自沈鵬入獄後，翁家上下都鬆了一口氣，而翁同龢猶恐被禍，刪改日記，即在此時，日記中有關此事的記載如下：
正月初十日（二十六年）：晴，日出煙開，為入春第一好天氣。連日看從前日記，擬自撰年譜也。
正月十四日：擬撰年譜，檢日記頗不耐也。
正月廿二日：編年譜。
正月廿五日：看舊日記，甚悶。
正月廿六日：檢日記甚煩。
正月廿八日：檢日記至甲午年，棖觸多感。
二月初二日：檢日記甚煩。
二月初四日：一日只檢日記一本，甚厭棖觸。
一日只檢日記一本，可知刪改之煩。其記沈鵬事云：
正月十七日：沈鵬來，未見。
正月廿九日：知沈鵬去歲事有電密拿，提省訊究。幸前期已位置於曾孟樸處教書，一傳即至，在署管押。
二月初三日：新聞謂經元善事，牽連余。申報謂大哉孔子，題用地球，翁某實典春闈，皆夢囈，可笑如此。聞沈鵬提省甚好，可根究也。
二月初八日：沈事已結……連日謠言百出，今可息矣。
翁同龢的山中歲月，並不平靜，經歷了沈鵬的風波，且高齡亦已七十有一，應該萬念俱灰了，誰知不然；他還是存著會復起的念頭。
自二十六年五月起，拳匪蔓延，勢成大亂，翁同龢復又開始關心時事，他原來有諧句：「怕看細字新聞報」，此時也不怕了。
五月十六日日記：
昨夢益奇，蓋神馳魏闕也。
凡翁同龢在山中作夢，什九夢見京華，記夢之語，半真半假，假者心懷此念，託之於夢；即令夢真，亦由「日有所思」。庚子年五月十六日之夢，身在江湖，神馳魏闕，倒不是貪戀祿位，冀可重得，而是深信慈禧太后會眷念老成。由此開始，幾乎日日記時事，而且與他的住在上海的姪孫翁寅丞，往來筆墨如織，「得寅信，發寅信」的字樣屢見，無非報告及打聽時事消息。六月初五日記：
得郋亭函，聞廿九消息，午後子戴、君閎自蘇歸，所聞尤異。
五月廿九日的消息為何？依「近代中國史事日誌」，共有九條，為翁同龢所關心的是：
一、諭李鴻章、李秉衡、劉坤一、張之洞等，團民仇教，剿撫兩難，各國強佔大沽炮台，釁非我開，應各盡職守，以保疆土。
二、張之洞、劉坤一電盛宣懷，即飭上海余聯沅與各國領事，訂約保護租界及長江商教，並電告李鴻章。
三、盛宣懷、李鴻章、劉坤一等，保全東南，權宜應之。
四、張之洞照會漢口英領事，不承認五月廿五以後之諭旨。
按：此即「東南互保」案，而先決條件為不承認五月廿五日所下的「宣戰詔書」。除張之洞以外，粵督李鴻章、直督李秉衡、江督劉坤一，亦有同樣的表示。
此外這天還有兩條消息，自然亦為翁同龢所縈懷：
五，載漪、載勛率義和團擾及宮內，擬弒帝，太后持不可。
六、第一次停止攻擊使館，命榮祿前往議和，並派兵保護。
但對德宗的安危，翁間龢並不如上年除夕，以為已經廢立那樣震慄失措。相反地，慈禧能保護德宗，為翁同龢所樂見，且亦因此相信，慈禧一定會對他的過去諒解，而可能復召。