瀟瀟春雨中，曾國藩離開了徐州，啟行返回金陵。曾國藩登船之時，回望身後那座在煙雨中孤然兀立在原野中的城池，不禁傷感異常。曾國藩知道，自己這一去，再也不會回來了，自己的使命已經完成了。
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一踏上淮北的大地，曾國藩就感到一股刺骨的寒冷。
雖然曾國藩來到淮北已是七月了，天酷熱難當，但在身體之中，曾國藩還是感到有一種寒意。這種寒意，彷彿不是來自於外部，而是來自於體內，是自己身體之內深藏的冰。淮北的一切看起來一覽無餘，滿眼望去，沒有高的山，深的水，它平平整整，蒼茫荒涼，一望無際。只是在曠野之中，到處生長著賤命的楊樹，高高地聳立，遮擋陽光，也遮擋人們的視線。因為熱，知了躲藏在楊樹密密的大葉片裡，一個勁地扯著嗓子叫喚。這也難怪，身處這樣的地方，昆蟲也會感到焦躁；不像南方，山清水軟的，蟲鳥在怡然自得的情況下，叫起來也是悅耳的。這裡的人想必也是這樣吧，身處塵埃遍佈的環境中，難怪都那麼好惡鬥勇呢？曾國藩自己就有這樣的感覺，從江南來到淮北，一踏上這塊土地，就明顯地變得焦躁了。
對於曾國藩來說，金陵愜意的生活剛剛開了一個頭，就戛然中止了。從接到剿捻的上諭，到離開金陵，這當中一共有半年時間。曾國藩拖拖拉拉地在金陵磨蹭，那是因為他實在不想去趟這攤渾水。湘軍剛剛攻下金陵，上諭就到，讓曾國藩率領軍隊北上剿捻，以李鴻章暫署兩江總督。接到這樣的旨意，曾國藩一時不知所措。對於這一次北上剿捻，曾國藩很有情緒，一方面，他實在是不想再替朝廷賣命，十數年的戎馬生涯，已讓曾國藩厭倦戰爭中的一切，況且，他的身體比較虛弱，對繁重的事務，已明顯缺乏精力，會經常莫名地焦躁心慌。此外，湘軍的撤裁事務，以及與左宗棠的筆墨官司，都讓他煩透了心，也很難脫身。不僅如此，曾國藩感到不滿意的還有，朝廷此番安排，是讓他跟官文以及僧格林沁一道「會剿」，以僧格林沁為主帥。也就是說，在很多時候，身為兩江總督的他，還必須聽官文和僧格林沁的。這樣的安排，更讓曾國藩不高興。不過，朝廷讓曾國藩參與剿捻，正好給曾國藩保存李鴻章的淮軍找到一個理由。曾國藩上奏說：臨陣指揮，非我所長，如果一定要我西上助戰，須調淮軍隨同出征。言下之意是，湘軍已經大量裁撤，無兵可用，只能依靠淮軍了。淮軍目標不如湘軍大，在實力和裝備上更強，在關鍵時候，還是能用得上的。曾國藩一方面派劉連捷的湘軍直入黃州，聽候官文調遣；另外一方面，將淮軍主力分為三部：銘、盛軍北上剿捻；松、勳軍南下赴閩追剿太平軍餘部；其餘各部留駐江蘇。至於本人，他在給朝廷的報告中說，打算移師駐紮安慶，統籌調度。奏摺遞交上去之後，曾國藩心裡一直忐忑不安。他在家書當中說，他實在是不想再接這個事情了，如果趁機被解除軍權，就此體面下場，也屬萬幸。
不久，由於剿捻形勢發生變化，曾國藩的北上推遲——先是太平天國扶王陳得才率太平軍跟僧格林沁的清軍在安徽霍山黑石渡一帶展開決戰，太平軍大敗，主帥陳得才見大勢已去，自殺身亡，祜王藍成春同時殉難，太平天國將領馬融和、范立川率數萬人投降；然後，捻軍與僧格林沁在鄂東一戰中，再次潰敗，僧格林沁在戰場上取得了壓倒性優勢。在這種情況下，朝廷回覆曾國藩，讓他先不要著急去安慶，也不必向李鴻章辦移交，暫且駐紮在金陵，隨時聽取調令。這樣，曾國藩暫停了北上，繼續在金陵處理善後工作。
短時間的平靜之後，北方的捻軍又有了大動作：鄂東之戰，捻軍雖然受挫，但仍有數萬兵馬。不久，捻軍與太平天國西征軍賴文光部聯合，擁賴文光為首領。兩軍合併後，在豫南地區進行整編，決定「易步為騎」，以騎對騎。經過改編，新捻軍以騎兵為主，擁有騎兵一萬多人，部分步兵也配備馬匹，甚至一個騎兵不止一匹馬。在作戰方法上，新捻軍以運動戰為主，沒有一個基本的戰略根據地，聚散無定，打了就跑，疾如風雨，運動速度特別快。中原地區面積大，這些捻軍來無蹤去無影，官兵們很難捕捉到他們，地方之間也很難兼顧。因此，各地的官兵吃盡了捻軍的苦頭。北方的形勢一下子變得嚴峻起來。
