍的興起同樣可以這樣認為。這種帶有原始宗教意味的群眾運動，既有史詩般的雄壯，也跟迷信與殘酷糾纏在一起。它的興起，根源於人類存在的本質——人們困惑於貧窮，疲於衝突，畏於神秘，懼於死亡，這些客觀存在，加上自身理解力的不足，自然而然產生了諸多非理性的認識。從傳統文化的角度來說，無論是否承認，在中國數千年的歷史中，除了理性的文化成分之外，暴力和「怪力亂神」也佔有相當的成分。中國歷史上無數循環往復的暴力，證明了這一點。也因此，完全可以認為，自明朝之後，實際上對於中國廣大的百姓來說，《三國演義》、《水滸》、《西遊記》的影響與四書五經一樣深遠，它們根深蒂固地影響普通百姓的心理狀態，也影響著民族的性格和行為。
因為有著這樣的文化傳統和大眾心理，當社會上的精英階層對於社會的走向顯得蒼白無力的時候，這種暴力和「怪力亂神」相結合的東西便會在社會的底層自然而然地顯靈了。它們或以單純的暴力方式表現，或以怪力亂神的方式顯形，或者兩者糅雜在一起，難分彼此。在暴力和怪力亂神中，人們找到了安慰，不滿情緒得到了宣洩，然後墜入一種自欺欺人的境地中。這樣的變形，從根本上說，既是缺乏科學和理性的結果，同時也是群眾運動所無法控制的結果。
從教義上說，義和團運動是破綻百出的，亂哄哄的像是儒釋道的一知半解和中國戲劇的「大雜燴」，他們將一些神秘力量人格化，雜糅了民間信仰、通俗小說和街頭戲劇中的因素，製造了諸多的生靈和保護者：他們相信玉皇，相信土地菩薩，相信關公，相信二十八宿……中國歷史上一切民間傳說，在義和團這裡，都有著淋漓盡致的發揮。義和團還將神學、迷信以及宗教混在一起，相信法術，相信鬼神附體，相信刀槍不入，相信自己能夠飛翔，子彈無法穿透……因為有神通，洋人的洋槍洋炮又算什麼呢？那些從不懂得現代化，不懂得科學精神，也不懂得現代戰爭的農民，就這樣模糊了戲劇和生活的區別——在此情景下的中國北方農村，就像一個戲劇大舞台一樣，人們都爭先恐後地登台表演。
義和團的發源，應該是從一八九七年開始的。在山東曹州，也就是當年「水泊梁山」的所在地，由於當地百姓與教民的衝突，引發了暴動。一批自稱為義和拳的百姓，殺死兩名德國神甫，砸毀了教堂。駐青島的德國軍隊以此為由，佔領了膠州灣。自此之後，在山東境內的義和拳運動，一下子呈星火燎原之勢。當時的山東按察使毓賢在捕殺了早期義和拳最有名的大師兄朱紅燈和本明和尚後，因為兵力不足，無奈之下採取了安撫和招安政策，將義和拳改名為義和團，成為官方正式認可的「民團」組織。一八九九年秋天毓賢升任巡撫之後，山東各地的義和團運動愈發不可收，蔓延到四十多個州縣，各地燒殺教堂的事屢屢發生。在這種情況下，慈禧擔憂山東政局進一步混亂，以防範德軍的理由，令袁世凱帶領軍隊進駐山東。袁世凱帶兵進駐山東之後，面對如火如荼的義和團運動，保持冷靜和剋制。袁世凱向朝廷建言，以四點對策保持山東的穩定：一是慎選守令。袁世凱認為山東教案迭出，究其原由，是地方官未能公正辦事，有的敵視洋人，有的害怕洋人。如果發生教案，要保持冷靜的態度，一方面抓足證據，把情況調查清楚；另一方面，據理駁斥，按照有關條例，請上司照會有關國家的領事、公使，並轉照總理衙門進行外交配合。