曾國藩感到慶幸的是，作為一介書生，白手起家，居然贏得了這場對抗的勝利。這場對抗，不單單是軍事上的對抗，更是文化的對抗以至理想的對抗。
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很多年後，當曾國藩回憶起自己的戎馬生涯，奇怪的是，曾國藩絕少有自豪感，相反，對於戰爭所引起的殺戮，以及戰爭本身的虛妄，倒是經常性地陷入一種憂鬱之中。這種憂鬱不止在戰爭結束後，在戰事進行當中，曾國藩就一直是憂鬱的，甚至可以說是厭戰的。他一而再再而三地表達自己的觀點，並想藉此影響湘軍將領們。曾國藩在日記中寫道：戰爭就是殺戮，用兵也是很冷酷的事情。在戰爭中失去親人，豈能不哀痛悲憤？身處祭奠儀式，經常送別死去的將士，豈能不肅穆莊敬？失敗了，當然更悲慘；即使是勝利，看到剩下的到處都是死傷的人，遍地都是斷頭洞胸、折臂失足、血肉狼藉的場面，連悲痛都來不及了。在軍營中，曾國藩甚至不允許將士們為某一場戰爭的勝利歡歌笑語，在他看來，戰爭是那樣殘暴，對於勝利的慶賀，就是對於大批死難者的不恭敬，是對生命的不恭敬。
進駐安慶不久，曾國藩接到朝廷有關方面的通知，早在上一個月，咸豐皇帝即在熱河避暑山莊駕崩。這個風流而有才情的皇帝像油燈芯一樣耗盡了他最後的元氣，終年還不到四十歲。讓這個亂世皇帝死不瞑目的，還是南方的太平天國政權，據說，咸豐曾在遺囑中寫道：誰能攻克金陵，就封他為王！由於兒子載淳只有六歲，咸豐臨終前，命怡親王載垣、鄭親王端華、協辦大學士戶部尚書肅順等八人為贊襄政務王大臣，執掌政權。皇帝駕崩的消息遲遲沒有發佈，本身就意味有重大的事件將要發生。果然，秋天裡，一場大事件突如其來地爆發了：載淳的母親、二十六歲的葉赫那拉氏與咸豐的弟弟恭親王奕訢發動政變，宣佈兩宮皇太后垂簾聽政，以奕訢為議政王。政治永遠是一種交易，為了更好地籠絡各級大臣，尤其是握有重兵的大臣，慈禧太后適時地給予一些權臣重賞，以換取他們對自己的支持——十一月二十日，朝廷命曾國藩管轄蘇、贛、皖、浙四省軍事，自巡撫、提、鎮以下文武各官皆歸節制。同日，又命左宗棠督辦浙江軍務，提、鎮以下各員統歸其調遣。不久，朝廷根據曾國藩的密保，任命左宗棠為浙江巡撫、沈葆楨為江西巡撫；李續宜由湖北巡撫調任安徽巡撫，嚴樹森由河南巡撫調為湖北巡撫。在此前後，還任命駱秉章為四川總督，劉長佑為廣西巡撫，毛鴻賓為湖南巡撫，李鴻章署理江蘇巡撫，劉蓉、李桓、蔣益澧為布政使。這樣，以曾國藩為首的湘軍、淮軍可以說幾乎掌控了清朝的半壁江山。
從一八六一年九月開始，一直到一八六四年十月一日，曾國藩乘船順江而下去金陵，他一共在安慶城內住了三整年。讀這段時間的曾國藩日記，看到最多的，就是曾國藩在讀書和學問上的一些見解。對於前線戰事，自戰爭的中期之後，曾國藩已對自己的指揮方式有了調整，一般來說，對於戰事，他從不過問太細，而是放手讓前方將領去處理。曾國藩只是從大勢上去把握戰爭的走向，他的工作重點，主要放在糧餉供給，湘軍與朝廷、地方的關係處理以及選拔人才上。曾國藩清楚地知道哪些是他該做的事情，哪些是他不該做的事情。此時的曾國藩，已頗有點運籌帷幄、決勝千里之外的架勢了。對於戰爭的大勢與局面，曾國藩已瞭然於胸，在他看來，勝利只是時間的問題了。在這種情況下，處理事務的同時，曾國藩重拾自己的學問，又開始大量讀書了。看得出，因為局勢的逐漸明朗，曾國藩慢慢落得逍遙，久別書齋的曾國藩很想在戰爭的間歇中找一點讀書人的感覺。也可能，這樣的變化是曾國藩居於安慶所致，安慶一直是一個歷史古城，文風昌盛，人才輩出。曾國藩步入文壇之初，就是受桐城派的影響，曾國藩一直自認是桐城派弟子。對於桐城派，可以算是道德保守主義的曾國藩有天生的親近感，曾國藩習慣於在文章當中尋求一種哲學和學術的自我表達，而桐城派的主張，無疑正中曾國藩下懷。曾國藩最為推崇的，是明代大儒歸有光的文章，在曾國藩看來，歸有光的文章文氣充沛，既有精奧之神，又平實自然，以小見大，桐城派以他為「偶像」，方向上無疑是正確的。在「桐城三祖」中，曾國藩推崇方苞、姚鼐，不太喜歡劉大櫆。師從桐城派之後，曾國藩以流暢圓適的語言、成熟縝密的結構、超群脫俗的構思、駢散結合的句式，寫出了很多氣勢旺盛、氣貫長虹的雄文。在桐城派後起之秀中，曾國藩可謂獨樹一幟。可以說，曾國藩繼承和光大了桐城派的優良傳統，使桐城派延長了五六十年的文運。