因為曾國藩遲遲沒有北上，剛愎驕橫的僧格林沁等不及了，他依然運用橫衝直撞的蠻牛戰術，對捻軍窮追猛打，想一口把捻軍吃掉。甚至，僧格林沁為了追擊捻軍，把馬的韁繩拴在自己的胳膊上，夜以繼日馬不停歇。清軍一共追擊了兩個多月，行程數千里，部隊疲憊不堪。這時候，捻軍設下了埋伏，等著僧格林沁鑽入包圍圈——一八六五年五月，捻軍在山東曹州高樓寨將僧格林沁孤軍深入的部隊團團圍住，雙方的廝殺一直持續到深夜，僧格林沁部一萬多人被殲。僧格林沁本人逃到麥田裡，被捻軍一個十幾歲的小孩張皮綆找到，一刀下去，身首異處。消息傳到京城，清廷極度震驚。十天後，上諭再次傳到金陵：命曾國藩帶領親軍小隊，輕騎就道，兼程北上，督辦直、魯、豫三省軍務，以欽差大臣赴山東督剿。
奉到上諭，曾國藩大驚失色，他不得不正視眼前的窘境：湘軍裁減大半，兵力單薄，如何剿捻？且捻軍多為馬隊，官兵以步對騎，如何制勝？曾國藩還是不想北上，但上諭難違，曾國藩只好採取「拖」的辦法。他又上了一個奏摺，列舉了自己的幾點困難：
一是兵力不足，金陵僅湘軍三千人。淮軍雖稱勁旅，但只有劉銘傳、周盛波兩軍歸曾國藩調遣，人數少，不成氣候。為解決兵力不足，必須以先前湘軍的做法，在徐州一帶募集兵勇，協助作戰。二是戰馬缺少。捻軍戰馬極多，此次僧格林沁蒙古馬隊潰散，捻軍又擄戰馬逾萬匹。如沒有騎兵部隊，官軍將不戰而敗。曾國藩提議在徐州添練馬隊，另派人到北方買戰馬千餘匹。三是扼捻北上，只有依靠黃河天險，而防河之策，應該為目前第一要義。江南水師，於黃河水性不合，要防河，應有大量的準備工作，必須興辦黃河水師等等。四是北方土地面積廣大，捻軍的活動範圍很大，自己的權力不能完全兼顧，因此朝廷要號令各地方官員，恪守自己的職責。
曾國藩把眾多的困難一一列舉，就是要把醜話說在前面，萬一自己剿捻失敗，也有一個明明白白的說法。曾國藩太清楚京城的那些遺老遺少了，他們哪裡知道下面的艱難呢？曾國藩心裡一直耿耿於懷的是朝廷對湘軍的不公，十幾年的戰爭，豈是輕輕鬆鬆就能打下的？那要犧牲多少子弟兵，浪費多少金錢，塗炭多少生靈啊！
同一天，曾國藩又向朝廷追加了一個奏摺，曾國藩還是不想趟這一攤渾水，他向朝廷報告說，自己精力疲憊，近來更是衰敗，說話二十句左右，舌尖就會麻木艱澀，不能再說。希望皇上恩准，另選懂軍事的大員督辦軍務，自己願以閒散人員的身份在營效力，鞠躬盡瘁，死而後已。
朝廷當然不同意曾國藩的推脫。這一回，朝廷看起來對曾國藩尤其信任，命令所有直隸、山東、河南三省旗、綠各營及地方文武員弁，均歸曾國藩節制調遣。如該地方文武有不遵調度者，由該大臣指名嚴參。這等於又將這三省的軍政大權都交給曾國藩了。
在這種情況下，曾國藩只能硬著頭皮勇往直前了。雖然曾國藩不在與捻軍作戰的第一線，但對於北方的戰局，還是相當瞭解的。在透徹地分析形勢的基礎上，曾國藩給朝廷寫了一封奏摺，胸有成竹地向朝廷指出：捻軍雖獲大勝，但黃河此時正在漲水，捻軍不可能北渡；且這時李鴻章已派潘鼎新部十營北援，捻軍不會威脅京城，朝廷盡可放心。其次，由於捻軍都是馬隊，剿捻隊伍必須擴大騎兵。同時，剿捻的重點地區應該是以徐州為中心，兼顧四省毗鄰的十三個府州。所以，完全沒有必要由自己來節制直隸、河南、山東三省。
一八六五年六月十八日，曾國藩率領湘軍三千人，從金陵北上徐州。這一次，似乎從一開始，就有不好的徵兆——曾國藩啟程之時，歐陽夫人及女兒也準備離開金陵，打算乘船先到武昌，再轉往湖南老家。一家人跟著曾國藩一起去下關碼頭，然後分道揚鑣。在碼頭，曾國藩啟程之時，水陸諸軍照例鳴禮炮相送，不料，僅有兩個月大的曾國藩的外孫女受了驚嚇，隨後竟一命嗚呼。這一件事，讓曾國藩很是難過，也百思不得其解。在此之後，航行在長江上的曾國藩接到安徽布政使英翰的求救信，張宗禹正指揮捻軍圍攻據守雉河集的清軍。曾國藩被迫轉道，率領人馬先進駐臨淮關，指揮湘軍、淮軍與豫軍等陸續增援雉河集。捻軍見曾國藩來勢洶洶，只好撤走。曾國藩繼續北上徐州，捻軍又打馬轉道河南。捻軍就這樣跟曾國藩玩起了拿手的「捉迷藏」遊戲。
真正地與捻軍作戰，曾國藩不得不面臨一個新問題，那就是，如何根據對手的情況確定自己的戰略戰術，在曾國藩看來，這一點至關重要，也即兵法常說的「知己知彼」。經過一番周密的研究，老謀深算的曾國藩掌握了捻軍的長處和短處，在曾國藩看來，捻軍的長處有四點：一曰步兵長竿，於槍林彈雨中冒煙衝進