對於袁世凱來說，當年在朝鮮所做的一切，的確是鞠躬盡瘁——清國畢竟是弱國，在那種情況下，能與西方列強及日本周旋十多年，已屬相當不易。
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雖然朝鮮的兩次叛亂被平定，但這個半島國家的境況，並沒有得到緩和，而是變得更加複雜了——一八八五年三月，繼日本外相井上馨恫嚇朝鮮得手之後，日本政府又派宮內大臣伊藤博文來中國，對清政府在朝鮮的做法提出抗議。伊藤博文到達天津之後，清政府命李鴻章為全權大臣與之談判。伊藤博文覺得李鴻章很難對付，逕直跑到北京總理衙門，要求直接跟清政府進行對話。總理衙門在接待了伊藤博文之後，令其返回，仍跟李鴻章交涉。接下來的會談中，日本方面除提出道歉和賠償要求外，還要求中方嚴懲朝鮮事件中的「罪魁禍首」袁世凱。日本方面提出，朝鮮之所以陷入混亂，完全是袁世凱一手挑起的。經過近一周的討價還價，雙方簽訂了《中日天津條約》，內容共有三條：中日兩國四個月內撤出駐朝軍隊；兩國均不許派員教練朝鮮軍隊；朝鮮今後若發生事變，中日兩國或一國向朝鮮出兵，必於事前相互告知。至於懲處袁世凱一事，經過「太極高手」李鴻章的一番敷衍，也就不了了之。
後來的事實證明，在《天津條約》的簽訂上，尤其是關鍵條款「朝鮮今後若發生事變，中日兩國或一國向朝鮮出兵，必於事前相互告知」這一條文上，李鴻章還是上了小字輩伊藤博文的「套」，為後來甲午中日戰爭埋下了禍根。
日本勢力蠻橫向朝鮮滲透之時，俄國、英國及其他列強，對朝鮮也蠢蠢欲動。對於當時清國在朝鮮的宗主國地位，列強有意睜一眼，閉一眼，不予承認。與此同時，隨著自主意識的增強，朝鮮也對這種不成文的宗藩關係心存不滿，一直盤算利用矛盾，爭取獨立和自由。在俄國的誘使下，朝鮮背著清國，與俄國簽訂了《通商條約》，規定：締約國有權將軍艦開到另一方的任何港口，不管這些港口是開放的還是封閉的。這等於宣告俄國對朝鮮的獨特地位。英國在知曉了這一項協議的內容後，先下手為強，以防止俄國入侵朝鮮為由，強佔了朝鮮的巨文島。
到了一八八五年七月，由於中、日兩國已從朝鮮撤回軍隊，俄國對朝鮮的干涉越來越多。俄國使者面見朝鮮國王，要求朝鮮接受俄國保護，並且幫助朝鮮訓練軍隊。國王李熙一邊報朝廷，一邊致函李鴻章，要求清國對此事給個說法。顯然，朝鮮方面想以強大的俄國，對清廷進行施壓。清廷和李鴻章無奈之下，只好打出大院君這張舊牌——李鴻章與已在中國的大院君進行了會談，又跟朝鮮國王李熙進行溝通後，從維護宗主國的利益考慮，決定將比較親近清國、思想趨向於保守的大院君派回朝鮮國內。在李鴻章和清廷看來，無論從哪方面來說，舊派的大院君對於維護中朝現有關係都是有好處的，大院君回國後，不僅能增加親中派的勢力，也能有效制衡他的兒子、朝鮮國王李熙，以及變化無常的閔氏。大院君歸國的消息在朝鮮傳出之後，閔氏家族感到惴惴不安。閔妃竟派人攜重金來到天津北洋大臣衙門，以行賄來乞求李鴻章阻止大院君回國。這樣的舉動讓李鴻章啼笑皆非。閔妃集團的堅決反對，使得送還大院君歸國的計劃不得不推遲。朝鮮統署大臣金允植向李鴻章建議，讓朝鮮國王李熙親自寫一封信給父親大院君，懇請他回國協助事務。這樣，大院君的歸國，就有了充足理由。
在等待李熙信函的過程中，李鴻章一直考慮讓誰來承擔護送大院君回國的重任。一開始，李鴻章準備派一個心腹將領率五百人馬護送，但隨即，李鴻章想到了正在河南老家的袁世凱，覺得還是由熟悉朝鮮國情的袁世凱擔當比較合適。於是急招在河南陳州的袁世凱火速趕到天津。袁世凱接到電報後，一路兼程，晝夜狂奔，甚至因此累死了一頭騾子。到了天津之後，李鴻章見到袁世凱的第一句話就是：「現在的局勢就如同演戲，觀眾已到，只等你出場了。」袁世凱問明情況之後，請求與丁汝昌一道帶兵前往，李鴻章搖了搖頭，笑著說：「韓人聽說大將軍去，肯定會歡聲雷動，誰敢抗拒呢？至於其他人，就不需要了，你只需帶數十個隨從就行了。」
九月下旬，朝鮮國王李熙懇請其父歸國輔政的信函到達。大院君李昰應和袁世凱可以名正言順上路了。袁世凱一行分乘北洋水師的兩艘軍艦啟程。十月三日，袁世凱一行到達仁川後，受到朝鮮民眾的熱烈歡迎。到達漢城之後，袁世凱對閔妃和李昰應之間的矛盾作了排解調處，規勸李熙不要親近俄國。數日後，袁世凱離開了朝鮮回天津覆命，算是圓滿完成了李鴻章交代的任務。