現在，居於「桐城派」的老家，曾國藩很想安安靜靜地待上一陣子，採一採這裡的「文氣」。文章是「經國之大事」，是曾國藩終生不想放棄的，是他畢生的追求。儘管外面硝煙瀰漫，但對於曾國藩來說，在這樣的一個地方，能享受著片刻輕鬆，他已經覺得很滿足了。
在安慶的那段時間裡，曾國藩所做的兩件事，曾引起了廣泛的爭論，一是曾國藩在進駐安慶不久，迎娶了一個小妾。這是曾國藩生平第一次娶妾，也是唯一的一次娶妾。曾國藩這一次娶妾的理由讓一般人難以置信——因為曾國藩一直患有癬疾，奇癢難耐，尤其是到了晚上，更如酷刑一樣折磨著他。夜深人靜之時，曾國藩必須有一人替他搔癢，否則總無法入睡。這個時候，由於歐陽夫人不在曾國藩的身邊，曾國藩在徵求了歐陽夫人和家人的意見後，由自己的親兵營統領韓正國辦理，娶了二十二歲的陳氏為妾。值得一提的是，曾國藩還與陳氏立了一份「協議」，在「協議」中，曾國藩明確表示：陳氏只是為了照料自己的生活，幫自己夜晚撓癢，並不打算與她有什麼「親密接觸」之類；並且，自己死後，陳氏可以改嫁。曾國藩這一頗讓人費解的「納妾」事件在當時引起了不小的波動，原因在於曾國藩娶妾的時間正是咸豐帝的服喪期，在此期間，此項失禮的舉動自然會遭到很大反響，有人還專門向朝廷上了奏摺，告發了這一件事。好在朝廷因為曾國藩身居要職，要利用他帶兵打仗，所以對此事並沒有深究。當然，還有一種說法，有人評價曾國藩是一個假君子，他只是利用癬疾的理由來尋歡作樂；更有說法是陳氏係一個漂亮異常的女子，並且曾經是洪秀全的妃子。一時間，關注的目光投向了在安慶的曾國藩，弄得曾國藩很是苦惱。不久，傳聞風平浪靜了，原因是陳氏在一年之後突然去世——年輕的陳氏一直是一個肺病患者，嫁給曾國藩時，她一直隱瞞自己的病情。儘管那一段時間陳氏對曾國藩盡心盡責，曾國藩的身體也得到了明顯的改觀。但不久，病魔奪去了她年輕的生命。冬天來臨的時候，曾國藩又重新開始孤獨的生活。
另外一件事，就是在安慶期間，曾國藩突然對於洋務感興趣了，他花很大精力所做的一件事，就是全力啟動洋務事宜。雖然曾國藩一再談到，就軍事本身而言，刀劍長矛永遠是根本，最終解決戰鬥，還是要靠人才；但對於西方先進的軍事技術，曾國藩已經不排斥了。安慶興辦了軍械所，先是製造槍支彈藥，到了後來，竟然可以生產大炮和船隻了。那段時間，曾國藩隨時關注洋務的進展情況，一會去巡視槍支的製造情況，一會又去看看小火輪的製造進展。安慶軍械所的工作，一開始並不順利，一八六二年五月十六日，曾國藩「看華蘅芳所作炸彈，放十餘炮，皆無所見」；次年二月二十五日，「至東城外看丁道傑所演炸炮，大小五炮，其彈在半空炸裂，不待落地而已開花矣」，但這些，都沒有影響曾國藩辦洋務的決心。曾國藩忽然對於洋務的濃厚興趣，引起了社會輿論大嘩，很多人向朝廷上摺子，說曾國藩此舉不務正業，有悖道統，甚至有人說曾國藩圖謀不軌，想投靠洋人。好在那段時間曾國藩的心情一直不錯，也懶得去理會各種各樣的議論。當然，朝廷對於曾國藩此舉還是信任和寬容的，一直沒有正面表態。這樣的態度，讓曾國藩感到很滿意。
大本營移至安慶後，湘軍逐漸變得兵強馬壯了。這當中一個很重要的原因是，湘軍變得有錢了。除了各地釐金基本到位之外，那些湘軍將領們也變得越來越會搞錢了，他們經常讓一些大戶和商人捐款，所到之處，也如太平軍一樣，用各種手段擄獲大量的錢糧物資。對於這些，曾國藩也變得睜一隻眼閉一隻眼。有些事情，作為主帥，曾國藩無法管得太細，也懶得管得太細。不僅如此，曾國藩還奏請朝廷准許他直接派李瀚章、郭嵩燾、丁日昌等赴廣東抽釐助餉，專供江、浙、皖各支部隊。曾國藩看到洋人的武器很先進，打仗很管用，便有意變通一些政策，讓李瀚章、郭嵩燾等在籌得釐金後，直接向洋人購買，然後把這些軍火直接發給各路湘軍；同時，也讓各支部隊自己籌錢到洋人那裡購買，以武裝自己的力量。這些現代化槍支彈藥的裝配，使得湘軍的戰鬥力得到了很大的提升，同時也讓那些見利忘義的洋人們認識到湘軍的重要，開始慢慢疏遠太平軍，把最好最新的武器賣給了湘軍。這樣，幾年下來，各支湘軍早已是今非昔比。
到了一八六二年，湘軍在各