如果各州縣能做到辦案公正、不偏不倚，人心就會得到安撫。二是講求約章。袁世凱認為內地官吏，多半不熟悉各種條約，遇事無所依據，給辦事和外交帶來諸多不便。袁世凱請求總理衙門選派明晰練達的官員，將各國條約公法及有關文件，多加刊印，分發給各州縣地方官員及候補人員，加強對他們的培養，讓他們盡快熟悉業務法規。三是分駐巡兵。袁世凱認為，德兵由海上登陸時，一遇到中國方面的攔阻，即起糾紛。應選擇一些素質較高的士兵，分駐在膠州各縣及膠濟鐵路經過處，往來巡查，並在一些關鍵的地點，駐紮精兵以應援，這樣，德國人見我軍巡兵周密，重兵扼紮，既不能藉口遣兵，也不好任意尋釁。四是派員駐膠州。袁世凱認為，應與德方交涉，派兵駐紮在膠州地區，遇事既可以會商，又能隨時刺探德兵的意向動靜。
袁世凱的這四點看法，對山東當時面臨的外交難題，可以說既有針對性也有可操作性。到了年底，慈禧乾脆將山東巡撫毓賢調往京城，讓袁世凱代理山東巡撫一職。
袁世凱畢竟見多識廣，他既有在朝鮮跟西方人打交道的經驗，對於西方的瞭解始終處於前沿狀態；同時，也富有草根經驗——自小的耳濡目染，使袁世凱對那些「怪力亂神」的把戲並不陌生。袁世凱當然知道這樣的群眾運動一旦興起，結局將不可控制。一九○○年一月，袁世凱上了一個奏摺，表達了自己對於義和團的看法，中心意思有兩層，一是認為義和團盲目排外，給社會造成極大破壞，也給國家帶來了重大損失。奏摺列舉了山東各地發生教案的情況以及相關損失數據。二是認為義和團係烏合之眾，毫無戰鬥力，絕不可用來對付洋人，如果控制不好，反被洋人作為侵略藉口，大局將不堪設想。在奏摺中，袁世凱陳述了已經採取或將採取的措施，分為治本和治標兩種：治本就是調和民教，頒示約章，整頓吏治，讓人們清楚，教民雖入了西教，但仍是中國百姓，要守中國之法；同時照會洋教士，謹守教規，不準違背約章，橫生枝節……至於治標，就是以武力和勸導結合，取締義和團，恢復地方秩序。
有一個故事，似乎能說明袁世凱處理義和團事務的不動聲色——袁世凱署理山東巡撫後，一些義和團的首領尚不清楚袁世凱的態度，他們相約去拜訪袁世凱，希望袁世凱像前任巡撫毓賢一樣，對義和拳積極支持。坐定之後，義和團首領們照例吹噓自己法力無邊，刀槍不入。袁世凱不動聲色地聆聽著，不時表現出濃厚的興趣。到了吃飯時間，袁世凱盛邀首領們一道進餐。餐桌上，首領再次吹噓自己的法術。袁世凱提議讓義和團當場演示法力。盛情之下，那些義和團首領也不好意思拒絕。於是袁世凱讓那些說大話的義和團首領站成一列，又叫來軍中最好的神槍手——結果可想而知，那些吹牛的義和團首領哪裡擋得住槍子的穿透力呢！這種不動聲色快刀斬亂麻的方式，是典型的袁世凱風格。很快，在全省範圍內，袁世凱命令廣貼告示，宣佈義和團為非法組織，嚴禁設壇習拳，「倘再目無法紀，恃眾抗官，大軍一臨，玉石俱碎」。
袁世凱任山東巡撫時，也遭遇到諸多「教案事件」。因為吸取了各方面的經驗和教訓，袁世凱的處理顯得幹練多了——有一次，山東平陰縣教堂英國牧師在由泰安府回平陰縣的途中，突然失蹤。消息傳至袁世凱這裡，袁世凱一方面急報總理衙門，照會英國駐華使節，表示會盡快妥善處理好此案；一方面調集有關人