到了年底，清廷正式任命袁世凱為「駐紮朝鮮總理交涉通商事宜」。這樣，時年二十六歲的袁世凱再度回到朝鮮，重新開始他在朝鮮的生涯。李鴻章特意致書朝鮮國王李熙，稱袁世凱「奉旨命漢城充辦事大臣，兼襄助一切。以後貴國內治外交緊要事宜，望隨時開誠佈公，與以商榷，必於大局有裨」。可以看出，袁世凱這一次在朝鮮的身份，較過去大不一樣，享有很大的權力。不過到了這個時候，朝鮮半島形勢變得更加複雜：西方列強的勢力已波及朝鮮，各國已向朝鮮派遣了駐朝使節，朝鮮閉關鎖國的局面不再。東西方列強儘管在朝鮮的矛盾與角逐日趨尖銳，但他們共同的態度是不承認中國對朝鮮的宗主權，因而故意不把袁世凱視做清政府駐朝的全權代表。這樣在朝鮮的外交圈子內，清國的勢力就成了最受排斥、最受歧視的人物和機構。列強們各懷心思：日本一心想讓朝鮮擺脫清國，投入自己的懷抱，甚至想一下子吞併朝鮮；俄國則想把朝鮮當做南下的一個基地；英國等其他列強，也想利用朝鮮的不穩定，慢慢蠶食朝鮮，從而控制遠東。與此同時，作為朝鮮王國本身，李熙一方面想擺脫清國，圖謀自強自立；另一方面，又對日本和西方列強的虎視眈眈感到害怕，唯恐擺脫了狼，卻引來了虎，行動上一直首鼠兩端，拿不定主意。同時，對於袁世凱的強勢，既恨又怕，表面順從，但在背地裡，一直希望能利用各國之間的矛盾達到自己的目的。
袁世凱正是在這樣的擠壓中，艱難地履行自己的職責。袁世凱專門寫了一篇《朝鮮大局論》，呈交朝鮮政府，闡述朝鮮「依中國」有六大好處，「背中國」有四大害處。在行動上，袁世凱一直顯出強硬的「上國」風格，以區別於其他國家，在很多事情甚至是一些細枝末節上，強硬堅決，毫不相讓。一八九○年，朝鮮趙太妃病逝，按照清國禮節，藩屬國國王、王妃去世，需派「訃告使」到北京，向禮部告訃，然後由清廷派使節前往賜祭，並賜謚號。趙太妃病逝，朝鮮遲遲沒有派「訃告使」前往北京。袁世凱毫不馬虎，不斷敦促朝鮮王室派使者去北京告知。在袁世凱嚴格敦促下，朝鮮只好派使者前往。袁世凱的武斷和專橫，自然引起了其他國家公使的不滿，尤其是日本，本以為朝鮮已是自己的囊中之物，沒想到斜刺裡殺出一個袁世凱，讓他們如芒在背。日本致書清政府，請清政府命袁世凱訪問東京，與日本大臣面商有關朝鮮事宜。日本向袁世凱提出十二條忠告，讓袁世凱不要干涉朝鮮的主權，讓朝鮮自主變法，以圖自強。
袁世凱在朝鮮的鐵腕政策，讓日本恨之入骨，其他國家的公使，對於袁世凱也頗有微詞。尤其是俄國，因為幾次與朝鮮的密約被袁世凱識破，也對袁世凱咬牙切齒。美、英、俄等國聯合起來向清廷告狀，指責袁世凱干涉朝鮮內政，要求處理袁世凱。對於袁世凱在朝鮮所處的地位和境況，李鴻章當然很清楚，他知道袁世凱在朝鮮獨斷專橫、情緒暴躁，也明白袁世凱竭力維護清國「上國」地位的一片苦心和難處。一八九○年袁世凱赴朝鮮擔任辦事大臣三整年時，李鴻章在給朝廷的報告中，給袁世凱寫下了「血性忠誠，才識英敏，力持大局，獨為其難」的十六字考核評語，稱袁世凱駐朝三年，辦事得宜，仍留朝鮮，並賞以道員升用，加二品銜。清廷同意了李鴻章的請求。
李鴻章重用袁世凱是有充足理由的。除了在外交上據理力爭外，袁世凱在朝鮮經濟、交通、財貿的發展上面，也顯示了自己的才能。尤其是華商在朝鮮的滲透上，袁世凱做了很多工作。他設置了巡警，專門保護華商在朝的利益，設立各商幫會館，建立董事，制定了很多有利於華商的政策、措施，以促進華商經濟的發展。袁世凱還奏請總稅務司撥款萬元，招租商局輪船一艘，來往於仁川、上海之間，打破了日本在中朝之間商貿運輸的壟斷。後來，又鼓勵同泰順商行集資購買貨輪兩艘，每年接運朝鮮漕運糧十萬擔以及中國貨物，發展了中國在朝鮮的運輸業務。並且，在龍山、仁川、釜山、元山四處設立中國在朝商務理事，管理華商在朝的商務，既增加了關稅，也促進了華商的有序發展。到了袁世凱任職的後期，在朝華商的實力已經超過了日本。在袁世凱離任的前一年，僅在漢城的華商就有八十多家，人數達六千以上。
袁世凱在朝鮮的努力工作，也贏得包括閔氏在內的朝鮮最高層的尊重。閔氏也由最初的親日，轉向了親中。朝鮮國王也曾幾次對袁世凱予以